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Luego de terminada la lucha independentista de Perú y pasada la amenaza española que llevó a solicitar la intervención de Colombia, las relaciones entre Colombia y Perú se fueron haciendo poco a poco más tensas por las disputas territoriales.

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Entre el 24/06/1828 y 03/1830 Bolívar gobernó por decreto, ésto no impidió la separación de Venezuela el 27/12/1829. El 20/01/1830 Bolívar convocó el Congreso Admirable con el fin de solucionar la crisis institucional, considerando una nueva constitución como posible solución, pero aún así eso no pudo evitar la separación de Venezuela.

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La separación de Venezuela y Quito fue acelerada por la diferencia
de opiniones entre federalistas y centralistas. Quito no había tenido una
representación real en las deliberaciones constitucionales y es en 1822
cuando se une a la Gran Colombia. A pesar de existir apoyo a la constitución
de Colombia en Quito, quiteños y venezolanos
ansiaban una constitución que les permitiera tener un
control y libertad regional sin imposiciones centrales fuertes.

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A partir de 1830 en medio de las
separaciones de Ecuador (1830), Panamá (1830 y 1831) y
Venezuela (1830); se precipitó
la desintegración de la Gran Colombia
y sus estructuras políticas.
Naciendo como consecuencia el Estado
de Ecuador y el Estado de Venezuela;
Panamá se mantuvo bajo
gobiernos militares de corte dictatorial
que no llegaron a organizar las instituciones básicas de un Estado