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Entre las especies de mamíferos en peligro de extinción están el tapir, venado cola blanca, puma o león de montaña y el jaguar.

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rana dorada del valle de Antón.

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El habitad de la tortuga carey esta en Bocas del Toro en costas del mar caribe. También la tortuga baula esta desapareciendo.

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En las selvas de Darién se encuentra el águila arpía. En las tierras altas de Chiriquí se observa el quetzal. Las guacamayas también debido a la caza furtiva y la deforestación.

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Una de las plantas mas amenazadas es flor Espíritu Santo debido al trafico ilegal. Tres arboles explotados comercialmente por su madera son cocobolo, la caoba y la pinotea.