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L’histoire commence le 24 mai 1863 à Hambourg, rue où est située la maison du Professeur Lidenbrock. Le professeur, amateur de vieux livres, a acheté le manuscrit original d'une saga islandaise. Il y découvre un parchemin codé; Axel, d'abord peu enthousiaste et finit par découvrir la clé du message. Le parchemin se révèle être un message d'un certain Arne Saknussemm. Celui-ci affirme avoir découvert un passage qui l'aurait mené jusqu'au centre de la Terre, via l'un des cratères d'un volcan éteint d'Islande, le Sneffels.

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Le professeur Otto Lidenbrock décide de partir dès le lendemain pour l’Islande, emmenant avec lui son neveu Axel. Ils ne sont pas d'accord pour faire ce voyage, qui va à l'encontre de la théorie sur la composition de l'intérieur de la planète, la théorie de la chaleur centrale. Par ailleurs, Axel est retenu à Hambourg par les sentiments qui le lient vers Graüben; mais celle-ci l'encourage à accomplir ce voyage, espérant qu'ils se marieront à son retour.
Axel et Lidenbrock sont partis pour se rendre au centre de la Terre en Islande, équipés en équipement, car le voyage prendra du temps.

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Pendant le voyage Lidenbrock entre en contact avec M. Thompson, directeur du musée, qui lui procure de précieuses indications pour son voyage. Le 2 Juin, Lidenbrock et Axel embarquent pour le sud-ouest de l'Islande. Les deux voyageurs y sont accueillis par le maire Finsen. Lidenbrock et Axel gardent le secret sur le but réel de leur voyage.
Sur les conseils de Fridriksson, Lidenbrock et Axel décident d’effectuer le voyage en compagnie de Hans, un chasseur fiable. Après quelques derniers préparatifs, Lidenbrock, Axel et Hans arrivent quelques jours plus tard au pied du volcan Sneffels. Ils se retrouvent sur les cratères du volcan. Le cratère éteint renferme trois cheminées. Dans l'un des trois cheminées, il y a un passage vers le centre de la terre.

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Une difficulté se pose, ils comprennent qu'ils ont pris la mauvaise direction, ce problème coûte la vie des membres de l'expédition, qui sont à court d'eau.
Ils s'appuient sur les instructions de Hans, qui a finalement découvert un aquifère souterrain. Axel doit admettre sa défaite car la température ambiante est différente de celle prédite par la théorie de la chaleur centrale. Quelques jours plus tard, Axel se retrouva perdu et se reconnecta à Lidenbrock grâce à un phénomène acoustique. Il était dirigé par ses compagnons, mais son voyage se termina par une mauvaise chute.
Le 13 août, ils s'embarqués sur un radeau construit par Hans. Après une dizaine de jours de navigation, ils sont pris dans une tempête de Saint-Elme qui dévaste leur embarcation et manque leur coûter la vie, mais sont finalement rejetés sur une côte. Par malheur, d'après les indications de la boussole, la tempête leur a fait rebrousser chemin vers la même côte. Revenant vers la côte, ils trouvent un poignard rouillé, indiquant que ils sont sur la bonne voie.

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Ils arrivèrent dans une grotte dont le passage était bloqué par une éruption; les trois voyageurs ont décidé de provoquer une explosion pour libérer le passage, ce qui a toutefois provoqué une marée montante. Ils ont continué leur voyage en radeau dans l'eau bouillante à cause de l'explosion. Axel, Hans et Lindebrock sont au courant, au milieu d'une atmosphère guindé et du volcan en train d'exploser en Italie, sur les flancs de Stromboli. Ils rentrent à Hambourg, Liedenbrock devient célèbre, Axel peut épouser sa petite amie et Hans rentre en Islande.
Un mystère demeure jusqu'à la fin du roman: la boussole indiquait une mauvaise direction. Enfin, Axel réalise que l'aiguille indique le sud et non le nord, en raison de la désorientation électrique provoquée par l'incendie de Saint-Elme lors de la tempête sur la mer de Lidenbrock.

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- Le professeur Otto Lidenbreux:
C'est le personnage principal du roman. Professeur de minéralogie, oncle d'Axel qu'il a fait profiter de ses connaissances, il est présenté comme un grand spécialiste dans son domaine d'une grande érudition et polyglotte. Mais c'est aussi un excentrique au tempérament impatient, impulsif et irascible et peu accessible aux sentiments ordinaires. Passionné par son domaine de recherche, il est aussi doté d'une volonté inflexible et ne renonce jamais. Il s'humanise un peu au contact d'Axel au fil du voyage.
- Axel:
Orphelin, neveu et aide-préparateur du professeur Lidenbrock, il est le narrateur du roman. Doté de solides connaissances en géologie et en minéralogie transmises par son oncle, il a aussi une bonne culture classique, en particulier en latin. D'un tempérament plus calme et mesuré que son oncle, quoique son romantisme le porte parfois à l'exaltation, il est peu intéressé par le cryptogramme au départ. C'est lui qui déchiffre le message d'Arne Saknussem. Il reste longtemps réticent et incrédule devant la possibilité même du voyage entrepris par son oncle. Il l'accompagne néanmoins dans l'expédition vers le centre de la Terre, devient progressivement aussi enthousiaste que lui et mesure ses qualités humaines dans les moments difficiles. Axel est fiancé à Graüben, pupille de Lidenbrock.
Le voyage d'Axel à travers le centre de la Terre s'apparente à un parcours initiatique qui va faire de lui, jeune homme "au caractère un peu indécis", aidant son oncle, un adulte à part entière, capable de transmettre un savoir à son tour, comme lorsqu'il explique le mystère de la boussole au professeur Lidenbrock.

-Hans:
Chasseur d'eider islandais, il est engagé par Otto Lidenbrock comme serviteur et guide à Reykjavik sur les conseils de son collègue Fridriksson. Il est le troisième membre de l'expédition vers le centre de la Terre. Verne en fait l'archétype du serviteur fidèle, dévoué et bon à tout faire, qui sauve plusieurs fois la vie de ses maîtres. Hans est aussi l'incarnation des stéréotypes de l'époque sur les Islandais : d'un flegme et d'une impassibilité totales, il ne trahit presque jamais la moindre émotion au cours du voyage, quels que soient les découvertes ou les périls rencontrés.

-Graüben

Pupille et filleule du professeur Lidenbrock, elle n'apparaît que brièvement au début du roman. D'un caractère doux et réservé, c'est la fiancée d'Axel, qu'elle encourage néanmoins à suivre Lidenbrock dans son voyage. Elle est appelée la Virlandaise, allusion au fait qu'elle vient du quartier de Vierlande à Hambourg.

- Arne Saknussemm
Il n'apparaît jamais directement, mais son ombre plane sur le roman : il est le prédécesseur de Lidenbrock, et c'est son cryptogramme qui fournit aux personnages le chemin vers le centre de la Terre, qu'il a lui-même atteint à son époque, au xvie siècle. Il est présenté comme un grand naturaliste, un grand alchimiste et un grand voyageur, persécuté pour hérésie et qui voit ses livres brûlés à Copenhague en 15733.

-Le professeur Fridriksson
Professeur de sciences naturelles à Reykjavik, il n'apparaît que pendant une courte séquence du roman. Il accueille et héberge Lidenbrock et Axel, et c'est lui qui leur recommande Hans Bjelke. Il converse avec Lidenbrock en islandais et discute avec Axel en latin car c'est leur seule langue commune.

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- L’étude de la cryptologie (déchiffrement des runes pour pouvoir aller au centre de la Terre)
-La spéléologie (par la découverte des profondeurs de la Terre)
-La paléontologie (découverte d’animaux préhistoriques qu’on pensait disparus et du cadavre de l’homme quaternaire)
-La minéralogie (science incarnée par le professeur Lidenbrock) [également perceptible dans Les Enfants du capitaine Grant]
-La folie (l’épisode de la solitude d’Axel)
-Le fantastique (épisode du rêve d’Axel)
-L'aventure
-L'amour (Axel est amoureux de Graüben)
-Le voyage (Axel, Otto et Hans partent pour le centre de la Terre)
-La survie (Tout au long de l'histoire les trois aventuriers sont confrontés à peu de nourriture )

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Viaggio al centro della terra di Jules Verne