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Son ecosistemas donde la comunidad biológica incluye poblaciones humanas densas junto con infraestructura ampliamente desarrollada (calles, casas, edificios, calles, drenajes, etc.) que han desplazado a las comunidades y ecosistemas preexistentes. En los ecosistemas urbanos la composición y estructura del paisaje está regida por decisiones de los seres humanos.

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En sentido horizontal, incluye a la zona nerítica, ubicada sobre la plataforma continental y cuya profundidad máxima es de 200 metros; y a la zona oceánica, que se extiende desde el borde la plataforma continental hacia mar afuera. Algunos autores limitan la zona pelágica a la región oceánica, excluyendo así a la zona nerítica.

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Comunidad marina de aguas poco profundas cercanas a la costa, dominada por comunidades coralinas y estructuras rocosas, con una gran diversidad de especies de algas, invertebrados y peces. Pueden ser coralinos, rocosos, mixtos y artificiales. Los arrecifes están cercanamente ligados con otros ecosistemas, ya que estas grandes estructuras coralinas o rocosas, cambian la dirección y velocidad de las corrientes marinas y ayudan en el establecimiento de otros ecosistemas costeros como manglares y pastos marinos. Existen los arrecifes coralinos, rocosos y artificiales.

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Los ríos y arroyos son sistemas de agua con movimiento constante unidireccional sobre la superficie terrestre. Se reabastecen de agua con la precipitación y los escurrimientos superficiales, los mantos freáticos y el deshielo de las altas montañas. Forman parte del ciclo hidrológico. Por su parte, los lagos y lagunas (incluyendo presas y bordos) son sistemas con poco movimiento que se abastecen de arroyos, ríos y mantos freáticos.

México cuenta con cerca de dos millones de kilómetros cuadrados de superficie terrestre y dentro de ellos alberga 320 cuencas hidrográficas, 50 ríos principales, numerosos tributarios, riachuelos y arroyos permanentes o intermitentes, además de los ecosistemas lénticos (humedales, lagos y lagunas)

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Los manglares son una formación vegetal leñosa, densa, arbórea o arbustiva de 1 a 30 metros de altura, compuesta de una o varias especies de mangle y con poca presencia de especies herbáceas y enredaderas.

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Los sistemas insulares son superficies naturales de tierra, rodeadas de agua y a nivel del mar.  Son fragmentos de hábitat natural con especies y comunidades propias que  se han establecido, adaptado y evolucionado.
Estos cuerpos insulares son de gran importancia por su riqueza de especies y endemismos.

Dependiendo su origen, existen diferentes tipos de islas:

Islas continentales: se encuentran conectadas al continente por medio de la plataforma continental.

Islas volcánicas: se forman por actividad volcánica del fondo oceánico.

Islas coralinas: se forman  por la acumulación de esqueletos de corales primitivos que fueron creciendo de plataformas submarinas no muy profundas hasta la superficie.

Islas sedimentarias: se forman  por la acumulación de arena, grava y lodo, arrastrado por las corrientes de los ríos. Los sedimentos son depositados poco a poco formando extensiones de tierra.

La gran diversidad de organismos que existe en las islas, se debe a los diferentes ecosistemas que se encuentran en ellas y que son utilizados como zonas de alimentación, anidación y reproducción de distintas especies.

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La franja intermareal, o línea de costa, es el único lugar que se encuentra sometido al ritmo diario de las mareas. Esta zona queda completamente sin agua en mareas bajas (zona supralitoral) y totalmente sumergida en periodo de mareas altas (zona infralitoral). Dentro de la franja litoral, encontramos costas rocosas y costas arenosas:

Costas rocosas: están conformadas por diferentes tipos de rocas y formas estructurales, el clima y el oleaje son los encargados de que este tipo de costas tengan formas muy variables (empinadas, suaves, irregulares, regulares, estables e inestables).

Costas arenosas: a este tipo de costas, también se les conoce como playas arenosas, están consideradas como las más ampliamente distribuidas a lo largo de las costas mexicanas. Las playas de arena, se constituyen por una acumulación de sedimentos de origen mineral o de origen biológico, la longitud de esta es muy variable ya que pueden tener desde algunos pocos metros y hasta kilómetros.

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Son comunidades vegetales donde predominan los pastos con pocos árboles y arbustos. Pueden ser producto del desmonte de terrenos boscosos pero aquí nos referimos a los naturales. En las sabanas pueden existir árboles pero son escasos y muy dispersos.

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Son las comunidades vegetales más exuberantes del país, están formadas por árboles de hasta 30 m o más de alto, de muy diversas especies y que conservan su follaje todo el año. Además abundan las lianas, epífitas y palmas. Algunos árboles tienen troncos rectos con raíces tubulares con contrafuertes. La mayoría de los árboles tienen hojas grandes y duras. Se distribuyen en climas cálidos y húmedos. Son ecosistemas muy complejos con alta variación de especies de un lugar a otro.

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Son comunidades dominadas por árboles altos mayormente pinos y encinos acompañados por otras varias especies habitan en zonas montañosas con clima templado a frío. México contiene el 50% (50 especies) de especies de pinos del mundo y cerca del 33% (200 especies) de encinos. Se estima que los bosques templados contienen cerca de 7,000 especies de plantas. A pesar de que la mezcla de especies puede variar entre uno o varios pinos y algunos encinos, son comunidades siempre verdes. Existen otras variantes donde dominan algunas otras coníferas, como los bosques de oyamel, los de ayarín o pinabete y otros.

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Bosque muy variable en composición de especies pero con estructura y clima muy similares. Está dominado por árboles en varios estratos, con abundancia de helechos y epífitas. El follaje del 50% de sus especies de árboles se pierde durante alguna época del año. Comparten lluvias frecuentes, nubosidad, neblina y humedad atmosférica altas durante todo el año. Estos bosques han funcionado como refugios para especies durante los cambios climáticos de los últimos miles de años.

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Comunidades vegetales dominadas por arbustos de altura inferior a 4 m. Son propias de climas secos con lluvias escasas y zonas frágiles que favorecen la desertificación. En realidad son el grupo más diverso de comunidades vegetales. La composición de especies cambia con la región. Existen variantes de matorrales dependiendo del grupo de especies más abundante. En algunos predominan plantas suculentas y con hojas gruesas, en otros las plantas tienen hojas muy pequeñas o las pierden, o tienen espinas, lo cual les da aspecto diferente, por ejemplo, los matorrales de Tamaulipas tienen aspecto diferente a los de Coahuila y a su vez a los de Baja California y así sucesivamente.