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Francisco Hernández de Toledo, nombrado protomédico de la Nueva España, realiza estudios extensivos de la flora y fauna locales.

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Hernández de Toledo lleva a cabo una expedición por orden del rey Felipe II de España para documentar la naturaleza de Nueva España, resultando en la obra "Historia Natural de Nueva España".

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Durante este siglo, se consolidan los herbarios y se inicia la clasificación y catalogación de las plantas de México, aunque muchos trabajos permanecen inéditos o se publican de manera limitada.

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Inicio de la Real Expedición Botánica a Nueva España por Martín de Sessé y José Mariano Mociño, recopilando miles de especímenes y dibujos.

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Finalización de la Expedición Botánica. Aunque la publicación de sus hallazgos fue interrumpida, sus colecciones fueron fundamentales para estudios posteriores.

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Publicación de "Florae Mexicanae" por Sessé y Mociño, aunque post-mortem, se considera un documento histórico crucial para la botánica mexicana.

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Fundación del Instituto Médico Nacional, que impulsó investigaciones en botánica médica y la creación de un herbario nacional.

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Fundación de la Sociedad Botánica de México, que ha jugado un rol crucial en el desarrollo de la botánica en el país.

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Establecimiento del Instituto de Biología de la UNAM, marcando un hito en la investigación botánica institucional en México.

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Publicación de "Flora de Veracruz", un proyecto liderado por Faustino Miranda, que es un referente en la botánica mexicana.

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Avances en la conservación de la biodiversidad con la creación de reservas de la biosfera y áreas protegidas.

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Implementación de proyectos de digitalización de herbarios y bases de datos en línea, como el Sistema de Información sobre Biodiversidad de México (SNIB).

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La UNAM inicia el proyecto "Flora del Bajío y de regiones adyacentes", continuando la tradición de estudiar y catalogar la flora mexicana.

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Aumento de las iniciativas de conservación y reforestación frente al cambio climático. Proyectos de restauración ecológica y de jardines botánicos se vuelven prioritarios para la conservación de especies endémicas y amenazadas.

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La integración de tecnologías como la genómica, teledetección, y modelos computacionales en estudios botánicos.

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Enfasis en estudios de impacto del cambio climático en la biodiversidad vegetal.

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Proyectos colaborativos internacionales enfocados en la conservación de la biodiversidad y el uso sustentable de recursos vegetales.