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La educación durante la época colonial en Guatemala estuvo a cargo de la Iglesia Católica y favorecía casi exclusivamente a los hijos de los españoles y criollos. En 1597, el anciano obispo Gómez Fernández de Córdoba y Santillán autorizó la fundación del primer centro educativo en Guatemala: el Colegio y Seminario Tridentino de Guatemala. Para entonces otras instituciones similares -llamadas seminarios tridentinos o seminarios conciliares- habían tenido muchas dificultades para establecerse: por ejemplo, el colegio tridentino de Quito había pasado a manos de la Compañía de Jesús y ya no formaba curas seculares menos de treinta años después de su fundación; el de Santa Fe, que fue fundado en 1586, pasó también a los jesuitas en 1605, y el de Lima, que seguía abierto a pesar de la oposición del cabildo y las órdenes religiosas.

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Cayetano Francos y Monroy llegó a Guatemala como arzobispo en 1779 con la misión de retomar el control del clero guatemalteco y destituir al arzobispo Pedro Cortés y Larraz quien se aferraba al puesto. Francos y Monroy estaba muy involucrado con las corrientes liberales de los filósofos ingleses y de Juan Jacobo Rousseau que proporcionaron nuevos lineamientos en la pedagogía y la formación intelectual de las nuevas generaciones. Francos y Monroy inició en la Nueva Guatemala de la Asunción una reforma educativa, pues a su llegada solamente estaba la escuela de Belén, la que era incapaz de atender a todos los escolares, pues la población ascendía a veinte mil habitantes. Las escuelas no funcionaban porque los jesuitas habían sido expulsados en 1767 y el resto de entidades civiles y religiosas estaban trabajando arduamente en construir sus nuevos edificios tras el traslado desde la ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala en 1776.​ Francos y Monroy fundó dos escuelas de primeras letras, la de San José de Calasanz y la de San Casiano, fundó un nuevo colegio que llamó «San José de los Infantes» y contribuyó económicamente para finalizar la construcción del Colegio Tridentino, y otros establecimientos.

La nueva orientación pedagógica de Francos y Monroy tenías tres objetivos: ciencias, costumbres y religión. De esta forma, se dio conocimiento a los niños adecuado a su edad y se les proporcionaron principios que poco a poco fueron desarrollando ciudadanos con mentalidad distinta a la acostumbrada y quienes en años posteriores serían protagonistas de los movimientos independentistas.

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El 31 de enero de 1676 quedó plasmado en una real cédula el nacimiento de la primera universidad de Centroamérica; antes de este hecho, transcurrieron más de 120 años, en los que se realizaron múltiples proyectos para perfeccionar el concepto de universidad.

La educación superior en la Ciudad de Guatemala fue el sueño de una sociedad que necesitaba profesionales para impulsar el desarrollo y atender las necesidades de la población. La lucha para que la herencia académica de las universidades de España fuera sembrada en Guatemala inició el 1 de agosto de 1548, mediante un texto que el obispo Francisco Marroquín remitió al rey de España, Carlos II, donde solicitaba la fundación de una universidad.
Con ese intento primario, el obispo requería que enviaran al país un gramático, un filósofo, un teólogo y un canonista, de las universidades de Salamanca y Alcalá. Para ese entonces, un modelo similar a las instituciones de educación superior españolas era la Universidad de México, que contaba con las cátedras de Leyes, Decreto, Cánones, dos de Teología, una de Sagrada Escritura, Artes (Filosofía), Retórica y Gramática; posteriormente, la cátedra de Medicina se fundó en 1574.

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El Dr. Mariano Gálvez se preocupó por readecuar el sistema educativo de Guatemala y convertirlo en un sistema laico. En 1835 se principió a ensayar el famoso sistema lancasteriano, que por aquella época era tenido como el óptimo, y que es bien conocido por el auxilio que el maestro se hacía dar por sus discípulos aventajados, que recibían el nombre de "monitores". También se dieron las becas de Guadalupe costeadas por el Estado y que eran para niños procedentes de los departamentos, siendo condición expresa que cinco de las becas favorecieran a niños indígenas. También se ordenó la creación de una escuela de mineralogía, la creación del Museo Nacional, la de una escuela de niñas -en las que se enseñaba a leer, escribir, contar y los principios básicos de las labores de una mujer de la época- y la de la primera Escuela Normal de Profesores. Finalmente, se fundó la Academia Nacional de Ciencias, la cual vino a llenar que el vacío educativo que existía cuando fue cerrada la Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo tras la expulsión de las órdenes del clero regular luego de la derrota del partido conservador.

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(Justo Rufino Barrios)
Los gobiernos liberales, especialmente el de Justo Rufino Barrios, emprendieron un vasto programa de reformas que abarcaron, entre otros aspectos, a la Iglesia, la economía y la educación. Los siguientes fueron los postulados liberales del gobierno de Barrios:

Separación definitiva de la Iglesia y del Estado

Supresión de diezmos y primicias obligatorios, a fin de restarle poder económico al clero secular, el cual dependía de los diezmos y no había sido expulsado del país.

Extinción de las cofradías

Instauración del matrimonio civil

Secularización de cementerios

Creación del registro civil

Instauración de la enseñanza laica en todos los colegios de la república

Instauración de la escuela primaria gratuita y obligatoria

Reorganización de la universidad, para eliminar los cursos de teología.

Sobre la base de estos preceptos, se expropiaron numerosos bienes a las órdenes del clero regular de la Iglesia católica, ya que era uno de los principales terratenientes y encomenderos conservadores; de esta forma, se eliminaba el poder del clero regular con la expulsión de las órdenes monásticas, se restringía el poder del clero secular y los arzobispos con la eliminación del diezmo obligatorio y los bienes se traspasaban a los líderes liberales.

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El 28 de octubre de 1899 se decretó que se destinara el último domingo de octubre de cada año para la celebración de una solemne fiesta popular en toda la república, consagrada a ensalzar la educación de la juventud. Estas fiestas, conocidas como «Fiestas Minervalias» fueron magníficas y se constituyeron en magnas asambleas para glorificar al presidente; como evidencia quedan los lujosos ejemplares de los Álbumes de Minerva.

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Gobiernos de José María Orellana y Lázaro Chacón

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Gobiernos de José María Orellana y Lázaro Chacón

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El proyecto educativo que inició el gobierno de José María Orellana y que tuvo como base fundamental la «desanalfabetización», es decir, la eliminación del analfabetismo, continuó durante el gobierno de Chacón González.​ El gobierno, al igual que el de Orellana, realizó varios concursos para elegir a los más aventajados estudiantes que culminaban su carrera como maestros y otorgarles una beca que les permitiera continuar sus estudios en otros países convirtiéndose en profesionales de la pedagogía para que, de vuelta a Guatemala, pudieran encargarse de formar a los nuevos maestros.