# data[].attributes.attachment_caption
Seleção das sequências homólogas representativas obtidas através da ferramenta nBlast para o gene SERPINB7.

# data[].attributes.body
Inserindo o ID referente ao gene SERPINB7, NG_034150.1, na ferramenta BLASTn foi possível obter as respetivas sequências homólogas, mostrando-se na imagem somente algumas delas.

A partir deste resultado foram escolhidas sequências de diversos organismos que apresentavam os seguintes parâmetros: E-Value = 0.0 e Query Cover entre 60% e 100%. No caso, são as que se encontram selecionadas.

# data[].attributes.body
Realizando o Alignment das sequências selecionadas observa-se, a vermelho (score >= 200), uma elevada similaridade relativamente à query de procura. As zonas a preto (score < 40) indicam uma menor similaridade, enquanto que as lacunas indicam divergências, sendo esses gaps introduzidos a fim de otimizar o alinhamento. Essas zonas são consideradas de menor importância biológica.

Posto isto, verifica-se que as primeiras quatro sequências apresentam elevado score por toda a extensão, apresentando, por isso, elevada similaridade relativamente à query de procura. As restantes sequências, ainda que apresentem cada vez mais divergências, apresentam muitas zonas de elevada homologia.

Com este resultado pode constatar-se que as sequências são homólogas ao gene SERPINB7 do Homo Sapiens e que, por esse motivo, deverão apresentar funções biológicas similares.

# data[].attributes.attachment_caption
Informações gerais a cerca da proteína Serpin B7 retiradas do UniProt.

# data[].attributes.body
Nome: Serpin B7;

Gene correspondente: SERPINB7;

UniProt ID: O75635;

Taxonomy identifier: 9606;

Organismo: Homo sapiens (Ser humano);

Número de aminoácidos: 380 aa;

Localização: Citoplasma.

# data[].attributes.attachment_caption
Informações gerais a cerca da proteína Delta-Sarcoglycan retiradas do UniProt.

# data[].attributes.body
Nome: Delta-sarcoglycan;

Gene correspondente: SGCD;

UniProt ID: Q92629;

Taxonomy identifier: 9606;

Organismo: Homo sapiens (Ser humano);

Número de aminoácidos: 289 aa;

Localização: Citoplasma (citoesqueleto).

# data[].attributes.body
A Análise Filogenética é resultante de semelhanças e diferenças que são produto da evolução. Assim, a análise filogenética de um conjunto de sequências é a determinação de como cada sequência pode ter sido derivada ao longo do processo de evolução natural.

A Árvore Filogenética sugere as relações de proximidade entre sequências onde uma proximidade na arvore sugere proximidade evolutiva e por sua vez sequências mais homólogas.

A árvore filogenética associada a cada gene pode ser obtido através da ferramenta BLAST ou através do Clustal.

# data[].attributes.attachment_caption
Informação à cerca da expressão da proteína Serpin B7 obtida pelo Human Protein Atlas.

# data[].attributes.body
A figura a cima representa os resultados obtidos pelo banco de dados Human Protein Atlas para a proteína Serpin B7.

Através da análise da figura é possível tirar as seguintes conclusões:

Expressão em Tecidos:

O gene SERPIN B7 tem níveis mais altos de expressão em tecidos como o tecido linfóide e a pele em comparação com outros tecidos.

Expressão em Tipos Celulares:

O gene SERPIN B7 é expresso em algumas células como células respiratórias basais, células ductais, ionócitos, trofoblastos extravilhosos e club cells.

Nota: Club cells são um tipo de célula que se encontra nas vias aéreas do sistema respiratório, especialmente nos bronquíolos terminais e respiratórios, que são as porções mais distais e profundas dos pulmões.

Especificidade do Gene:

O gene não foi detetado no cérebro humano. Este está principalmente associado à cornificação da pele.

Nota: A "cornificação da pele" é o processo no qual as células da camada mais externa da pele, a epiderme, se transformam em células mortas e queratinizadas, formando uma barreira protetora contra danos externos. Isto sugere que a função ou regulação desse gene pode estar intimamente relacionada aos processos envolvidos na diferenciação e na formação da camada córnea da pele.

Classificação de Tipo Celular do Tecido:

É ainda possível concluir que as células uroteliais da próstata têm uma expressão enriquecida deste gene.

Em suma, a deteção da Serpin B7 nos tecidos mencionados, principalmente na pele, está de acordo com as suas funções biológicas e sugere o um envolvimento na regulação da resposta imune e na manutenção da integridade tecidual, especialmente na pele.

# data[].attributes.attachment_caption
Informação à cerca da expressão da proteína Delta-Sarcoglycan obtida pelo Human Protein Atlas.

# data[].attributes.body
A figura a cima representa os resultados obtidos pelo banco de dados Human Protein Atlas para a proteína Delta-Sarcoglycan.

Através da análise da figura é possível tirar as seguintes conclusões:

Expressão em Tecidos:

A proteína é expressa de forma aumentada no músculo cardíaco, músculo esquelético e língua, não havendo especificidade regional significativa no cérebro humano.

Especificidade Celular:

Especificidade Celular Única: Alguns tipos celulares mostram uma expressão aumentada, como células precursoras de oligodendrócitos, astrócitos, neurônios excitatórios, oligodendrócitos, neurônios inibitórios, cardiomiócitos e microglia.

Classificação Celular do Tecido: Alguns tecidos têm uma enriquecida expressão celular de certos tipos de células, como estreladas hepáticas no fígado, fibroblastos no pâncreas e próstata, e fibroblastos na pele.

Expressão Celular em Cluster:

Cluster de Expressão Celular: Não há um cluster de expressão celular específico, o que sugere uma função variada, com destaque para a presença em células precursoras de oligodendrócitos, cuja função específica ainda é desconhecida.

Nota: Os oligodendrócitos são um tipo de célula glial no sistema nervoso central (SNC) dos vertebrados. Sua principal função é produzir e manter a bainha de mielina, uma estrutura isolante que envolve os axônios dos neurônios no SNC.

Em suma, a proteína Delta-Sarcoglycan pode desempenhar papéis específicos nos tecidos onde é expressa, especialmente nas funções musculares do coração e do esqueleto, bem como na língua. Tal está de acordo com as funções desta proteína.

# data[].attributes.attachment_caption
Árvore filogenética do tipo Fast Minimum Evolution obtidas para as sequências de DNA homólogas ao gene SERPINB7.

# data[].attributes.body
A partir da Figura, verifica-se que a espécie que apresenta menor similaridade é Rhesus Macaque, por estar no ramo mais afastado.

# data[].attributes.body
O Alinhamento Múltiplo de sequências biológicas permite representar e estudar a evolução das mesmas ao longo do tempo. Através do alinhamento é possível verificar as semelhanças existentes entre as sequências, podendo estas ser de proteínas, DNA ou RNA, mostrando-se um processo crucial para uma correta análise filogenética [13].

As regiões conservadas estão associadas a funções importantes para a atividade biológica das proteínas. Por seu lado, as discrepâncias podem indicar divergências funcionais.

# data[].attributes.body
Beatriz Alvadia, PG53691

Daniela Longras, PG53755

Lia Madurago, PG53633

Margarida Maciel, PG53635

# data[].attributes.body
SERPINB7

SGCD

# data[].attributes.attachment_caption
Seleção das sequências homólogas representativas obtidas através da ferramenta pBlast para o gene SERPINB7.

# data[].attributes.body
Inserindo a sequência referente à principal proteína codificada pelo gene SERPINB7, Serpin B7, na ferramenta BLASTp foi possível obter as respetivas sequências homólogas, apresentando-se apenas algumas na imagem.

A partir desse resultado foram escolhidas sequências de diversos organismos, aumentando a diversidade do estudo, selecionando-se apenas uma sequência para cada espécie.

De salientar que foram tidos em conta os seguintes parâmetros: E-Value = 0.0, Query Cover = 100% e Percent Identity entre 95% e 100%.

# data[].attributes.attachment_caption
Localização da proteína Delta-Sarcoglycan nas células.

# data[].attributes.body
A proteína Delta-SG encontra-se no citoplasma, mais precisamente no citoesqueleto (zona a azul).

# data[].attributes.attachment_caption
Lista de funções da proteína Delta-Sarcoglycan fornecida pelo UniProt.

# data[].attributes.body
Para analisar as funções da proteína, recorreu-se à base de dados Uniprot, podendo assim, listar as seguintes funções:

Homeostase do Íon Cálcio

Sinalização Mediada por Cálcio

Contração de Células Musculares Cardíacas

Desenvolvimento de Células Musculares Cardíacas

Desenvolvimento de Tecido Muscular Cardíaco

Morfogênese da Vasculatura Coronariana (desenvolvimento e a formação dos vasos sanguíneos)

Contração Cardíaca

Desenvolvimento de Órgãos Musculares

Localização de Complexos Contendo Proteínas

# data[].attributes.attachment_caption
Sequência de aminoácidos da proteína Delta-Sarcoglycan em formato FASTA fornecida pelo UniProt.

# data[].attributes.body
A fim de se obter a sua posição celular, é necessário conhecer a sequência de aminoácidos da proteína obtida a partir do gene. Para isso, recorreu-se à base de dados da UniProt, onde se obteve o ficheiro em formato fasta que se pode observar na imagem.

# data[].attributes.attachment_caption
Resultados obtidos relativos à posição celular da proteína Delta-Sarcoglycan recorrendo à ferramenta DeepTMHMM.

# data[].attributes.body
A partir da sequência de amonoácidos pode-se recolher informação relativamente à sua posição celular, recorrendo à ferramenta DeepTMHMM. Na figura podem observar-se os resultados obtidos.

Através da análise dos gráficos e de informações adicionais da ferramenta pode concluir-se que:

A proteína apresenta uma secção que atravessa a membrana uma vez "Number of predicted TMRs: 1", começando na posição 34 e terminando na posição 56 da sequência de aminoácidos.

A região 1 a 33 foi classificada como "inside", podendo assim concluir-se, que essa zona da proteína está localizada dentro da célula

A região 57 a 289 foi classificada como "outside" indicandoque essa zona da proteína está localizada fora da célula.

Número de aminoácidos a estarem fora da membrana celular varia entre 57 e 289.

Estas conclusões estão semelhantes aos dados que se encontram no UniProt, sendo que a única diferença reside no número de aminoácidos classificados como interiores, ( o UniProt define os aminoácidos interiores do 1 a 35).

# data[].attributes.attachment_caption
Resultados obtidos recorrendo WoLF PSORT relativamente à localização sub-celular da Delta-Sarcoglycan.

# data[].attributes.body
Recorrendo ao WoLF PSORT (uma ferramenta que prevê a localização sub-celular das proteínas) pode concluir-se que a localização com maior probabilidade é o plasma ou a membrana celular por ter score elevado no plas (plasma). Tal resultado está de acordo com o esperado na literatura.

É importante referir que existe probabilidade da proteína poder ser encontrada no ambiente extracelular uma vez que este obteve um score de 6.

Para uma melhor compreensão dos resultados obtidos é útil referir o seguinte:

plas (plasma): Indica que a proteína pode ser encontrada no plasma celular, a porção líquida do citoplasma onde várias atividades celulares ocorrem.

extr (extracellular): Sugere que a proteína também pode ser encontrada no ambiente extracelular, fora da célula.

cyto (citosol): Indica presença no citosol, a parte líquida do citoplasma dentro da célula.

nucl (núcleo): Indica presença no núcleo celular, onde o material genético está contido.

E.R. (endoplasmic reticulum): Sugere presença no retículo endoplasmático, um sistema de membranas no citoplasma envolvido na síntese de proteínas e na modulação do metabolismo celular.

pero (peroxisome): Indica presença nos peroxissomas, organelas celulares envolvidas no metabolismo de lipídios e na desintoxicação celular.

# data[].attributes.attachment_caption
Estrutura da proteína Delta-Sarcoglycan retirada do UniProt.

# data[].attributes.body
Para averiguar a cerca da estrutura da proteína usaram-se as ferramentas UniProt e o NetSurf. A estrutura da proteína Delta Sarcoglycan não está disponível na PDB.

Pela análise da imagem é possível perceber que a proteína apresenta uma organização espacial que apresenta folhas-β e 1 hélice-α, conferindo-lhe, assim, uma estrutura secundária.

# data[].attributes.attachment_caption
Árvore filogenética do tipo Fast Minimum Evolution referentes às sequências proteicas homólogas para a proteína codificada pelo gene SERPINB7.

# data[].attributes.body
Pode-se dizer que, por observação da Figura, em termos taxonómicos pode se concluir que a espécie Homo sapiens (espécie da origem da sequência a comparar) tem um ancestral comum com a espécies Mus musculus, o que significa que as suas respetivas sequências são bastante semelhantes. Também se pode observar que o ancestral comum destas espécies tem proximidade evolutiva com o ancestral comum entre outras espécies como Gallus gallus, Dromaius novaehollandiae, entre outros.

# data[].attributes.body
O NCBI, Nacional Center for Biotechnology Information, faz parte da Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA. Trata-se de um repositório biomédico que contem e disponibiliza uma extensa quantidade de bases de dados biológicos, possibilitando o acesso a sequências genéticas, acesso a ferramentas bioinformáticas e, ainda se estende, a bases de dados direcionadas a doenças. Trata-se, por isso, de um recurso crucial para a área da medicina e da biologia.

# data[].attributes.attachment_caption
Localização da proteína Serpin B7 nas células.

# data[].attributes.body
A proteína Serpin B7 encontra-se no citoplasma (zona a azul).

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Lista de funções da proteína Serpin B7 fornecida pelo Ensembl.

# data[].attributes.body
Para analisar as funções da proteína, recorreu-se à base de dados Ensembl, podendo assim, listar as seguintes funções:

Regulação negativa da atividade da peptidase;

Regulação negativa da atividade da endopeptidase;

Regulação positiva da produção do fator de crescimento transformador beta 1;

Regulação positiva do processo biosintético de colagénio;

Regulação positiva da proliferação de células mesangiais glomerulares;

Regulação positiva da produção do fator de crescimento derivado de plaquetas.

# data[].attributes.body
Através do NCBI, acedeu-se a informação genética referente aos dois genes de interesse e, a partir daí, foi possível analisar e compreender melhor estes genes e a sua influência no ser humano.

Posto isto, desenvolveu-se uma script recorrendo ao Jupyter Notebook e, nele, começou-se por acessar ao NCBI através do módulo Entrez fornecido pela biblioteca Biopython.

Através do Entrez.esearch pôde-se acessar ao identificador específico de acesso ao GenBank para cada um dos genes, fazendo-se por encontrar, especificamente, os IDs associados a cada um dos genes em Homo Sapiens, ou seja, em humanos.

De seguida, através do Entrez.efetch e importando o objeto SeqIO, conseguiu-se aceder às anotações, features e qualifiers de cada gene.

# data[].attributes.body
Analisando os ID's obtidos, pôde constatar-se que o identificador único de acesso ao GenBank referente ao gene SERPINB7 é 'NG_034150.1' e o referente ao gene SGDC é 'NG_008693.2'.

Verificou-se que ambos os genes pertencem ao organismo Homo Sapiens. São ambos moléculas de DNA, encontrando-se o gene SerpinB7 no cromossoma 18 e o gene SGCD no cromossoma 5.

Analisando as features, foi possível ficar a par da sua localização, dos seus tipos e dos respetivos qualifiers. Os genes apresentam número de features semelhantes, inclusive, ambos apresentam apenas uma feature do tipo gene, não se verificando uma maior variedade de funções genéticas por nenhum dos genes em específico.

Pela feature do tipo CDS, foi possível ficar a par das proteínas que cada gene codifica, constatando-se que a proteína codificada pela sequência CDS do gene SERPINB7 é denominada de serpin B7 isoform 1. Já a proteína codificada pela sequência CDS do gene SGCD é denominada delta-sarcoglycan isoform 1. Tal resultado vai ao encontro da literatura.

# data[].attributes.body
GitHub

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Sequência de aminoácidos da proteína Serpin B7 em formato FASTA fornecida pelo UniProt.

# data[].attributes.body
A fim de se obter a sua posição celular, é necessário conhecer a sequência de aminoácidos da proteína obtida a partir do gene. Para isso, recorreu-se à base de dados da UniProt, onde se obteve o ficheiro em formato fasta que se pode observar na imagem.

# data[].attributes.attachment_caption
Resultados obtidos relativos à posição celular da proteína Serpin B7 recorrendo à ferramenta DeepTMHMM.

# data[].attributes.body
A partir da sequência de amonoácidos pode-se recolher informação relativamente à sua posição celular, recorrendo à ferramenta DeepTMHMM. Na figura podem observar-se os resultados obtidos.

Através da análise dos gráficos e de informações adicionais da ferramenta pode concluir-se que:

O número de hélices transmembranares é de 0;

Número de aminoácidos a estarem fora da membrana celular varia entre 1 e 380.

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Resultados obtidos recorrendo WoLF PSORT relativamente à localização sub-celular da Serpin B7.

# data[].attributes.body
Recorrendo ao WoLF PSORT (uma ferramenta que prevê a localização sub-celular das proteínas) pode concluir-se que a localização com maior probabilidade é o citoplasma por ter scores elevados no plas (plasma) e no cyto (citosol). Tal resultado está de acordo com o esperado na literatura.

É importante referir que existe probabilidade da proteína poder ser encontrada no ambiente extracelular uma vez que este obteve um score de 8.

Para uma melhor compreensão dos resultados obtidos é útil referir o seguinte:

plas (plasma): Indica que a proteína pode ser encontrada no plasma celular, a porção líquida do citoplasma onde várias atividades celulares ocorrem.

extr (extracellular): Sugere que a proteína também pode ser encontrada no ambiente extracelular, fora da célula.

cyto (citosol): Indica presença no citosol, a parte líquida do citoplasma dentro da célula.

nucl (núcleo): Indica presença no núcleo celular, onde o material genético está contido.

E.R. (endoplasmic reticulum): Sugere presença no retículo endoplasmático, um sistema de membranas no citoplasma envolvido na síntese de proteínas e na modulação do metabolismo celular.

pero (peroxisome): Indica presença nos peroxissomas, organelas celulares envolvidas no metabolismo de lipídios e na desintoxicação celular.

# data[].attributes.body
As proteínas são macromoléculas que resultam da união de sequências de aminoácidos. A sua estrutura tridimensional é fundamental para suas propriedades e função específica.

Existem 4 níveis estruturais principais nas proteínas: as estruturas primária, secundária, terciária e quaternária.

A estrutura 3D da proteína pode ser estudada recorrendo à base de dados UniProt ou, alternativamente, podem ser usadas ferramentas que ajudam a prever a sua estrutura, tais como a base de dados SMR (SWISS-MODEL Repository) e a PDB (Protein Data Bank).

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Estrutura da proteína Serpin B7 retirada do Swiss Model Repository.

# data[].attributes.body
Em pesquisa notou-se uma falta de informações detalhadas sobre a estrutura tridimensional específica da Serpin B7 na literatura ou em bancos de dados devido à relativa falta de estudos detalhados da mesma em comparação com outras serpinas. No entanto, usaram-se as ferramentas UniProt e o SMR para retirar informações. A estrutura da proteína Serpin B7 não está disponível na PDB.

Pela análise da imagem é possível perceber que a proteína apresenta uma organização espacial que alterna entre folhas-β e hélices-α, conferindo-lhe, assim, uma estrutura secundária.

# data[].attributes.body
1. Região de Folha Beta Expandida: Esta região consiste em folhas beta expandidas que formam a maior parte da estrutura dobrada da serpina. Essa região é crucial para a função inibidora da serpina, onde ela interage com proteases alvo.

2. Região de Hélice Alfa: Há regiões de hélice alfa conectadas às folhas beta por loops estruturais. Essas hélices e loops são importantes para a estabilidade e a conformação da estrutura da serpina.

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Árvore filogenética do tipo Neighbor Joining obtidas para as sequências de DNA homólogas ao gene SERPINB7.

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Estrutura 2D da proteína Delta-Sarcoglycan fornecida pela ferramenta NetSurfP 3.0.

# data[].attributes.body
O NetSurfP 3.0 é um servidor que se destina a prever a acessibilidade superficial e a estrutura secundária dos aminoácidos em uma sequência de aminoácidos. Para isso, bastou fornecer ao servidor o ficheiro em formato fasta.

Através da análise dos resultados obtidos pelo servidor (imagem a cima) pode observar-se de uma forma bastante explícita a estrutura da proteína. Esta apresenta folhas-β e 1 hélice-α, tal como espectável. Para além disto é ainda interessante observar que este servidor faz uma aproximação de onde podem estar essas estruturas.

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Estrutura 2D da proteína Serpin B7 fornecida pela ferramenta NetSurfP 3.0.

# data[].attributes.body
O NetSurfP 3.0 é um servidor que se destina a prever a acessibilidade superficial e a estrutura secundária dos aminoácidos em uma sequência de aminoácidos. Para isso, bastou fornecer ao servidor o ficheiro em formato fasta.

Através da análise dos resultados obtidos pelo servidor (imagem a cima) pode observar-se de uma forma bastante explícita a estrutura da proteína. Esta apresenta folhas-β e hélices-α ao longo de toda a proteína.

# data[].attributes.body
A modificação pós-traducional das proteínas consiste no processo de adição de grupos químicos específicos a proteínas, como glicosilação, fosforilação, hidroxilação e metilação. Essas modificações desempenham papéis cruciais na regulação da função, localização e interações das proteínas dentro das células.

Para a análise destes processos foi usada plataforma DTU Health Tech .

# data[].attributes.body
A glicosilação é um processo biológico no qual grupos de açúcares são adicionados a proteínas ou outros compostos bioquímicos. Essa modificação pós-traducional desempenha papéis importantes em várias funções celulares e processos fisiológicos. Existem diferentes tipos de glicosilação, sendo a N-glicosilação um dos principais.

# data[].attributes.body
As variantes de genes podem acontecer espontaneamente ou como consequência de estímulos externos (radiação, fármacos, vírus, etc.). Algumas variantes são reparadas por mecanismos celulares, outras não o são e podem ser transmitidas aquando da replicação da célula, causando alterações ao fenótipo.

# data[].attributes.attachment_caption
Locais de possível ocorrência de N-glicosilação na proteína Serpin B7 obtidos pelo NetNGlyc - 1.0.

# data[].attributes.body
Para localizar uma N-glicosilação recorre-se à ferramenta NetNGlyc - 1.0, obtendo-se os resultados observados na imagem a cima.

Nota:

As sequências Asn-Xaa-Ser/Thr na saída de sequência estão destacadas em azul.

As asparaginas previstas para serem N-glicosiladas estão destacadas em vermelho.

Os resultados sugerem que as posições 68, 88 e 215 na sequência da proteína têm potencial para glicosilação N-linked, enquanto a posição 148 é menos provável de ser glicosilada com base na pontuação e na concordância entre os métodos de análise (informação dada pelos sinais + ou -).

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Gráfico de barras representando o potencial de ocorrência de N-glicosilação de cada aminoácido da proteína Serpin B7.

# data[].attributes.body
Este gráfico permite visualizar melhor a informação anteriormente referida.

É importante referir que na posição 88 há alguma probabilidade de ocorrência de N-glicosilação, mas uma vez que o seu potencial não está nem a cima nem a baixo do threshold há algumas dúvidas.

# data[].attributes.attachment_caption
Variantes associadas aos genes SERPINB7 e SGCD.

# data[].attributes.body
De modo a ter acesso às variantes conhecidas do gene terá de ser feita a análise de bases de dados adequadas como, por exemplo na OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man).

Na imagem podem ver-se as tabelas encontradas na base de dados mencionada com as variações dos genes SERPINB7 e SGCD conhecidas, bem como o fenótipo associado.

# data[].attributes.attachment_caption
Locais de possível ocorrência de N-glicosilação na proteína Delta-Sarcoglycan obtidos pelo NetNGlyc - 1.0.

# data[].attributes.body
Para localizar uma N-glicosilação recorre-se à ferramenta NetNGlyc - 1.0, obtendo-se os resultados observados na imagem a cima.

Nota:

As sequências Asn-Xaa-Ser/Thr na saída de sequência estão destacadas em azul.

As asparaginas previstas para serem N-glicosiladas estão destacadas em vermelho.

Esses resultados sugerem que as posições 60 e 108 na sequência da proteína têm potencial para glicosilação N-linked, enquanto a posição 284 é menos provável de ser glicosilada com base na pontuação e na concordância entre os métodos de análise (informação dada pelos sinais + ou -).

# data[].attributes.attachment_caption
Gráfico de barras representando o potencial de ocorrência de N-glicosilação de cada aminoácido da proteína Delta-Sarcoglycan.

# data[].attributes.body
Este gráfico permite visualizar melhor a informação anteriormente referida.

# data[].attributes.body
Como pode ser observado nas tabelas, o efeito das variantes do gene SERPINB7 tende a ser a ceratoderma palmoplantar, uma doença na qual a epiderme da pele das plantas dos pés e palmas das mãos fica mais espessa, geralmente evidente no nascimento ou nos primeiros anos de vida.

# data[].attributes.attachment_caption
Lista de possíveis locais de O-glicosilação contendo as suas posições na sequência e os scores de confiança das previsões para a proteína Delta-Sarcoglycan.

# data[].attributes.body
Relativamente à O-glicosilação, esta pode ser obtida recorrendo-se ao NetOGlyc 4.0 Server onde se pode verificar a existência de zonas com uma afirmação positiva de ocorrência de O-glicosilação. A figura a cima representa os resultados obtidos do NetOGlyc 4.0 Server. Através da análise da figura pode concluir-se que os locais onde existe um elevado potencial de ocorrência de O-glicosilação são os aminoácidos da posição 249 e 253, que apresentam uns scores de 0.526496 e 0.507739, respetivamente.

# data[].attributes.attachment_caption
Lista de possíveis locais de O-glicosilação contendo as suas posições na sequência e os scores de confiança das previsões para a proteína Serpin B7.

# data[].attributes.body
Relativamente à O-glicosilação, esta pode ser obtida recorrendo-se ao NetOGlyc 4.0 Server onde se pode verificar a existência de zonas com uma afirmação positiva de ocorrência de O-glicosilação. A figura a cima representa os resultados obtidos do NetOGlyc 4.0 Server. Através da análise da figura pode concluir-se que os locais onde existe um elevado potencial de ocorrência de O-glicosilação são os aminoácidos da posição 62 e 183, que apresentam uns secores de 0.609059 e 0.541827, respetivamente.

# data[].attributes.attachment_caption
Gráfico de barras representando o potencial de ocorrência de fosforilação dos aminoácidos serina, treonina e tirosina da proteína Delta-Sarcoglycan.

# data[].attributes.body
Tal como na proteína Serpin B7 foi analisada a fosforilação da proteína Delta-SG através do NetPhos 3.1 Server.

A imagem a cima sumariza os resultados obtidos do estudo e indica que existem várias algumas zonas onde é possível que ocorra a fosforilação.

# data[].attributes.body
As variantes do gene SGCD levam, segundo a base de dados OMIM, a distrofia muscular de membros e cintura ou cardiomopatia dilatada.

Distrofia muscular - causa a fraqueza e o desgaste dos músculos dos braços e pernas, mais especificamente, ombros, braços, região pélvica e coxas.

Cardiomopatia dilatada - as câmaras do coração vão ficando mais amplas e cada vez mais fracas, perdendo a habilidade de contrair. Eventualmente, o coração vai deixar de conseguir bombear a quantidade de sangue habitual. Isto faz com que o sangue volte para os pulmões e se acumule, o que traz consequências graves para o paciente.

Para além disso foram encontradas outras patologias numa segunda base de dados (Kegg), nomeadamente:

Cardiomiopatia hipertrófica: doença na qual as paredes dos ventrículos se tornam espessas e rígidas.

Cardiomiopatia arritmogénica do ventrículo direito: afeta principalmente o ventrículo direito, causando ritmo cardíaco acelerado e risco aumentado de morte súbita.

# data[].attributes.body
O processo de fosforilação é uma modificação pós-traducional em que grupos fosfato são adicionados a resíduos de aminoácidos em proteínas. A adição de grupos fosfato é realizada por enzimas chamadas quinases, e a remoção é realizada por enzimas chamadas fosfatases.

Os aminoácidos mais comumente fosforilados são a serina, treonina e tirosina.

# data[].attributes.attachment_caption
Gráfico de barras representando o potencial de ocorrência de fosforilação dos aminoácidos serina, treonina e tirosina da proteína Serpin B7.

# data[].attributes.body
A fosforilação pode ser analisada usando-se o NetPhos 3.1 Server. Na figura a cima podem ser observado o gráfico que sumariza os resultados obtidos neste estudo. Assim, os valores que se encontram a cima do threshold de 0.5 representam zonas potenciais para que ocorra a fosforilação.

Desta forma, é possível concluir que existem diversas zonas desta proteína nas quais à uma elevada probabilidade de ocorrência de fosforilação.

# data[].attributes.body
Na base de dados da National Library of Medicine foi possível identificar o tipo de variante dos genes.

No gene SERPINB7 existem variantes por variação do número de repetições de determinado segmento, inserção, inversão, inserção de elementos móveis e translocação.

No gene SGCD a única variante registada pela base de dados é a variação do número de repetições, em diversos segmentos do gene.

# data[].attributes.body
A Regulação Genética refere-se ao controle dos processos celulares que influenciam a expressão dos genes num organismo. Isso envolve mecanismos complexos que determinam quando, onde e em que quantidade um gene específico será transcrito e traduzido para produzir uma proteína funcional. A regulação genética é essencial para garantir a homeostase e a resposta adaptativa dos organismos ao ambiente.

# data[].attributes.body
De forma a estudar os locais de expressão génica dos genes escolhidos foi usado o banco de dados Human Protein Atlas.

O Human Protein Atlas é um banco de dados que mapeia a expressão de proteínas em diferentes tecidos, órgãos e células do corpo humano. O seu objetivo principal é fornecer uma compreensão abrangente do proteoma humano, ou seja, o conjunto de todas as proteínas expressas pelo genoma humano, e como essas proteínas estão distribuídas e reguladas em diferentes contextos biológicos.

# data[].attributes.body
Um motif, também conhecido como motivo, refere-se à presença de um padrão compartilhado por diversas sequências, e essas sequências estão associadas a uma função biológica. Tais motifs podem ser identificados tanto em DNA quanto em proteínas.

Desta forma, a presença de domínios conservados sugere que essa região tem uma função conservada ao longo da evolução. Isto pode indicar que esse domínio desempenha um papel crítico na função geral da proteína ou do DNA.

As ferramentas usadas para descobrir os Motifs foram a CDD (Conserved Domains Database) e o GenomeNet Database.

# data[].attributes.body
As interações proteína-proteína são um fenômenos cruciais na biologia celular, onde as proteínas interagem umas com as outras para desempenhar uma variedade de funções essenciais dentro da célula. Essas interações podem ocorrer de várias formas e têm implicações significativas para processos celulares, sinalização intracelular, regulação gênica e resposta a estímulos ambientais.

A ferramenta usada para descobrir essas interações foi a String. Esta integra dados de interações conhecidas e previstas entre proteínas, oferecendo uma visão abrangente das redes de interação proteica.

# data[].attributes.body
Fast Minimum Evolution (FME) é um método utilizado na construção de árvores filogenéticas.

A abordagem FME visa criar árvores filogenéticas de forma eficiente, minimizando o número total de mudanças evolutivas ao longo das ramificações. O conceito de "Minimum Evolution" implica que a árvore proposta procura representar as relações evolutivas com o menor número possível de eventos de evolução, como por exemplo, mudanças em sequências genéticas.

Uma característica do FME é a sua eficiência computacional, ou seja, a capacidade de construir árvores filogenéticas de maneira rápida e eficaz, especialmente em grandes conjuntos de dados moleculares.

O comprimento dos ramos indica a quantidade de mudanças evolutivas necessárias para explicar as diferenças observadas nas sequências genéticas. Logo, ramos mais longos sugerem maior divergência ou evolução acumulada.

Os nós representam os pontos de divergência evolutiva. Nós que separam grupos de organismos indicam o último ancestral comum desses grupos.

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Os comprimentos dos ramos fornecem informações sobre a quantidade de mudanças evolutivas entre as sequências. Ramos mais longos indicam maior divergência evolutiva.

Os nós representam pontos de bifurcação onde divergências evolutivas ocorreram. A interpretação de nós pode ser associada a eventos evolutivos importantes, como a especiação.

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Genes regulados e que regulam o gene; isto dependerá do tipo de gene a analisar. Pode ser usada uma análise de literatura, mas que poderá ser complementado por bases de dados e ferramentas bioinformáticas (e.g. que guardam ou determinam relações proteína-proteina).

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Recorrendo à plataforma BLAST é possível encontrar os domínios proteicos conservados e as sequências homólogas de organismos. Selecionando as sequências mais representativas, pode realizar-se o seu alinhamento múltiplo recorrendo a uma das seguintes ferramentas: Clustal Omega, Muscle (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) ou COBALT (Constraint-Based Alignment Tool).

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Domínios conservados obtidos pela base de dados CDD relativamente à proteína Serpin B7.

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A figura acima representa os resultados obtidos pela base de dados CDD relativamente à proteína Serpin B7.

Pela análise da figura é possível verificar que não foi identificado nenhum domínio conservado.

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Domínios conservados obtidos pela base de dados CDD relativamente à proteína Delta-Sarcoglycan.

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A figura a cima representa os resultados obtidos pela base de dados CDD relativamente à proteína Delta-sarcoglycan.

Através da análise dos resultados é possível concluir que

o domínio conservado identificado é o Sarcoglycan_1.

É relevante destacar que a Delta-Sarcoglycan é uma proteína que faz parte do complexo da sarcoglicana.

O complexo da sarcoglicana é composto por várias subunidades, incluindo as sarcoglicanas beta, delta, gama e zeta. Essas proteínas desempenham um papel crucial na manutenção da integridade estrutural das células musculares.

Vale ressaltar que o complexo da sarcoglicana é parte integrante do complexo distrofina-glicoproteína (DGC), desempenhando um papel essencial na conexão do citoesqueleto intracelular, especificamente o F-actina, com a matriz extracelular.

Adicionalmente, o domínio conservado "Sarcoglycan_1", além de ser identificado na delta-sarcoglycan, possivelmente está presente noutras sarcoglicanas.

É também possível verificar que o domínio Sarcoglycan_1 está presente entre as posições 23 a 278 da sequência de aminoácidos da proteína.

Além disso, é importante referir que a significância estatística associada à identificação do domínio na sequência é de 8.96e-95, indicando uma alta confiança na sua deteção.

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Domínios conservados obtidos pela ferramenta GenomeNet Database relativamente à proteína Serpin B7.

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Através da ferramenta GenomeNet Database foi possível identificar um domínio conservado na proteína Serpin B7.

Os resultados fornecidos por esta base de dados encontram-se na figura acima.

Ao contrário do mostrado na ferramenta CDD , esta proteína apresenta um domínio conservado chamado "domínio de inibição de serpina" (presente em todas as serpinas) e representa quase toda a proteína estando presente entre os aminoácidos da posição 7 à 380. Tal facto também foi comprovado no alinhamento múltiplo.

A Serpin B7 é uma proteína da família das serpinas que estão envolvidas na regulação da atividade de proteases, desempenhando um papel importante no controle de processos como coagulação do sangue, inflamação e resposta imunológica.

É importante referir que a significância estatística associada à identificação do domínio na sequência é de 2,4e-119, indicando uma alta confiança na sua deteção.

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Domínios conservados obtidos pela ferramenta GenomeNet Database relativamente à proteína Delta-Sarcoglycan.

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A figura acima mostra os resultados obtidos pela GenomeNet Database relativamente à proteína Delta-Sarcoglycan.

Pela análise dos resultados é possível concluir que se encontram de acordo com o concluído através da ferramenta CDD, uma vez que foi identificado o domínio conservado referente à Sarcoglycan_1, nas posições 23-277.

A significância estatística associada à identificação deste domínio na sequência é de 3,7e-89, indicando uma alta confiança na sua deteção.

Para além deste foi ainda identificado um outro domínio "DUF2345" que não foi identificado pela ferramenta CDD, mas que por apresentar uma significância estatística baixa (0,0012) não é muito significativo.

Pode no entanto dizer-se que DUF significa "Domain of Unknown Function", ou seja, a função específica desse domínio ainda não foi completamente exclarecida. Sabe-se contudo, que é encontrado de forma conservada em muitas bactérias.

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Sequência de aminoácidos da proteína Delta-Sarcoglycan com o domínio conservado Sarcoglycan_1 realçado a vermelho.

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A figura acima indica a vermelho os aminoácidos que fazem parte do domínio conservado Sarcoglycan_1 da proteína Delta-Sarcoglycan.

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Resultado obtido pela ferramenta String para interações da proteína Serpin B7 com outras proteínas.

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Interações da proteína Serpin B7 com outras proteínas

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Interações da proteína Serpin B7 com outras proteínas

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Através da ferramenta String é possível analisar e visualizar as interações entre proteínas.

As proteínas são representadas como nós (nódulos), e as interações são representadas por linhas (arestas) entre os nós.

Os resultados da pesquisa para a Serpin B7 podem ser observados na figura a cima. Através da sua análise é possível perceber que a proteína Serpin B7 interage com várias proteínas sendo que com algumas delas existe uma relação de coexpressão.

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Resultado obtido pela ferramenta String para interações da proteína Delta-Sarcoglycan com outras proteínas.

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Interações da proteína Delta-sarcoglycan com outras proteínas

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Interações da proteína Delta-sarcoglycan com outras proteínas

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Através da ferramenta String é possível analisar e visualizar as interações entre proteínas.

As proteínas são representadas como nós (nódulos), e as interações são representadas por linhas (arestas) entre os nós.

A análise da figura a cima mostra que Delta-Sarcoglycan interage com várias proteínas, incluindo aquelas do complexo sarcoglicano e do DGC. Essas interações são importantes para a função normal das células musculares e para manter a integridade da membrana.

Algumas das interações podem indicar uma relação de coexpressão, o que significa que essas proteínas são expressas em conjunto ou em resposta a determinados estímulos biológicos.

Proteínas como DAG1 e SSPN pertencem ao complexo distrofina-glicoproteína (DGC) que desempenha um papel crucial na manutenção da integridade estrutural das células musculares durante a contração e relaxamento.

Já as proteínas SGCA, SGCB, SGCE e SGCG pertencem ao complexo sarcoglicano que é um subcomplexo do DGC do qual a Delta-Sarcoglycan faz parte.

Em resumo, é comum que todas as proteínas interajam umas com as outras, uma vez que colaboram em conjunto para garantir o funcionamento adequado das células musculares.

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Alinhamento proteico resultante da ferramenta COBALT das sequências selecionadas.

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Analisando o alinhamento proteico resultante da ferramenta COBALT pode constatar-se uma elevada homogeneidade das sequências. Além disso, este alinhamento homogéneo encontra-se entre as posições 0 e 380 para todas as sequências selecionadas para o estudo, o que sugere uma forte conservação nesta região.

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A Árvore Filogenética do tipo Neighbor Joining (NJ) é um método baseado em medidas de distância entre sequências biológicas, geralmente de DNA, RNA ou proteínas, e é conhecido também pela sua eficiência computacional, sendo particularmente adequado para grandes conjuntos de dados.

O algoritmo Neighbor Joining segue uma abordagem iterativa, onde, em cada passo, une os "vizinhos mais próximos", ou seja, as sequências com menor distância evolutiva. A matriz de distância inicial contém as distâncias entre todas as sequências em estudo, e à medida que o algoritmo progride, a matriz é atualizada para refletir as distâncias evolutivas combinadas. A topologia resultante da árvore é uma representação hierárquica das relações evolutivas, onde ramos mais próximos no topo indicam maior similaridade genética ou evolutiva. O método é aditivo, o que significa que as distâncias ao longo dos ramos são proporcionais às distâncias originais entre as sequências.

Amplamente utilizado em biologia molecular, o Neighbor Joining é aplicado em estudos filogenéticos abrangendo diferentes organismos. Apesar de sua eficiência, é importante considerar a qualidade dos dados, pois o método pode ser sensível a erros em medidas de distância imprecisas. Assim, análises adicionais podem ser necessárias para validar as relações filogenéticas propostas.

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Analisando o alinhamento obtido, verifica-se uma existência considerável de asteriscos, o que significa que nessas posições existe elevada conservação evolutiva. Denotar que os diferentes aminoácidos são representados por diferentes cores, facilitando a análise do resultado.

Com o resultado obtido pode afirmar-se que as zonas com asteriscos indicam possivelmente regiões que desempenham funções biológicas importantes e que ao longo da evolução sofreram poucas mutações. Por outro lado, as zonas sem asteriscos indicam regiões onde não existe tanta similaridade entre os aminoácidos e, consequentemente, representam regiões menos conservadas ao longo do tempo.

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Árvore filogenética do tipo Neighbor Joining referentes às sequências proteicas homólogas para a proteína codificada pelo gene SERPINB7.

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Inserindo a sequência referente à principal proteína codificada pelo gene SGCD, Delta-sarcoglycan, na ferramenta BLASTp foi possível obter as respetivas sequências homólogas.

Desta pesquisa resultaram somente 10 sequências homólogas, sendo todas selecionadas para estudo, visto que todas as sequências apresentam E-Value muito próximos de 0.0 (<=0.01) e Query Cover entre 93% e 100%.

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Alinhamento proteico resultante da ferramenta COBALT das sequências selecionadas.

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Analisando o alinhamento proteico resultante da ferramenta COBALT pode constatar-se uma elevada homogeneidade das sequências. Contudo, estão também presentes zonas de menor conservação a azul, as quais poderão corresponder a funções biológicas diferentes ou evolutivamente menos conservadas.

Zonas a cinza correspondem a zonas de conservação moderada, o que significa nestas regiões existe uma certa semelhança, sendo estas mais tolerantes a substituições ou variações, ainda que estejam possivelmente relacionadas a um papel funcional ou estrutural.

Neste alinhamento homogéneo verifica-se que nem todas as sequências apresentam o mesmo comprimento, o que sugere a existência de gaps. Contudo, de realçar que o alinhamento se encontra essencialmente entre as posições 0 e 290, o que sugere uma forte conservação nesta região entre as sequências selecionadas para o estudo.

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A Bioinformática tem um papel fundamental na compreensão de dados genéticos, permitindo a análise de genes e proteínas em grandes números. [1]

O aumento de dados acerca de sequências genéticas, bem como a maior facilidade de partilha de informação devido à utilização da internet, levou ao aparecimento de bases de dados biológicas para a análise de sequências de nucleótidos e proteínas facilitando a procura de informação nesta área. [2]

No presente trabalho foram investigados dois genes: SERPINB7 e SGCD. O primeiro responsável pela alergia ao ovo e o segundo responsável pelo complexo de sarcoglicano, que mantém a estrutura do tecido dos músculos. De modo a saber mais acerca das funções dos mesmos recorreu-se a bases de dados, bem como a literatura previamente publicada acerca destes.

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As alergias são um fenómeno complexo no qual certas proteínas alimentares provocam uma reação imunológica anormal que se manifesta de diversas maneiras, impactando de forma negativa a vida de muitas pessoas. Apesar dos progressos nestas áreas, os fatores genéticos que levam ao surgimento de alergias ainda são pouco conhecidos. [3]

No presente trabalho, será analisado o gene SERPINB7, associado á alergia ao ovo.

Este é um gene que codifica uma proteína pertencente à família das serpinas, uma classe de proteínas inibidoras de proteases. [4]

Existem mais de 1500 sequências de serpinas identificadas nos vários tipos de organismos, sendo que 36 foram descobertas no ser humano, no qual o papel desta proteíına passa por controlar processos que requerem regulação rigorosa, como a coagulação sanguínea, inflamação e fibrinólise. [5] Esta influência das serpinas no processo de inflamação pode ser concluído como a causa da alergia produzida por este gene.

Para além disso, literatura recente relaciona a expressão do gene SERPINB7 com a proliferação de células mesangiais (encontradas nos rins, responsáveis pela filtração sanguínea), a deposição de matriz extracelular e a supressão da motilidade e invasão celular. [6]

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Ao investigar a presença da sequência de RNA de SERPINB7 em pacientes com cancro no pâncreas, descobriu-se que aqueles cuja expressão é mais acentuada tinham uma sobrevivência total e sobrevivência livre de doença menores. Assim, o gene pode ser utilizado como um biomarcador para o estado de desenvolvimento da doença. [7]

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O gene SGCD codifica a proteína delta-sarcoglicano, que faz parte de um grupo de proteínas conhecidas como complexo de sarcoglicano, envolvido na formação e na estabilização da membrana celular em células musculares. O complexo de sarcoglicano liga-se ao complexo de distrofina, responsável pela manutenção da membrana celular de células de músculo estriado, estabilizando-o. [8][9]

Assim, a mutação ou disfunção no gene SGCD pode levar a distrofias musculares, como a distrofia muscular do tipo 2F (DM2F) ou a distrofia muscular do tipo 2D (DM2D), doenças genéticas caracterizadas pela degeneração progressiva dos músculos. Essas condições podem resultar em fraqueza muscular, comprometimento da mobilidade e, em casos mais graves, afetar a função cardíaca. [8]

O estudo do gene SGCD é de grande importância para que se possam compreender as suas mutações e como estas afetam a função muscular, bem como para desenvolver estratégias terapêuticas que possam ajudar a tratar ou gerenciar distrofias musculares associadas a essa alteração genética.

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De acordo com estudos recentes, o gene SGCD ou, mais especificamente, a sua combinação com quatro outros genes (CALU, PCOLCE2, PLOD2, e THBS2) podem ser utilizados como biomarcadores de modo a reconhecer o estado de um paciente com cancro gástrico com instabilidade de microssatélites.

A combinação destes cinco genes funciona como marcador da ativação da via de sinalização EMT (transição epitélio-mesenquimal). Quando existe a ativação desta via, sabe-se que se está perante um cancro mais invasivo e metástico. Assim, a presença deste gene com os quatro referidos, ajuda a prever a sobrevivência do paciente oncológico.[10]

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[1] M. K. e Peer Bork, “Bioinformatics in the post-sequence era,” Nature Genetics, vol. 33, p. 305–310, 2003.

[2] B. Rehm, “Bioinformatic tools for dna/protein sequence analysis, functional assignment of genes and protein classification,” Applied Microbiology and Biotechnology, vol. 57, p. 1579–592, 2001.

[3] N. H. A. S. et al., “Genetic determinants of paediatric food allergy: A systematic review,” Allergy: European Academy of Allergy and Clinical Immunology, vol. 74, no. 9, pp. 1631–1648, 2019.

[4] “”national library of medicine”.” https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/8710. Accessed: 10-12- 2023.

[5] J. A. Huntington, “Serpin structure, function and dysfunction,” JTH: Journal of Thrombosis and haemostasis, vol. 9, no. s1, pp. 26–34, 2011.

[6] Z. W. et al., “Systematic screening and identification of novel psoriasis-specific genes from the transcriptome of psoriasis-like keratinocytes,” Molecular Medicine Reports, vol. 19, no. 3, pp. 1529–1542, 2019.

[7] D. B. al., “Serpinb7 expression predicts poor pancreatic cancer survival upon gemcitabine treatment,” Translational Oncology, vol. 12, no. 1, pp. 115–23, 2019.

[8] “”medlineplus”.” https://medlineplus.gov/genetics/gene/sgcd/conditions. Accessed: 19-12-2023.

[9] “”national library of medicine”.” https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/24052. Accessed:20.12.2023.

[10] M. Z. et al., “Five emt-related genes signature predicts overall survival and immune environment in microsatellite instability-high gastric cancer,” Cancer Medicine, vol. 12, no. 2, pp. 2075–2088, 2022.

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O BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) encontra regiões semelhantes entre sequências biológicas. O programa compara sequências de nucleótidos ou proteínas com bases de dados de sequências e calcula a respetiva significância estatística. [11]

Este programa é de extrema relevância uma vez que identifica relações evolutivas, encontra homologias entre genes ou proteínas e infere funções biológicas.

Existem várias versões do BLAST, incluindo BLASTp (para comparação de sequências de proteínas), BLASTn (para comparação de sequências de DNA), BLASTx (compara sequências de DNA traduzidas em todas as seis molduras de leitura para proteínas), BLAST+ (uma suite de programas que inclui diversas ferramentas BLAST) e outros, cada um adaptado para diferentes tipos de sequências.

Para a condução deste estudo, recorre-se ao BLASTp, uma vez que o foco da análise incide sobre as seguintes proteínas específicas, SERPINB7 e SGCD.

Inicializou-se o processo recorrendo-se à plataforma UniProt. A UniProt é uma das principais e mais abrangentes bases de dados online de informações sobre sequências de proteínas. [12] Fornece acesso a uma vasta quantidade de dados biológicos e anotações detalhadas sobre proteínas de diferentes organismos, compiladas a partir de fontes como literatura científica, anotações manuais e previsões computacionais. Desta forma, na barra de pesquisa foram introduzidas ambas as proteínas e foram retiradas as respetivas sequências em formato FASTA, representadas nas seguintes Figuras.

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FASTA sequence da proteína SPB7_HUMAN Serpin B7.

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FASTA sequence da proteína SGCD_HUMAN Delta-sarcoglycan.

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Seguidamente, recorreu-se ao BLASTp. Iniciou-se o processo introduzindo estas sequências no respetivo local e ainda se procedeu à especificação em Standard do database para UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot) e em organism selecionou-se human (taxid:9606), de modo a que a pesquisa incidisse apenas no espetro humano.

Obtiveram-se os seguintes resultados.

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Resultados para a proteína SERPINB7 e respetivas sequências que produzem alinhamentos significativos.