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El mal manejo que se viene presentando de años atrás, por parte de los agricultores locales, por esta razón el suelo pierde nutrientes, entres otras.
Está sometido a toda clase de amenazas, entre las cuales se cuentan las derivadas del cambio climático y la mala calidad ambiental.

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De los 114 millones de hectáreas de suelo nacional, cerca de 22 millones tienen vocación productiva agrícola, pero solo cinco millones son utilizadas para este fin, con el agravante de que la mayor parte de estos últimos no tiene las condiciones necesarias para dicha producción.
Para la actividad ganadera el país dispone, además, de 15 millones de hectáreas, pero se utilizan cerca de 35 millones.

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El 40 por ciento del territorio tiene algún grado de erosión, causada por prácticas inadecuadas que desembocan en la pérdida de nutrientes

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Este fenómeno está presente en la cordillera que comprende desde Santander hasta Nariño, la cual es más propensa a la erosión y está siendo afectada por exceso de actividad agrícola, quema de vegetación y deterioro de la diversidad.

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La minería también influye de manera importante en el deterioro del suelo, porque elimina la capa fértil y extrae los recursos del subsuelo.
la tala deja expuestos los suelos a las lluvias, que arrastran gran cantidad de material terrestre hacia los cursos de agua, causando de paso la sedimentación de los ríos

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Por estas y mas razonas se esta llevado acabo el Plan nacional de restauración, el cual trabaja sobre tres frentes (Restauración Ecológica, Rehabilitación y Recuperación de Áreas Degradadas).

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1. Restauración ecológica:

Las acciones de este frente darán como resultado un ecosistema autosostenible, garantizando la conservación de las especies y los bienes y servicios. En este caso el ecosistema debe regresar a una condición similar a como se encontraba antes de la degradación.

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2. Rehabilitación

Los sistemas rehabilitados deben ser autosostenibles, preservar algunas especies y prestar algunos servicios ecosistémicos. No es necesario recuperar la composición original.

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3. Recuperación o reclamación:

Generalmente los ecosistemas resultantes no son autosostenibles y no se parecen al sistema antes de su afectación.