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La historia de la Contraloría General de Cuentas se remonta al segundo viaje de Cristóbal Colón, cuando los Reyes Católicos nombraron a un funcionario para supervisar el manejo del presupuesto destinado a la expedición.

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Por Decreto del Rey Juan Carlos IV firmado en Aranjuez, se creó para Guatemala el empleo del Contador Provincial.

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Se logra separar Guatemala del imperio, por lo que la Asamblea Nacional Constituyente en su vida independiente, el año siguiente aprobó la Ley No. 1, mediante la cual se creó la Contaduría Mayor de Cuentas el 24 de noviembre de 1,824. Esta contaduría estaba integrada por cuatro empleados: un tesorero, un interventor, un oficial mayor y un escribiente.

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Por Decreto Gubernativo 261, artículo 712 Código fiscal de la República de Guatemala, se crea la Dirección General de Cuentas, la cual tiene como objetivos:

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a) ejercer la inspección inmediata sobre todas las oficinas fiscales de la República en todo lo que se refiere a la contabilidad; b) centralizar las cuentas de todos los ramos de la hacienda pública, resumiéndolas en una cuenta general; y, c) registrar las órdenes de pago libradas contra el tesoro por el Secretario de Hacienda, los nombramientos de empleados en todos los ramos del servicio público.

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La Asamblea Legislativa de la República, por iniciativa de Don Carlos Herrera (Presidente de la República 1,920 – 1,921), emitió el Decreto Legislativo 1,127 “Ley Orgánica del Tribunal de Cuentas” concediéndole la independencia para el buen éxito de sus labores como Tribunal; dice en el Artículo 63:

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Se decreta la Constitución Política Federal de Centroamérica, la que en su Artículo 142 establecía: “Se creará una Tesorería General de la Federación; un Tribunal Mayor de Cuentas llevará la contabilidad y fiscalizará los ingresos y erogaciones nacionales”.

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El Congreso de la República promulgó el Decreto 1,126, Ley Orgánica del Tribunal y Contraloría de Cuentas. En éste se recuperó algo de lo perdido: el Contralor General volvió a ser electo por el Congreso de la República a la vez que garantizó la autonomía de la Institución.

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El Jefe de Gobierno de la República, Ministro de la Defensa Nacional emitió el Decreto Ley 247, por medio del cual se reforma el Artículo 3 del Decreto del Congreso de la República 1,126 el cual queda así, “La Contraloría General de Cuentas se integrará por un jefe y un subjefe nombrados por el jefe del Organismo Ejecutivo, y por los funcionarios y empleados necesarios a los fines de la Institución”.

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Promulgó la Constitución Política de la República, vigente a la fecha, en la que en su artículo 232 se establece que la Contraloría General de Cuentas es una institución técnica descentralizada, con funciones fiscalizadoras de los ingresos, egresos y en general de todo interés hacendario de los organismos del Estado.

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Fue emitido el Decreto Número 31-2002 del Congreso de la República de Guatemala, Ley Orgánica de la Contraloría General de Cuentas. En estas reformas se establece que la Contraloría es el órgano rector de control gubernamental, permitiéndole implementar los mecanismos adecuados, para que con la utilización de nuevos criterios técnicos y tecnológicos, pueda garantizar la transparencia en la utilización del erario público.