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A obra "Historia Animallium", escrita pelo filósofo grego Aristóteles no século IV a. C., é considerada a mais antiga sobre taxonomia zoológica. Nessa obra, ele classificou os organismos observados de forma dicotômica, porém, não apresentou uma classificação única e sistematizada. Além da classificação dicotômica, o livro introduziu quatro conceitos-chave: gênero, espécie, differentia e essência. Na época em que Aristóteles introduziu esses termos, "gênero" significava qualquer agrupamento, enquanto "espécie" referia-se aos membros desse agrupamento. O termo "differentia" ainda é utilizado na taxonomia com o mesmo significado, referindo-se às características que diferenciam membros de uma classe em relação à outra. Já a expressão "essência", embora tenha sido introduzida por Aristóteles, é atribuída a Platão e consiste em uma série de atributos necessários para que uma determinada classe seja considerada como tal. Atualmente, os termos "gênero", "espécie" e "differentia" ainda são importantes na taxonomia, enquanto que "essência" entrou em desuso por ser incompatível com a biologia evolutiva.

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Há mais de 2200 anos, o filósofo grego Aristóteles classificou os organismos de forma dicotômica, mas não apresentou uma classificação sistemática. Somente no século XVIII, o sueco Carl von Linné, também conhecido como Lineu, impulsionou o uso do sistema de nomenclatura binomial, que é utilizado até os dias atuais na taxonomia. Embora não tenha sido o pioneiro da nomenclatura binomial, Lineu empregou o sistema de forma consistente em suas mais de 70 publicações, que descreveram mais de 7.700 plantas e 4.400 espécies de animais. Sua obra mais conhecida e importante é o Systema Naturae (1758), que abordava a descrição de espécies utilizando o sistema binomial e mostrava a ambição de Lineu em descrever todas as espécies do mundo. Embora tenha sido criada no contexto da lógica de um Criador, a Systema Naturae é relevante para a taxonomia e é considerada o marco inicial da nomenclatura zoológica. É importante destacar que, embora tenha sido herdada de Lineu, a nomenclatura binomial foi significativamente modificada para sua aplicação atual.

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No começo do século XIX, a maioria dos trabalhos taxonômicos ainda considerava as espécies como entidades imutáveis e eternas. Os estudiosos da época, conhecidos como essencialistas, acreditavam que cada espécie tinha uma essência particular que a definia. Eles afirmavam que as variações encontradas entre os indivíduos eram apenas imperfeições do modelo ideal etéreo.

No entanto, Charles Darwin e Alfred Wallace, trabalhando independentemente um do outro, passaram a interpretar essas "imperfeições" como evidências de que as espécies não eram entidades fixas, mas sim mudavam ao longo do tempo através do processo evolutivo. Nesse contexto, a variação intraespecífica, anteriormente vista como "imperfeição", passou a ser vista como uma condição fundamental para definir uma espécie.

As contribuições de Darwin e Wallace impactaram a taxonomia em dois pontos: (1) entender que as semelhanças entre as espécies se deviam à ancestralidade comum e (2) compreender que as variações intraespecíficas são essenciais para a evolução acontecer. Apesar da teoria darwinista, a taxonomia tipológica e essencialista ainda persistiu por cerca de um século após a publicação de "A Origem das Espécies" (1859).

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Durante as décadas de 1940 e 1950, surgiu o movimento da Síntese Evolutiva Moderna, que se propôs a consolidar o pensamento evolutivo populacional na biologia, unindo a Genética Mendeliana à teoria da Seleção Natural. Foi somente após esse período que a ideia de que as espécies são entidades dinâmicas e variáveis passou a ser amplamente aceita na taxonomia. Dentre os principais autores desse movimento, destacam-se Ernst Mayr (1904-2005), Theodosius Dobzhansky (1900-1975) e George Simpson (1787-1860).

Na década de 1960, a taxonomia foi fortemente influenciada pelos trabalhos do entomólogo e biólogo alemão Willi Hennig (1913-1976), o que também contribuiu para o desenvolvimento da Sistemática Filogenética.

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Willi Hennig, um entomólogo e biólogo alemão, propôs que grupos naturais de seres vivos deveriam ser definidos com base em características apomórficas, ou seja, características derivadas. Ele argumentou que esses grupos, chamados de monofiléticos, possuem um ancestral comum exclusivo e constituem os únicos táxons admissíveis em classificações biológicas. As ideias de Hennig foram influenciadas pelas observações de naturalistas como Aristóteles, Carlos Lineu, Darwin e Wallace, bem como pelas descobertas científicas ao longo dos séculos.

Com base em princípios, procedimentos e regras, Hennig construiu um sistema de classificação dos seres vivos. Aprender sobre a taxonomia e a classificação dos organismos na história é importante para compreender a sua importância, bem como os termos, métodos e práticas utilizados atualmente, e o seu desenvolvimento e progresso.