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Coronavirus : « En réduisant la diversité, on augmente la probabilité qu’un virus passe d’une espèce à l’autre et atteigne les hommes »

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Coronavirus : « En réduisant la diversité, on augmente la probabilité qu’un virus passe d’une espèce à l’autre et atteigne les hommes »

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" Les futures pandémies risquent de survenir plus fréquemment, de se propager plus rapidement, d'avoir un impact économique plus important et de tuer davantage de personnes si nous ne sommes pas extrêmement prudents quant aux impacts possibles des choix que nous faisons aujourd'hui. " Quatre experts de la Plate-forme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES) appellent, dans un article publié lundi 27 avril sur le site Internet de l'institution, à ce que la protection de la nature soit au cœur des choix que les gouvernements font aujourd'hui, à l'heure de la mise en œuvre de plans de relance pour faire face à la pandémie de Covid-19.

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Ils insistent sur la nécessité d'un " changement transformateur " de nos sociétés par le biais d'une réorganisation fondamentale de nos systèmes économiques et sociaux et d'une évolution de nos paradigmes, de nos objectifs et de nos valeurs. En 2019, déjà, le rapport de l'IPBES qui alertait sur le risque de disparition d'un million d'espèces animales et végétales à brève échéance - et que trois des auteurs de ce nouvel article ont supervisé - appelait à de tels changements pour réduire les pressions sur la biodiversité.

Josef Settele, chercheur au centre Helmholtz pour la recherche environnementale-UFZ à Halle, en Allemagne, détaille comment la protection de la nature peut être prise en compte dans les plans de relance.

En quoi l'activité humaine est-elle responsable de cette pandémie ?

Nous augmentons la probabilité qu'une pandémie comme celle-ci survienne parce que nous multiplions les interactions avec des micro-organismes potentiellement pathogènes, comme dans les marchés aux animaux sauvages, par exemple. Le facteur le plus important est la destruction des habitats et la déforestation, notamment en Asie. Lorsque vous détruisez des forêts et que vous avancez plus profondément dans ces zones, vous créez des conditions qui ne sont bonnes que pour quelques espèces que l'on appelle " généralistes ", comme certaines chauves-souris. Si ces espèces sont sous stress, alors vous créez les conditions pour qu'un virus se répande plus facilement. Autrement dit, en réduisant la diversité, on augmente la probabilité qu'un virus passe d'une espèce à l'autre et qu'il atteigne finalement les hommes.

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Tout cela est lié au fait que notre économie fonctionne d'une façon qui n'est pas durable. Les plans de relance sont une opportunité idéale pour mettre l'accent sur des technologies plus respectueuses de la nature, en soutenant par exemple le développement de voitures qui émettent moins de CO ₂. Si nous recommençons comme avant, nous serons confrontés rapidement aux mêmes problèmes. A de nouvelles pandémies, mais aussi aux conséquences du dérèglement climatique.
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Coronavirus : " Notre santé dépend de celle des écosystèmes "

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" Les futures pandémies risquent de survenir plus fréquemment, de se propager plus rapidement, d'avoir un impact économique plus important et de tuer davantage de personnes si nous ne sommes pas extrêmement prudents quant aux impacts possibles des choix que nous faisons aujourd'hui.

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De jeunes Ougandais prennent part à une marche pour le climat, le 20 septembre 2019 à Wakiso. Isaac Kasamani/AFP

Trois mois environ se sont écoulés depuis la découverte du nouveau coronavirus 2019 (Covid-19) ; aujourd'hui, le nombre de cas et de décès ne cesse d'augmenter dans le monde pour s'établir, à l'heure où nous publions cet article, à plus de 120 000 victimes. Ces dernières décennies, la fréquence des épidémies n'a cessé d'augmenter. Entre 1980 et 2013, 12 012 foyers ont été enregistrés, comprenant 44 millions de cas individuels et touchant tous les pays du monde.

Si les flux de populations, les densités démographiques et la mondialisation ont contribué en partie à la propagation rapide du Covid-19, ses liens intrinsèques avec le changement climatique et la perte de la biodiversité sont les plus frappants.

Des activités humaines perturbatrices

Les écosystèmes non perturbés maintiennent une diversité d'espèces en équilibre et peuvent souvent avoir un effet régulateur sur les maladies émergentes.

Cependant, les pertes de biodiversité dues à la dégradation des habitats naturels (en particulier les zones forestières) augmentent la proximité de la faune sauvage avec les humains et leurs animaux domestiques, entraînant des risques sanitaires en raison d'une transmission accrue des maladies dites " zoonotiques ".

La maladie de Chagas, également appelée trypanosomiase américaine, apparue en Amérique latine en est la parfaite illustration. En raison d'une mauvaise gestion des terres déboisées, les populations de triatomes (l'insecte vecteur de cette maladie) ont été poussés à quitter leurs hôtes naturels sauvages pour impliquer les êtres humains et les animaux domestiques dans leur cycle de transmission.

L'autre exemple saisissant concerne le virus Nipah, un paramyxovirus émergent zoonotique, dont les chauves-souris frugivores sont les hôtes naturels. En 1988, il a provoqué une épidémie à grande échelle chez les éleveurs de porcs malaisiens.

L'empiètement croissant des exploitations agricoles sur les habitats de la faune sauvage a accru le contact entre le bétail et les animaux sauvages avec, pour conséquence, une grande majorité des maladies émergentes du bétail contractées par des animaux sauvages.

L'urbanisation croissante et l'intensification de l'agriculture modifient l'utilisation des terres : le modèle d'établissement humain est ainsi modifié et la fragmentation de l'habitat peut offrir des possibilités d'échange et de transmission de parasites aux humains qui étaient jusqu'alors non infectés. Des travaux avancent que l'épidémie du virus Ebola (2013-2015) en Afrique de l'Ouest a commencé en raison de la déforestation.

L'Afrique en première ligne

Il faut par ailleurs rappeler que sur les 736 millions de personnes extrêmement pauvres dans le monde, c'est-à-dire ayant un revenu de 1,9 dollar par jour, 413 millions vivent au sud du Sahara.

L'émergence des pandémies s'ajoute aux nombreux fléaux qui touchent une Afrique déjà très vulnérable. Par manque d'opportunités économiques, ces populations pauvres sont poussées à surexploiter leurs ressources limitées pour survivre, ce qui aggrave par exemple les processus de désertification. La déforestation, qui a augmenté régulièrement au cours des deux dernières décennies, est liée pour 31 % à l'émergence des épidémies, telles que les virus Ebola et Zika.

Dans un contexte de changement global où la probabilité de fortes pluies et de longues périodes de sécheresse est de plus en plus fréquente dans le monde, les capacités productives des sols se réduisent, conduisant à une dégradation des conditions de vie des populations, tout particulièrement dans les régions arides subsahariennes.

Read more: En Afrique subsaharienne, l'immense défi de la désertification

Au Sénégal, cette dégradation affecte 64 % des terres arables ; ses principales causes étant l'érosion (à 74 %) et la salinisation. Entre 2000 et 2010, ce sont 3,4 millions d'hectares de forêt qui ont été, chaque année, rayés de la carte africaine.

Il faut également évoquer les déplacements, souvent dans de mauvaises conditions, de larges groupes de personnes en quête de nouveaux endroits ; un phénomène qui intensifie la vulnérabilité des populations déplacées aux menaces biologiques, telles que la rougeole, le paludisme, les maladies diarrhéiques et les infections respiratoires aiguës.

Le changement climatique a modifié et accéléré les modes de transmission de maladies infectieuses telles que le Zika, la malaria et la dengue, provoquant à leur tour des déplacements de populations.

La pauvreté pousse aussi les gens à élargir leur champ d'activités pour tenter de survivre. Ils avancent toujours plus profondément dans la forêt pour agrandir leur couverture géographique et la gamme d'espèces de gibier à chasser et aussi pour trouver du bois destiné à la fabrication du charbon de bois. Ils s'enfoncent toujours plus profondément dans les mines pour extraire des minéraux. Autant d'usages qui les exposent aux risques d'exposition au virus Ebola et à d'autres agents pathogènes zoonotiques dans ces zones reculées.

L'onde de choc du Covid-19 en l'Afrique pourrait représenter un lourd fardeau compte tenu des systèmes de santé déjà fragiles.

D'abord un problème environnemental

L'humanité subit aujourd'hui de plein fouet les conséquences de ses activités destructrices sur les écosystèmes. Les effets combinés de l'utilisation des terres, de la perte de la biodiversité et du changement global perturbent les écosystèmes naturels et peuvent augmenter, on l'a vu, le risque de transmission de maladies aux communautés humaines.

Les rapports de la plate-forme IPBES (le " GIEC de la biodiversité ") rappellent à ce sujet que l'extinction d'espèces a été multipliée par 100 depuis le début du XX e siècle...

Les facteurs précis à l'origine de la pandémie de Covid-19 restent inconnus à l'heure actuelle, mais un large examen des déterminants écologiques et socio-économiques complexes peut nous aider à mieux comprendre ce qui s'est déjà passé et à être à l'affût de ce qui pourrait arriver - y compris la détermination des régions et des populations à risque.

Pour cela, il faudra des approches intégrées et multidisciplinaires de la recherche scientifique, avec des échanges entre des disciplines comme la parasitologie, l'épidémiologie, l'entomologie, l'écologie, la climatologie, la géographie, les sciences du sol et les sciences sociales, pour obtenir des résultats pratiques de prévention. Au-delà de la gestion de la crise actuelle, il faudra réfléchir aux facteurs qui favorisent l'émergence de ces épidémies.

La crise sanitaire actuelle doit nous amener à repenser notre rapport à une nature à bout de souffle. L'heure n'est plus à l'incantation, mais désormais à une action collective globale. Il ne suffira pas toutefois de dénoncer les méfaits de notre société de consommation, il faudra décider clairement quoi lui substituer. C'est notre conception même de l'écologie qu'il faut remettre en cause. Il est temps de raisonner autrement, de vivre autrement. Il y a urgence écologique.

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Repenser notre rapport à une nature à bout de souffle

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Trois mois environ se sont écoulés depuis la découverte du nouveau coronavirus 2019 (Covid-19) ; aujourd'hui, le nombre de cas et de décès ne cesse d'augmenter dans le monde pour s'établir, à l'heure où nous publions cet article, à plus de 120 000 victimes. Ces dernières décennies, la fréquence des épidémies n'a cessé d'augmenter.

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Pourquoi nos modes de vie sont à l’origine des pandémies

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Pourquoi nos modes de vie sont à l’origine des pandémies

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Si l'épidémie de Covid-19 provoque des retentissements inédits, il ne s'agit pas de la première pandémie que connaît l'humanité. L'Histoire récente a notamment été marquée par les grippes aviaires ou le Sida. Toutes ces maladies ont un point commun : ce sont des " zoonoses ". C'est-à-dire des maladies qui se transmettent de l'animal à l'homme.

Alors, comment expliquer que des virus, souvent issus de la vie sauvage, puissent nous contaminer ainsi de manière récurrente ? Pour un nombre croissant de scientifiques, la faute incombe aux humains eux-mêmes, qui, à travers leur développement, bouleversent les écosystèmes.

Sources :
Global trends in emerging infectious diseases (2008) Global hotspots and correlates of emerging zoonotic diseases (2017) Evaluation des ressources forestières mondiales, FAO (2015) A Strategy To Estimate Unknown Viral Diversity in Mammals (2013) Emergence de maladies infectieuses, risques et enjeux de société (2016) Les maladies infectieuses émergentes : état de la situation et perspectives (2011)

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Vidéo. Pourquoi nos modes de vie sont à l'origine des pandémies

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Vidéo - Déforestation, pression sur la biodiversité, mondialisation des échanges, consumérisme... de très nombreuses actions humaines participent à l'émergence et à la propagation des épidémies.

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Les mesures de stimulation liées au COVID-19 doivent sauver des vies, protéger les moyens de subsistance et sauvegarder la nature pour réduire le risque de futures pandémies

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TRIBUNE Covid-19 "Biodiversité : il faudra tirer les conséquences de cette crise" - UICN France

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Sébastien Moncorps, Directeur du Comité français de l'UICN (Union internationale pour la conservation de la nature), craint une "démobilisation sur les enjeux de biodiversité" avec la crise sanitaire actuelle. Or, plaide-t-il, la pandémie devrait justement être considérée comme une nouvelle alerte.
Le Congrès mondial de la nature l'UICN qui devait se tenir en juin 2020 à Marseille vient d'être officiellement reporté du 7 au 15 janvier 2021. Cet événement rassemblera toute la communauté internationale de la conservation de la nature pour relancer la mobilisation en faveur de la biodiversité et enrayer son déclin alarmant. Les 1 300 organisations membres de l'Union Internationale pour la conservation de la nature, son réseau de plus de 15 000 experts, ainsi que de nombreux autres acteurs (Etats, agences de l'ONU, associations, institutions scientifiques, entreprises, collectivités...) y sont attendus pour débattre des enjeux et proposer des solutions.

Le congrès sera suivi de la COP15 Biodiversité en Chine, dont le report a également été annoncé, qui va dresser le bilan des actions engagées sur les 10 dernières années et adopter le nouveau cadre mondial de la biodiversité pour les 10 prochaines. Ces deux événements internationaux, en France et en Chine, sont une opportunité exceptionnelle de fixer un cap ambitieux et des mesures opérationnelles pour protéger la nature.

"Le virus illustre les dangers de la surexploitation des espèces sauvages"

Avec la crise sanitaire actuelle, un risque de démobilisation sur les enjeux de biodiversité pourrait arriver et les reléguer en arrière-plan des priorités internationales et nationales. Cependant le Congrès mondial de l'UICN et la COP15 sont plus que jamais nécessaires pour agir pour une planète plus saine et plus durable!

L'épidémie mondiale du Covid-19 trouve en effet son origine dans les pressions que nous exerçons sur la biodiversité. Le virus a émergé depuis un marché de Wuhan en Chine en mettant en contact des animaux sauvages, des animaux domestiques et la population humaine. Il est vraisemblablement issu d'une recombinaison virale impliquant plusieurs hôtes sauvages, parmi lesquels des chauves-souris et des pangolins. Il illustre les dangers de la surexploitation des espèces sauvages, considérée comme la 2e grande cause de disparition de la biodiversité dans le monde, à la fois pour la survie des espèces elles-mêmes et pour les humains.

Toutes les espèces de pangolins (4 asiatiques et 4 africaines) figurent dans la liste rouge des espèces menacées de l'UICN et font l'objet d'un braconnage et d'un trafic intenses malgré leur inscription à l'annexe 1 de la convention de Washington (CITES) interdisant leur commerce international. On estime que plus de 200.000 individus sont braconnés chaque année dans le monde.

"C'est une nouvelle alerte sur le lien entre crise de la biodiversité et crise sanitaire"

C'est une nouvelle alerte, ici sans précédent, sur le lien entre crise de la biodiversité et crise sanitaire puisque de précédentes épidémies (Ebola, le SRAS ou la grippe aviaire) avaient aussi trouvé leur origine dans les atteintes à la biodiversité. La dégradation des milieux naturels et le trafic illégal favorisent les contacts avec les espèces sauvages, et donc la transmission de pathogènes aux humains, et déstabilisent le fonctionnement des écosystèmes. La mondialisation de nos échanges et les élevages intensifs accentuent aussi les risques d'apparition et de propagation de maladies.

A l'inverse, des écosystèmes préservés et diversifiés permettent d'avoir un système plus résilient et plus régulé. L'Evaluation des écosystèmes pour le Millénaire publié en 2005 par l'ONU indiquait déjà que l'érosion des écosystèmes pourrait entraîner une augmentation des maladies existantes ainsi qu'un risque accru de nouvelles maladies émergentes. Il montrait aussi tous les services que nous rendent les écosystèmes pour notre santé, la régulation du climat, la pollinisation des cultures et bien d'autres.

Il faudra tirer les conséquences de cette crise en intégrant pleinement ses liens avec la dégradation de la nature. La mobilisation engagée pour la protection de la biodiversité en 2020 doit donc impérativement se poursuivre car elle est indispensable au bien-être humain et à une planète plus durable."

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TRIBUNE Covid-19 "Biodiversité : il faudra tirer les conséquences de cette crise" - UICN France

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Sébastien Moncorps, Directeur du Comité français de l'UICN (Union internationale pour la conservation de la nature), craint une "démobilisation sur les enjeux de biodiversité" avec la crise sanitaire actuelle. Or, plaide-t-il, la pandémie devrait justement être considérée comme une nouvelle alerte. Le Congrès mondial de la nature l'UICN qui devait se tenir en juin 2020 ...

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Pandémies et biodiversité : l'avertissement solennel de quatre experts de l'IPBES

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Quatre experts mondiaux de l'IPBES lancent un appel solennel à réorienter les plans de reprise face au potentiel de dévastation présenté par de futures pandémies. " Une seule espèce est responsable de la pandémie de Covid-19 : la nôtre ", affirment Josef Settele, Sandra Díaz, Eduardo Brondizio et Peter Daszak, dans un communiqué publié par l'IPBES le 27 avril. " La déforestation effrénée, l'expansion incontrôlée de l'agriculture, l'agriculture intensive, l'exploitation minière et le développement des infrastructures, ainsi que l'exploitation des espèces sauvages, ont créé les "conditions parfaites" pour la propagation des maladies de la faune aux humains ", expliquent ces experts de la biodiversité.

La crise sanitaire actuelle, qui cause des souffrances humaines incalculables et met à l'arrêt les économies du monde entier, pourrait n'être qu'un début, estiment ces derniers. " On estime que 1,7 million de virus non identifiés du type connu pour infecter les humains sont présents chez les mammifères et les oiseaux aquatiques. N'importe lequel d'entre eux pourrait constituer la prochaine "maladie X" - potentiellement encore plus perturbatrice et mortelle que le Covid-19 ", ajoutent les scientifiques.
Réorienter les plans de relance
Les quatre experts demandent en conséquence de réorienter les plans de relance économique vers trois axes. En premier lieu, garantir l'application des réglementations environnementales et lancer uniquement des plans qui incitent à des activités plus respectueuses de la nature. À défaut de quoi on " subventionnera de futures pandémies ". Ensuite, les scientifiques demandent d'adopter une approche " One Health ". Cette approche reconnaît les interconnexions complexes entre la santé des personnes, des animaux, des plantes et l'environnement, et tient compte des conséquences à long terme des actions de développement. Enfin, les quatre experts mondiaux demandent de financer, de manière adéquate, les systèmes de santé et d'inciter à un changement de comportement au plus près des zones de risques de pandémie.

Pour formuler cet appel, les quatre experts se sont appuyés sur les rapports de l'IPBES, en particulier l'évaluation mondiale de mai 2019 montrant qu'un million d'espèces de plantes et d'animaux étaient menacées. Le Giec de la biodiversité annonce trois nouvelles évaluations ayant un lien direct avec la crise actuelle. Elles porteront sur l'utilisation durable des espèces sauvages, les espèces exotiques envahissantes et l'évaluation des multiples valeurs de la nature.

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Pandémies et biodiversité : l'avertissement solennel de quatre experts de l'IPBES

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Quatre experts mondiaux de l'IPBES lancent un appel solennel à réorienter les plans de reprise face au potentiel de dévastation présenté par de futures pandémies. " Une seule espèce est responsable de la pandémie de Covid-19 : la nôtre ", affirm...

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Trafic illégal d'espèces sauvages : WWF appelle à la mobilisation du secteur logistique et transport

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Une planète, une santé | Muséum national d'Histoire naturelle

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La centralité des problèmes environnementaux pour le post-coronavirus

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Vidéo du début jusqu'à 13 min (14/05/2020) | sur ARTE

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Vidéo du début jusqu'à 13 min (14/05/2020) | sur ARTE

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Primatologue et éthologue à renommée mondiale, Jane Goodall publie une tribune pour alerter sur l’urgence écologique et appelle à tirer les leçons de cette crise sanitaire / Jane Goodall : comment une scientifique est devenue une icône écolo
"C’est notre mépris pour la nature et notre manque de respect pour les animaux [...] qui ont causé cette pandémie." Primatologue et éthologue à renommée mondiale, Jane Goodall a permis des avancées fondamentales sur l’étude des chimpanzés. Aujourd’hui, alors que les grands singes pourraient être vulnérables au virus, elle publie une tribune pour alerter sur l’urgence écologique et appelle à tirer les leçons de cette crise sanitaire. L’éthologue, qui plaide pour l’interdiction permanente du trafic, de la consommation et de l’élevage des animaux sauvages, rappelle ainsi qu’il est "important de considérer [leur] bien-être, involontairement responsables de ces zoonoses."

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Tribune : "La résilience de notre économie passe par des territoires résilients" - UICN France

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Dans une tribune publiée sur le JDD, des représentants d'espaces naturels et de zones protégées en France appellent à une reprise économique prenant en compte climat et biodiversité. Bernard Cressens, Président du Comité français de l'UICN est un des co-signataires.

Le coronavirus n'est que l'un des symptômes du dysfonctionnement de nos sociétés mondialisées dont l'une des conséquences est la transmission facilitée d'agents infectieux entre les animaux sauvages et l'humain.

Même si la littérature scientifique en fait déjà état depuis plusieurs dizaines d'années, il n'est plus possible d'ignorer les liens existants entre déforestation, commerce d'espèces sauvages, agriculture intensive ou artificialisation des sols et incidence de maladies infectieuses chez l'homme. La presse nationale et internationale s'est d'ailleurs très largement faite le relais de ces constats et l'ensemble de la classe politique semble s'être rangé derrière les appels croissants à un changement de société, socialement et environnementalement plus juste. Comment ne pas formuler ce vœu ?

Face à cette crise sanitaire, et à la crise économique majeure qui s'annonce, il est frappant de trouver une communauté d'origine avec la crise climatique et le déclin dramatique de la biodiversité. Nous nous devons de profiter du " jour d'après " pour tenter de résoudre transversalement l'équation, d'autant que nos efforts en la matière restent pour le moins insuffisants.

Cette réalité est appréhendée de façon différente selon nos sensibilités mais elle se traduit déjà par des projets de relance de l'économie d'une ampleur jamais atteinte et par des projets de relocalisation massifs. Que notre gouvernement se consacre à cette priorité est tout à fait légitime mais nous croyons qu'il est tout aussi légitime de privilégier dans sa démarche la construction d'une économie résiliente, centrée sur la préservation de la nature et des services qu'elle nous rend.

" Le répit que vit la planète pendant que nous sommes confinés ne doit pas se transformer en sursis "

Ainsi, quel que soit le plan qui sera retenu il est impératif que les États ne privilégient pas des stratégies de relance à court terme au détriment de leurs engagements climatiques et environnementaux. En d'autres termes, le répit que vit la planète pendant que nous sommes confinés ne doit pas se transformer en sursis.

La France est entrée en récession et il nous sera extrêmement difficile de soutenir une économie dont la vulnérabilité est exacerbée par les effets du changement climatique. Nous savons qu'il est déjà impossible à certains territoires d'accueillir de nouvelles entreprises, faute d'une ressource en eau de qualité, en quantité suffisante. L'an dernier, en France, 85 départements faisaient l'objet de restrictions d'usage du fait d'une sécheresse généralisée et les pénuries, qui se multiplient dans un contexte climatique changeant, remettent aujourd'hui en question la pérennité d'activités économiques historiques.

Notre capacité à rembourser la dette que nous allons contracter pour relancer notre économie est fortement conditionnée à la capacité de notre pays à s'adapter au changement climatique. C'est une priorité, car des territoires vulnérables, dont les fonctionnalités écologiques ont été dégradées, sont eux même le support d'un tissu économique fragile.

En toute logique, si nous voulons rebâtir une économie résiliente, nos territoires ruraux et urbains doivent eux aussi êtres résilients aux effets du changement climatique, capables de protéger la ressource en eau (en préservant les stocks naturels et en l'épurant), de conserver leur stock de carbone naturel, de préserver les paysages, les espaces et les espèces, non pas uniquement pour leur intérêt propre mais parce qu'ils sont indispensables à toute vie et à toute activité économique. Il en va ainsi de l'ensemble des écosystèmes et notamment des milieux humides : des marais, des mangroves, des récifs coralliens, des tourbières, des prairies inondables, des lagunes, des mares et des étangs, en passant par l'ensemble des cours d'eau, ruisseaux et chevelus de tête de bassins versants (qui sont les châteaux d'eau naturels de la France).

" Des territoires vulnérables aux aléas climatiques sont le support d'activités économiques fragiles "

Depuis des années, nous détruisons nos espaces naturels. 7m² de nature sont bétonnés chaque seconde dans le monde. Ce qui est vrai au Brésil l'est aussi chez nous, d'autant que nous contribuons à cette destruction en important des produits issus de la déforestation. Depuis le début du 18e siècle, ce sont 87 % des zones humides mondiales qui ont été détruites ou dégradées.

Selon le Secrétariat de la Convention de Ramsar, entre 1970 et 2015, environ 35 % des zones humides de la planète ont disparu et le rythme de disparition s'est accéléré depuis 2000. Aucune région n'est épargnée. Nous ne pouvons plus nous permettre l'indécence de détruire notre planète dans une logique de profit à court terme et, avec elle, les services vitaux qu'elle nous rend gratuitement. Il s'agirait d'une perte à moyen-long-terme.

Après la crise sanitaire, il existe un véritable risque pour que la destruction de nos écosystèmes se poursuive dans l'indifférence générale. Les responsables politiques doivent aujourd'hui prendre conscience que la relance de notre économie est illusoire si elle contribue à neutraliser les services que nous rend la nature, et si elle se fait au mépris des solidarités territoriales.

Au-delà de ses multiples conséquences sociales et économiques, cette crise nous offre en effet l'opportunité de faire de l'atténuation et de l'adaptation au changement climatique les nouveaux déterminants de nos politiques publiques, dans lesquelles les zones humides ont un rôle majeur à jouer. Ces terres d'eau sont des territoires pionniers pour la transition écologique et sociale et, comme " Solutions fondées sur la Nature " (SFN), elles sont plus que pertinentes pour répondre aux grands défis sociétaux : santé, sécurité alimentaire, approvisionnement en eau ...

Définies par l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), les SfN consistent à protéger, gérer de manière durable et restaurer des écosystèmes pour relever directement les défis de société. Elles sont à ce titre plébiscitées dans les derniers rapports du GIEC, de l'IPBES et des Nations Unies sur l'eau et le changement climatique, comme étant indispensables pour répondre à de nombreux enjeux planétaires relatifs à l'eau, et apporter dans le même temps des avantages dans tous les domaines du développement durable.

Le " jour d'après " doit donc privilégier dès que possible cette approche, dans une logique de maintien de l'approvisionnement en eau douce face à une demande qui risque de croitre rapidement du fait de la relocalisation des filières stratégiques sur le sol français.
Aujourd'hui nous devons enfin faire rimer économie et climat, relance et services écosystémiques, emploi et préservation de la biodiversité. Alors, renonçons à mettre à l'agenda politique des projets de loi qui mettent à mal le droit de l'environnement et, au contraire, mettons à l'honneur l'atténuation et l'adaptation au changement climatique et les solutions fondées sur la nature pour enrayer la lente agonie des terres d'eau, pourtant vitales pour l'humanité.

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TRIBUNE "La résilience de notre économie passe par des territoires résilients" - UICN France

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Dans une tribune publiée sur le JDD, des représentants d'espaces naturels et de zones protégées en France appellent à une reprise économique prenant en compte climat et biodiversité. Bernard Cressens, Président du Comité français de l'UICN est un des co-signataires.

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Le pangolin est l'espèce la plus braconnée au monde. Christophe Archambault / AFP

Du VIH au SARS, de la grippe aviaire à Ebola, les grandes épidémies naissent lors de contacts trop rapprochés entre les hommes et les animaux. Le risque est aggravé lorsque des espèces sont transportées loin de leur aire de répartition naturelle autour de laquelle les populations humaines ont pu développer une certaine immunité.

Après la détection d'un cas de grippe aviaire hautement pathogène chez un oiseau au Royaume-Uni, et en raison du risque sanitaire qu'il portait, l'Union européenne a décidé en octobre 2005 d'interdire toute importation d'oiseaux de pays tiers. Le lien entre prévention des maladies infectieuses et commerce international d'animaux sauvages était déjà clairement établi.

L'origine animale du Codiv-19 semble elle aussi faire consensus parmi la communauté scientifique : le virus, hébergé dans des populations de chauve-souris, aurait transité par un hôte intermédiaire, le pangolin, pour ensuite contaminer l'homme.

Une étude publiée dans la revue Nature le 26 mars 2020 décrit le pangolin comme le seul mammifère connu (en dehors de la chauve-souris) infecté par un coronavirus apparenté au CoV-2 du SARS. Ces travaux semblent confirmer que la présence de cette espèce au sein du marché de Huanan, à Wuhan, où la pandémie a débuté, a pu jouer un rôle dans la transmission du virus à l'homme.

Le pangolin, objet de convoitises

Le pangolin détient aussi le triste statut d'espèce la plus braconnée au monde.

Présent en Asie et en Afrique, c'est un insectivore solitaire, appréciant les fourmis, extrêmement facile à chasser : son mécanisme de défense face à ses prédateurs habituels, félins ou singes, consiste à s'enrouler sur lui-même. Une fois trouvé, le chasseur n'a plus qu'à le ramasser. Autrefois largement présent en Chine, ses populations se sont depuis longtemps effondrées.

Entre les années 1960 et 1980, jusqu'à 160 000 pangolins auraient été récoltés chaque année dans le pays à des fins de consommation. La sous-espèce de pangolin chinois est désormais classée " en danger critique d'extinction " par l'Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN).

Face à la convoitise que suscitent les pangolins, les États parties à la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d'extinction ( CITES) ont décidé en 2016 de transférer les huit espèces de pangolins de l'Annexe II à l'Annexe I, celle des espèces menacées d'extinction dont le commerce n'est autorisé que dans des conditions exceptionnelles.

Depuis cette date, aucun commerce international de pangolins ne peut être autorisé sans permis d'importation et d'exportation délivrés par des autorités scientifiques. En Chine, l'article 27 de la loi du 8 novembre 1988 pour la protection de la faune interdit la vente, l'achat ou l'utilisation des produits de ces espèces protégées. L'article 151 du code pénal chinois réprime leur trafic d'une peine de plus de 5 ans d'emprisonnement, pouvant aller jusqu'à la mort si les circonstances sont particulièrement graves.

La Chine responsable de la crise ?

Les pangolins chinois ayant disparu, leur chasse étant par ailleurs interdite, ceux mis en vente sur le marché de Wuhan étaient nécessairement issus de filières clandestines, importés en violation des dispositions de la convention CITES et de la loi chinoise sur la protection de la faune. La responsabilité de la Chine pour ne s'être pas suffisamment assurée du respect des normes environnementales pourrait-elle être recherchée ?

Le Secrétariat de la convention CITES, assuré par le Programme des Nations Unies pour l'environnement, pourrait considérer à la lumière de ces éléments que les dispositions de la convention n'ont pas été effectivement appliquées par les autorités chinoises et leur demander l'adoption de mesures correctives (article XII de la Convention).

La Conférence des Parties pourrait également adresser à la Chine toute recommandation qu'elle juge appropriée. La Chine a vraisemblablement anticipé ces critiques en renforçant sa législation sur les espèces sauvages. Le 24 février 2020, le Comité permanent du Congrès national du peuple a totalement interdit le commerce et la consommation d'animaux sauvages, qu'ils soient ou non sur les listes d'espèces protégées.

En théorie, un État pourrait également saisir la Cour Internationale de justice (CIJ) pour dénoncer la violation, par la Chine, des dispositions de la convention CITES. Le moyen avait été invoqué par l'Australie à l'égard du Japon dans le contentieux relatif à la chasse à la baleine dans le Pacifique.

56 pays impliqués dans le trafic de pangolins

En réalité, il est peu probable que de telles procédures soient mises en œuvre, tant le trafic des espèces sauvages constitue un fléau mondial auquel tous les États sont confrontés.

Un rapport de l'UICN pour le Secrétariat de la Convention CITES révélait en 2017 que 56 États étaient impliqués dans le commerce illégal de pangolins (comme pays d'origine, d'exportation, de transit et/ou de destination) et que ce commerce était mondial.

Le trafic d'espèces sauvages figure parmi les activités criminelles les plus lucratives, souvent associé à d'autres activités illicites comme le blanchiment d'argent et la corruption.

Selon un rapport d'Interpol, il constitue avec les autres atteintes à l'environnement la principale source de financement des groupes armés et terroristes dans le monde. La protection des espèces est aussi un enjeu de nature sécuritaire.

La crise du Covid-19 permettra-t-elle de renforcer la lutte contre le braconnage et le trafic d'espèces ? Rien n'est moins sûr à court terme car la crise sanitaire pourrait paradoxalement accroître encore la pression sur la faune sauvage.

Des populations entières en Afrique et en Asie ont recours à des remèdes à base de plantes ou d'animaux pour renforcer leur système immunitaire.

D'autres se vengent sur des populations de pangolins ou de chauves-souris prétendument responsables de la maladie. Enfin, l'arrêt brutal du tourisme - et de ses devises - dans les parcs africains laisse le champ libre aux braconniers.

Attaquer les causes profondes de la crise sanitaire

Deux évènements internationaux sont cependant susceptibles de changer la donne. Le Congrès mondial de la nature de l'UICN, qui devait se tenir à Marseille au mois de juin, est reporté en janvier 2021.

Portée par une quarantaine d'organisations membres de l'UICN, y compris le ministère français des Affaires étrangères, une motion demande aux États de " traiter les crimes environnementaux comme des infractions graves " en prévoyant des sanctions pénales dissuasives et proportionnées, et en accroissant les moyens accordés à la lutte contre cette criminalité. Les liens entre trafics d'espèces protégées et crise sanitaire devraient lui conférer une dimension nouvelle.

Quelques mois plus tard se tiendra en Chine la 15 e Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique, initialement prévue au mois d'octobre 2020. Il s'agit d'un rendez-vous majeur destiné à déterminer le cadre d'action des trente prochaines années pour tenter d'enrayer l'effondrement de la biodiversité.

Les causes plus profondes de cette crise sanitaire, liées à la déforestation et à la perte des habitats naturels entraînant une trop grande proximité avec la faune et la flore sauvages y seront abordées. L'exigence de distanciation sociale entre humains pour freiner l'expansion de la pandémie pourrait déboucher sur des propositions concrètes visant à nous distancier plus durablement de la faune sauvage.

Vers une nouvelle régulation du trafic

Dans le cadre de la Convention CITES, la décision de limiter le commerce international d'une espèce est conditionnée à sa menace d'extinction, sans prise en compte des risques sanitaires que le commerce de certaines d'entre elles est susceptible de créer.

Le réseau de surveillance du commerce de faune et de flore sauvages " Traffic " appelait en avril 2020 à une réponse internationale coordonnée contre les risques de maladies liés au commerce des espèces sauvages, évoquant un nouvel accord international qui pourrait être développé sous les auspices de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'Organisation mondiale de la santé animale (OiE).

En France, la réforme visant à créer des juridictions spécialisées pour l'environnement devrait être relancée dès la sortie de crise de manière à ce que nous disposions de magistrats spécialement formés pour lutter contre les crimes environnementaux. Les ports et aéroports français sont en effet les lieux de transits de nombreux trafics entre l'Afrique et l'Asie dans lesquels les saisies d'animaux sauvages, y compris de pangolins, sont courantes.

Un vendeur de pangolins du marché de Wuhan, pour un bénéfice de quelques centaines d'euros, aura probablement provoqué la plus grave crise sanitaire et économique que le monde ait connue depuis plus d'un siècle. L'analyse coûts-bénéfices de la transaction réalisée milite pour que des moyens plus importants soient enfin alloués à la protection de la faune sauvage et que cessent les trafics illicites.

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Trafic d'espèces et pandémie : quelles réponses au non-respect des normes ?

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Du VIH au SARS, de la grippe aviaire à Ebola, les grandes épidémies naissent lors de contacts trop rapprochés entre les hommes et les animaux. Le risque est aggravé lorsque des espèces sont transportées loin de leur aire de répartition naturelle autour de laquelle les populations humaines ont pu développer une certaine immunité.

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BIODIV’2050
Santé et Biodiversité : nécessité d’une approche commune
CDC Biodiversité et Fondation Rovaltain (2019). Santé et Biodiversité : nécessité d’une
approche commune, Mission Économie de la Biodiversité, Paris, France, 52p.

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Peu rentable, la recherche de nouvelles espèces animales et végétales souffre de manque de moyens. Si les chiffres du nombre d'espèces connues divergent selon les scientifiques, une chose est certaine : plus le temps passe, moins il y en aura à découvrir.

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Chaque mois, Libération creuse une thématique environnementale. Après la chasse et le ski, troisième épisode, pourquoi préserver la biodiversité, c'est préserver notre santé.

A l'heure de la technologie reine et du lancement de grandes campagnes spatiales à destination de Mars, il est toujours aussi surprenant de réaliser à quel point nous connaissons peu notre propre planète.

L'ordre de grandeur de ce qu'on ne sait pas est tel que le chiffre exact importe peu. En 2016, deux chercheurs de l'université de l'Indiana estimaient que les espèces vivantes connues représentaient 0,001% du total. Selon le chercheur au CNRS Philippe Grandcolas, le chiffre serait plutôt autour de 20%. Avec un bémol. "On dit que la science a décrit 2 millions d'espèces, environ. Mais nous en connaissons bien quelques dizaines de milliers. Pour les autres, il s'agit de quelques pages dans des vieilles publications de taxonomie", précise-t-il.

Autre précision utile : inconnu pour la science ne signifie pas perdu pour tous. Depuis moins de cinq ans, une nouvelle espèce de taupe a été décrite en France ( oui, oui). Elle était bien sûr connue des gens du coin mais pas comme une espèce différente de ses voisines.

Qui sont les êtres vivants les plus présents sur Terre ?

Ces précautions étant prises, comment expliquer que l'on connaisse aussi mal le vivant ? L'anthropocentrisme est une première explication. Sur 550 gigatonnes de carbone (GtC) d'êtres vivants sur Terre, l'homme représente 0,006 Gt, les mammifères et les oiseaux 0,1 Gt... Le reste ? Des plantes, essentiellement pour 81% du total, mais aussi des bactéries, des arthropodes ou encore des annélides. Bref, des trucs qu'on ne regarde pas trop, ou avec difficultés. Les êtres humains préfèrent regarder les oiseaux que les insectes (du moins passé 12 ans).

L'effet collecteur

Ensuite, il y a les écosystèmes mal connus. Le fond des océans, les forêts tropicales, les déserts, autant d'endroits vastes et en grande partie inexplorés scientifiquement. Et quand ils le sont, intervient le fameux effet collecteur qui peut se résumer comme suit : on connaît mieux les endroits les plus accessibles. "C'est ainsi que les données de répartition des arbres en Amazonie suivent les cours d'eau qui sont autant de voies d'accès faciles, illustre Philippe Grandcolas. Même aux Etats-Unis, le nombre d'espèces de plantes recensé est fonction de la proximité avec un campus universitaire."

Rechercher de nouvelles espèces et explorer le vivant peut paraître fastidieux. Ce thème était très à la mode au XIX e siècle, mais la science s'en est depuis détournée au profit d'autres secteurs plus immédiatement rentables. "Les gens nous disent : "Cela fait deux siècles que vous êtes dessus, vous n'avez pas fini ?" Non, nous n'avons pas fini. Il faut des équipes pour faire avancer ces projets. Malheureusement, ce secteur est moins financé, et de moins en moins important en termes de personnes", soupire Philippe Grandcolas.

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Le déclin a commencé...

Plus le temps passe, moins il reste à étudier. Tous les indicateurs sur la biodiversité connue pointent vers le rouge. L'Union internationale pour la conservation de la nature considère que 31 030 espèces sont menacées d'extinction. Et elle n'a évalué que 116 177 espèces !

En 2012, l'Organisation des Nations unies pour l'environnement (Onue) a lancé la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (Ipbes), regroupement d'experts sur le sujet, un peu sur le modèle du Giec pour le climat. Dans son rapport, l'Ipbes estime qu'environ 1 million d'espèces animales et végétales sont aujourd'hui menacées d'extinction, notamment au cours des prochaines décennies, ce qui n'a jamais eu lieu auparavant dans l'histoire de l'humanité. Les résultats sont bien évidemment différents selon les catégories d'êtres vivants regardés.

...et il s'accélère

La vitesse de cette extinction donne le tournis. La dernière méta-analyse publiée dans la revue scientifique Science, "la plus vaste à ce jour" sur les insectes constate une chute d'environ 24% en trente ans, particulièrement marquée en Amérique du Nord et dans certaines régions d'Europe, avec une accentuation inquiétante du déclin depuis 2005 sur le Vieux Continent.

En effet, les données locales sous nos latitudes font froid dans le dos. En Allemagne, une étude menée sur vingt-sept ans annonce la disparition de 75 % des insectes volants dans le pays - et cela seulement dans les zones naturelles protégées.

En France, 39% des espèces de poissons d'eau douce sont "menacées" ou "quasi menacées de disparition" contre 30% il y a dix ans. Ce n'est pas mieux sur terre. L'étude par le CNRS de 160 zones de 10 hectares d'une plaine céréalière typique des territoires agricoles français situées sur la Zone atelier Plaine & Val de Sèvre fait état d'une réduction de la population de certains insectes allant jusqu'à 80% entre 1995 et 2017. Les chiffres pour les oiseaux sont de -35% pour l'alouette des champs et -80% pour la perdrix grise (évalué en comptant le nombre de mâles chanteurs par carré de 10 hectares).

Dans son rapport, l'Ipbes a estimé le pourcentage cumulé d'espèces d'animaux disparues depuis l'année 1500. La révolution industrielle semble avoir été fatale aux amphibiens, reptiles et poissons notamment.

Car les causes de ces disparitions sont bien établies et l'homme a sa main dans presque toutes. En premier, les changements d'usage des terres et de la mer qui chassent les espèces de leur lieu de vie. En deuxième, l'exploitation directe de certains organismes (on pense à la pêche). Viennent ensuite le changement climatique, la pollution, les espèces exotiques envahissantes et les pathogènes.

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plate-forme intergouvernementale sur la biodiversité et les services écosystémiques

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organisation des nations unies pour l'environnement

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La biodiversité, mal connue et mal préservée

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Peu rentable, la recherche de nouvelles espèces animales et végétales souffre de manque de moyens. Si les chiffres du nombre d'espèces connues divergent selon les scientifiques, une chose est certaine : plus le temps passe, moins il y en aura à découvrir.

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Dans les cités silencieuses, les scientifiques à l’écoute de la biodiversité retrouvée

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Dans les cités silencieuses, les scientifiques à l'écoute de la biodiversité retrouvée

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Avec le confinement et l'arrivée du printemps, la biodiversité urbaine ne réapparait pas seulement dans les rues, elle se fait aussi entendre. Nombreuses sont les oreilles disponibles pour entendre oiseaux, insectes et même batraciens. Dont celles de centaines de scientifiques qui ont lancé un projet d'envergure appelé " silent cities ".

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L'écologue de la santé Serge Morand souligne le lien entre destruction de la biodiversité, élevage intensif et explosion des maladies infectieuses. Et appelle à changer d’urgence de modèle agricole, pour éviter de nouvelles crises sanitaires.

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Tous les jours,

, le rendez-vous environnement de
Libération
Serge Morand est écologue de la santé, directeur de recherche au CNRS et au Cirad et enseigne à la Faculté de médecine tropicale de Bangkok, en Thaïlande. Pour lui, il est urgent de préserver la diversité génétique dans la nature et l'agriculture pour éviter la multiplication des pandémies.

Retrouvez notre dossier La biodiversité, c'est la santé

Plusieurs espèces d'animaux sauvages ont été accusées d'avoir transmis le Covid-19 à l'homme (pangolin, chauve-souris...). Qu'en est-il ?

Il est à 98% certain que le Covid-19 trouve son origine dans un coronavirus de chauve-souris. Mais il y a peu de chances qu'il soit passé directement de la chauve-souris à l'humain, car il faut un petit changement dans la structure du génome du virus pour lui permettre d'entrer dans les cellules humaines. Pour cela, d'autres animaux servent souvent de passerelles permettant "d'humaniser" les virus et autres pathogènes hébergés dans les animaux sauvages. C'est ce qu'on appelle "l'effet d'amplification". Le premier Sars-coronavirus, en 2002, était passé par une civette (ou chat musqué). Et le Mers-coronavirus, au Moyen-Orient, en 2012, était passé par un dromadaire. Pour ce nouveau Sars-CoV-2, le virus responsable du Covid-19, c'est le pangolin qui aurait permis cette humanisation. Ce n

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"La crise du coronavirus est une crise écologique"

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L'écologue de la santé Serge Morand souligne le lien entre destruction de la biodiversité, élevage intensif et explosion des maladies infectieuses. Et appelle à changer d'urgence de modèle agricole, pour éviter de nouvelles crises sanitaires.

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Le virus SARS-CoV-2 a-t-il été créé en laboratoire ? Est-il naturel mais sa dissémination le résultat d'une erreur de manipulation humaine ? Ou est-il passé de l'animal à l'homme sur un marché d'animaux sauvages de Wuhan ? Entre théories non étayées et hypothèses qui relèvent du doute raisonnable, Chloé Hecketsweiler, journaliste santé au Monde, reprend point par point la question des origines du nouveau coronavirus dans le neuvième épisode de Pandémie, le podcast du Monde consacré à la crise sanitaire.

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et retrouvez ici l'ensemble des épisodes publiés.

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Podcast. Quelles sont les origines du coronavirus ?

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Le virus SARS-CoV-2 a-t-il été créé en laboratoire ? Est-il naturel mais sa dissémination le résultat d'une erreur de manipulation humaine ? Ou est-il passé de l'animal à l'homme sur un marché d'animaux sauvages de Wuhan ?

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En 2019, dans l'État de Para au Brésil, sur une nouvelle portion de la route transamazonienne. Nelson Almeida/AFP

Combien y a-t-il de micro-organismes pathogènes sur Terre ? Un certain nombre... un nombre gigantesque !

Un programme nord-américain, financé par US-AID (l'équivalent de notre Agence française de développement), intitulé PREDICT et financé à hauteur de 65 millions de dollars, a choisi de déterminer les espèces de virus présentes chez les chauves-souris. Pourquoi ces mammifères ? Tout simplement parce qu'ils constituent le groupe taxonomique comprenant le plus d'espèces, relativement bien connues, et que ce groupe a déjà été identifié comme porteur de nombreux virus très pathogènes pour l'humain.

Ce programme a ainsi permis d'identifier près de 380 nouveaux virus portés par ces animaux. À partir de là, les chercheurs ont effectué des calculs statistiques pour extrapoler le nombre de virus qu'il reste à découvrir chez les espèces de mammifères terrestres.

Ce nombre est estimé entre 360 000 et 460 000 nouvelles espèces de virus à découvrir. Vertigineux...

Des milliards de micro-organismes régulateurs

Les travaux menés par le programme PREDICT n'indiquent toutefois pas le pouvoir pathogène de certains de ces virus pour l'espèce humaine ; et ils n'ont d'ailleurs pas caractérisé le virus du Covid-19, responsable de la pandémie actuelle essentiellement par ce que c'est une forme recombinante et donc imprévisible par nature. Cette recherche n'a pas non plus identifié les très nombreuses espèces de bactéries, champignons parasites, helminthes ou encore protozoaires que les chauves-souris abritent. On comprend bien que le nombre de micro-organismes hébergés par ces animaux est incommensurable.

La diversité biologique en micro-organismes sur Terre est une fonction puissance du nombre d'espèces animales, c'est-à-dire qu'il faudrait multiplier ce nombre par lui-même plusieurs dizaines ou centaines de fois pour obtenir le nombre de micro-organismes totaux. C'est très certainement de plusieurs facteurs exposants qu'il faudrait estimer cette diversité en micro-organismes, en fonction du nombre d'espèces animales sur Terre. Et il faudrait le faire en prenant en compte ce qu'abritent naturellement les eaux continentales et côtières, les sols, les plantes, les systèmes racinaires de plantes...

La vie que nous voyons s'organise autour d'une diversité invisible (dark biodiversity) constituée de micro-organismes qui assurent des fonctions essentielles dans les écosystèmes. Sans eux, ces derniers s'écroulent ou sont moins résilients aux aléas et aux crises environnementales et anthropiques. Les idées qui se diffusent aujourd'hui dans le domaine médical, concernant le microbiome intestinal de l'être humain et sa diversité bactérienne comme garante d'une meilleure santé des individus, constituent des applications directes de ce que nous enseignent les écologues travaillant sur des systèmes plus complexes depuis maintenant plus de 40 ans.

Read more: Biodiversité, combien de millions d'espèces ?

Faut-il dès lors explorer et décrire cette diversité microbienne afin d'identifier les possibles agents de futures épidémies ? Nous le décririons, en ayant les moyens humains et financiers pour le faire, que des crises sanitaires se déclencheraient de manière insidieuse, avant même que ce travail titanesque ait pu faire un premier tour de toutes ces descriptions !

Puisque la vie que nous observons s'organise et se régule grâce à ces myriades de micro-organismes, quelle est la part de responsabilité des activités humaines dans les dérèglements actuels ? Aurions-nous entrouvert le couvercle de la boîte de Pandore, laissant un flux plus conséquent de micro-organismes s'échapper, avec des conséquences potentiellement désastreuses ?

La réponse est affirmative. Par nos pratiques et, plus généralement, nos organisations sociétales, nous interagissons aujourd'hui plus fortement avec les écosystèmes naturels et leur biodiversité. La déforestation en hausse dans les zones inter-tropicales - au Brésil, en Indonésie et en Afrique centrale -, mais aussi la recherche de nouvelles terres pour le développement de l'agriculture et l'installation de populations, sont autant de facteurs qui nous exposent à de nouveaux microbes et nous fait interférer avec des cycles naturels de micro-organismes, animaux en particulier.

On qualifie ces cycles d'" enzootiques " ou " sylvatiques ", car un nombre important d'entre eux se déroule dans les écosystèmes forestiers, en particulier tropicaux. Ces activités humaines qui ont cours de manière massive dans de très nombreuses régions du monde, " réveillent " en quelque sorte des cycles microbiens naturels, auparavant peu ou jamais exposés aux humains.

L'accroissement de la taille des villes, notamment dans les régions intertropicales (plus de 20 villes aujourd'hui avec des populations de 8 millions d'habitants et plus), expose les populations à des dangers microbiologiques nouveaux, plus importants et plus fréquents. Cela est d'autant plus possible que ces mêmes villes concentrent en leurs marges des populations démunies, parmi les plus pauvres de la planète.

@IRD/Jean‑Pierre Montoroi, CC BY-NC-ND

En dehors de ces métropoles (Bangkok, Manaus, Lagos, par exemple), des élevages très nombreux et variés (canard, poulet, porc) se sont développés et coexistent dans les zones périurbaines ; ils facilitent le transfert de microbes des uns aux autres, mais relient aussi la faune sauvage à cette faune domestiquée et aux réceptacles que peuvent constituer les populations humaines.

C'est ici même que se trouvent les nouvelles infections humaines.

Cette réalité dépasse la fiction : elle nous rappelle notre existence d'humains vulnérables, aussi arrogants que crédules. Les agents pathogènes des hommes ne sont pas apparus le 7 e jour de la Création... ils émergent au gré de nos activités et de nos pratiques par circonstance, par opportunisme. Jamais par nécessité propre.

Des pressions humaines accrues

Imaginons deux mondes : celui du dessus ( Upper World), visible par chacun d'entre-nous et incluant toute la biosphère, dont les humains ; et le monde du dessous ( Under World), invisible à nos yeux, constitué des millions, des milliards, de micro-organismes, ceux évoqués précédemment. Ces deux mondes ont toujours coexisté, ils s'interpénètrent. Le premier compartiment de l' Upper World n'existerait pas sans celui caché de l' Under World. Cette métaphore nous rappelle évidemment de nombreux films de science-fiction.

Mais cette image est également très proche de certains textes de la mystique et de la mythologie juives, autour de la création du golem, cet être artificiel à apparence humaine, fait d'argile, et créé pour assister et défendre son créateur. Né de la terre glaise, apparaissant très tôt dans la littérature talmudique puis dans certains contes chrétiens, il est dit dans le Talmud que Dieu, en créant Adam, le fit d'abord golem en l'extrayant de la terre. Le golem sera par la suite rappelé à la " poussière " dont il était né.

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Il existe dans l'histoire humaine, passée et récente, nombre d'analogies avec ces Upper et Under Worlds.

En défrichant la terre pour y semer les premières graines et en chassant les grands mammifères sauvages pour constituer leurs premiers troupeaux, les civilisations humaines du Néolithique ont été parmi les premières à interagir de manière importante avec l' Under World.

À la fin du Néolithique, en Mésopotamie, on estime la population humaine de plusieurs centaines de milliers d'habitants à 3 millions, mais guère plus. En France, à cette même période, on y rencontre 500 000 habitants au maximum.

Des siècles plus tard, au 1 er janvier 2019 plus précisément, nous étions 7,7 milliards d'humains sur Terre. Le nombre d'animaux d'élevage, et plus singulièrement de vaches, constitue aujourd'hui 20 % de la biomasse animale de la planète. Les élevages occupent 30 % de zones occupées précédemment par la biodiversité et mettent aujourd'hui en péril près de 40 % des espaces naturels protégés.

Read more: 7,7 milliards d'humains en 2019 : sommes-nous trop nombreux sur Terre ?

En 2016, selon les statistiques fournies par les Nations unies, les surfaces agricoles couvraient 37,4 % des terres émergées pour atteindre un pic dans les années 1991 avec 39,1 % de couverture. Depuis 1992, le pourcentage de surface agricole mondiale se stabilise autour de 37 %. Si l'espace ne manque cependant pas encore sur Terre, 55,3 % de la population terrestre se concentre dans les villes en 2018 avec 46 % de cette population mondiale présente en Asie orientale et du Sud-Est.

Les terres soustraites aux écosystèmes naturels et à l'agriculture par l'urbanisation et la périurbanisation sont souvent parmi les plus fertiles. Si on dispose de peu de statistiques mondiales à ce propos, on estime que l'équivalent d'un département français est artificialisé tous les 5 à 6 ans ; ainsi près de 10 % de la surface agricole utile disparaîtra d'ici 2060.

Read more: La biodiversité des sols nous protège, protégeons-la aussi

Au travers de ces statistiques générales, on comprend bien en quoi les activités humaines interfèrent massivement, et de manière toujours plus fréquente, avec l' Under World. Par leurs impacts sur les écosystèmes et leur diversité biologique, les êtres humains permettent un flux de communications, plus intensif et continu, vers l' Upper World de myriades de micro-organismes dont certains se révèlent être ce que l'on appelle des " agents infectieux émergents " pour l'humain. Les animaux, sauvages et domestiques, ainsi que les plantes, naturelles et cultivées, subissent ce même type de phénomène à l'heure actuelle.

Seul un retour à la terre, dont le golem est issu, pourra refermer la porte entre les deux mondes. Tenter de supprimer le monde invisible conduirait inévitablement à la disparition de celui qui nous abrite et nous soutient. Vouloir supprimer les chauves-souris au prétexte qu'elles portent en elles les actuels et futurs germes pathogènes pour l'espèce humaine est donc totalement stupide...

Nous préparer aux futures pandémies

Conjonctions épidémiques, conjonctions de crises environnementale, climatique, mais aussi sociale, philosophique, politique, financière, économique... Qui aurait parié il y a quelques semaines encore que la pandémie de Covid-19 ébranlerait à ce point la planète ? Nous nous posons tous énormément de questions concernant ces crises et leur nature.

Des premiers foyers, à Wuhan (Chine), du Covid-19 à sa dispersion épidémique puis son extension pandémique, tout cela nous rappelle ces idées développées par Lorenz dans les années 1960, et son désormais célèbre " effet papillon " selon lequel les battements d'ailes de cet insecte à une extrémité de la planète peuvent influer sur le climat d'une région située aux antipodes.

Selon la " théorie des catastrophes ", dans laquelle s'inscrit ce battement d'ailes de papillon, les systèmes de transmission infectieuse répondent bien aux lois simples des systèmes chaotiques. Bien que le comportement chaotique d'épidémies infectieuses paraisse souvent aléatoire et imprévisible, il obéit à des principes mathématiques assez simples qu'il sera possible d'identifier dans quelques semaines.

Avec la mondialisation des échanges, leur extension, leur fréquence, nos sociétés dépendent curieusement de ces quelques ondulations du papillon à l'autre bout du monde. Le papillon, dans les circonstances actuelles, s'incarnant en chauve-souris ou en pangolin, dont la baisse tragique des effectifs naturels et le marché asiatique ont organisé les conditions d'une infection de grande ampleur.

Le sort de nos sociétés n'est plus contingenté par des règles régionales ou nationales, mais bien par des organisations et des désorganisations extérieures et lointaines.

Au sortir de cette crise sanitaire, les citoyens, les décideurs publics, les gouvernements nationaux et les institutions internationales devraient promouvoir une nouvelle organisation mondiale, plus respectueuse des engagements de l'Agenda 2030 des Nations unies. Pour faire émerger une nouvelle forme de résilience internationale face à ces nouveaux dangers.

La recherche scientifique et la médecine doivent aussi s'adapter en promouvant la transdisciplinarité et la remise en cause des connaissances et des savoirs, établis et transmis le plus souvent comme autant de dogmes.

Quelques décennies en arrière, les enseignements de biologie et de médecine infectiologique se concentraient sur les barrières d'espèces comme obstacles au franchissement des infections. Aujourd'hui, les plus fortes promiscuités entre animaux sauvages, d'élevages, l'extension de l'agriculture et l'urbanisation massive conduisent à réinterpréter les transferts de germes microbiens, rendus plus faciles, plus volumineux et plus fréquents, entre plantes, animaux et humains.
Jean‑François Guégan a récemment publié deux articles - l'un en français, l'autre en anglais - sur le thème " Forêts et maladies infectieuses émergentes ".

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Virus : quand les activités humaines sèment la pandémie

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Combien y a-t-il de micro-organismes pathogènes sur Terre ? Un certain nombre... un nombre gigantesque ! Un programme nord-américain, financé par US-AID (l'équivalent de notre Agence française de développement), intitulé PREDICT et financé à hauteur de 65 millions de dollars, a choisi de déterminer les espèces de virus présentes chez les chauves-souris.

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Covid-19 ou la pandémie d’une biodiversité maltraitée

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Le pangolin, l'un des animaux les plus braconnés au monde aurait servi d'espèce intermédiaire dans la transmission du Covid-19 à l'homme. Wahyudi/AFP

Le monde est frappé de manière globale par l'épidémie du Covid-19. Elle touche chacun d'entre nous, nous craignons pour notre santé, celle de nos proches ou des personnes fragiles. Pour nous tous, le Covid-19 a pris infiniment plus d'importance en quelques semaines que les crises du climat ou de la biodiversité. Celles-là même qui monopolisaient récemment l'attention mondiale avec des évènements catastrophiques comme les incendies forestiers en Australie, par exemple.

Ces crises environnementales - qui nous réservent de graves problèmes à court et moyen terme - semblent pourtant infiniment moins graves au temps présent que cette épidémie menaçant de pouvoir nous toucher immédiatement dans notre corps.

Il faut cependant souligner que le Covid-19, tout comme d'autres épidémies majeures (sida, Ebola, SRAS, etc.), n'est pas sans rapport avec la crise de la biodiversité et du climat que nous connaissons.

Que nous disent ces pandémies de l'état de la biodiversité ?

Nouveaux agents pathogènes

Nous détruisons les milieux naturels à un rythme accéléré : 100 millions d'hectares de forêt tropicale coupés entre 1980 et 2000 ; plus de 85 % des zones humides supprimées depuis le début de l'époque industrielle.

Ce faisant, nous mettons en contact des populations humaines, souvent en état de santé précaire, avec de nouveaux agents pathogènes. Les réservoirs de ces pathogènes sont des animaux sauvages habituellement cantonnés aux milieux dans lesquels l'espèce humaine est quasiment absente ou en petites populations isolées. Du fait de la destruction des forêts, les villageois installés en lisière de déboisement chassent et envoient de la viande contaminée vers des grandes villes.

C'est ainsi qu'Ebola, par exemple, a trouvé son chemin vers les grands centres humains. Ce que l'on appelle la viande de brousse est même exporté vers d'autres pays pour satisfaire la demande d'expatriés et étend ainsi le risque sanitaire très loin des zones d'endémie.

Read more: Comment les changements environnementaux font émerger de nouvelles maladies

Nous chassons sans vergogne des espèces exotiques et sauvages pour des raisons sottement récréatives : attrait du rare, repas exotiques, pharmocopées naïves, etc. Le commerce des animaux rares alimente les marchés et là encore permet la contamination des grands centres urbains. L'épidémie du SRAS (syndrome respiratoire aiguë sévère) était advenue du fait ce type de circonstances, par la proximité entre chauve-souris, carnivores et consommateurs humains crédules.

En 2007, la conclusion d'un article scientifique majeur sur cette épidémie du SRAS dénonçait :

" La présence d'un réservoir important de virus de type SARS-CoV dans les chauves-souris Rhinolophidae combiné avec l'élevage pour la consommation de mammifères exotiques dans le sud de la Chine est une bombe à retardement. "

Cette bombe à retardement semble avoir explosé en novembre 2019 avec le Covid-19...

Le danger des zoonoses

La consommation et l'import-export d'animaux exotiques ont deux conséquences majeures.

Ils augmentent d'une part le risque d'épidémie en nous mettant en contact avec des agents infectieux rares. Mais souvent ces agents infectieux sont spécialisés sur une espèce et ne peuvent pénétrer notre corps, vaincre notre système immunitaire, voire même pénétrer et utiliser nos cellules, comme dans le cas des virus. Les trafics mettant en présence divers animaux permettent aux agents infectieux portés de recombiner et d'être ainsi capable de franchir la barrière entre espèces, comme cela a été le cas pour le SRAS et comme cela semble être peut être le cas pour le Covid-19.

Au-delà de la crise actuelle du Covid-19, ce risque n'est pas marginal : Il faut rappeler que plus des deux tiers des maladies émergentes sont des zoonoses, c'est-à-dire des maladies dont le réservoir de l'agent infectieux est un animal ; parmi ces zoonoses, la majorité provient d'animaux sauvages.

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Capturer et vendre ces animaux exotiques exerce d'autre part une pression énorme sur les populations sauvages. C'est le cas du [pangolin], récemment mis en lumière par le Covid-19. Ces mammifères (huit espèces en Afrique et en Asie) sont braconnés pour leur viande et leurs écailles malgré leur statut protégé : plus de 20 tonnes sont saisies chaque année par les douanes, amenant à une estimation d'environ 200 000 individus tués chaque année pour ce trafic.

Nous nous mettons ainsi doublement en danger : " création " de maladies émergentes et destruction d'une biodiversité fragile qui assume des rôles dans les équilibres naturels dont nous bénéficions.

Les circonstances de l'émergence de ces nouvelles maladies peuvent être encore plus complexes. C'est ainsi que les virus du Zika ou de la dengue sont transmis par des moustiques exotiques transportés par les humains par le biais du commerce international dans le monde entier.

Le commerce de pneus usagés dans lesquels de l'eau s'accumule et permet aux larves aquatiques des moustiques de se développer et d'être transportées est notamment incriminé. Dans ce cas, la maladie ne se répand pas par un premier contact direct entre espèce humaine et animaux réservoirs suivi par une transmission intra-humaine, mais il est transmis à l'espèce humaine par des moustiques vecteurs, ces derniers se déplaçant efficacement avec notre aide.

Jamais le moustique-tigre ou d'autres moustiques exotiques n'auraient quitté l'Asie sans notre aide !

" Un monde, une santé "

Cette initiative mondiale - " One Health " en anglais - préconise de gérer la question de la santé humaine en lien avec l'environnement et la biodiversité. Elle identifie trois objectifs principaux : lutter contre les zoonoses (maladies transmissibles des animaux aux humains et inversement) ; assurer la sécurité sanitaire des aliments ; lutter contre la résistance aux antibiotiques.

Fourni par les auteurs

Cette initiative nous rappelle avec vigueur que nous ne pouvons pas vivre dans un cocon artificiel, où nous ne serions jamais en contact avec la biodiversité, qu'elle soit sauvage, élevée ou cultivée. Deux des trois cibles de l'initiative " Un monde, une santé " - sécurité alimentaire et zoonoses - sont directement impliqués dans l'actuelle crise du Covid-19. Nous ne devrions pas créer des circuits alimentaires farfelus, qu'il s'agisse d'importer des espèces exotiques dans des conditions sanitaires incontrôlées ou de nourrir les animaux d'élevage avec des produits inappropriés, comme l'a montré la maladie de la vache folle avec la consommation de farines animales.

Prévenir les pandémies

Une fois de plus, quand il s'agit de biodiversité, les causes des crises sont connues et les remèdes aussi : quand allons-nous enfin appliquer les remèdes ?

La solution serait d'arrêter la destruction de l'environnement dans les pays du Sud - la déforestation, le transport d'animaux exotiques, le commerce mondial de n'importe quelle denrée ou espèce vivante - pour gagner quelques pour cent de rentabilité par rapport à des productions locales ou des circuits courts... On commence à entendre ici et là que " le monde ne sera pas le même après le Covid-19 ". Alors, intégrons à ce " monde de l'après " un plus grand respect de la biodiversité dans nos nouvelles règles de société... pour notre plus grand bénéfice immédiat !

Le monde que nous laisserons à nos enfants et petits-enfants sera affecté par de nouvelles pandémies, c'est malheureusement déjà sûr ... La question reste à savoir de combien de pandémies il sera question. Cela dépendra de nos efforts pour préserver la biodiversité et les équilibres naturels, partout sur la planète. Espérons qu'au-delà des drames humains actuels, le Covid-19 ait au moins l'effet positif de provoquer cette prise de conscience.
Cet article est publié en collaboration avec les chercheurs de l'ISYEB (Institut de systématique, évolution, biodiversité du Muséum national d'Histoire naturelle, Sorbonne Universités). Ils proposent ici une chronique scientifique de la biodiversité, " En direct des espèces ". Objectif : comprendre l'intérêt d'explorer le Vivant et de décrire la biodiversité.

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Covid-19 ou la pandémie d'une biodiversité maltraitée

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Le monde est frappé de manière globale par l'épidémie du Covid-19. Elle touche chacun d'entre nous, nous craignons pour notre santé, celle de nos proches ou des personnes fragiles. Pour nous tous, le Covid-19 a pris infiniment plus d'importance en quelques semaines que les crises du climat ou de la biodiversité.

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Le trafic d'animaux pourrait être une des causes du Covid-19. Dan Bennett / Wikimedia, CC BY-SA

Des virus proches du SARS-CoV-2 découverts chez des chauves-souris du genre Rhinolophus et le pangolin malais ( Manis javanica) suggèrent que ces animaux ont joué un rôle clef dans l'émergence de la pandémie de Covid-19. Mais où et comment le patient zéro a-t-il pu être contaminé ? Par quel animal ? Et dans quelles conditions ?

Les deux tiers des premiers patients atteints du Covid-19 étaient passés par le marché de Huanan (Wuhan, Hubei), spécialisé dans les produits de la mer mais dont une partie était consacrée à la faune sauvage (jusqu'à sa récente fermeture par les autorités). Même si le premier patient répertorié n'a pas fréquenté ce marché, il a de toute évidence côtoyé des personnes impliquées dans le commerce d'animaux sauvages, auxquelles il a transmis le virus.

Cela nous rappelle l' épidémie de SARS de 2002-2003, qui avait débuté dans la province chinoise de Guangdong pour ensuite s'exporter dans une trentaine de pays, faisant au total 8 096 cas et 774 décès. Le coronavirus responsable, le SARS-CoV, fait partie du groupe des Sarbecovirus, tout comme le SARS-CoV-2, mais ces deux virus appartiennent à deux lignées divergentes (82 % d'identité génomique) qui se sont séparées il y a quelques décennies. Pour mieux appréhender les hypothèses sur l'origine du SARS-CoV-2, il est primordial de revenir sur les connaissances scientifiques accumulées sur le SARS-CoV car ces deux virus montrent de nombreux points communs.

Les chauve-souris rhinolophes sont le réservoir des Sarbecovirus

Après l'épidémie de 2002-2003, plusieurs équipes de virologues ont prospecté à travers le monde à la recherche de coronavirus. Ces études ont révélé une grande diversité de Sarbecovirus chez les chauves-souris du genre Rhinolophus (communément appelées rhinolophes), en particulier en Chine, mais aussi en Europe ( Bulgarie) et en Afrique de l'Est ( Kenya). Il ne fait donc aucun doute qu'une ou plusieurs espèces de rhinolophes constituent le réservoir naturel de l'ensemble des Sarbecovirus. La lignée du SARS-CoV est représentée dans les banques de séquences par des dizaines de génomes détectés chez plusieurs espèces de rhinolophes, telles que R. affinis, R. ferrumequinum, R. macrotis, R. monoceros, R. pearsoni, R. pusillus et _R. sinicus.

La lignée du SARS-CoV-2 compte actuellement seulement trois génomes de virus de chauves-souris, tous isolés à partir de rhinolophes collectés en Chine. Deux génomes identiques entre eux à 97 % ont été séquencés à partir d'individus de l'espèce R. sinicus collectés en 2015 et 2017 dans une grotte de la ville de Zhoushan (province de Zhejiang). Ils présentent 89 % de similarité avec le SARS-CoV-2.

Le troisième génome est beaucoup plus proche du SARS-CoV-2, puisqu'il est identique à 96 % ; il a été découvert chez une chauve-souris de l'espèce R. affinis collectée en 2013 dans la mine abandonnée de Mojiang dans la province du Yunnan. En raison du Covid-19, les recherches sur le terrain vont s'intensifier et il est certain que beaucoup d'autres virus de cette lignée seront découverts dans les années à venir.

Toutes ces données indiquent que de nombreux Sarbecovirus circulent et évoluent depuis des décennies dans les colonies de rhinolophes cavernicoles de Chine et probablement aussi dans certains pays plus au Sud (Laos, Myanmar, Thaïlande et Vietnam). Beaucoup de chercheurs pensent que les chauves-souris sont insensibles à ces virus, mais cette hypothèse ad hoc n'a jamais été véritablement testée. Même si elles luttent efficacement contre la prolifération virale, il est fort probable que les populations de chiroptères soient touchées, chaque année, par une forte mortalité causée par ces virus. Cela a par exemple été montré dans des colonies de chauves-souris africaines de l'espèce Rousettus aegyptiacus, identifiée comme le réservoir du virus Marburg.

Les chauves-souris, à l'origine des contaminations humaines ?

Les trois évènements épidémiques liés aux Sarbecovirus ont débuté en Chine au début de l'hiver, en novembre 2002 et décembre 2003 dans la province de Guangdong et très probablement en novembre 2019 dans la province de Hubei. Même si les climats de ces deux provinces sont différents (subtropical à Guangdong et tempéré à Hubei), les températures minimales sont inférieures à 10 °C de décembre à février à Guangdong et de novembre à février à Hubei.

À de telles températures, les chauves-souris hibernent car elles ne peuvent plus trouver les insectes dont elles se nourrissent. Cette adaptation est apparue plusieurs fois au cours de l'évolution des chauves-souris. Dans les grottes, plusieurs espèces de chauves-souris coexistent, et notamment plusieurs espèces de rhinolophes. Certaines cavités hébergent ainsi des centaines, voire des milliers de chauves-souris. La promiscuité et l'activité régnant en période de préhibernation ( swarming en septembre-octobre) pourraient favoriser la transmission du virus entre espèces de chauves-souris.

Alexandre Hassanin

Une telle concentration d'animaux sauvages attire parfois les chasseurs, qui pour la plupart connaissent très bien les cycles saisonniers des animaux. Même si ce sont plutôt les grosses chauves-souris frugivores (taille corporelle : 8-30 centimètres) des régions tropicales qui sont généralement consommées pour leur viande, les petites chauves-souris comme les rhinolophes (taille corporelle : 4-8 centimètres) sont aussi parfois consommées, faute de mieux. La chasse représente donc une source possible de contamination humaine. Pour que cette hypothèse soit recevable, encore faut-il que des Sarbecovirus soient capables d'infecter l'organisme humain. Même si des expériences en laboratoire ont suggéré que certains virus de rhinolophes proches du SARS-CoV étaient capables d'infecter des cellules humaines, aucune donnée épidémiologique n'est venue étayer cette hypothèse. La contamination indirecte, c'est-à-dire via un hôte intermédiaire, reste donc l'hypothèse la mieux soutenue. Dans quels contextes peut-on envisager une transmission virale des chauves-souris vers une autre espèce animale ? Tout d'abord, il faut rappeler que les braconniers ne chassent pas uniquement des chauves-souris ; ils tuent ou attrapent une grande diversité d'espèces.

Pour eux, certaines espèces sont plus intéressantes si elles sont piégées vivantes car elles seront vendues beaucoup plus cher sur les marchés. C'est le cas des petits carnivores et des pangolins. Si des chauves-souris récemment tuées ou même capturées vivantes sont placées à proximité de carnivores ou de pangolins vivant en cage, on comprend alors comment une transmission interanimale a pu s'opérer.

Mais une autre hypothèse de transmission, cette fois-ci en milieu naturel, ne peut être écartée. En effet, les chauves-souris blessées ou mourantes qui tombent au sol dans les grottes sont susceptibles d'être consommées par des charognards, qui pourraient alors contracter le virus. Plusieurs espèces de petits carnivores sont connues pour se nourrir occasionnellement de charognes, comme les civettes et le chien viverrin ( Nyctereutes procyonoides), trouvés positifs au SARS-CoV par le passé, sans oublier les blaireaux et les blaireaux-furets. Par ailleurs, tous ces petits carnivores peuvent aussi attraper des chauves-souris vivantes suspendues un peu trop bas dans les cavités. Les pangolins, même s'ils consomment presque exclusivement des fourmis et des termites, peuvent aussi entrer en contact avec des chauves-souris. Puisque de nombreuses espèces de fourmis se nourrissent de charognes, il peut arriver que des pangolins lèchent des cadavres de chauves-souris et soient ainsi contaminés par des Sarbecovirus.

Le trafic d'animaux sauvages, à l'origine des épidémies ?

Dans le cas du SARS-CoV, il a été montré que ce ne sont pas les chauves-souris qui ont transmis le virus à l'homme. Lors de l'épidémie de 2002-2003, l'enquête sur les premiers patients a permis de cibler un restaurant de Shenzhen (province de Guangdong) où était servie de la viande sauvage. Ensuite, l'analyse des animaux vendus sur le marché de Shenzhen a révélé un virus identique à 99,8 % au SARS-CoV chez plusieurs civettes masquées ( Paguma larvata).

Ce petit carnivore est nocturne et arboricole ; il est " élevé " pour sa viande dans de nombreuses fermes chinoises. Cette espèce a aussi été identifiée comme la cause d'une deuxième contamination humaine en 2003-2004 dans la ville de Guangzhou, toujours dans la province de Guandong, et cela seulement quelques mois après la levée de l'interdiction de consommation de civettes par les autorités chinoises. Sur les quatre personnes contaminées, deux avaient un lien avec un restaurant où six civettes vivaient dans des cages. Toutes les civettes ont été testées positives pour la présence d'un virus identique à 99,8 % au virus SARS-CoV. De façon étonnante, aucun virus n'a été détecté chez les 1 107 civettes échantillonnées dans 25 fermes d'élevage et 12 provinces chinoises. Tous ces éléments suggèrent donc que les civettes testées positives dans le restaurant de Guangzhou ont été contaminées lors de leur détention en cage en raison de leur promiscuité avec d'autres animaux sauvages.

Dans le cas du Covid-19, un lien a clairement été établi entre les premiers patients de l'épidémie et le marché d'animaux sauvages de Wuhan. Par ailleurs, deux souches virales de la lignée SARS-CoV-2 ont récemment été publiées chez des pangolins malais ( Manis javanica) saisis par les douanes (et dont l'origine géographique exacte est de fait inconnue) dans les provinces de Guangdong et Guangxi. Il est important de rappeler ici que l'espèce M. javanica n'est pas présente en Chine, à l'exception de la pointe sud du Yunnan. En conséquence, il est admis que tous les animaux séquencés proviennent d'un trafic illégal en provenance d' Asie du Sud-Est.

Alexandre Hassanin/US DOS, data SIO/NOAA/US Navy/NGA/GEBCO, Author provided

Les génomes des virus isolés chez les pangolins présentent entre 86 et 92 % de similarité avec le SARS-CoV-2. De tels niveaux de divergence suggèrent qu'ils se sont séparés du SARS-CoV-2 il y a plusieurs décennies. De ce fait, il est certain que les virus actuellement détectés chez les pangolins ne sont pas ceux qui ont fait émerger l'épidémie de Covid-19. En revanche, la souche de Guangdong est très particulière puisqu'elle présente 97,4 % de similarité au niveau des séquences en acides aminés dans une région particulière de la protéine S, le domaine de liaison au récepteur ACE2 ( Angiotensin Converting Enzyme 2) qui permet au virus d'entrer dans les cellules humaines pour les infecter. Cela suggère que ce virus aurait pu contaminer un être humain. Plusieurs autres virus similaires ont été décrits chez d'autres pangolins malais par deux autres équipes chinoises. Les résultats confirment que la plupart des pangolins confisqués par les douanes sont contaminés par des Sarbecovirus et qu'ils présentent des symptômes pulmonaires ayant potentiellement entraîné leur mort. Cela montre que les pangolins sont très sensibles au virus de la lignée SARS-CoV-2.

On peut donc envisager deux hypothèses. La première implique une contamination naturelle dans leur forêt d'origine en Asie du Sud-Est, suite à des contacts avec des chauves-souris. Cette hypothèse est toutefois peu probable car la grande sensibilité des pangolins aux Sarbecovirus constitue un énorme frein à la diffusion de ces virus dans leurs populations. Cela est d'autant plus vrai que les pangolins sont des animaux rares dans la nature (ils sont menacés d'extinction !) et surtout solitaires, ce qui suppose peu d'évènements de rencontre avec leurs congénères et donc des chaînes de transmission virale très vite stoppées.

Selon la deuxième hypothèse, la contamination est d'origine anthropique en lien avec leur captivité ; elle a pu se faire durant le transport des pangolins depuis l'Asie du Sud-Est, ou lors de leur stockage en Chine ou bien encore dans les marchés de faune sauvage. Une telle contamination est très probable en raison des conditions de captivité déplorables. Les cages sont souvent posées les unes contre ou sur les autres, ce qui permet une diffusion rapide du virus à l'ensemble des animaux enfermés et cette diffusion peut être accélérée si les espèces contaminées acceptent et amplifient le virus.

De ce point de vue, il est important de préciser que plusieurs espèces de carnivores sont sensibles au SARS-CoV-2 ( chats, chiens et furets domestiques, tigre du Zoo de New York), comme l'était la civette masquée avec le SARS-CoV.

Les carnivores sauvages vendus sur les marchés chinois sont donc des espèces à privilégier pour les futures recherches virologiques.

Si l'on revient à l'origine du Covid-19, tous ces éléments indiquent que l'épidémie est la conséquence directe du trafic illégal de faune sauvage. En effet, les nombreux virus de la lignée SARS-CoV-2 identifiés chez des pangolins destinés à la vente prouvent que ces virus circulent depuis plusieurs années déjà dans les marchés des provinces du sud de la Chine et très probablement aussi dans les provinces du Nord, comme celle de Hubei. Il est donc urgent d'interdire non pas temporairement mais définitivement le commerce de vertébrés sauvages potentiellement responsables de zoonoses.

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Covid-19 : origine naturelle ou anthropique ?

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Des virus proches du SARS-CoV-2 découverts chez des chauves-souris du genre Rhinolophus et le pangolin malais ( Manis javanica) suggèrent que ces animaux ont joué un rôle clef dans l'émergence de la pandémie de Covid-19. Mais où et comment le patient zéro a-t-il pu être contaminé ? Par quel animal ?