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Su aportación científica más destacada fue el descubrimiento del núcleo de la célula vegetal y a él se le debe el término "núcleo celular

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Aportó que los tejidos están formados por células globulosas muy pequeñas que parecen estar unidas por una fuerza de adhesión simple y por lo tanto todos los tejidos, todos los órganos animales y vegetales son un tejido celular con diversas modificaciones.

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Descubrió la estructura celular de varios seres vivos, esto lo llevo a la conclusión de que todo ser vivo está constituido por células y que la célula es el elemento que constituye a todo cuerpo viviente ya sea este vegetal o animal, creando así la Teoría celular.

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En 1839 elaboró las conclusiones de sus observaciones científicas desarrollando la idea de que las especies cambian a lo largo del tiempo, dan origen a nuevas especies y comparten un ancestro común. Y en 1859 presentó la Teoría de la evolución de manera oficial.

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El fisiólogo Claude Bernard dio a conocer la Teoría de la homeostasis en los años 60's cuando descubrió que el cuerpo puede regular su temperatura y describió la capacidad que tiene el cuerpo para mantener y regular sus condiciones internas.

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Aporta su principio "OMNIS CELULA E CELLULA" (Toda célula procede de otra célula preexistente)

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Aportó la Teoría de la herencia genética en ella describió las llamadas Leyes de Mendel que rigen la herencia genética, por medio de los trabajos que llevó a cabo con diferentes semillas de planta de guisante.

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Año de aportación: abril de 1862 y Julio de 1885

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Aportó la Pasteurización luego de que descubriera que organismos contaminantes (fermentación) podían ser eliminados aplicando temperatura. Luego la empleó a otros productos para lograr su conservación.
También realizó investigaciones sobre varias enfermedades infecciosas, entre ellas la rabia y para 1885 logró prevenir esta enfermedad en un niño de 9 años que había sido atacado por un perro rabioso.

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Su aporte y descubrimiento fue la estructura molecular en doble hélice del ADN y su significado como molécula transmisora de la herencia biológica.

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Fue uno de los primeros fisiólogos en la investigación de medicina reproductiva y fecundación in vitro, a mediados de los años 50's, comenzó a investigar sobre la posibilidad de extraer un óvulo de una mujer, e implantárselo de nuevo tras fecundarlo en el laboratorio con espermatozoides de un donante.