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NetBioDyn

Free and Open Source IDE to simulate MultiCellular Systems

NetBioDyn is a software to model and simulate biological mechanisms at the cellular or molecular level.

It is dedicated to secondary school pupils, higher education students, teachers and professors.

No programming skill required.

Works on Windows, Mac and Linux with Java.

The interface is both in english and in french (français)

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NetBioDyn 2018 NetBioDyn 2018 for Windows including Java
Version 2018 of NetBioDyn
NetBioDyn 2015
Vversion 2015 of NetBioDyn
NetBioDyn 2008
Version 2008 of NetBioDyn

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Course 1 for NetBioDyn (in french)

Exercices

Exercices (in french)
NetBioDyn used to explain the blood coagulation
Tutorials

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Free and Open Source IDE to simulate MultiCellular Systems NetBioDyn is a software to model and simulate biological mechanisms at the cellular or molecular level. It is dedicated to secondary school pupils, higher education students, teachers and professors. No programming skill required. Works on Windows, Mac and Linux with Java.

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A l'aide des deux exemples ci-dessous, expliquez comment peuvent apparaître de nouvelles espèces

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Dans un modèle, chaque entité est définie par sa mobilité et sa demi-vie. La demi-vie d’une entité est la durée au bout de laquelle la moitié de la population de cette entité a disparu.

Une équation de comportement s’écrit comme une réaction chimique : les réactifs en amont et les produits en aval.

Pour éviter l’encombrement rapide de l’environnement par de trop nombreuses entités, on évite de donner une probabilité trop forte à un comportement de reproduction (éviter les valeurs supérieures à 0,1).

On choisira comme effectifs initiaux le même nombre de rhinolophes de Mehely et d’individus de l’autre espèce de chauve-souris (par exemple, 100 de chaque).

Lorsqu’un modèle est ouvert, l’onglet "Export modèle" du logiciel NetBioDyn permet d’avoir une vision d’ensemble de l’algorithme du modèle sans avoir à utiliser un par un les onglets "entités" et "comportements".

Laisser un écoulement de temps suffisamment long pour simuler plusieurs générations.

Ne pas hésiter à répéter les simulations lors du test d’un modèle pour s’assurer de sa validité.

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Itinéraire 3 : je mets à l’épreuve deux algorithmes possibles

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Itinéraire 3 : je mets à l’épreuve deux algorithmes possibles

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Vous disposez de deux modèles A et B.
Comparer les algorithmes des deux modèles afin de repérer celui qui adhère le mieux aux données scientifiques. Vérifier ce choix en faisant tourner chaque modèle et en observant l’évolution des populations des deux espèces. Ajuster, si nécessaire, le modèle choisi.
lien téléchargement modèle A :
https://drive.google.com/file/d/1BHhK0D2hWGIICykAnXYBvYlq1fFQ3t-J/view?usp=sharing
Lien téléchargement modèle B :

https://drive.google.com/file/d/15VchtauFYNlI97Dc2GEKNMGyXiRljH-e/view?usp=sharing

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Itinéraire 2  : je modifie un algorithme imparfait

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Itinéraire 2  : je modifie un algorithme imparfait

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Vous disposez d’un modèle imparfait.

Modifier l’algorithme de ce modèle pour qu’il s’accorde d’une part avec la documentation scientifique et d’autre part avec la persistance observée des rhinolophes de Mehely dans la nature.
Lien téléchargement : https://drive.google.com/open?id=1xEb9MJxtuNqYnv7b53U_qXMfM4LOOTu-

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 Itinéraire 1 : je construis de A à Z l’algorithme | 

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 Itinéraire 1 : je construis de A à Z l’algorithme | 

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Vous avez toute liberté pour construire votre propre modèle.

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Modéliser le devenir d’une population de rhinolophes de Mehely, ainsi que le devenir d’une population d’une espèce X de rhinolophe ne poussant pas de cris très aigus, pour aboutir à l’algorithme expliquant le maintien des rhinolophes de Mehely dans la nature.

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QCM de vérification de la compréhension des documents

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QCM de vérification de la compréhension des documents

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Lire les documents avant la séance et réaliser le QCM de vérification de la compréhension des documents !

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Concevoir, créer, réaliser des modèles simples afin d'expliquer comment les forces évolutives ont maintenu la très haute fréquence des cris des rhinolophes de Mehely alors qu’ils réduisent l’efficacité de la chasse des insectes.

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Concevoir, créer, réaliser des modèles simples afin d'expliquer comment les forces évolutives ont maintenu la très haute fréquence des cris des rhinolophes de Mehely alors qu’ils réduisent l’efficacité de la chasse des insectes.

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Les cris très aigus des mâles des rhinolophes de Mehely sont un avantage pour la reproduction qui doit l’emporter sur le désavantage que cela entraîne pour la nutrition.
Créer avec le logiciel NetBioDyn, un modèle rendant compte de cette "sélection sexuelle"