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En 1810 con la invasión francesa se inicia la destrucción del conjunto formado durante los tres siglos anteriores. La proximidad del ejército francés obliga a los monjes a abandonar el monasterio para refugiarse en Cádiz, y cuando regresan lo encuentran desolado y saqueado, con desperfectos importantes, incluso en las edificaciones, destinadas a alojamiento de tropas.

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Restaurado y vuelto a su función y uso original, actualmente se encuentra en buen estado de conservación, hoy es Bien de Interés Cultural y al parecer declarado Monumento Nacional en el año 1856, cuando entonces no serían ni una docena los edificios que habían alcanzado ese rango hasta esa fecha en todo el país.

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El interior de la iglesia, gótico, es de una sola nave cubierta con bóveda de crucería estrellada. Se comenzó en 1478 y fue concluida en 1534, «decorándose» en el siglo XVIII con yeserías barrocas que impiden apreciar la nave en su estado original e igualmente se pintaron las bóvedas con un fondo azul estrellado como símbolo de la bóveda celeste.

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Su impulso se debe a Álvaro Obertos de Valeto, caballero jerezano de ascendencia genovesa instalado en la ciudad como defensor de la plaza recién reconquistada a los musulmanes por el rey Alfonso X El Sabio en el año 1264, quien, al no tener descendencia destina sus bienes al establecimiento en la ciudad de la Orden Cartujana.