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El Estado colombiano se caracteriza por ser un ente débil, puesto en la mayoría de los casos al servicio de los intereses particulares de las elites que fueron representadas políticamente a través de la hegemonía liberal-conservadora durante el Frente Nacional y que actualmente continúan representadas a través de los liberales, conservadores o de sus propios partidos (com independientes). La debilidad del Estado se hace patente en su incapacidad para controlar la corrupción generalizada que implicó una deslegitimación de las instituciones públicas y privadas. Pero la corrupción también ha sido estimulada por la debilidad de los partidos políticos y por la existencia y arraigo del narcotráfico a todos los niveles (social, económico, político, etc) de la sociedad colombiana. Asimismo, la situación de violencia continuada que vive el país desde la época del Frente Nacional ha contribuido a organizar las Fuerzas Armadas y prever otros mecanismos para combatirla con las armas pero con resultados poco vistosos y con serias consecuencias respecto al tema de los Derechos Humanos.

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La institución judicial sufre la influencia de los mandos militares que habían conseguido que se legislase que cualquier actuación realizada en acto de servicio se considerara dentro de la jurisdicción militar y fuese juzgada por tribunales militares. La Corte Constitucional excluyó la posibilidad de que las violaciones de Derechos Humanos pudiesen ser consideradas en relación al servicio militar y se habían de juzgar por tribunales civiles. Pero se han dado casos de violaciones de Derechos Humanos por parte de militares que han sido juzgadas por tribunales militares. La impunidad de las Fuerzas Armadas en este sentido se deja sentir en la justicia colombiana.

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La funcionalidad del gobierno colombiano se ha caracterizado por una serie de procesos marcados en aspectos como: las transformaciones sociales, las luchas sociales y la configuración de las élites criollas en la nación, la búsqueda por incorporar un régimen democrático – “participativo” el cual ofrezca las garantías constitucionales de un estado de derecho mediado por un estado en donde impere la “la ley”. Es decir, una concomitancia entre los derechos sociales, económicos, culturales y políticos y el establecimiento del orden normativo – jurídico político del Estado Colombiano

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La rama judicial la forman la Corte Constitucional, la Corte Suprema de Justicia, el Consejo de Estado, el Consejo Superior de Judicatura, la Fiscalía General de la Nación, los tribunales y jueces civiles y militares. A la vez, el Congreso también podrá ejercer determinadas funciones legislativas.
La Constitución de 1991 diseñó un modelo de justicia altamente politizado, y el resultado ha sido la existencia de injerencias del ejecutivo en los nombramientos clave del ramo, especialmente en el del Fiscal general, en el que se concretaron enormes poderes discrecionales. La Constitución de 1991 reorganizó el sistema de justicia civil que teóricamente es independiente del ejecutivo y el legislativo. Pero los miembros del aparato judicial son objeto de acciones intimidatorias cuando se tratan casos relacionados con miembros de las Fuerzas Armadas, paramilitares, guerrilleros o narcotraficantes.

El sistema de justicia civil incorpora la jurisdicción regional que procesa los crímenes relacionados con tráfico de narcóticos, terrorismo, secuestros, etc. En estos tribunales los jueces, los testimonios, los fiscales y los abogados quedan en el anonimato por razones de seguridad. Esta modalidad de impartir justicia ha recibido condenas desde grupos de defensa de los Derechos Humanos ya que vulnera las normas legales y los derechos de procesamiento. Según el Estatuto Legal de Justicia este tipo de tribunales tendrían que desaparecer en junio de 1999.

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El legislativo está formado por dos cámaras: la Cámara de Representantes con 161 miembros y el Senado con 102. Los miembros de ambas cámaras son elegidos de forma directa por sistema proporcional, la duración de su mandato es de cuatro años y no pueden ser reelegidos de forma consecutiva. La abstención electoral junto con el fraccionamento de los partidos políticos ha debilitado el papel del Congreso como órgano legislador y como centro del debate político y es muy impopular debido a la existencia de prácticas clientelares y de corrupción.

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El presidencialismo colombiano ha generado una concentración del poder en manos del ejecutivo que queda reafirmada con la Constitución de 1991. El presidente de la república es el jefe de estado, de gobierno y suprema autoridad administrativa tal y como indica la Constitución de 1991 y se elige por voto directo y secreto de todos los ciudadanos del país por un período de cuatro años sin posibilidad de ser reelegido. En caso de que ninguno de los candidatos consiga mayoría absoluta en la primera votación se llevará a cabo una segunda tres semanas después en la que participarán los dos candidatos más votados, el elegido será aquel que más votos obtenga. El ejecutivo estará formado por el Presidente de la República, por los ministros de despacho y por los directores de departamentos administrativos, así como por los gobernadores, alcaldías, superintendencias, establecimientos públicos y empresas industriales o comerciales del Estado.