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1. miRNA è acido micro ribonucleico mentre siRNA è un piccolo acido ribonucleico interferente.
2. miRNA svolge un ruolo importante nella regolazione dei geni mentre siRNA ha importanti funzioni nel silenziamento genico.
3. miRNA è una molecola di acido ribonucleico a filamento singolo mentre siRNA è a doppio filamento.
4. Sia il miRNA che il siRNA agiscono sull'interferenza del RNA (RNAi), ma siRNA che è a doppio filamento è meglio utilizzato per la scissione dell'RNA quando incorporato con il complesso di silenziamento indotto da RNA (RISC).
5. miRNa si lega con il suo obiettivo in modo imperfetto in diversi siti, mentre siRNA si lega perfettamente al bersaglio in un singolo sito.
6. miRNA è una molecola naturale mentre siRNA è naturale o sintetica.

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I microRNA (miRNA) sono piccole molecole endogene di RNA non codificante a singolo filamento riscontrate nel trascrittoma di piante, animali e alcuni virus a DNA lunghi circa 20-22 nucleotidi e principalmente attivi nella regolazione dell'espressione genica a livello trascrizionale e post-trascrizionale. I miRNA vengono inglobati nel complesso di silenziamento indotto da RNA e inducono il silenziamento genico tramite sovrapposizione con sequenze complementari presenti su molecole di RNA messaggero (mRNA) bersaglio. Tale legame comporta una repressione della traduzione o la degradazione della molecola bersaglio.

Il silenziamento può avvenire secondo i seguenti meccanismi:

taglio della molecola di mRNA;

destabilizzazione della molecola di mRNA tramite accorciamento della coda di poli(A);

diminuzione dell'efficienza di traduzione del messaggero;

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Uno short interfering RNA (siRNA) , è una classe di molecole di RNA a doppio filamento, lunghe tra 19-21 nucleotidi.

Gli siRNA sono coinvolti anzitutto nel pathway della RNA interference, che conduce all'interferenza dell'espressione di specifici geni con sequenze nucleotidiche complementari, degradando l'mRNA dopo la trascrizione, in modo tale da non far avvenire la traduzione. Hanno un ruolo importante anche in altri processi legati alla RNAi, come alcuni meccanismi antivirali.

Gli siRNA hanno una struttura ben definita, che consiste in un breve RNA a doppio filamento, composto solitamente di 21 nucleotidi, con due nucleotidi sporgenti ad ognuna delle due estremità 3'. Questa struttura è il risultato del processamento dell'enzima Dicer, che converte lunghe molecole di shRNA (molecole di RNA che formano una forcina) in siRNA. Gli siRNA possono essere introdotti artificialmente dall'esterno attraverso specifici metodi di trasfezione, per indurre il silenziamento di geni specifici. In linea teorica, qualsiasi gene la cui sequenza sia nota può essere scelta come bersaglio di un siRNA.