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En 1735 publica su obra Systema Naturae donde originalmente, estableció tres reinos: Vegatabilia, Animalia y un grupo adicional que comprendía a los minerales pero que fue abandonado de manera muy prematura.

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Creó el reino llamado Protista, donde ubicó a todos los organismos unicelulares.
Tres Reinos:

| Reino Protistas
-Protists atípicos
-Protozoa
-Protophyta
| Reino Planta
| Reino Animal

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Distinguió entre organismos eucariontes con células con núcleo y procariontes anucleados, términos originados en su obra Pansporella perplexa.

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Propuso un nuevo reino, el Monera, donde agrupó a las bacterias, pues todas son procariontes.
Sistema de cuatro Reinos

| Reino Mychota
| Reino Protoctista
| Reino Plantae
| Reino Animalia

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Propuso un esquema de clasificación con 5 reinos al considerar los siguientes criterios:
Tipo celular (procariontes y eucariontes)
Nivel de organización (unicelular o pluricelular)
Tipo de nutrición (autótrofa o heterótrofa)
Tipo de reproducción (sexual o asexual).
Cinco Reinos

| Reino Monera
| Reino Protista
| Reino Plantae
| Reino Fungi
| Reino Animalia

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Propone la modificación del Reino Monera al encontrar que las bacterias tienen diferentes tipos de metabolismo. Propone dividirlas en dos grandes grupos, que nombró Bacteria y Archaea.
Tres Dominios

| Dominio Bacteria
| Dominio Archaea
| Dominio Eucarya

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Propone dividir al mundo biológico en dos: Dominio Prokaryota y Dominio Eukaryota
Cuatro Subdominios

| Dominio Prokaryota
-Subdominio Eubacteria
-Subdominio Archaebacteria
| Dominio Eukaryota
-Subdominio Protista
-Subdominio Metabionta
| Reino Metaphyta (Plants)
| Reino Fungi
| Reino Animalia

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Lynn Margulis y Karlene V. Schwartz 1998

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Lynn Margulis y Karlene V. Schwartz 1998

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Establece 2 Sueper Reinos

| Superreino Prokaryota
| Superreino Eukaryota

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En su clasificación enfatiza que las diferencias en la estructura celular entre procariotas y eucariotas son fundamentales para clasificar a los seres vivos, por ello decide agruparlas en dos Imperios; mientras que el Reino Protoctista lo transforma en Chromista y Protozoa. Su propuesta es de seis reinos.
-Reinos Bacteria
-Reino Protozoa
-Reino Animalia
-Reino Fungi
-Reino Plantae
-Reino Chromista

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En la actualidad al conocerse mejor la estructura viral, Christon Hurst propone incorporarlos en un nuevo Dominio, el Akamara.

Este dominio se ha dividido en dos Reinos:
Euviria: incluye a los virus convencionales o verdaderos así como a los llamados virus satélites.
Viroida: incluye a todos los viroides, virusoides y el género Deltavirus.