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Transcurrieron varios meses. Instaurado el juicio para descubrir a los verdaderos culpables del lamentable suceso, se citó al señor Marín. El juez de paz, don Hilarión Verdejo, le preguntó al señor Marín si sabía quiénes eran los culpables y este afirmó que sí. El juez se excusó que tenía cosas que hacer y se dio por terminada la sesión.

"El corazón del hombre es como el cielo cargado de nubes: infinito en sus fenómenos e igual en el curso de sus sacudimientos tempestuosos. Después de la tormenta clarea el día de luz y de sol." (p. 67)

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Presentación del pueblo de Kíllac.

"El cementerio de la iglesia es el lugar donde los domingos se conoce a todos los habitantes, solícitos recurrentes a la misa parroquial, y allí se miente y se murmura de la vida del prójimo. (p. 10)

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Los esposos Marín tienen planeado llevar a las niñas a educarlas a Lima. Manuel también tiene que ir de regreso a Lima para concluir sus estudios. Se empieza a ver el amor que hay entre Margarita y Manuel.

"Se lo dijo el fuego de las pupilas de Manuel, que, partiendo de sus ojos, fue a incendiar el corazón de la niña." (p. 73)

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Marcela, mujer de belleza peruana, esposa de Juan Yupanqui y madre de dos niñas, llega hacia la casa de Lucía para implorar socorro debido a que está en deuda desde el fallecimiento de su suegra y como no tienen dinero le embarcaron sus cosas.

"Él me dijo al salir: "Uno de estos días he de arrojarme al río porque ya no puedo con mi vida, y quisiera matarte a ti antes que entregar mi cuerpo al agua."" (p. 14)

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Lucía llama al gobernador y al cura para convencerlos de dar por terminada la deuda que tienen con Juan Yupanqui.

"Después de su entrevista con Marcela, Lucía se entregó a combinar un plan para la situación de la pobre mujer." (p. 16)

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Aparición de Isidro Champi, esposo y padre de siete hijos. Estéfano llega al hogar de Champi diciéndole que tiene que ir a la detención.

"La aparición de Estéfano en la casa de Isidro alarmó a toda la familia, porque habituados estaban a ver aquella clase de visitas como presagio de fatalidades." (p. 76)

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El plan de Lucía queda desconcertado en lo absoluto debido a que tanto el gobernador don Sebastián Pancorbo como el cura Pascual Vargas, deciden que nadie los va a sacar de sus costumbres. Más tarde, llega una carta anunciando la llegada de Fernando Marín, esposo de Lucía.

"Sepa que la costumbre es ley, y nadie nos sacará de nuestras costumbres." (p. 19)

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Llega Fernando, trayendo alegría a su hogar. Lucía, le cobra una vieja deuda a su esposo, pero ella decide usar el dinero para ayudar a Marcela con su deuda.

"Aquella muchacha era portento de belleza, que desde el primer momento preocupó a Lucía, haciendo nacer la curiosidad de conocer de cerca al padre, pues su belleza era el trasunto de esa mezcla del español y la peruana." (p. 24)

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El cura y el gobernador junto a otros vecinos en la sala civil planean alejar a todo forastero que no tiene deseos de apoyar sus costumbres.

"Pretender que se entierre de balde, alegando ser pobres y que se perdonen deudas..." (p. 25)

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Don Fernando se presentó en compañía de Juan a la casa del gobernador para solicitar que se le sea devuelta la hijita de Juan, Rosalía. Este accedió con la condición de que Fernando firme una garantía.

"El cumplimiento de un deber de humanidad me trae a solicitar de usted que le sea devuelta a este hombre la hijita que le han tomado, sin duda en rehenes por una deuda." (p. 30)

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Marcela se encaminó a la casa del párroco, seguida de su hija Margarita, para pagar la deuda del entierro de su suegra. Sin embargo, el cura, se niega a creer que la plata le pertenece a Marcela y le insiste que le diga quien le ha dado el dinero.

"El cura volvió a tomar su asiento preocupado y sin parar ya mientes en la despedida de Marcela y Margarita, a quienes vio alejarse." (p. 35)

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La familia Yupanqui finalmente está unida y le agradecen a la pareja de esposos, ellos deciden que Margarita será su ahijada, al igual que deciden que tienen que ir a visitar a doña Petronila, la cual tiene un hijo que está próximo a llegar al pueblo.

"La entrada de don Fernando a su casa fue un motivo de regocijo. Volvía triunfante con Juan y Rosalía." (p. 35)

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Don Fernando se mantiene alerta por el futuro de Kíllac, pues aún sospechaba que podía repetirse un asalto. Además, sospecha que Manuel no podía ser hijo del gobernador.

"Don Fernando se iba preocupando cada día más acerca del porvenir que le aguardaba en Kíllac, sin fiar en la calma aparente." (p. 78)

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En el hogar de doña Petronila, llega su querido hijo Manuel, que salió de niño de Kíllac, y regresó hecho hombre. La pareja Marín conocen al muchacho, pero se empiezan a escuchar un tiroteo y la pareja decide ir hacia su hogar en compañía de Manuel.

"Manuel que salió niño de Kíllac, había vuelto convertido en todo un hombre de bien." (p. 41)

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Al mismo tiempo, en el hogar de la familia Yupanqui, todos se encontraban alegres de volver a estar reunidos pero el hecho de que Margarita no estaría con ellos al convertirse la ahijada de los esposos Marín los entristecía.

"Dios puso a Lucía para que Juan volviese a confiar en la Providencia, arrancada de su corazón por el cura Pascual, el gobernador y el cobrador o cacique, trinidad aterradora que personificaba una sola injusticia." (p.45)

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En el hogar de don Fernando era el ataque, por lo que, él dispuesto a defenderse toma un arma, pero su esposa lo convence de huir y esconderse. En la escena, después de que los disparos se dejaron de oír, aparecieron Manuel y su madre; el primer cadáver que encontraron fue el del indio, Juan Yupanqui, junto a su esposa quien tenía una bala en el hombro.

"El primer cadáver que encontraron fue el de un indio, a cuyos pies estaba una mujer bañada también es sangre y en lágrimas, gritando con desesperación." (p. 49)

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El cura Pascual, con ansiedad por saber cuál era el resultado, manda a doña Melitona a informarse de lo sucedido. En otra parte, con los esposos Marín se hallaban hablando Manuel y doña Petronila, en donde comentaban cómo habían salido ilesos y sobre la desgracia de la familia Yupanqui, conversación que en todo momento había sido escuchada por doña Melitona.

"Y salió con paso apresurado, cruzándose en el camino con doña Melitona, que estaba escuchando desde la puerta, sin perder palabra." (p. 54)

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Transcurrieron dos días en el que se daban ligeras esperanzas de salvar a la pobre Marcela. En esos días, el cura no ha tenido problema en depositar un responso sobre la tumba de Juan Yupanqui; los jueces y las autoridades han tomado algunas medidas.

"El semblante de Marcela revelaba sus terribles sufrimientos, pero las palabras de Lucía parecían haberle dado alivio." (p. 55)

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Atendido ya don Sebastián, la situación en el hogar se complicó. Doña Petronila y Manuel hablan sobre la renta y su futuro.

"Seré un niño; pero el trato con los libros y con los hombres envejece, dándonos una experiencia y enseñándonos a pensar. ¡Me creo hombre!"

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La salud de Marcela empeoraba en cada momento, por lo que ella decide decirle su secreto a Lucía. Se dirigió en busca de don Fernando y casi al mismo tiempo llegaban Manuel y don Sebastián. Durante la conversación, los esposos Marín buscan justicia por los sucesos. Marcela muere.

"Y don Sebastián y el cura Pascual, los únicos responsables de las calamidades ocurridas en Kíllac, presentes ante los despojos de la muerta." (p. 65)

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Descripción del juicio, en el que se muestra a un párroco infundido en un gran temor y que cae al suelo, preso de la tifoidea.

"El señor Marín era hombre de mundo, conocedor del corazón humano, y en la actitud del cura Pascual vio una faz diferente de la que el vulgo veía." (p. 65)

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El subprefecto Paredes intenta seducir a Teodora, una joven comprometida, aprovechando su poder y organizando fiestas en su casa. Ella se resiste y se lo cuenta a su padre, don Gaspar, quien en vez de protegerla tolera la situación para sacar provecho, mientras los invitados notan con burla la presión del funcionario.

"Las seducciones arteras llevan el sello del infortunio y tras de cada una aparece la figura de un potentado cuya superioridad maliciosa gana la víctima salvando al victimario." (p. 85)

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Manuel visita a Margarita para confesar su amor. Aunque ella al inicio lo llama “hermano”, él insiste en querer ser su esposo. La confesión despierta en Margarita el sentimiento del amor y Manuel, la besa en la frente; ella, huye a buscar a su padrino, mientras él queda embelesado, convencido de que Margarita es el “alma de su alma”.

"No me llames extraño, Margarita, tú eres el alma de mi alma; desde que te conozco te he dado mi corazón y... ¡yo quiero ser digno de ti!" (p. 88)

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Don Gaspar decide sacar a Teodora para llevarla rumbo a la casa de doña Petronila, donde estará a salvo. Teodora convence a Gaspar de volver para no levantar sospechas, y él accede. La joven es recibida con cariño por Petronila, mientras Gaspar confirma en el camino que el subprefecto y su gente ya estaban tras sus pasos.

"No hubo caminado dos millas don Gaspar desde el sitio en que se separó de Teodora, cuando distinguió gritería y tropel de gente a caballo. En pocos momentos más no abrigó duda de que esa era la comitiva del subprefecto." (p. 93)

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Al descubrir la fuga de Teodora, el subprefecto Paredes entra en cólera y manda a sus hombres a perseguirla, pero justo recibe un mensaje que lo obliga a huir a la ciudad. Mientras tanto, los perseguidores interrogan a don Gaspar, quien finge inocencia. Finalmente, descubren que el subprefecto escapó y lo insultan como cobarde.

"Huir el bulto es de los prudentes; en la ciudad hallaré escondite cómodo, mientras se serena la tempestad política." (p. 95)

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En casa de doña Petronila, Teodora es presentada a los esposos Marín. Manuel se muestra feliz cuando su madre conoce y aprecia a Margarita. El ambiente de calma se rompe con la llegada de Martina, esposa de Champi quien se encuentra preso, suplica por ayuda. Don Fernando y Manuel prometen defenderla.

"Aquí todos abusan y nadie corrige el mal ni estimula el bien; notándose la circunstancia rarísima de que no hay parecido entre la conducta de los hombres y la de las mujeres." (p. 98)

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Martina visita a su esposo y le comenta que don Fernando le prometió ayuda, aunque él duda. Pero ella lo anima con fe en la Virgen y en un futuro mejor. En la casa de Estéfano Benites, él y Escobedo conspiran contra Fernando y Manuel, pues temen que se metan en sus asuntos.

"Yo creo que él nos salvará, como ha recogido a las hijas de Yupanqui; no lo dudes, Isidro, se enojaría el Machula de la oración... Las nubes tapan el sol, la tarde oscurece, pero esas nubes pasan recogidas por el mismo que las extiende, y el sol aparece y brilla y calienta de nuevo." (p. 102)

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Manuel se prepara para viajar a Lima y así estar cerca de Margarita, mientras don Fernando organiza con su esposa un banquete de despedida, con la esperanza de conseguir la libertad de Isidro. Sin embargo, descubren que el expediente del preso está en manos de Estéfano Benites, quien se ha ausentado. Aun así, deciden invitarlo al banquete junto a los vecinos influyentes para comprometerlos públicamente en favor de Isidro.

"Entre tanto, todos los pasos dados por don Fernando y Manuel para arrancar de la cárcel a Isidro eran estériles, pues el juez de paz se encerró en el castillo de las fórmulas, pidió informe al promotor fiscal y se contentó con ofrecer a los interesados el despacho rápido del asunto." (p. 105)

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Tras el arresto de don Sebastián junto a Estéfano y otros, el pueblo se llena de rumores y confusión. Manuel, decidido y conmovido, acompaña a su madre y redacta recursos legales para probar la inocencia de su padre y defender también a Isidro Champí, trabajando toda la noche entre códigos y borradores, aunque su corazón sufre por estar lejos de Margarita. Mientras tanto, doña Petronila llora y reza, sosteniéndose en la fe y la esperanza.

"Doña Petronila lloraba y rezaba elevando al cielo su cuidado por su esposo y su hijo; parecía resignada a todo género de calamidades, con esa resignación cristiana que lleva al hombre por encima de las desgracias a la cumbre del heroísmo." (p. 110)

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La comitiva de don Fernando viaja a caballo hacia la estación del tren, atravesando paisajes andinos mientras reflexionan sobre la justicia y la inocencia de Isidro Champí. Al llegar, entre apuros y preparativos, toman el tren por primera vez, con Lucía, Margarita y las niñas emocionadas y curiosas por la nueva experiencia.

"La Naturaleza, indiferente a las escenas dolorosas de Kíllac y sin armonizarse con la tristeza de algunos de los corazones, mostraba sus panoramas rientes y variados." (p. 110)

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En el tren, los pasajeros viajan con tranquilidad, pero una manada de vacas provoca un choque casi fatal. El maquinista intenta sacrificarse para salvar a todos, pero el convoy se descarrila y el coche de primera termina encallado a la orilla del río.

"Míster Smith, el valiente maquinista, prefirió el sacrificio de su vida al de tantas existencias confiadas a su vigilancia, y quiso reventar los calderos con los tiros de su revólver, mas era tarde, y el coche de primera, desabracado por el brequero, fue a encallar en las arenas mojadas de la ribera izquierda del río." (p. 117)

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Tras el descarrilamiento, los pasajeros quedan asustados pero con heridas leves. Míster Smith y los trabajadores logran reponer el tren y los viajeros finalmente llegan sanos y salvos a la ciudad, recibidos con gran expectación por la noticia del accidente.

"Y con la energía que distingue a la raza, se practicaron evoluciones de ruedas y chumaceras que, en constante trabajo de dos horas, sacaron el coche encallado, colocándolo sobre los rieles en disposición de continuar la marcha." (p. 119)

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La familia Marín se instala en el lujoso Hotel Imperial y dedica ocho días a conocer la ciudad. Mientras Lucía y Fernando observan su belleza y costumbres, ella se conmueve al ver la gran cantidad de huérfanos.

"Don Fernando escuchaba sorprendido aquel razonamiento de moral filosófica. Estaba abismado por la lucidez de un alma grande, cuya superioridad acaso ignoraba hasta aquel momento." (p. 125)

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Manuel declara su amor a Margarita y le promete pedir su mano a don Fernando. Al hacerlo, revela que no es hijo legítimo de don Sebastián, sino del obispo. La confesión conmueve a todos, pero inmediatamente surge la verdad oculta: Margarita también es hija del mismo obispo.

"Dijeron a una voz Manuel y Margarita, cayendo ésta en los brazos de su madrina, cuyos sollozos acompañaban el dolor de aquellas tiernas aves sin nido." (p. 129)