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La paleontología es la ciencia que estudia a los organismos a partir de los fósiles.

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La anatomía comparada se basa en la comparación de las estructuras del cuerpo de distintos organismos para encontrar un posible parentesco.

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Se basa en el estudio comparado de desarrollo embrionario de distintas especies. Se observan semejanzas que van desapareciendo según avanza el proceso.

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Se basan en el estudio de la distribución geográfica de las especies.

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Se fundamentan en que las mutaciones suceden a un ritmo constante. A partir de las diferencias entre los genes de dos especies o grupos es posible conocer su parentesco.