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Fue un hecho ocurrido el 3 de noviembre de 1903 después de la Guerra de los mil días,  y que desencadenó en la proclamación de la República de Panamá, anteriormente un departamento de la República de Colombia desde 1821, con breves períodos de secesión por parte del istmo de Panamá. Desde su declaración de independencia del Reino de España, el 28 de noviembre de 1821, Panamá se unió voluntariamente a nueva Granada, nación que integraba junto a Ecuador y Venezuelala Gran Colombia en el entendimiento que se conservaría autonomía de gestión económica y administrativa.

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En algunas ocasiones, militares en el territorio istmeño, conocido como Departamento del Istmo bajo el centralismo o Estado Soberano de Panamá bajo el federalismo, habían intentado separarse, independizarse del gobierno colombianoo autogobernarse de facto, siendo las más importantes en 1830, 1831 y 1832; entre tanto posteriormente hubo revueltas populares en Colombia (de hecho 6 guerras civiles en 82 años). En 1840 y por un año se estableció el Estado del Istmo 6 7 haciendo una clara constancia de que se reincorporaría a la Nueva Granada si esta adoptaba el régimen federal;8 9 10 y durante parte de la Guerra de los Mil Dias (1899-1902), conflicto civil que devastó a Colombia, nación a la que entonces pertenecía Panamá, aunque en estado de rebelión, pues muchos de sus líderes luchaban en contra del gobierno conservador y a favor del Partido Liberal Colombiano.Posteriormente en 1850 y 1868 también se desvinculó el Istmo de Colombia, pero una efectiva acción colombiana con apoyo armado de Estados Unidos, restituía el territorio al país, invocando el tratado Vallarino-Bidlack.

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El Batallón Tiradores, al mando del general Juan B. Tovar y Ramón G. Amaya, llegó a la ciudad de Colón en la mañana del 3 de noviembre de 1903. No tuvo problemas para desembarcar, pero su transporte hacia la ciudad de Panamá sufrió muchos contratiempos por la complicidad de las autoridades del Ferrocarril Transístmico con los conjurados, entre ellas el superintendente norteamericano J.R. Shaler. Después de muchas excusas, el Estado Mayor pudo desplazarse hacia la capital. En Colón quedó la tropa bajo el mando del coronel Eliseo Torres.

Una vez llegados a ciudad de Panamá, Juan B. Tovar y sus otros oficiales fueron arrestados por instrucciones del general Esteban Huertas, quien estaba al mando del Batallón Colombia, cuya jefatura pretendía reemplazar al recién llegado general

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José Domingo de Obaldía sería nombrado gobernador de Panamá, este cargo ya lo había desempeñado con anterioridad; pero él se sentía inclinado hacia la idea de la separación.

José Agustín Arango, político istmeño, empezó a trabajar en secreto en la preparación del movimiento separatista. Una junta revolucionaria clandestina se formó en torno suyo para planificar una revolución destinada a consolidar la separación del Istmo de la soberanía colombiana, para negociar directamente con Estados Unidos la construcción del canal. La red conspirativa estaba conformada aparte del propio Arango, por Manuel Amador Guerrero, médico; Nicanor de Obarrio, militar y general del ejército colombiano y por otros como Ricardo Arias, Federico Boyd, Carlos Constantino Arosemena, Tomás Arias, Isabelina Rojas y Manuel Espinosa Batista. Pero la parte operativa, la de mayor riesgo, le tocó a Amador Guerrero, quien viajó a Estados Unidos en busca de apoyo para el plan, ya que las fuerzas norteamericanas habían ayudado en el pasado al ejército colombiano.[cita requerida] También obtuvo en Panamá el apoyo de importantes jefes liberales y el apoyo del comandante militar Esteban Huertas.

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El 13 de noviembre de 1903 Estados Unidos reconoce formalmente a la República de Panamá (después de haberla reconocido extraoficialmente del 6 al 7 de noviembre), Francia lo haría al día siguiente y antes de finalizar noviembre, otros quince países de América, Europa y Asia lo harían también.

Para el 18 de noviembre de ese mismo año, el secretario de Estado norteamericano, John Milton Hay, firma en unión de Phillipe Bunau-Varilla un tratado para la construcción del Canal de Panamá, aunque fue muy controvertido por la celeridad con que fue aprobado y porque Bunau-Varilla se había propuesto a sí mismo como representante del gobierno panameño. El tratado fue ratificado después por la Junta Provisional de Gobierno de Panamá y por el Senado de Estados Unidos.

En Colombia, la noticia de la separación de Panamá no fue conocida hasta el 6 de noviembre en Bogotá. La razón dada para explicar el atraso fue que el cable submarino que hacía posible las comunicaciones entre las dos regiones se había dañado en esos días.