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Este excelente microscopista, fue el primero que se encargó de describir un microorganismo.
Adicionalmente, escribió su famoso libro Micrographia (1665), el cual fue pionero en los libro dedicados a las observaciones microscópicas.

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Fue el primero en observar las bacterias mientras estudiaba infusiones de pimienta. Van Leeuwenhoek construía microscopios de un solo lente para examinar sustancias naturales en busca de microorganismos, y mediante una cuidadosa manipulación y enfoque preciso, pudo observar lo que llamó como diminutos animáculos.

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Fue el que introdujo las mejoras higiénicas e intentó controlar las infecciones hospitalarias.

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1864: Pasteur y la generación espontánea 

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1864: Pasteur y la generación espontánea 

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El químico francés Louis Pasteur se opuso fuertemente al concepto llamado generación espontánea, que establecía que las diferentes formas de vida en la tierra aparecían de manera espontánea, sin un origen común. Pasteur hizo un experimento para desmentir esto, donde utilizó un matraz con cuello de cisne, el cual calentó hasta esterilizarla y luego rompió el cuello del matraz; después de un tiempo, dejándolo al aire libre, probó cómo los microorganismos aparecían en el líquido del matraz desde el aire. También se le atribuye métodos de conservación de leche, conocido como pasteurización.

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Introdujo las técnicas de asepsia en la cirugía. Ignaz Semmelwis y él aportaron pruebas indirectas de la importancia de los microorganismos en el origen de las enfermedades humanas.

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Ferdinand Cohn fue un científico germano-polaco, gracias a sus inventos la microbiología experimentó un gran auge. Estudió las algas unicelulares y luego, las bacterias y entre ellas se encontraba la Beggiatoa, bacteria grande y filamentosa que oxida el azufre. Él se encontraba interesado en investigar más sobre la resistencia de las bacterias al calor y esta investigación lo llevó al descubrimiento de la formación de las llamadas endosporas por parte de algunas bacterias. Debido a esto, sabemos que las endosporas bacterianas se forman por la diferenciación de la célula madre, la célula vegetativa y que son estructuras extremadamente resistentes al calor. Cohn describió el ciclo vital de la bacteria formada de endosporas, llamada Bacillus, e igualmente descubrió y demostró que las células vegetativas morían al someterlas a ebullición; sin embargo, no las endosporas, que eran resistentes. Por otra parte, Cohn fue el que sentó las bases de un sistema de clasificación bacteriana y descubrió muchos métodos eficaces para prevenir la contaminación de los medios de cultivo, como es el caso del uso del algodón para cerrar tubos y matracas.

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Fue colega de Robert Koch y observó que cuando una superficie sólida se incubaba al aire se desarrollaban masas de células bacterianas, a las cuales se llamaron colonias y cada una de ellas con una forma y un color característicos.

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Fue un colaborador de Koch, quien inventó las placas transparentes de dos caras conocidas como placas de Petri y estas se convirtieron rápidamente en la herramienta estándar para obtener los cultivos puros.

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Desarrolló un conjunto de criterios, llamados postulados de Koch, para identificar la causa y el efecto de las enfermedades infecciosas. Koch también desarrolló el primer método fiable y reproducible para obtener y mantener los microorganismos en cultivos puros.

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Propuso el concepto de la quimiolitotrofía, el cual lleva como significado la oxidación de aquellos compuestos inorgánicos para obtener energía. Además, fue quien descubrió que las bacterias conocidas como quimiolitótrofas (comedores de tierra) son autótrofas y que obtienen el carbono del CO2.

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Contribuyó en la técnica de cultivo de enriquecimiento, donde los microorganismos se aislaban de aquellas muestras naturales por medio de nutrientes para beneficiar un grupo metabólico de un organismo en específico.