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Esta es causada por efecto o falta de melanina, puede ocurrir como resultado de genética, enfermedad o lesión.
Existen 3 tipos en la especie humana.

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Cuando el propio iris tiene dos o más juegos completos de colores. Por ejemplo, color azul con un anillo dorado cerca de la pupila.

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Se produce cuando hay dos colores en el mismo iris, un toque de otro color que es diferente a la tonalidad dominante.

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Se produce cuando los ojos son de dos colores diferentes. Este es el más dramático de toda la heterocromía. Se manifiesta tanto en seres humanos y animales.

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En perros de raza Husky siberiano, Collie de la frontera, Dálmata y Pastor Australiano se suelen ver bastantes ejemplares con un ojo azul y otro marrón, asociados a una despigmentación por falta de melanina.

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Frecuente en los gatos, de diferentes razas como europeos, angora, van turco y persas blancos.

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Presente en caballos capa appaloosa, con manchas o blancos.

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Muy raramente se ha detectado en animales salvajes, como es el caso de este leopardo.