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También conocida como PCR Convencional o Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR, Polymerase Chain Reaction), amplifica una secuencia de ADN mediante ciclos repetidos de separación de cadenas y replicación del ADN.

Con la PCR cada ADN recién sintetizado se convierte en una molécula molde para generar más, creando así una reacción en cadena que genera copias de ADN de manera exponencial.

La PCR de punto final permite controlar y detectar los fragmentos de ADN de interés. (1)

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Análisis y manipulación de DNA

Construcción de plantas y animales transgénicos

Ciencia forense

Diagnóstico médico

Terapia génica

Análisis ambiental

Actualmente, una aplicación principal de la PCR de punto final es amplificar DNA específico para secuenciar, clonar y usar en distintas técnicas de biología molecular. (1)

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1. Termociclador

2. Muestra de ADN o plantilla

3. Cebadores o primers - se utilizan dos:

Primer power

Primer reverse

4. dNPTs

5. Enzima - Taq Polimeras
6. Mix Buffer
7. MgCl2
8. Agua libre de nucleasas
9. Vial o tubo donde se mezclara todo
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La especificidad es la capacidad que tiene la PCR para identificar microorganismos con alta certeza, pues los cebadores bien diseñados se unirán únicamente a la secuencia de DNA buscada.
Se encuentra directamente influenciada por los diversos componentes que integran la técnica, debe presumirse que una PCR aun altamente específica puede producir errores (8).

Se trata de la prueba diagnóstica más específica disponible por el momento con una especificidad de casi el 100% (9).
Dentro de los factores que pueden afectar este porcentaje se encuentran los dNTPs,  iones divalentes y monovalentes,  solución tampón, primers, ADN molde, agua, el régimen de reciclaje y la ADN polimerasa (10).

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A pesar de su alta especificidad, la PCR suele tener una sensibilidad con un menor porcentaje soliendo tener una sensibilidad del 85-90% (9). La sensibilidad de la PCR estándar es evidenciada durante la amplificación, se usa una porción baja de material genético y después de 20 a 40 ciclos se observa la presencia o no de la secuencia buscada (8).

Existen diversas causas por las que se puede inhibir una reacción de PCR provocando resultados falsos negativos:

1.  Sustancias inhibidoras de la PCR

Sustancias de origen biológico: Sales biliares y  polisacáridos complejos de las heces, colágeno de tejidos animales, grupo hem, heparina, etc.

Sustancias químicas: Fenol, SDS, fijadores a base de mercurio,  formaldehido, etc.

2. Degradación de ácidos nucleicos

La principal causa de degradación de los ácidos nucleicos es la presencia de nucleasas (ADNasas y ARNasas) provenientes de tejidos/organismos contaminantes, así como esporas de bacterias y hongos, fluidos corporales y las células muertas de las propias manos del operador de la técnica (11).

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A. Presenta aplicaciones en todos los campos de la biotecnología y la biología molecular (5)
B. Su diseño operativo es muy flexible, pues permite detectar de forma tanto cuantitativa como cualitativa el ácido nucleico (6)

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La enzima más utilizada en las pruebas de PCR, la Taq polimeraza, no tiene actividad correctora y por tanto puede presentar errores al momento de copiar la secuencia de ADN (7). Fuera de esto, no hay muchas desventajas aparentes o graves sobre la PCR de punto final.

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La fidelidad, junto con otros como la especificidad y el rendimiento, se han demostrado que se encuentran influenciadas por los diversos componentes que presenta la técnica. Estos incluyen:
1- La mezcla de la reacción
2-El régimen de ciclaje
3-La ADN polimerasa (4)

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Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR): Conceptos Básicos

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Ejemplo de una eficiencia del 100% (cada ciclo representa el doble de material que el ciclo anterior)

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Es la capacidad de la técnica para duplicar el ADN  en cada ciclo, expresada en porcentaje.
La idea principal de optimizar una técnica es reducir el tiempo y costo de trabajo sin poner en riesgo la especificidad o la sensibilidad de la prueba.
Se pueden variar los diferentes compuestos empleados durante la reacción o modificar las condiciones de temperatura y tiempo en el termociclador para optimizarla.
Un ejemplo de esto es la formulación de primers específicos, que logren amplificar de la mejor manera el producto esperado.
Al igual que los componentes de la mezcla, el equipo utilizado también juega un papel muy importante en el proceso. El uso de termocicladores más avanzados que requieren un menor volumen de reacción permite reducir el tiempo de amplificación e incluso analizar un mayor número de muestras de manera simultánea (12).

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11. Fernández Ordenes J, Ulloa Urrutia S. Recomendaciones para laboratorios que realizan la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR): Áreas y flujos de trabajo. Instituto de Salud Pública de Chile [Internet]. 2017 [Consultado 22 Feb 2022]. Disponible en: https://www.ispch.cl/sites/default/files/Recomendaciones%20para%20lab.%20que%20realizan%20la%20t%C3%A9cnica%20de%20PCR%20%C3%A1reas%20y%20flujos%20v1.pdf

12. Leza Leza MT. Optimización de la técnica de PCR Punto Final y Tiempo Real para la detección de Salmonella enterica subsp. enterica serotipo Gallinarum en aislamientos bacterianos y tejidos biológicos obtenidos a partir de aves de corral. [Internet] 2020 [Consultado 22 Feb 2022]. Disponible en:

https://repositorio.una.ac.cr/bitstream/handle/11056/18879/TrabajoFinalPasantia_MakaylaLeza2020.pdf?sequence=1&isAllowed=y

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8. Sanchez Feijóo D, Andrade Tacuri C, Cuenca León K, Orellana Bravo P. Sensibilidad y especificidad de pruebas moleculares en odontología. Rev ADM [Internet]. 2021 [Consultado 22 Feb 2022]; 78 (2): 90-94. Disponible en:

https://www.medigraphic.com/pdfs/adm/od-2021/od212e.pdf

9. Langa LS, Sallent LV, Díez SR. Interpretación de las pruebas diagnósticas de la COVID-19. FMC [Internet]. 2021 [Consultado 22 Feb 2022]; 28(3):167-173. Disponible en:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7984870/

10. Bolivar AM, Rojas A, Garcia-Lugo P. PCR y PCR-Múltiple: parámetros críticos y protocolo de estandarización. Rev Avan Biomed [Internet]. 2014 [Consultado 22 Feb 2022]; 3(1): 25-33. Disponible en:

https://biblat.unam.mx/hevila/Avancesenbiomedicina/2014/vol3/no1/4.pdf

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4. María A, Investigaciones B, Jesús P"., Rangel M, Mérida ". Ffb-Ula, Bolivar AM, et al. PCR y PCR-Múltiple: parámetros críticos y protocolo de estandarización (PCR and PCR-Multiplex: critical parameters and standardization protocol) [Internet]. Unirioja.es. [citado el 21 de febrero de 2022]. Disponible en: https://dialnet.unirioja.es/descarga/articulo/4796903.pdf

5. Cliento C. ¿Qué es la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR punto final)? [Internet]. Blog | Biogenetix-Lab. 2020 [citado el 21 de febrero de 2022]. Disponible en: https://www.biogenetixlab.com/blog/que-es-pcr-reaccion-cadena-polimerasa/
6. PCR en tiempo real - Facultad de Química [Internet]. Facultad de Química. 2016 [citado el 21 de febrero de 2022]. Disponible en: https://quimica.unam.mx/investigacion/servicios-para-la-investigacion/usaii/pcr-en-tiempo-real/

7. Serrato Díaz A, Flores L, Aportela Cortez J, Palacios ES. PCR: reacción en cadena de la polimerasa [Internet]. Gob.mx. [citado el 21 de febrero de 2022]. Disponible en: http://www2.inecc.gob.mx/publicaciones2/libros/710/pcr.pdf

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1. BiogenetiX Lab. biogenetixlab.com. [Online].; 2020 [cited 2022 Febrerp 19. Disponible en: https://www.biogenetixlab.com/blog/que-es-pcr-reaccion-cadena-polimerasa/.
2. IDEA EAD. PCR Convencional.; 2020 [cited 2022 Febrero 19. Disponible en: https://www.youtube.com/watch?v=v5qM1wdKI94.
3. Casas BO..; 2020 [cited 2022 Febrero 19. Disponible en: https://www.youtube.com/watch?v=mslMRgxbdOA.