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PCR

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"PCR del DNA" Esta cancion fue hecha para la clase de Genetica enla Universidad de Puerto Rico Recinto Universitario de Mayaguez (CAAM, RUM, UPRM, Colegio). La letra es original pero es inspirada en la cancion de Jesse y Joy "Espacio Sideral"

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https://www.youtube.com/watch?v=AJXfpaaC5eU

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Homenaje a los 80

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PCR UGR

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Aislamiento de DNA plasmídico y PCR

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Más extracciones caseras

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Procedimiento y análisis del experimento: Extracción del ADN de un plátano

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Extracción casera de ADN de células vegetales para hacer en el IES

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Aplicaciones

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PCR Fundamentos y aplicaciones Virología Médica Víctor Hugo Jiménez Mendoza  REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) 1985 - Mullis & Falloona Amplificación enzimática de un fragmento de DNA (simulando una replicación natural del DNA "in vitro") Síntesis de ácidos nucleicos: generalidades  La hebra nueva de DNA o RNA se sintetiza en dirección 5' 3' Las RNA polimerasas pueden iniciar la síntesis de una cadena nueva utilizando una hebra molde Las DNA polimerasas además de la hebra molde, necesitan un iniciador (primer o cebador de extensión) La Transcriptasa Reversa es una DNA polimerasa RNA-dependiente.    Basta un primer Cadena líder (Leading Strand) Primer (riboNTPs) Fragmento de Okasaki Cadena rezagada (Lagging Strand) LA SINTESIS DE LOS ACIDOS NUCLEICOS ES SIEMPRE DE 5´→ 3´. Eventos en la Replicación del DNA: *Apertura de las cadenas (orígen de replicación) *Colocación de los iniciadores (primers de RNA) ( La cadena líder utilizará un solo iniciador mientras que las cadenas rezagadas utilizarán varios iniciadores de RNA.) *Síntesis de cadenas de DNA (partiendo de los iniciadores) *Eliminación de los iniciadores de RNA. *Unión de los fragmentos de DNA (por la enzima DNA ligasa) * ELEMENTOS QUE SE REQUIEREN EN LA SINTESIS DEL DNA POR PCR * Hebra Templado *Iniciador (cebador, primer): secuencia corta de nucleótidos complementaria a la hebra templado. La enzima DNA polimerasa sólo puede iniciar la síntesis de una cadena de DNA a partir de un 3'OH libre. * dNTPs : desoxirribonucleótidos tri-fosfatados * DNA Polimerasa Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 0 Tiempo DNA de cadena doble 3' 5' 5' 3' Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 0 Tiempo 3' 5' DNA de cadena simple Cal or 5' 3' Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 Melting o Extension 94 C Annealing 72 oC Primers 50 oC 0 Tiempo 3' 5' 5' Hibridación de primers 5' 5' 3' Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 Melting o Extension 94 C Annealing 72 oC Primers 50 oC 30 ciclos 0 Tiempo 3' 5' Cal or 5' 5' 5' 5' Calo r 3' Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 Melting o Extension 94 C Annealing 72 oC Primers 50 oC 30ciclos 0 Tiempo 3' 5' 5' 5' 5' 5' 5' 5' 5' 3' Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 Melting o Extension 94 C Annealing 72 oC Primers 50 oC 30ciclos 0 3' 5' 5' Tiempo 5' 5' 5' 3' Cal or 5' 5' Cal or 5' Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 Melting o Extension 94 C Annealing 72 oC Primers 50 oC 30ciclos 0 3' 5' 5' Tiempo 5' 5' 5' 5' 3' 5' 5' 5' 5' 5' 5' Temperatura PCR 100 Melting 94 oC 50 Melting o Extension 94 C Annealing 72 oC Primers 50 oC 30ciclos 0 3' 5' 5' Tiempo 5' 5' 5' 5' 3' 5' Fragmentos de tamaño definido 5' 5' 5' 5' 5' El numero de copias del DNA delimitado por los primers se duplica en cada ciclo de PCR. Numero de copias 1 2 4 8 16 32 64 0 1 # ciclos 2 3 4 5 6 VENTAJAS DE PCR SOBRE OTRAS TECNICAS  ALTA SENSIBILIDAD  ALTA ESPECIFICIDAD  RAPIDEZ DESVENTAJA: PROBLEMAS DE CONTAMINACION (a partir de trazas de DNA templado específico o productos amplificados previamente)      Detección de cantidades mínimas (diagnóstico tempranoen pacientes asintomáticos) Monitoreo de terapia (por ej. disminución de carga viral) Evaluación de terapia - pronostico de recaída Detección de cepas resistentes a antibióticos Detección temprana de Citomegalovirus y otros patógenos en pacientes con trasplante de órganos (por inmunosupresión y mayor riesgo a infecciones latentes)  MUESTRAS QUE PUEDEN SER EVALUADAS POR PCR *Sangre *Mucosa *Tejido *Orina *Heces PATOGENOS QUE PUEDEN SER DETECTADOS POR PCR - Bacterias - Hongos - Parásitos - Virus - Mutaciones en Genes genes - Ausencia /Deleción de *Líquido cefalorraquídeo Bibliografía  Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, Higuchi R, Horn GT, Mullis KB, et al.(1988) Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. Science 239: 487-491 Griffiths, J.F. A. et al. (2002). Genética. McGraw-Hill Interamericana. Coleman, WB y Tsongalis, GJ (2006). Molecular Diagnostics: For the Clinical Laboratorian. Humana Press Butler, JM (2005). Forensic DNA Typing: Biology, Technology, and Genetics of STR. Academic Press pgs 63-84         Gracias

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PCR Fundamentos y aplicaciones Virología Médica Víctor Hugo Jiménez Mendoza  REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) 1985 - Mullis & Falloona Amplificación enzimática de un fragmento de DNA (simulando una replicación natural del DNA "in vitro") Síntesis de ácidos nucleicos: generalidades  La hebra nueva de DNA o RNA se sintetiza en dirección 5' 3' Las RNA polimerasas pueden iniciar la síntesis de una cadena nueva utilizando una hebra molde Las DNA polimerasas además de la hebra molde, necesitan un iniciador (primer o cebador de extensión) La Transcriptasa Reversa es una DNA polimerasa RNA-dependiente.

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Rap de la PCR

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(also check www.sciencerapper.com and http://www.facebook.com/pages/The-Science-Rapper/152565021450787?v=wall) a rap about the Polymerase Chain Reaction that highlights a few things: *the beautiful way in which DNA is copied (using enzymes called Polymerases), *the great insight of Kary Mullis to create a useful tool that could copy DNA in monumental, exponential manner (using primers and heating/cooling cycles).