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En España, la Inquisición estableció los estatutos de limpieza de sangre, por lo que personas con antecedentes no cristianos tenían vetado el acceso a determinados puestos.

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El acuerdo entre católicos y protestantes no fue posible, por lo que Europa se dividió en dos bloques religiosos, dando lugar a numerosas guerras de religión, cuyo trasfondo era político, siendo la Guerra de los Treinta Años (1618-1648) la más importante. La intolerancia se manifestó a modo de persecuciones y matanzas:

Católicos: la Inquisición elaboró un índice de libros prohibidos, se condenaron los avances científicos que contradijeran el dogma y masacraron a sus oponentes como la matanza de hugonotes en la Noche de San Bartolomé en Francia en 1572. Además, se intensificó el misticismo y la devoción popular.

Protestantes: persiguieron a católicos, destruyeron sus imágenes y condenaron a morir en la hoguera a quienes consideraban herejes (Servet) o brujas.

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La órdenes religiosas fueron reformadas para recuperar la disciplina y austeridad. Santa Teresa De Jesús, se basó en la clausura, humildad, oración y meditación. También se crearon nuevas órdenes dedicadas a la enseñanza como los escolapios o las ursulinas, y al cuidado de enfermos. La más importante fue la Compañía de Jesús, fundada por Ignacio de Loyola en 1540. Los jesuitas se dedicaron a la predicación y la enseñanza, fundaron misiones en América y Asia, y crearon escuelas superiores para formar a sus alumnos como transmisores del dogma.

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Entre 1545 y 1563, se reúne el Concilio de Trento para tratar de unificar a católicos y protestantes. Resoluciones:

La doctrina de la Iglesia: validez de los 7 sacramentos, primacía del papa, culto a la Virgen y los santos, indisolubilidad del matrimonio y validez de buenas obras para alcanzar la salvación.

Se dictan normas para evitar la mala conducta del clero, se fundan seminarios para mejorar su formación y se obliga a los obispos a residir en la diócesis.

Los nuevos métodos para extender la doctrina católica son: el catecismo y las escuelas.

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Movimiento de renovación destinado a reorganizar la Iglesia católica para hacer frente al protestantismo.

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El luteranismo se expandió rápidamente, en Alemania lo tomaron como una oportunidad para oponerse al emperador Carlos V y enriquecerse mediante los bienes de la Iglesia.

1. Calvino defendió que se estaba predestinado a la salvación o condena, sin importar las obras. Para evitar el pecado, los calvinistas vigilaban y censuraban a la población. Se extendió por Suiza, Países Bajos, Francia (hugonotes), Inglaterra y Escocia (puritanos).

2. En Inglaterra surge el anglicanismo cuando Enrique VIII rompe con el papa al no concederle el divorcio de Catalina de Aragón para casarse con Ana Bolena. En 1534 se publicó el Acta de Supremacía, por la cual el monarca se convierte en cabeza de la Iglesia. El anglicanismo mezcla aspectos propios, católicos y calvinistas.

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Las personas se salvan por su fe, no por sus obras.

Los creyentes se relacionan directamente con Dios mediante la oración, no mediante sacerdotes.

El creyente puede leer e interpretar la Biblia, rechaza la autoridad del papa.

Solo existen dos sacramentos: bautismo y eucaristía.

Se suprime el culto a la Virgen y a los Santos al no aparecer en las Sagradas Escrituras.

No es obligatorio el celibato del clero.

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A comienzos de la Edad Moderna, la Iglesia cristiana experimentó una profunda crisis. La jerarquía derrochaba lujo, el clero tenía escasa formación, muchos cargos se compraban, las indulgencias permitían comprar el perdón de los pecados y la difusión de la Biblia generó crítica en sus dogmas.

Ante esta tesitura, el monje alemán Lutero publicó en 1517 Las 95 tesis: un documento en el que criticaba al papa y exponía las bases para reformar la Iglesia. Se negó a retractarse en la Dieta de Worms y fue excomulgado por ello.