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IFNscore Report - Clarisse Martins, Catarina Sousa, Julia Hanns

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Poster final de Investigação em Biomedicina (Catarina Sousa, Clarisse Martins e Julia Hanns)

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FICHEIRO PARTILHADO DOCS COM LINKS DE PAPERS SOBRE INTERFERON SCORE

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FICHEIRO PARTILHADO DOCS COM LINKS DE PAPERS SOBRE INTERFERON SCORE

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Catarina Sousa

Clarisse Martins

Julia Hanns

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Short communication -

Apresentação do poster a um júri - dia 25 de junho

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Dia 28 de fevereiro- 09 horas

Dia 07 de março - 10 horas

Dia 21 de março - 09 horas

Dia 28 de março - 10 horas

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Dia 28 de fevereiro

Dia 07 de março

Dia 14 de março

Dia 28 de março

Dia 7 de abril - 17h30

Dia 15 de abril - 14h30

Dia 09 de maio - 09h15

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FICHEIRO PARTILHADO DOCS COM LINKS DE PAPERS SOBRE ESCLEROSE SISTÉMICA E INTERFERÃO DO TIPO 1

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FICHEIRO PARTILHADO DOCS COM LINKS DE PAPERS SOBRE ESCLEROSE SISTÉMICA E INTERFERÃO DO TIPO 1

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Artigos sobre esclerose sistémica e interferão

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Dia da Imunologia - dia 29 de abril

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Procurar em:

Sci-Hub.se

Repositório de preprints

BioRXiv

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Autores

Ano de publicação

Referência do artigo (APA 7)

Tipo de doença

Tipo de amostra (plasma, etc)

Tipo de molécula que foi medida e designação (proteínas, quimiocinas, genes, etc)

Tipos de kits usados (ELISA, etc)

Em caso de congelação de amostras, por quanto tempo?

Controlos usados (healthy controls, other diseases, etc)

Fórmula de cálculo do score

Como é definido o threshold

Notas

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Qual a pool de genes que foram mais analisados e qual é que é o artigo mais citado?

Marcar os genes mais relevantes para cada uma doenças autoimunes.

Faria mais sentido PBMCs ou células específicas (como por exemplo pDCs)?

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Genes mais utilizados para o cálculo de IFN- score nos artigos em interferonpatias do tipo I

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Genes mais utilizados para o cálculo de IFN- score nos artigos em interferonpatias do tipo I

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IFI44L, RSAD2, IFI27, SIGLEC1,MX1 e OAS1

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Vários artigos tem usados como controlos outras doenças autoimunes (ou doenças que não sejam interferonpatias, como controlos negativos junto com os healthy controls, ou interfonpatias do tipo I em estado quiescente, como no caso desse artigo, como controlos positivos, que tem níveis expectáveis maiores que os healthy controls e que servem para testar se o IFN score também pode demonstrar ativação prévia e continua do IFN)--» nesse caso nível de IFN score não mudou muito mas padrão de anticorpos sim (análise combinada)

Introdução: Falar de auto imunidade

Papel do IFN em outras doenças (mais geral)

Método e desenho experimental: focar numa determinada patologia. Pôr controlos positivos e negativos (pessoas com outras doenças autoimunes)

Prognóstico, diagnostico, ensaio clinico do IFNAR, quem deve receber os tratamentos

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Artigos mais referenciados e IFN-scores mais utilizados

1) Kim, H. et al. Development of a validated IFN score using NanoString technology. J. IFN Cytokine Res. 38, 171–185 (2018). --» IFN-Score com 28 genes (IFI27, IFI44L, ISG15, USP18, RSAD2, LAMP3, IFIT1, IFI44, LY6E, IFI6, CXCL10, OAS1, SOCS1, RTP4, IFIT2, IFIT3, OASL, HERC5, OAS2, GBP1, OAS3, IFIT5, HERC6,IDO1,CD274,DDX60,MX1)

2) Não achei o primeiro artigo a propor esse mas vi que muitos utilizam esse IFN-Score--»IFN-Score com 6 genes (8IFI27, IFI44L, IFIT1, ISG15, RSAD2,SIGLEC1)

Entre os diferentes IFN-scores, quais são os IRG mais constantes?

Quais tipos de amostras seriam de maior interesse?

Controlos (incluir apenas saúdaveis, ou negativos e positivos também?)--» Vários artigos tem usados como controlos outras doenças autoimunes (ou doenças que não sejam interferonpatias, como controlos negativos junto com os healthy controls, ou interfonpatias do tipo I em estado quiescente como controlos positivos, que tem níveis expectáveis maiores que os healthy controls e que servem para testar se o IFN score também pode demonstrar ativação prévia e continua do IFN)

Limitações (IFN-score como variável bimodal, maior fonte de variabilidade interlaboratorial são os controlos utilizados, valor preditivo potencializado por análises combinadas com valores de Ab e citocinas séricas, etc)

Quais outros parâmetros poderiam ser relevantes (para SS)?

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Acabar tabela da revisão de literatura

Escolher artigos mais relevantes da tabela de revisão de literatura

Ler artigos sobre esclerose sistémica para definir IFIGs que serão medidos (IFIGs mais citados na doença) - ver comentário da Julia na secção ao lado sobre isto

Ler artigos sobre ensaio clínico com IFNAR e perceber se pode ser relevante

Relação do IFN com diagnóstico da esclerose sistémica (quais as vantagens de usar um IFN score nesta doença) - ver critérios da EULAR

Perceber se existem outras moléculas que complementem o IFN score (ex: BAFF e PIIINP??)

Escolher método que será mais adequado para estabelecimento do IFN score (RT-qPCR??) e estrutura protocolo experimental de maneira simplificada (tipo de amostra e o porquê, congelamento sim/não, etc)

Estabelecer controlos (saudáveis, outras doenças autoimunes) e que critérios abranger nesses indivíduos (idade, sexo, etnia, etc)

Consoante o método escolhido, como será definido o threshold do IFN score (ver artigos que falem mais sobre threshold de scores)

Falar de especificidade e sensibilidade do método relativamente ao diagnóstico da doença

Procurar limitações do próprio método em si e do IFN score (pode não predizer o estado da doença)

Dar exemplos de scores usados para o diagnóstico de outras doenças que envolvam o IFN

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Proposta de implementação do nosso IFN score.docx

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Artigo sobre uso de IFN scores em doenças autoimunes

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Artigo sobre uso de IFN scores em doenças autoimunes

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Este artigo fala sobre SLE, mas há alguns aspetos que podem ser úteis para o caso da esclerose sistémica:

Métodos de medição do IFN score e respetivo cálculo para a sua obtenção (RT-qPCR, microarrays e tecnologia de Nanostring)- sublinhado a verde

Vantagens/desvantagens desses métodos em comparação uns com os outros - sublinhado a amarelo

Importância de selecionar IFIGs (IFN-a-inducible genes) para otimização da sensibilidade e especificidade do diagnóstico baseado em IFN score - sublinhado a roxo

Importância de selecionar IFIGs específicos da doença que queremos estudar de modo a poder comparar com outras doenças (devem ser selecionados pelo menos 6 ISIGs)- sublinhado a vermelho

Ter em conta o facto de o IFN pode não ser indicativo de alterações no estado de atividade da doença (ver se em SSc também é igual a SLE) - sublinhado a cinzento

IFN signature em SSc - sublinhado a laranja

Terapia para redução de IFN signature em SLE - sublinhado a rosa

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Study Details | Determine Effectiveness of Anifrolumab In SYstemic Sclerosis (DAISY) | ClinicalTrials.gov

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Number of participants who have improvements in the following improvement components, evaluated separately:

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colocar genes mais citados no geral na tabela em negrito e especificar no corpo do texto para a SSc

colocar no corpo do texto que há grande variabilidade entre as fórmulas

citar que no theshold de fato há semelhança e quais são

colocar SARD em último e especificar doenças que incluem

dentro de cada doença separar por metodologia

identificar genes em comum!

mais em comum na esclerose sistémica

IFN score é importante mas deve ser associado a outro biomarcadores

colocar uma frase no poster dizendo que a maioria dos artigos utilizou amostras congeladas

Estrutura poster:

Introdução-- IFN. interferonpatias, doenças autoimunes

Tabela-- análise tabela (thrshold e genes mais comuns) e afunilar para a SSc

Limitações

Conclusão- proposta do IFN score

próxima reunião quarta as 14hrs no DCM

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Antes de começar:

Definir público-alvo --> é um público com conhecimento científico? qual nível de aprofundamento é necessário na introdução do tema?

Estabelecer Take home messages--> principais informações que queremos transmitir

Estrutura:

Título

Introdução/state of art

-->enquadramento do tema, problema e objetivos

Materiais e métodos--> como a investigação foi realizada

Resultados --> tabela

Discussão --> interpretação dos resultados e limitações do estudo

Conclusão/Highlights --> principais conclusões, relevância e implicações

Referências

Organização:

Criar secções

Fazer esquemas (materiais e métodos)

Colocar pontos principais da introdução em negrito

Dicas de plataformas: SciDraw, Bioicons, Bioartsource, Smart server biomedical art, Unsplash, Pixabay,Venngage e RAWGraphs

Remoção de background: Cutout.pro e removebg

Para encontrar cores complementares: Coolors

Tamanho de letra para poster A1:

65+ Título

48+ Títulos

34+ Subtítulo

24+ Corpo de texto

16+ Legendas

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entrega da short communication: dia 21 de junho