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Entre 1990 y 1992 Bergoglio fue destinado por la Compañía de Jesús a la ciudad de Córdoba, viviendo en la Residencia Mayor que la orden posee en el centro de esa ciudad. La transferencia de Bergoglio para que obre de sacerdote en Córdoba ha sido considerado como una especie de castigo por los estudiosos de su vida y él mismo ha definido ese momento como de «purificación interior» y «como una noche, con alguna oscuridad interior».

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Desde 1980 hasta 1986, fue rector del Colegio Máximo de San Miguel y de las Facultades de Filosofía y Teología de esa casa de estudios, así como primer párroco de la Parroquia del Patriarca San José, ubicada en el humilde barrio San José del partido bonaerense de San Miguel.

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En este escenario, Francisco, como provincial de los jesuitas, tuvo actuación en el caso de la desaparición forzada y las torturas sufridas en la ESMA por los sacerdotes jesuitas Orlando Yorio y Francisco Jalics, quienes realizaban tareas sociales en las villas miseria de Buenos Aires, entrevistándose con los dictadores Jorge Rafael Videla y Eduardo Massera para exigir y lograr su liberación.

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En 1976 comienza una nueva dictadura militar en la Argentina en el marco de la cual varios sacerdotes fueron víctimas de secuestros, torturas y muerte, especialmente los vinculados al Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, al movimiento de curas villeros y a la teología de la liberación.

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Jorge Mario Bergoglio nació en el seno de una familia católica el 17 de diciembre de 1936, en el barrio porteño de Flores, siendo el mayor de los cinco hijos del matrimonio formado por Mario José Bergoglio (1908-1959) (contador, empleado en el ferrocarril)

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​Veinte días antes de su nombramiento como provincial, el general de los jesuitas, Pedro Arrupe, le encargó transferir la administración de la Universidad del Salvador de la Compañía de Jesús a una agrupación de laicos, lo cual hizo confiando en personas que conocía en la agrupación Guardia de Hierro. Por ello, en 1974 designó rector a Francisco José Piñón, quien ejerció el cargo hasta 1980, y en los demás cargos a exintegrantes de Guardia de Hierro.

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En su juventud, una enfermedad hizo que fuese sometido a una operación quirúrgica en la que le fue extirpada una porción de pulmón. A pesar de ello, según los médicos, el tejido que le falta a su pulmón no tiene impacto significativo en su salud.​ La única preocupación sería una disminución en la reserva de la respiración si llegara a padecer una infección respiratoria.

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Durante su infancia, Jorge Bergoglio creció en un hogar arraigado a los orígenes italianos y católicos de su familia.​ Sus padres lo bautizaron el día de Navidad de 1936 en la Basílica María Auxiliadora y San Carlos del barrio de Almagro en Buenos Aires.​ Durante su infancia estudió en el colegio salesiano Wilfrid Barón de los Santos Ángeles de la localidad de Ramos Mejía.

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El 31 de julio de 1973 fue nombrado provincial de los jesuitas argentinos, cargo que ocupó hasta 1979.

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Entre 1967 y 1970 cursó estudios de teología en la Facultad de Teología del Colegio Máximo de San José

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Entre 1970 y 1971 realizó en la ciudad española de Alcalá de Henares la tercera probación de su noviciado, la última prueba necesaria para ingresar definitivamente en la Compañía de Jesús.​ En los años 1972 y 1973, fue maestro de novicios en la residencia Villa San Ignacio, de Villa de Mayo.

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De 1964 a 1966 fue profesor de Literatura y Psicología en el Colegio de la Inmaculada de Santa Fe.

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Con 21 años, en 1957 decidió convertirse en sacerdote. Ingresó al seminario del barrio Villa Devoto y al noviciado de la Compañía de Jesús. Después de dos años de noviciado, culminó sus estudios en el juniorado Jesuita de Santiago de Chile, ubicado en la casa de retiro de San Alberto Hurtado, donde ingresó al curso de Ciencias Clásicas y profundizó sus estudios de historia, literatura, latín y griego, bajo la instrucción del carismático Carlos Aldunate.