# data[].attributes.body
by Iro Lymperopoulou, Natalia Neurokopli & Mara Tsianti (ChemEquilibria)

# data[].attributes.body
by Vasilis Ntourantonis & Stavros Pavleas (CureDevelopers)

# data[].attributes.body
by Panagiotis Sapoutzoglou (CureDevelopers)

# data[].attributes.body
by Helen Sereli (AminoQuest)

# data[].attributes.body
by Nikos Theologis (ΝοStrelia)

# data[].attributes.body
Μετά την τελευταία μας συνάντηση πριν από τις διακοπές του Πάσχα, σας υπενθυμίζω τις εργασίες που απομένουν να γίνουν για τις τελικές παρουσιάσεις της δουλειάς μας την Τρίτη 10 Μαΐου:

Πρόγραμμα Παρουσιάσεων

Gaming Science by Νίκος Θεολογής (NoStrelia)

Science Citizenship by Ελένη Σέρελη (AminoQuest)

Eterna by Παναγιώτης Σαπουτζόγλου (CureDevelopers)

Protein Investigator by CureDevelopers

Online Game from Rice University by ChemEquilibria

Προδιαγραφές Παρουσιάσεων

να μην υπερβαίνουν σε έκταση της 8-10 διαφάνειες.

να έχουν όσο το δυνατόν λιγότερα λόγια και περισσότερο εποπτικό υλικό (π.χ. screenshots).

όπου έχουν λόγια να χρησιμοποιείται γραμματοσειρά Arial ή Calibri, μέγεθος 28-32, και να μπαίνουν bullets που να χωρίζουν τα βασικά σημεία.

Κρίσιμες Ημερομηνίες

Τρίτη 3 Μαΐου - Υποβολή με email των παρουσιάσεων για έλεγχο.
Παρασκευή 6 Μαΐου - Επιστροφή των διορθωμένων παρουσιάσεων, ώστε να κάνετε τις απαιτούμενες πρόβες μέσα στο ΣΚ.
Τρίτη 10 Μαΐου - Παρουσιάσεις

Είμαι βέβαιος ότι θα ανταποκριθείτε και με το παραπάνω στις εργασίες που σας αναττέθηκαν.

Για ό,τι προκύψει, παραμένω στη διάθεσή σας!

Εύχομαι ολόψυχα Καλή Ανάσταση & Καλό Πάσχα!

# data[].attributes.body
Την Τετάρτη 13-04 θα κάνετε γενική πρόβα για τον Protein Investigator Competition (PIC) που θα καθορίσει την πρωταθλήτρια ομάδα της χρονιάς!!!

Για το λόγο αυτό, θα πρέπει κάθε ομάδα να έχει μαζί της το laptop της με την εφαρμογή PI και το σχολικό βιβλίο Βιολογίας Β΄Λυκείου με τον Γενετικό Κώδικα.

Λύνοντας τα θέματα του Φύλλου Εργασίας που θα σας δοθεί, θα είστε σε θέση να διαγωνιστείτε με αξιώσεις την Τετάρτη 20-04.

Το θέμα του διαγωνισμού θα είναι: "Effects of mutations under PI microscope".

Ως νικήτρια θα αναδειχθεί η ομάδα που θα έχει περατώσει ΟΛΕΣ τις δραστηριότητες ΕΝΤΟΣ του προβλεπόμενου χρόνου και ΟΛΟΚΛΗΡΩΜΕΝΑ!

So, may the BEST TEAM wins!!!

# data[].attributes.body
Με την δραστηριότητα αυτή, σας ζητείται να γίνετε "δημιουργοί" ενός interactive game που θα πραγματεύεται ένα συγκεκριμένο θέμα που έχει να κάνει με τις πρωτεΐνες (π.χ. τις χημικές ιδιότητες των αμινοξέων, κάποιο είδος μη ομοιοπολικής αλληλεπίδρασης, την δημιουργία φαρμακευτικών πρωτεϊνών για την απενεργοποίηση πρωτεϊνών που παράγονται από την έκφραση καρκινικών γονιδίων, κλπ).

Στείλτε τις προτάσεις σας όσο πιο αναλυτικά μπορείτε (όνομα, σκοπός του παιχνιδιού, κανόνες, user interface, πώς βοηθά την διαδικασία της μάθησης, πού βρίσκει εφαρμογές κλπ).

# data[].attributes.body
Σήμερα πραγματοποιήσαμε μια επίδειξη της πρωτεϊνικής αναδίπλωσης χρησιμοποιώντας ένα κωδωνόσυρμα!

Ακολουθούν τα συγκεντρωτικά βαθμολογικά αποτελέσματα των ομάδων:

ΑminoQuest: Κατασκευή / Αναδίπλωση (50%), Συμπλήρωση Φύλλου Δραστηριοτήτων (20%), ΣΥΝΟΛΙΚΗ ΒΑΘΜΟΛΟΓΙΑ: 70%

ChemEquilibria: Κατασκευή / Αναδίπλωση (50%), Συμπλήρωση Φύλλου Δραστηριοτήτων (40%), ΣΥΝΟΛΙΚΗ ΒΑΘΜΟΛΟΓΙΑ: 90%

CureDevelopers: Κατασκευή / Αναδίπλωση (50%), Συμπλήρωση Φύλλου Δραστηριοτήτων (30%), ΣΥΝΟΛΙΚΗ ΒΑΘΜΟΛΟΓΙΑ: 80%

NoStrelia: Κατασκευή / Αναδίπλωση (50%), Συμπλήρωση Φύλλου Δραστηριοτήτων (30%), ΣΥΝΟΛΙΚΗ ΒΑΘΜΟΛΟΓΙΑ: 80%

Τα παραδοτέα αξιολογήθηκαν ως εξής:

ΚΑΤΑΣΚΕΥΗ: 25%
ΑΝΑΔΙΠΛΩΣΗ: 25%
ΣΥΜΠΛΗΡΩΣΗ ΕΡΩΤΗΜΑΤΟΛΟΓΙΟΥ: 50%

Ειδικά για το ερωτηματολόγιο, κάθε σωστή απάντηση έπαιρνε 10%, κάθε ημίσωστη έπαιρνε 5%, και κάθε λάθος 0%.

Συγχαρητήρια σε όλες τις ομάδες!

Στην περίπτωση που θέλετε να βελτιώσετε την συνολική σας βαθμολογία, μπορείτε να ζητήσετε είτε το φύλλο δραστηριοτήτων της ομάδας σας και να προβείτε σε διορθωτικές αλλαγές (μιας και δεν έχω σημειώσει πάνω του για ευνόητους λόγους) είτε να ζητήσετε το φύλλο δραστηριοτήτων άλλης (-ων) ομάδας (-ων) που πιστεύετε ότι μπορεί να σας βοηθήσει να προβείτε στις απαραίτητες διορθώσεις.

Επιπλέον, την επόμενη φορά θα προβείτε σε κατασκευή του ενζύμου μολυβοτρανσφεράση (pencil-transferase) με την βοήθεια σύρματος πίπας (pipe cleaner), που θα μεταφέρει το στυλό ή το μολύβι σας από ένα θρανίο σε ένα άλλο χωρίς να το αγγίξετε με τα χέρια σας!

# data[].attributes.body
Interactive on-line games, με πλοκή και επιστήμη από το Παν/μιο Rice.

Στην παρακάτω ηλεκτρονική διεύθυνση μπορείτε να περιηγηθείτε και να βρείτε το παιχνίδι που σας ενδιαφέρει, π.χ. CSI, Med Myst, etc.
http://webadventures.rice.edu/index.html

# data[].attributes.headline
Critical appraisal of PI software by NoStrelia

# data[].attributes.subject
Critical appraisal of PI software by NoStrelia

# data[].attributes.body
Παραθέτω αυτούσιες τις παρατηρήσεις των NoStrelia πάνω στο λογισμικό PI.

• O πίνακας των αμινοξέων να μην τα έχει με αλφαβητική σειρά αλλά με άλλη σειρά, όπως π.χ. υδροφοβικότητα, με βάση τα φορτία ή άλλα.
• Επιβάλλεται ένα drag & drop από τον βελτιωμένο πίνακα των αμινοξέων.
• Να τονίζεται με ποιον έντονο τρόπο, επειδή τα αμινοξέα βρίσκονται σε περιβάλλον νερού, π.χ. το background  να έχει μπουρμπουλήθρες.

Ευχαριστούμε, NoStrelia!

# data[].attributes.body
Mια πολύ ενδιαφέρουσα πρόταση για online gamers που μετατρέπονται σε citizen scientists βοηθώντας τους επιστήμονες να επιλύσουν σύνθετα προβλήματα που σχετίζονται π.χ. με την θεραπεία ασθενειών.

Η Helen Sereli ενθουσιάστηκε με το παιχνίδι PHYLO. Εσείς;

Still waiting for your proposals!!!

Όσον αφορά την αυριανή μας συνάντηση, έχω δραστηριότητα hands-on έκπληξη!

So, stay tuned!!!

# data[].attributes.attachment_link.readable_text
For all their virtual accomplishments, gamers aren't feted for their real-world usefulness. But that perception might be about to change, thanks to a new wave of games that let players with little or no scientific knowledge tackle some of science's biggest problems. And gamers are already proving their worth.

In 2011, people playing , an online puzzle game about protein folding, resolved the structure of an enzyme that causes an Aids-like disease in monkeys. Researchers had been working on the problem for 13 years. The gamers solved it in three weeks.

A year later, people playing an astronomy game called Planet Hunters found a curious planet with four stars in its system, and to date, they've discovered 40 planets that could potentially support life, all of which had been previously missed by professional astronomers.

On paper, gamers and scientists make a bizarre union. But in reality, their two worlds aren't leagues apart: both involve solving problems within a given set of rules. Genetic analysis, for instance, is about finding sequences and patterns among seemingly random clusters of data. Frame the analysis as a pattern-spotting game that looks like Candy Crush, and, while aligning patterns and scoring points, players can also be hunting for mutations that cause cancer, Alzheimer's disease or diabetes.

"Our brains are geared up to recognise patterns," says Erinma Ochu, a neuroscientist and Wellcome Trust Engagement Fellow at the University of Manchester, explaining why scientists are turning to gamers for help, "and we do it better than computers. This is a new way of working for scientists, but as long as they learn how to trust games developers to do what they do best - make great games - then they can have thousands of people from all around the world working on their data."

The potential is huge. As a planet we spend 3bn hours a week playing online games, and if even a fraction of that time can be harnessed for science, laboratories around the world would have access to some rather impressive cognitive machinery. The trick, though, is to make the games as playable and addictive as possible - the more plays a game gets, the larger the dataset generated and the more robust the findings.

Zoran Popovic is the director of the Centre for Game Science at the University of Washington and is the co-creator of Foldit. He explains that while successfully entertaining the masses, these games are meeting a very pressing need: science needs more people.

"No matter what academic process we go through," he says, "we end up whittling down a huge population of middle schoolers interested in science to some small percentage that actually survive the PhD process and end up doing science. Considering how many open scientific problems there are, and how few scientists there are, it's clear that we're stymied in the progress of science simply by the number of able and interested people out there."

Through Foldit alone he estimates that the number of people working on protein folding around the world has increased by four times in the past two and a half years. Zooniverse, a website that offers a wide range of online citizen-science projects including Planet Hunters, estimates that, together, their volunteers give them a virtual office block of 600 people working around the clock on scientific questions.

If you want to join in and become a fully fledged citizen scientist, or if you just want to contribute to science on your way to work, here are 10 of the best games around. But be careful, because they're all pretty addictive. But that shouldn't be a surprise... they've been designed, by scientists, to be so.

Make patterns and research diseases
It's tough to know what to like more about Phylo, the colourful puzzles or the jazzy music. Either way, their combination makes the complicated world of bioinformatics, or more specifically multiple sequence alignment optimisation, incredibly accessible. By pushing around coloured blocks into patterns, you're actually aligning DNA from different animal species, helping research into genetic diseases by identifying disease-associated or mutated genes. Beat algorithms and other players by aligning the patterns and minimising gaps as much as possible.
Make a shape and understand proteins
A bewitchingly addictive puzzle game. Use shakes, tweaks, wiggles and rubber bands to twist and contort your protein into its most stable and thus highest-scoring shape. Each puzzle is a bit like a Rubik's cube in that there is only one perfect solution to each structure, but there are various intermediate or less stable ones in between. Work your way up the high scores tables by joining groups and sharing puzzle solutions with other players. En route, you'll help researchers discover more about the rules that govern the shape, and therefore function, of proteins, helping the fight against cancer, Alzheimer's disease and HIV/Aids.

Forgotten Island

Study organisms to assess man's impact
If you loved Monkey Island, this game, a visually beautiful point-and-click adventure game with a compelling narrative, is for you. You're a scientist with a secret past, trapped on a mysterious island where an explosion has destroyed the biology lab. Photographs of organisms are strewn across the island. Collect and answer questions about the photos to earn game money, which you spend on tools to help you progress and hopefully get off the island. Your classification of these real-life photos from around the world will help biologists to study the effects of urban sprawl on local ecosystems or to detect evidence of regional or global climactic shifts.
Align patterns to save ash trees
Think Candy Crush but with coloured leaves. To play this Facebook game, align different patterns with a reference pattern: the better the alignment, the higher the score. Tussle for ownership of a given pattern by beating other players' scores. In sorting the patterns to increasingly higher accuracy, you'll actually be helping to detect genetic variants that can protect Europe's ash trees ( Fraxinus excelsior) from a deadly fungal disease. Each pattern represents actual DNA lengths from the trees and the fungus, from which scientists hope to identify genetic variants that either confer resistance or increase susceptibility.
Make shapes to understand genes
A similar concept to Foldit (it was made by some of the same people), but this time you're trying to get RNA into a target shape. RNAs, which have an important role in building proteins and regulating genes, are made up of four different types of nucleotide bases. Switch these to alter the RNA's configuration, increase its stability, and up your score. Target shapes get increasingly more complicated as you progress to becoming a puzzle architect or, in the lab mode, compete for the chance to have your own RNA designs synthesised and assessed by scientists at Stanford University.
Protect a forest... to help protect forests
Not released until later this year, but well worth keeping an eye out for. You'll be charged with taking care of a plot of New Zealand forest and protecting it from ravenous Australian bushtail possums. Set traps, create sanctuaries or fly aerial operations to sow toxic bait to save your pixelated forest. Researchers will then take the best strategies and apply them in real New Zealand forests, where native plants and animals are under threat from these invading possums. To help raise money for the game, Ora's developers have released Possum Stomp, a mini game app available on iOS or Android.

Classify galaxies to understand universe
Zooniverse's flagship project. Sift through pictures of millions of galaxies and help classify their shapes to unravel their history. A galaxy's shape tells you whether it's collided with another galaxy, if it's formed stars, and how it's interacted with its environment. Like all Zooniverse projects, offers an authentic experience of science, so you'll not get points. However, if seeing far-flung corners of the universe before any other human eye isn't enough for you, keep a look out for weird and wonderful objects and they might be named after you, such as Hanny's Voorwerp, a galaxy-sized gas cloud named after one player.
Untangle puzzle and unearth new neurons
Help scientists figure out how the brain is wired, starting with nerves in the back of the eye. You're given a cube of tangled nerves from which you have to tease out the shape of individual nerves and, slice by slice, build up their three-dimensional structure. It's little wonder this game is so pleasing: it taps into two things you probably forgot that you love - colouring in and treasure hunts. Score points by tracing well and unearthing new neurons. The timed events really ramp up the heat, and might have you sitting at your computer all night. Be warned.

Listen to whales, help marine biologists
Another authentic experience from Zooniverse. This time be a marine biologist (no scuba diving, sadly) and study whale song. Listen to recordings of killer whales and pilot whales from around the world and link them with a list of potential matches. Find a match and it'll be stored for further analysis. Your work will help biologists determine the size of these animals' repertoire and whether they have accents, indicators of intelligence or a culture. If you've noticed neither animal is a whale but instead a type of dolphin, this game is probably for you.
Identify arable land to feed the world
By 2050 there will be 10 billion of us on the planet. That's a lot of hungry mouths that we'll struggle to feed with the current agricultural setup. Trawl through satellite images of the Earth and look for arable land to help develop the first-ever global crop map, which will help plan for global food security, identify yield gaps and monitor crops affected by droughts. The more land you identify, the higher your score and the better your chances of winning great weekly prizes, such as an Amazon Kindle, a smartphone, or a tablet. But hurry: the competitions stop in April.

* This article was amended on 27 January 2014. An earlier version referred to Zoran Popovic as director of the Centre for Game Science at Washington University. That should have been the University of Washington at Seattle, Washington state. Washington University is in St. Louis, Missouri.
Topics

# data[].attributes.attachment_link.title
How online gamers are solving science's biggest problems

# data[].attributes.attachment_link.description
For all their virtual accomplishments, gamers aren't feted for their real-world usefulness. But that perception might be about to change, thanks to a new wave of games that let players with little or no scientific knowledge tackle some of science's biggest problems. And gamers are already proving their worth.

# data[].attributes.body
Ενδιαφέρουσα σύλληψη που αξιοποιεί κυρίως τις υδρόφοβες αλληλεπιδράσεις.

Ευχαριστούμε, CureDevelopers!

# data[].attributes.body
Ενδιαφέρουσα σύλληψη που αξιοποιεί κυρίως τους ιοντικούς δεσμούς.

Ευχαριστούμε, AminoQuest!

# data[].attributes.body
Ένα από τα πολλά websites όπου μπορείτε να ενημερωθείτε για τις πιο πρόσφατες εξελίξεις στην επιστήμη και την τεχνολογία. Αν, μάλιστα, δώσετε το email σας, μπορείτε να ενημερώνεστε με Newsletter για ό,τι συμβαίνει right now!

# data[].attributes.attachment_link.title
ScienceAlert : The Best in Science News And Amazing Breakthroughs :

# data[].attributes.attachment_link.description
The latest science news. Publishing independent, fact-checked reporting on health, space, nature, technology, and the environment.

# data[].attributes.body
Σήμερα ασχοληθήκαμε με την σχεδίαση της πρωτεΐνης σχήματος W. Έχω κάποιο αποτέλεσμα από κάποια ομάδα, ωστόσο θα περιμένω και τις αναφορές των υπόλοιπων ομάδων, προτού προχωρήσω σε ανάρτηση των αποτελεσμάτων στο padlet.

So, keep up the good folding work!

Στην επόμενη συνάντησή μας, θα συζητήσουμε τα εξής:

α) Συμπεράσματα από την χρήση του λογισμικού PI (περιορισμοί, προτάσεις για βελτίωση κλπ).

β) Προτάσεις για εξέταση κάποιου άλλου εκπαιδευτικού λογισμικού που θα εμπλέκει τις Φυσικές Επιστήμες (δηλαδή Βιολογία, Φυσική, Χημεία).

Γι' αυτό, σας παρακαλώ να έχετε έτοιμες κάποιες προτάσεις εγκαίρως, ιδιαίτερα σε ό,τι αφορά στο β), μιας και κάναμε και κάποια προπαρασκευαστική συζήτηση στη σημερινή μας συνάντηση.

# data[].attributes.body
Mια όμορφη πρωτεΐνη σχήματος ισόπλευρου τριγώνου που προτάθηκε από τους AminoQuest! Συγχαρητήρια!!

# data[].attributes.body
H πρωτεΐνη-στόχος για την επόμενη εβδομάδα! Το΄χετε;

Δεν υπάρχει πρόβλημα, αν θεωρείτε ότι μπορείτε να το σχεδιάσετε με λιγότερα αμινοξέα!

Καλή αναδίπλωση!

# data[].attributes.body
Αυτή η πρωτεΐνη σχήματος τερματοφύλακα έχει "κρυφά ταλέντα"!!!

Ενδιαφέρουσα σύλληψη από τους CureDevelopers! Eυχαριστούμε!

# data[].attributes.body
Μια όμορφη πρωτεΐνη σχήματος ισόπλευρου τριγώνου που προτάθηκε από τους CureDevelopers. Συγχαρητήρια!!

# data[].attributes.body
Ήταν μεγάλη η χαρά μου που μοιράστηκα με εσάς το εγχείρημά μου να γνωστοποιήσω σε άλλους επιστήμονες την προσπάθεια που κάναμε όλοι μαζί, καθώς χρησιμοποιήσαμε το λογισμικό Protein Investigator, προκειμένου να μάθουμε να αναδιπλώνουμε πρωτεΐνες.

Μακάρι να είχα την δυνατότητα να σας πάρω όλους/όλες μαζί σε αυτήν την όμορφη γιορτή! Ωστόσο, δεσμεύομαι ότι εφόσον πάνε όλα καλά, θα σας φέρω οπτικό υλικό από την εκδήλωση.

Εξάλλου, μέσα στην εργασία που απέστειλα για κρίση, παρέθεσα αυτούσιες τις σκέψεις σας, αναφορικά με τις εντυπώσεις σας, καθώς και τα οφέλη που αντλήσατε από την χρησιμοποίηση αυτού του λογισμικού.

# data[].attributes.body
Ευχαριστούμε την ομάδα CureDevelopers για την προθυμία της να μας παρουσιάσει τόσο εύστοχα την μεθοδολογία κατασκευής πρωτεϊνών μέσα από την παρουσίαση ενός παραδείγματος (spoon) από το μενού Game.

Επισυνάπτω την παρουσίαση της ομάδας, ώστε να βρίσκεται στην διάθεση όλων των άλλων ομάδων ανά πάσα στιγμή.

Να σας ενημερώσω, επίσης, ότι οι εργασίες που έχω παραλάβει μέχρι τώρα από το μενού Game είναι αρκετά ικανοποιητικές.

Ωστόσο, περιμένω την απάντησή σας στον τελευταίο πρόσφατο "γρίφο" που ήταν να κατασκευάσετε ένα πεπτίδιο σχήματος ισόπλευρου τριγώνου με κενό στο εσωτερικό του.

Στην επόμενη συνάντησή μας, ετοιμαστείτε για την επόμενη πρόκληση...

So, just keep folding!!!

# data[].attributes.body
Στη σημερινή μας συνάντηση αφιερώσαμε χρόνο στην εξέταση και αποσαφήνιση των μη ομοιοπολικών αλληλεπιδράσεων που μπορούν να πραγματοποιήσουν οι πλευρικές αλυσίδες των αμινοξέων.

Έτσι, χαρακτηρίσαμε ως υδρόφιλο το αμινοξύ που μπορεί να κάνει ιοντικό (εφόσον έχει + ή - ηλεκτρικό φορτίο) ή/ και δεσμό Η (ως δότης Η ή ως δέκτης Η, εφόσον διαθέτει μονήρες ζεύγος ηλεκτρονίων το άτομο Ν ή Ο).

Αντίθετα, εάν η πλευρική αλυσίδα δεν έχει ηλεκτρικό φορτίο ή δότη ή δέκτη υδρογόνου, τότε το αμινοξύ χαρακτηρίζεται ως υδρόφοβο.

Με αυτές τις σκέψεις, ξεκινήσαμε να κατηγοριοποιούμε τα είκοσι αμινοξέα που χρησιμοποιούνται στη φύση.

Με τον τρόπο αυτό, θα μπορέσουμε να εργαστούμε με μεγαλύτερη άνεση στην αναδίπλωση των πεπτιδίων με την χρήση της εφαρμογής ProtInv.

Αφού ολοκληρώσετε την κατηγοριοποίηση αυτή, συνεχίστε την συμπλήρωση των φύλλων δραστηριοτήτων της εφαρμογής και στείλτε μου τα αποτελέσματά σας (όσες ομάδες δεν το έχετε κάνει ακόμη).

Όσες ομάδες το κάνατε, προχωρήστε στην κατασκευή συγκεκριμένων σχημάτων πρωτεϊνικών μορίων χρησιμοποιώντας τα σχήματα από το μενού "Game List" της εφαρμογής.

So keep folding!!!

# data[].attributes.body
Οι ομάδες ξεκίνησαν να πραγματοποιούν τις δραστηριότητες που αφορούν στην εφαρμογή Protein Investigator.

Στην επόμενη συνάντησή μας, θα μιλήσουμε περαιτέρω για την εφαρμογή και θα συνεχίσουμε τις δραστηριότητές μας.

# data[].attributes.body
Πραγματοποιήθηκε μια μικρή αλλαγή σχεδίων σε σχέση με αυτό που είχε προγραμματιστεί, χωρίς όμως να ξεφεύγουμε από το αρχικό μας πλάνο.

Συγκεκριμένα, αντικείμενο εξέτασης της συνάντησής μας ήταν η αξιολόγηση των απαντήσεων που έδωσε κάθε ομάδα στις δραστηριότητες της εφαρμογής "Protein Structure" του λογισμικού Molecular Workbench. Κάθε ομάδα αξιολόγησε τις απαντήσεις μιας άλλης ομάδας, και μού απέστειλε την αναφορά της.

Στην επόμενη συνάντησή μας:

(Α) Θα συζητήσουμε στην ολομέλεια της τάξης της απαντήσεις των δραστηριοτήτων.

(Β) Θα κάνουμε εισαγωγή στην εφαρμογή "Protein Investigator" (εφόσον προλάβουμε).

# data[].attributes.body
:DD

# data[].attributes.body
Μικροί μου επιστήμονες, σας εύχομαι ολόκαρδα να έχετε μια καλή χρονιά!

Στην πρώτη μας συνάντηση για το νέο έτος θυμηθήκαμε ορισμένα σημεία που αφορούν στην βιοχημεία των πρωτεϊνών (πλευρικές αλυσίδες αμινοξέων, είδη αλληλεπιδράσεων) μέσα από τη συμπλήρωση ενός φύλλου δραστηριοτήτων ανά ομάδα.

Στην επόμενη συνάντησή μας, κάθε ομάδα θα έχει φορτωμένη στο laptop της την εφαρμογή Protein Investigator που μπορείτε να κατεβάσετε από την ηλεκτρονική διεύθυνση (http://intro.bio.umb.edu/PI/#down), κάνοντας αρχικά κλικ στο 3. Downloading and Installing και στη συνέχεια κλικ στην έκδοση που ανταποκρίνεται στις απαιτήσεις του υπολογιστή σας (Windows, Linux, κλπ).

Οδηγίες για το πώς θα χειριστείτε το πρόγραμμα, θα σας δοθούν την ημέρα του μαθήματος.

Μια γεύση της διεπαφής χρήστη (user interface), μπορείτε να δείτε στην εικόνα που ακολουθεί:

# data[].attributes.body
Τα αποτελέσματα του video quiz που σας ανατέθηκε (17-20/12/2015).

Ελπίζω να ωφεληθήκατε από την συγκεκριμένη διαδικασία τόσο μέσα από τις σωστές, αλλά κυρίως μέσα από τις λανθασμένες απαντήσεις σας, καθώς και από τις υποδείξεις που σας δόθηκαν!

Είμαι σίγουρος ότι στο επόμενο video quiz θα τα πάτε καλύτερα!

# data[].attributes.body
ΤΡΊΤΟΟΟ BADGEE <3 <3 ^_^

# data[].attributes.body
Ξανακάνουμε πάλι το μεγάλο μπαμ με το 3ο Badge για την ομάδα μας (〜￣▽￣)〜

# data[].attributes.body
2oooo Badge.... YAYYYY

# data[].attributes.body
Πήραμε και το 2ο Badge παίδες :DD

# data[].attributes.headline
5η Συνάντηση

# data[].attributes.subject
5η Συνάντηση

# data[].attributes.body
Πραγματοποιήθηκαν τα εξής:

Παρουσίαση 1ης εργασίας της ομάδας NoStreliaμε θέμα: “Υδρόφοβες Αλληλεπιδράσεις”.

Ενημέρωση για δημιουργία λογαριασμού στο EDpuzzle (https://edpuzzle.com/) από κάθε ΜΑΘΗΤΗ ξεχωριστά για την πραγματοποίηση του quiz.

Ενημέρωση για υλοποίηση & αποστολή απαντήσεων δραστηριοτήτων από το “ProteinStructure” της εφαρμογής MolecularWorkbench για κάθε ΟΜΑΔΑ ξεχωριστά.

Τι έχετε να κάνετε, προκειμένου να αποκτήσετε το 4ο Badge:

Να απαντήσετε στις ερωτήσεις του quiz του EDpuzzle μέχρι την Κυριακή 16 Δεκεμβρίου 2015 (Ατομικά).

Να μού αποστείλετε με email (stefgiag@yahoo.com) μια γραπτή έκθεση (150-200 λέξεις) σε έγγραφο επεξεργασίας κειμένου (κατά προτίμηση .doc) τα συμπεράσματά σας από την απάντηση του quiz στο EDpuzzle (TimesNewRoman, μέγεθος 12, διάστιχο 1,5). Ημερομηνία παράδοσης: Κυριακή 16 Δεκεμβρίου 2015 (Ατομικά).

Να μου αποστείλετε με email τις απαντήσεις στις δραστηριότητες των σελίδων 1 έως 9 της ενότητας “Protein Structure” είτε ως αρχεία εικόνας (.jpeg, .png, etc) είτε ως αρχεία κειμένου που φέρουν εικόνα. Το όνομα που θα δίνεται σε κάθε αρχείο θα έχει την εξής μορφή: P1-A1 (που σημαίνει Σελίδα 1-Δραστηριότητα 1). Ημερομηνία παράδοσης: Δευτέρα 4 Ιανουαρίου 2016 (Ομαδικά). (Υπόδειξη: Χρησιμοποιήστε το μεταφρασμένο κείμενο για κάθε σελίδα που απέστειλα στο email καθενός από εσάς την Τρίτη 15 Δεκεμβρίου).

Θέλω να σας ευχαριστήσω για την μέχρι τώρα καλή & ευχάριστη συνεργασία που έχουμε. Είστε αξιέπαινοι/ες για την προσπάθεια που έχετε μέχρι τώρα καταβάλλει! Είμαι σίγουρος ότι θα συνεχίσετε έτσι!

Σας εύχομαι ολόκαρδα να έχετε καλές γιορτές, και οι στόχοι που θα θέσετε για το ερχόμενο έτος να στεφθούν από απόλυτη επιτυχία!!!

# data[].attributes.body
ΝΑΙΙΙ....Πήραμε το 1o Βadge!!!! ^_^

# data[].attributes.body
Το 1ο Badge για την ομάδα μας :'}

# data[].attributes.body
Εργασία της ομάδας AminoQuest (συμπληρωματικό υλικό).

# data[].attributes.headline
4η Συνάντηση

# data[].attributes.subject
4η Συνάντηση

# data[].attributes.body
Πραγματοποιήθηκαν τα εξής:

Παρουσίαση της 3ης εργασίας, και του τρόπου επεξεργασίας της με την βοήθεια του επεξεργαστή κειμένου (εργαλείο σχολιασμού).

Παρουσίαση 1ης Εργασίας της ομάδας AminoQuest για τις δυνάμεις Van der Waals.

Παρουσίαση 1ης Εργασίας της ομάδας ChemEquilibria για τους ομοιοπολικούς δεσμούς (πεπτιδικούς, δισουλφιδικούς).

Για την επόμενη συνάντηση:

Παρουσίαση 1ης Εργασίας της ομάδας NoStrelia.

Έναρξη εργασιών στην δραστηριότητα “Protein Structure” της εφαρμογής MW. 3η Εργασία: Κάθε ομάδα θα αναλάβει να διορθώσει το μεταφρασμένο κείμενο μιας άλλης ομάδας (Καταληκτική ημερομηνία παράδοσης: Κυριακή 13 Δεκεμβρίου).

Για να αποκτήσετε το 3ο Badge πρέπει να γίνουν τα εξής:

Όσο πιο πιστός και ακριβής έλεγχος του κειμένου που θα αναλάβετε να διορθώσετε, με τον τρόπο που σας υποδείχθηκε κατά την διάρκεια του μαθήματος (εργαλείο σχολιασμού).

Εμπρόθεσμη αποστολή της στο email μου (ΠΡΟΣΟΧΗ: Διαφορετικά δεν θα προλάβω ούτε να την διορθώσω ούτε να ετοιμάσω το πακέτο της εφαρμογής που θα ξεκινήσετε στο άλλο μάθημα).

Αρχείο κειμένου με μια περίληψη του περιεχόμενου των σελίδων που ελέγξατε (150 - 200 λέξεις), όπου να εξηγείτε το βασικό θέμα που θέλει να τονίσει καθεμιά από τις σελίδες που ανέλαβε η ομάδα σας!

Εύχομαι στις ομάδες καλή επιτυχία!

# data[].attributes.body
2o Badge!!!!

# data[].attributes.body
1o Badge για την ομάδα μας και συνεχίζουμε!!

# data[].attributes.headline
3η Συνάντηση

# data[].attributes.subject
3η Συνάντηση

# data[].attributes.body
Πραγματοποιήθηκαν τα εξής:

Επιτυχής εγκατάσταση της εφαρμογής MW σε όλα τα laptop.

Οδηγίες για ανάρτηση εργασιών στο padlet "Foldit Project".

Ορισμός ονόματος ομάδας (AminoQuest, ChemEquilibria, CureDevelopers, NoStrelia).

Παρουσίαση 1ης Εργασίας της ομάδας CureDevelopers για τους δεσμούς υδρογόνου.

Για την επόμενη συνάντηση:

Παρουσίαση 1ης Εργασίας ομάδων AminoQuest, ChemEquilibria και NoStrelia (για την απόκτηση του 1ου badge).

2η Εργασία: Ανοίξτε την εφαρμογή MW. Kάντε κλικ στο 'Browse all activities...'. Κάντε κλικ στο 'Protein Structure'. Aποστολή σας είναι να έχετε μεταφράσει το περιεχόμενο των σελίδων 1-9, σε αρχείο Word (Τimes New Roman, μέγεθος 12, διάστιχο 1,5, στοίχιση πλήρης), οι οποίες θα μοιραστούν στις ομάδες ως εξής: Σελίδες 1, 2 - ΑminoQuest, Σελίδες 3,4 - ChemEquilibria, Σελίδες 5, 6, 7 - CureDevelopers, και Σελίδες 8, 9 - Nostrelia.

Για να πάρετε το 2ο Badge πρέπει να γίνουν τα εξής:

Όσο πιο πιστή και ακριβής μετάφραση του κειμένου.

Εμπρόθεσμη αποστολή της πρώτα στο email μου, και έπειτα κατόπιν έγκρισής μου, την αναρτάτε στο padlet (Τελική ημερομηνία παράδοσης: Κυριακή 6 Δεκεμβρίου).

Αρχείο κειμένου με μια περίληψη του περιεχόμενου των σελίδων που μεταφράσατε (150 - 200 λέξεις), όπου να εξηγείτε το βασικό θέμα που θέλει να τονίσει η καθεμιά από τις σελίδες που ανέλαβε η ομάδα σας!

Εύχομαι στις ομάδες καλή επιτυχία!

# data[].attributes.headline
ΟΜΟΙΟΠΟΛΙΚΟΙ ΔΕΣΜΟΙ

# data[].attributes.subject
ΟΜΟΙΟΠΟΛΙΚΟΙ ΔΕΣΜΟΙ

# data[].attributes.body
Εργασία της ομάδας ChemEquilibria.

# data[].attributes.body
Εργασία των μαθητών της ομάδας AminoQuest.

# data[].attributes.headline
ΥΔΡΟΦΟΒΕΣ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ

# data[].attributes.subject
ΥΔΡΟΦΟΒΕΣ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ

# data[].attributes.body
Εργασία των μαθητών της ομάδας NoStrelia

# data[].attributes.headline
ΔΕΣΜΟΙ ΥΔΡΟΓΟΝΟΥ 

# data[].attributes.subject
ΔΕΣΜΟΙ ΥΔΡΟΓΟΝΟΥ 

# data[].attributes.body
Εργασία των μαθητών της ομάδας Cure Developers

# data[].attributes.headline
2η Συνάντηση

# data[].attributes.subject
2η Συνάντηση

# data[].attributes.body
Μας απασχόλησαν τα εξής θέματα:

Ορισμός Ομάδων

Άτομο ομάδας που θα φέρνει μαζί του το laptop σε κάθε μάθημα.

Downloading offline έκδοσης λογισμικού Molecular Workbench.

Ανάθεση εργασίας για αλληλεπιδράσεις που σταθεροποιούν τη δομή των πρωτεϊνών.

Για την επόμενη φορά, πρέπει να έχουν διευθετηθεί τα εξής:

Εγγραφή κάθε ομάδας στο padlet 'Foldit Project'.

Ονομασία ομάδας.

Επιτυχής εγκατάσταση λογισμικού MW.

Παρουσίαση εργασιών ομάδων στην τάξη για αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών (Τελική ημερομηνία παράδοσης: Κυριακή 29 Νοεμβρίου).

# data[].attributes.attachment_link.title
Download and Install | Molecular Workbench

# data[].attributes.attachment_link.description
Download and install Molecular Workbench to use its visual, interactive computational experiments for teaching and learning science.

# data[].attributes.headline
1η Συνάντηση

# data[].attributes.subject
1η Συνάντηση

# data[].attributes.body
Τι ακριβώς είναι το Foldit Project; Πώς είναι δυνατόν να βοηθήσουμε τους ερευνητές στον σχεδιασμό ενός αποτελεσματικού φαρμάκου για την αντιμετώπιση κάποιας σοβαρής ασθένειας, απλώς και μόνο παίζοντας στον ηλεκτρονικό μας υπολογιστή; Το παρακάτω video clip κάνει μια εισαγωγή στο project που θα μας απασχολήσει όλο το χρόνο.

# data[].attributes.attachment_link.title
Folding@home - Fighting disease with a world wide distributed super computer.

# data[].attributes.attachment_link.description
The journey started in the year 2000, at Stanford University. The Pande Lab, directed by professor Vijay Pande, founded the Folding@home project. Ever since, the team has been researching protein folding, computational drug design and other types of molecular dynamics.