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Descartes optará por una interpretación distinta del método. Comparte la idea de que la naturaleza es una realidad dinámica con estructura matemática. Comparte también la necesidad de la existencia del método dado el fracaso de los métodos anteriores en el conocimiento de la verdad. Pero tiene una interpretación distinta del significado de las matemáticas. Para Descartes el éxito de las matemáticas radica en el método que utiliza. Y ese método es un método deductivo. Si el conocimiento de la naturaleza es posible gracias a las matemáticas es pensable que utilizando el método que utiliza las matemáticas se pueda alcanzar la verdad y la certeza en el conocimiento de los otros aspectos de la realidad

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Las matemáticas le sirvieron de paradigma o modelo en la búsqueda de unas primeras verdades absolutamente ciertas que le sirvieran de apoyo en la reconstrucción del edificio de la ciencia y la filosofía.
La objetividad de la matemática debe matizarse puesto que las verdades matemáticas dependen de la voluntad del Creador: si la suma de los tres ángulos de un triángulo suman dos rectos no es porque no podía ser de otro modo sino porque Dios lo ha querido así.

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Descartes duda de todo aquello de lo que sea posible dudar sin excepción. “Aquello de lo que sea posible dudar” es una expresión lo suficientemente general para recoger todo aquello de lo que dude.

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Descartes se refiere con esta palabra a todo contenido mental, a todo lo que se encuentra en la mente. En las “Meditaciones Metafísicas” nos dice que por “pensar” entiende “todo lo que se produce en nosotros de tal suerte que lo percibimos inmediatamente por nosotros mismos; por esto, no sólo entender, querer, imaginar sino también sentir es la misma cosa aquí que pensar”. De todas estas vivencias cabe tener una percepción inmediata, por lo que tienen en común, utilizando nuestro lenguaje, la consciencia, el ser consciente o poder serlo. Todos los “pensamientos” –vivencias diríamos nosotros– tienen la peculiaridad de resistir los embates de la duda.

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Por un lado, en el transcurso de la duda, Descartes se da cuenta de que no puede dudar de que está dudando, puesto dudar de que se duda es dudar, así que sabe con toda seguridad que duda. Ahora bien, dado que dudar es pensar, entonces no puedo dudar que pienso. El hecho de que pienso, indica la existencia de un ser pensante, pues los pensamientos necesitan este soporte. Así que Descartes llega a esta verdad cierta: puesto que hay pensamiento, hay una cosa que piensa.
En efecto, va desde el acto de pensar a la existencia de una cosa que piensa, porque es a partir de este acto que se deduce la existencia de la cosa que piensa.

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Las ideas consecuencia del influjo del mundo exterior sobre nuestros sentidos. Son las ideas (las sensaciones, imágenes y conceptos), que pueden explicarse a partir de la experiencia perceptible que tenemos del mundo. Son, por lo tanto, las ideas que dan lugar al conocimiento empírico.

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Aquellas ideas desde la consecuencia del poder de nuestra imaginación. Las construye la mente a partir de otras ideas.

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Descartes consideró que hay principios innatos o verdades eternas, por ejemplo en lógica y en física. Las proposiciones  “cosas que son iguales a una misma cosa, son iguales entre sí”, o “de la nada nada sale”  son principios de este tipo.
Tenemos verdades que se presentan como universales, luego estas no pueden descansar en la experiencia sino en la naturaleza de la propia razón.
Cuando Descartes se refiere a lo innato en nuestra mente quiere indicar que la experiencia empírica o percepción no puede justificar ciertos contenidos mentales, y que si los tenemos es porque descansan en la propia naturaleza de nuestra mente. Hay en nosotros una potencialidad innata por la cual conocemos a Dios; la idea de Dios es innata en el sentido de que es producida por una capacidad natural de la mente, es innata de una manera potencial, no actual.
Nuestras ideas claras y distintas de las naturalezas simples son innatas, y también lo es nuestro conocimiento de los principios universales y ciertos, y las leyes de la física.

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Para Descartes, Dios existe por tres argumentos. En primer lugar Descartes dice que, si nosotros somos seres imperfectos pero en nuestro interior tenemos la idea de un ser perfecto, esta idea tiene que haber sido inculcada por alguien. Este alguien es Dios y la idea de perfección es la huella que nos deja por habernos creado. En segundo lugar, Descartes parte de la base de la causa de nuestra existencia como tal, si Dios no nos ha creado, ¿quién lo ha hecho? Para Descartes la respuesta es sencilla, si yo no me he podido crear a mi mismo ya que soy imperfecto y si me hubiera creado yo mismo sería un ser perfecto; si no puedo existir en un tiempo infinito; y mis padres solo son la causa de mis atributos físicos, solo queda Dios como causa de mi existencia. Y por último, Descartes afirma que la misma idea de perfección implica la existencia.

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Las máximas que establece la moral provisional de Descartes:
1) Es conveniente obedecer las leyes y costumbres y hábitos del país donde se vive, así como también conservar la tradición religiosa y tener en cuenta los caminos más moderados en todos los sentidos de la conducta.
2) Se debe ser firme y tener decisión en los actos y seguir también firmemente las opiniones más dudosas como sean verdaderas.
3) Es preferible cambiar siempre nuestros propios deseos antes que el orden del mundo ya que nada está en nuestra mano tanto como nuestros pensamientos.
Descartes plantea que es de suma importancia cultivar las cualidades de la razón así como aprender conociendo nuevas costumbres y pluralidad de opiniones e intentar llegar a un conocimiento verdadero y cierto a partir de la aplicación de su método