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Una de las más conocidas e implacables y quizá la más temprana es la originada por el emperador Nerón, en torno al cual se originó la leyenda de su autoría del incendio que acabó con varios barrios de la ciudad de Roma. El historiador Cornelio Tácito escribió a principios del siglo II que ante el rumor popular de que el incendio se había originado por orden superior, halló en los cristianos los chivos expiatorios que en principio satisficieron la ira del pueblo. Fueron cruelmente reprimidos, según los Anales de Tácito. Suetonio, otro escritor prominente de principios del siglo II corrobora la versión, señalando que entre las obras públicas de Nerón se contaba «persiguió a los cristianos». Esta sería una de las razones que habrán llevado a cristianos como Pedro o Pablo a la muerte en Roma, de lo que hablan escritores cristianos de los primeros siglos como Clemente I.

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Otro emperador que se recuerda por su crueldad con los cristianos fue Domiciano, entre los años 81 y 96. Entre los numerosos cristianos martirizados durante esta persecución estaban Simeón, obispo de Jerusalén, que fue crucificado. Flavia, hija de un senador romano, fue asimismo desterrada al Ponto; y se dictó una ley diciendo: «Que ningún cristiano, una vez traído ante un tribunal, quede exento de castigo sin que renuncie a su religión».

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Entre 109 y 111 dC, Plinio el Joven fue enviado por el emperador Trajano (98-117) a la provincia de Bitinia como gobernador. Durante su mandato, Plinio encuentra a los cristianos, y escribe al emperador sobre ellos. El gobernador indicó que había ordenado la ejecución de varios cristianos. Sin embargo, no estaba seguro de qué hacer con aquellos que dijeron que ya no eran cristianos, y pidió consejo a Trajano. El emperador respondió que los cristianos no deben ser buscados y que las acusaciones anónimas deben ser rechazadas como una muestra «indigna de nuestra época», y si se retractan y «adoran a nuestros dioses», deben ser liberados. Los que persistan, sin embargo, deben ser castigados.

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Parte del problema que los cristianos tuvieron durante esta época, fue mayormente provocada por el populacho, que saqueó a las comunidades cristianas de Asia Menor fundadas por el Apóstol Pablo. Sin embargo, la condena de Marco Aurelio al cristianismo, tuvo repercusiones tan conocidas como la condena a muerte de Justino, que ocurrió durante esta época. La Persecución de Lyon, que fue precedida por la violencia colectiva incluyendo asaltos, robos y lapidaciones (Eusebio, Historia eclesiástica 5.1.7), provocó la aniquilación de la floreciente cristiandad de esta ciudad (según se dijo, por ateísmo e inmoralidad). Otros cristianos conocidos fueron torturados y martirizados en este momento, como Potino o Blandina

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Otro emperador bajo quien los cristianos sufrieron fue Septimio Severo, que gobernó desde el 193-211. Durante su reinado, Clemente de Alejandría dejó escrito: «Muchos mártires son quemados a diario, confinados o decapitados, ante nuestros ojos».

Septimio Severo usó la persecución como pretexto para atribuir a los cristianos la pestey el hambre que asolaban el imperio; en esta persecución, especialmente violenta, sufrieron martirio Santa Cecilia y su esposo Valeriano y tuvo lugar el famoso episodio de la Legión fulminante.

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La persecución de Decio arrojó numerosos eremitas a los bosques; entre sus mártires se encuentra el papa San Fabián y Santa Águeda; el célebre Orígenes sufrió tales tormentos que murió después a consecuencia de ellos. La persecución de los cristianos se extendió a todo el Imperio durante el reinado de Decio y marcó de forma duradera a la iglesia cristiana.

En enero de 250, Decio publicó un edicto por el que se requería que todos los ciudadanos hicieran un sacrificio para mayor gloria del emperador en la presencia de un oficial romano y así obtener un certificado (Libellus) que demostrara que lo habían hecho. En general, la opinión pública condenaba la violencia del gobierno y se admiraba de la resistencia pasiva de los mártires con lo que el movimiento cristiano se fortaleció. La persecución de Decio cesó en 251, pocos meses antes de su muerte.

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Bajo el reinado de Valeriano, que subió al trono en 253, todos los clérigos cristianos fueron obligados a sacrificar a los dioses romanos. En un edicto de 257, el castigo fue el exilio, en 258, el castigo era la muerte. Senadores cristianos, caballeros y damas fueron también obligados a sacrificar, bajo pena de fuertes multas, reducción de rango y, más tarde, la muerte. Por último, se prohibió a todos los cristianos visitar sus cementerios. Entre los ejecutados por Valeriano se encuentran: San Cipriano, obispo de Cartago, y Sixto II, obispo de Roma. Según una carta escrita por Dionisio durante este tiempo, «hombres y mujeres, jóvenes y ancianos, doncellas y matronas, soldados y civiles, de toda edad y raza, algunos por la flagelación y el fuego, otros por la espada, han conquistado en la lucha y ganado sus coronas». La persecución terminó con la captura de Valeriano por Persia. Su hijo y sucesor Galieno, revocó los edictos de su padre.

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La persecución de Diocleciano fue la más grave, pues este quiso reformar el imperio en todos los aspectos y una parte muy esencial de su política era reforzar el culto imperial. Fue instigado a ella por los césares Maximiano y Galerio; hasta ciudades enteras cristianas fueron arrasadas. Fue tan larga esta persecución que fue llamada la Era de los mártires, y entre los más célebres se cuentan varios papas, San Sebastián, San Pancracio y Santa Inés.

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Juliano el Apóstata fue el último emperador pagano del Imperio romano. Se crio en un momento en que el paganismo estaba en declive, en Roma. Al ser proclamado augusto en el año 361, Juliano de inmediato declaró su fe a los antiguos dioses romanos y buscó provocar un renacimiento pagano. Sin embargo, fue asesinado en Persia en el año 363 y su intento de restaurar el paganismo finalmente fracasó.
Juliano utilizó muchos métodos para romper sutilmente la Iglesia. Recordó a los obispos que habían sido desterrados por las enseñanzas heréticas, el clero fue despojado de su derecho a viajar por cuenta del Estado (como lo habían hecho anteriormente) y prohibió a los cristianos enseñar obras clásicas tales como la Ilíada o la Odisea. Juliano fue sustituido por el emperador cristiano Joviano.La persecución de Constantino, siglo II mediados del siglo II, las turbas estaban predispuestas a tirar piedras a los cristianos. La Persecución de Lyon fue precedida por la violencia colectiva, incluyendo asaltos, robos y lapidaciones Además hubo persecuciones de forma inconexa hasta el siglo III, aunque la Apologética de Tertuliano de 197 fue escrita ostensiblemente en defensa de los cristianos perseguidos y dirigida a los gobernadores romanos. El edicto de Septimio Severo, familiar en la historia del cristianismo es puesto en duda por algunos historiadores seculares por conocerse fuera del martirologio cristiano.