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Tras los trágicos sucesos, reina una calma tensa en Kíllac. El proceso judicial avanza con lentitud y corrupción. El juez de paz, Hilarión Verdejo, citó a declarar a Fernando.

Siguiento con la segunda parte de la historia, podemos notar un gran cambio y nuevas aventuras que pasan los personajes principales, así como nuevas metáforas y enseñanzas. Diciéndose así, "El corazón del hombre es como el cielo cargado de nubes: infinito en sus fenómenos e igual en el curso de sus sacudamientos tempestuosos. Después de la tormenta clarea el día de luz y de sol" (Matto, 1889, p. 67). Nos muestra una metáfora a cerca de la naturaleza humana y sus conflictos. Tras los eventos catastróficos de la primera parte, vendrán mejoremos momentos.

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Presentación del pueblo de Kíllac, su iglesia, su entorno natural y sus habitantes. Se introduce la casa "Manzanares" y a los personajes principales: el matrimonio Marín (Fernando y Lucía), recién llegados al pueblo.

Se nos presenta una breve descripción del pueblo y los personajes, iniciando por uno de los lugares mas concurrentes en el pueblo de Kíllac; dicho asi "El cementerio de la iglesia es el lugar donde los domingos se conoce a todos los habitantes, solícitos concurrentes a la misa parroquial, y allí se miente y se murmura de la vida del prójimo". (Matto, 1889, p.10). Lo que nos manifiesta los posibles problemas con los pobladores de Kíllac, empezando por la desigualdad.

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Manuel visita a los Marín. Fernando le comenta la farsa del juicio. Y en un descuido de Lucia y Fernando, Manuel aprovecha para hablar con Margarita.

Don Fernando y Manuel comentan a cerca de la corrupción e ineficacia de los gobernantes de Kíllac. Manuel expresa su dolor e indignación ante la injusticia, lo que refleja su creciente conciencia social y su conflicto interno por pertenecer a una familia poderosa pero corrupta (Matto, 1889, p. 72).

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Marcela, una mujer indígena, salta la tapia de la casa de los Marín para suplicarle a Lucía que ayude a su familia. Su marido, Juan Yupanqui, ha salido desesperado porque ese día es el "reparto" y no tienen dinero para pagar la multa por faltar.

Según Matto (1889), uno de sus personajes principales muestra consideración y amabilidad hacia los indios, Marcela quien le habia terminado de contar su historia a Lucía, esta no se quedo de brazos cruzados y le comentó a Macerla que ella se encargaría de hablar con el gobernador y el cura, para que de esta forma Marcela no tenga ninguna preocupación y pueda dedicarse a cuidar a sus hijas. (p. 14).

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El alguacil Benites llega a la choza del campanero Isidro Champi para arrestarlo por orden del nuevo subprefecto.

La familia de Isidro entra en pánico total, se echan a llorar y suplican. Isidro, que es inocente y solo se preparaba para tocar la campana de la tarde, intenta calmarlos y se va con los alguaciles, resignado.

Su esposa, desesperada por el presentimiento de una desgracia, decide ir a pedir ayuda a su compadre Escobedo.

Podemos notar la opresión hacia los indígenas. Isidro Champi fue arrestado injustamente, y su familia reacciona con miedo, asustados de la brutalidad de las autoridades y la impotencia de los nativos (Matto, 1889, p. 76).

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Marcela le cuenta a Lucía los abusos que sufren por parte del cobrador, el cacique y el cura. Le explica que su deuda se originó por un adelanto para lana que gastaron en la feria, y que luego el cura les embargó la cosecha de papas para pagar el entierro de su suegra. Ahora debe entrar de "mita" a la casa parroquial. Lucía, conmovida, promete hablar con el gobernador y el cura.

La pareja Marín demuestra su gran valentía y apreciación hacia los pobladores de Kíllac, dando Lucía el primer paso para cambiar la desigualdad entre los indios y gobernantes:

"Después de su entrevista con Marcela, Lucía se entregó a combinar un plan para la situación de la pobre mujer. Lo primero en que pensó fue hablar con el cura y el gobernador, y les dirigió, a ambos, un recadito solcitando de ellos una visita". (Matto, 1889, p. 16)

Nos demuestra que aun teniendo a personas con poder en contra de los pobladores, Lucía nunca tuvo miedo a recibirlos en su hogar y conversar debidamente a cerca de Marcela, para que puedan dejarla tranquila.

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Fernando, preocupado por la seguridad de su familia, decide que deben partir a Lima de inmediato. Planean llevar con ellos a Margarita y Rosalía para educarlas.

Don Fernando decide abandonar Kíllac para proteger a su familia, por eso le dice "cortar nudo". Simboliza la búsqueda de un futuro mejor lejos de la corrupción y desigualdad del pueblo (Matto, 1889, p. 79).

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Lucía recibe en su casa al cura Pascual y al gobernador Sebastián. Les pide compasión para la familia Yupanqui, apelando a la caridad cristiana. Ambos se muestran cínicos y defensores de las "costumbres" y abusos establecidos, argumentando que necesitan esos ingresos para vivir.

Según Matto (1889), Lucía quedo asombrada ante tanta hipocresía y abuso de autoridad, para ella era impresionante la actitud tan avara del cura y se decía asi misma que el gobernador no merecía a quienes lo rodeaban (p. 20, p. 21). Mostrándonos como las personas con poder tenían cierto control ante los indios.

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Manuel habla con su madre, doña Petronila, sobre sus finanzas. Ella le revela que ha ahorrado 10,000 soles para su futuro. Manuel le expresa su deseo de irse a Lima a continuar sus estudios de Derecho.

Según Matto (1889), Manuel estaba consolando a su madre, tras los abusos de su esposo, don Sebastián. Mostrando así que Manuel tiene la valentía de tomar el control en momentos difíciles para su madre (p. 82).

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Fernando Marín regresa a casa después de un viaje. Lucía le pide el dinero que le había prometido para un vestido, unos 200 soles, para usarlo en ayudar a Marcela. Fernando, admirado por la bondad de su esposa, se lo da encantado.

Una de las mejores partes de esta novela, es ver el amor y admiración de la pareja Marín, observar como la amabilidad y sencillez de Lucía enamoraba cada vez más a Fernando. Tanto así que el la apoyaba en cualquier gasto, siendo así que una vez Lucía necesitaba dinero para un vestido, y Fernando al saber la razón de porque lo hacía, con mucho gusto acepto (Matto, 1889, p.23). Esto nos deja ver que antes cualquier situación ellos siempre estarán ahi el uno para el otro.

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Se introduce la historia del coronel subprefecto Paredes, quien intenta seducir a Teodora, la hija de don Gaspar Sierra. Teodora, que tiene novio, se resiste.

Ahora hablando del subprefecto Paredes, se podía notar como acosaba a una indefensa joven campesina; diciéndose así, "El subprefecto Paredes se encontraba en uno de los pueblos de su jurisdicción, y topó con unos ojos de mujer que le miraron hasta la médula del corazón" (Matto, 1889, p. 84). Podemos criticar el abuso de poder de las autoridades y la vulnerabilidad de las mujeres.

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El cura y el gobernador, tras salir de casa de los Marín, conspiran contra ellos. Deciden que son una amenaza para sus abusos y que deben encontrar la manera de expulsarlos del pueblo.

Para Matto (1889), como describe en su novela, los curas y gobernantes eran personas de mucho poder, el cual abusaban de ello. Despúes de haber hablado con Lucía no se quedaron conformes y tomaron la desición de alejar a la familia Marín del pueblo; ya que, los veían como una amenaza hacia sus ingresos (p. 25). Algo muy egoísta y casi inhumano para los demás, otra vez se ve reflejada la desigualdad, y en este caso ahora se le agrega la corrupción.

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Don Fernando interviene ante el gobernador Sebastián para que liberen a la hija pequeña de los Yupanqui, Rosalía, que había sido tomada como rehén por la deuda. Fernando firma una fianza y logra que se la devuelvan a su padre.

Ya se vió la gran amabilidad de la familia Marín, pero para reforzar esta idea podemos notar que un momento de la novela Don Fernando se dirige con Juan a hablar con el gobernante para que de esta manera puedan devolverle a Rosalía, hija de Juan, haciendole saber que ese no era un acto de humanidad (Matto, 1889, p. 30). Lo que nos deja ver que para Fernando no importaba hablar con alguien de poder, con tal de hacer saber tal acto inhumano.

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Manuel encuentra a Margarita sola y le confiesa su amor, diciéndole que no quiere ser solo su hermano, sino su esposo. Margarita se pone super nerviosa y se sonroja, porque aunque lo quiere, no esperaba eso. Al final, él le da un beso en la frente y ella sale corriendo super agitada.

Manuel declara su amor a Margarita, aunque ella lo ve solo como un hermano, lo cual es algo irónico (Matto, 1889, p. 88, p. 89).

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Marcela va a pagar su deuda al cura Pascual. Éste, lejos de mostrarse agradecido, la acosa e insinúa que el dinero proviene de una relación indebida. Cuando Marcela confiesa que se lo prestó Lucía, el cura, lleno de rencor y despecho, se queda el "vuelto" y la despide con ira.

Según Matto (1889), como redacta en su novela, el cura insinuaba que Marcela habia cometido actos impuros con tal de conseguir dinero para pagar su deuda, sin importarle que Margarita, hija de Marcela, estaba presente. En pocas palabras manchaba su imágen (p. 34). Vemos que el cura Pascual no es alguien considerado ni mucho menos discreto, decía cosas con doble sentido y todo para tratar de dejar mal a Marcela.

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Los Yupanqui, reunidos y agradecidos, visitan a los Marín. Marcela le cuenta a Lucía la ruin reacción del cura. Los Marín se comprometen aún más con la familia y deciden apadrinar a la hija mayor, Margarita, notable por su belleza.

La familia Marín nota la gran belleza de Margarita, la hija de la familia Yupanqui. Quedan maravillados con su belleza y deciden ser padrinos de Margarita, ya que consideraban que ella necesitaba ser bien educada (Matto, 1889, p. 39). A parte de ser buenas personas, también se preocupaban por la educación y formación de Margarita.

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Narra la llegada de Manuel, el hijo de doña Petronila, quien regresa a Killac tras siete años de ausencia. Es presentado a Lucía y don Fernando, causando una excelente impresión por su educación y simpatía.

Durante la visita, se oye una detonación que alarma a todos. Manuel acompaña a la pareja Marín de vuelta a su casa como gesto caballeroso. Tras una despedida cordial, la escena termina con los esposos tomando precauciones antes de dormir, mientras Manuel se retira por las oscuras calles del pueblo.

Siguiendo con la novela, se nos presenta a otro los personajes principales, y aquel que le da sentido a la historia; notandose así, "Manuel que salió niño de Kíllac, había vuelto convertido en todo un hombre de bien no habiendo perdido un día en las labores escolares" (Matto, 1889, p. 41). Dejandose ver que era un joven estudioso y muy aplicado, representando a su padre, el gobernador de Kíllac.

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La familia Yupanqui, por fin tranquila y llena de esperanza, pasa una noche en paz en su humilde choza, planeando un futuro mejor gracias a sus protectores.

Después de tantos problemas en la familia Yupanqui, para ellos la familia Marín eran como angeles caídos del cielo. Según Matto (1889), "Dios puso a Lucía para que Juan volviese a confiar en la Providencia, arrancada de su corazón por el cura Pascual, el gobernador y el cobrador cacique, trinidad aterradora que personificaba una sola injusticia" (p. 44). Mostrándonos que la llegada de los Marín mejoró la vida de los Yupanqui.

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Una multitud enfurecida, inducida por las autoridades, asalta la casa de los Marín creyendo que son ladrones. En el ataque, Juan Yupanqui muere protegiendo la casa de sus bienhechores y Marcela resulta gravemente herida. Manuel, el hijo de doña Petronila, logra calmar a la multitud.

Habiendo ocurrido un supuesto robo en el pueblo, se tomaron como sospechosos a los Marín y como en toda novela tiene que haber un momento trágico, lo que paso con los Yupanqui ayudó a que esta historia pudiese continuar:

Juan y Marcela acudieron desde los primeros tiros en auxilio de la casa de don Fernando. Juan cayo traspasando por una bala que entrando por un pulmón, salió rompiendo la segunda costilla y rozando el hígado. Marcela, con herida también de bala en el hombro, arrojaba un chorro de sangre, y junto a ella yacían tres cadáveres de indios indefensos. (Matto, 1889, p. 49)

Dejándonos ver que tristemente el intentar apoyar a sus queridos amigos, los dejo mal heridos y en el caso de Juan, muertos.

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El cura Pascual, que estaba con su amante Melitona durante el ataque, simula ignorancia y manda a su amante a averiguar qué pasó. Se entera de la intervención de Manuel y del final trágico.

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Marcela, moribunda, es llevada a la casa de los Marín. Lucía la cuida con esmero. Fernando le informa a Lucía que los restos de Juan han sido enterrados honorablemente.

La amistad que se había formado entre Lucía y Marcela era tan sincera, que Marcela de tan solo verla, sentía tranquilidad. Mostrándose así, "El semblante de Marcela revelaba sus terribles sufrimientos, pero las palabras de Lucía parecían haberle dado alivio" (Matto, 1889, p. 55).

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Marcela, en su lecho de muerte, le revela un secreto a Lucía: Margarita no es hija de Juan Yupanqui, sino del obispo Pedro Miranda y Claro, el antiguo cura dueño de "Manzanares". Luego pide confesarse con el cura Pascual y muere.

Luego de haber pasado por tan aterrador momento, Manuel trata de solucionarlo cometandole a Fernando si deseaba hacer una petición en modo de satisfacción después de esa enorme ofensa hacia persona, a lo cual Fernando que no era posible satisfacerlo, se había dado cuenta de como el pueblo se dejaba llevar (Matto, 1889, p. 62).

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El cura Pascual se presenta ante don Fernando en un estado de crisis emocional, mostrando arrepentimiento por su vida licenciosa y su conducta inmoral. Admite haber sido un mal sacerdote y un hombre débil, influenciado por el alcohol y los placeres. Su discurso es caótico y febril, mezclando confesiones con delirios. La revelación de Marcela lo ha sumido en el terror y la culpa. Finalmente, colapsa físicamente y es llevado a su casa.

Según Matto (1889), el cura Pascual no podía con el secreto de Marcela, sentía cierta sensación de culpa, ya que el en algún momento había cometido esos abusos, y no podía creer el daño que estaba haciendo. Por lo que, se dedicó a tomar licor, lo que le causó una sobreexcitación cerebral (p. 66).

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El subprefecto Paredes y sus hombres salen en busca de Teodora, pero don Gaspar los engaña. Mientras tanto, Paredes recibe un pliego urgente que lo hace huir, probablemente por motivos políticos.

"-A Kíllac, a casa de mi comadre Petronila, a su lado estarás segura como la custodia en el altar" (Matto, 1889, p. 90). Esto nos demuestra la confianza que genera doña Petronila y a su vez como Gaspar hace todo lo posible para cuidar a Teodora.

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El coronel Paredes huye del pueblo tras serle entregado un pliego con una información política, los hombres que lo acompañaban se dispersan. Mientras que Don Gaspar canta una canción.

"-¿Se me burla así? ¿A mí? No lo consentiré, no... ¡No lo consentiré, a fe de militar!" (Matto, 1889, p. 93). Ahí se puede notar el ego que tenía Paredes y como no podía dejar que Teodora escapara sin salirse con la suya.

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Llegó Teodora a casa de los Marín, les contó lo sucedido y ellos quedaron asombrados ante tanta valentía y fidelidad. Luego, llega Martina, la mujer del campanero Isidro Champi, llega llorando a casa de los Marín. Les cuenta que las "justicias" no sólo tienen preso a su marido, sino que también han embargado todo su ganado. Manuel promete defenderlos.

"-¿Así que esta señorita es una heroína del amor a su prometido? - dijo don Fernando

-¡Muy bien! ¡Qué simpática! ¡Así fieles deben ser todas las mujeres cuando quieren! - expuso Lucía" (Matto, 1889, p. 98). Se notaba la sorpresa de la pareja, al enterarse como logró escapara Teodora, y como es que ella nunca se dejó manipular por Paredes, siendole fiel a su prometido.

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Martina visita a su marido en la cárcel y le da esperanzas, diciéndole que don Fernando y Manuel los ayudarán. Mientras, Estéfano Benites y su compinche Escobedo conspiran para esconder el expediente y evitar que Isidro sea liberado.

"-Me oculto el expediente.

-Me parece bien.

-Lo que importa ahora es saber que día se marcha ese Marín" (Matto, 1889, p. 104). Se puede ver como ellos no iban a dejar que Isidro saliera de la cárcel, ya que les convenia mucho tenerlo de prisionero.

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Los preparativos para la partida de los Marín y el almuerzo de despedida avanzan, que había sido ideado por Fernando, para de esta forma pedir como última voluntad, que Isidro sea liberado. Manuel se ofrece a quedarse y continuar la lucha legal.

"-He ideado una forma, de ver la reconciliación con los veciones, con el propósito de lograr la libertad de Isidro" (Matto, 1889, p. 105)." Podemos ver como Fernando buscaba la manera de ayudar a Isidro, ya que era inocente, y no se le ocurrió mejor manera que hacer un banquete.

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El día del almuerzo, en lugar de una reconciliación, soldados arrestan a don Sebastián, Estéfano Benites y otros cómplices. Doña Petronila llora, pero Manuel actúa con serenidad y se prepara para defenderlos legalmente.

Doña Petronila urge a Manuel a actuar tras el arresto de don Sebastián. Manuel, usando sus conocimientos de derecho, prepara recursos legales para defender a su padrastro y a Isidro (Matto, 1889, p. 109).

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Los Marín, con Margarita y Rosalía, inician su viaje a lomo de mula hacia la estación de ferrocarril. Reflexionan sobre los acontecimientos y tienen fe en que la justicia prevalecerá para Isidro.

Podemos notar que Lucía y Fernando se ponen a reflexiar después de todos lo trágicos momentos que pasaron en Kíllac. La frase "la vida es una novela" solo nos da a entender que todas sus experiencias fueron muy imprescincibles (Matto, 1889, p. 111).

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La familia toma el tren hacia la ciudad. Lucía lee poesía de Salaverry y Fernando, las Tradiciones de Palma. El viaje se ve interrumpido por un accidente: el tren descarrila al chocar con una manada de vacas en un puente.

La familia Marín se preparan para viajar, y en esta escena se puede notar la emoción y la novedad del progreso, pero también contrasta con la ansiedad de dejar atrás Kíllac y los conflictos no resueltos (Matto, 1889, p. 113, p. 114).

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Tras el susto del descarrilamiento, donde Rosalía resulta levemente herida, el tren es reparado y logran llegar a su destino, una gran ciudad.

Según Matto (1889), la escena que ocurre en ese momento es dramática, ya que, simboliza los peligros del progreso en una sociedad aún precaria. Además se puede notar vulnerabilidad de los personajes (p. 117).

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Se instalan en el lujoso "Gran Hotel Imperial". Pasan días conociendo la ciudad. Lucía queda profundamente impresionada por la cantidad de huérfanos en la casa de expósitos, lo que la hace reflexionar sobre el secreto de Margarita y los abusos contra las mujeres.

Margarita, ya en la ciudad, pregunta a su madrina por Manuel, revelando así su amor hacía él. Y por como le responde Lucía es un tanto irónico (Matto, 1889, p. 122).

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Manuel llega a la ciudad y se reúne con los Marín en el hotel. En un momento a solas con Margarita, le declara su amor y le pide que sea su esposa. Luego, frente a Fernando y Lucía, Manuel hace su formal petición de mano. Para ello, revela su propio origen: no es hijo de Sebastián Pancorbo, sino que fue concebido por una "desgracia" de su madre. Fernando entonces revela el secreto que Marcela le confió a Lucía al morir: Margarita es hija del obispo Pedro Miranda y Claro. Manuel y Margarita, al descubrir que comparten la misma sangre por parte de padre, exclaman "¡Mi hermana!" / "¡Mi hermano!", destrozados al ver su amor imposible. La novela termina con esta trágica revelación.

Según Matto (1889), en este clímax de la novela. Don Fernando revela que Manuel y Margarita son hermanos, ambos hijos del obispo Claro. Lo que da mucho sentido a la frase de "aves sin nido", simbolizando el ser hijos ilegítimos de una sociedad llena de prejuicios (p. 129).