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Les écosystèmes de l'île Clipperton (bosquets, sols dénudés, lagon et fonds marins proches) sont également régulièrement recouverts par des déchets dérivants, qui forment une pollution inquiétante. Il reste, éparpillées sur l’île, des munitions vides et de nombreuses carcasses de moteurs laissées après l'occupation américaine de 1944 et par l'ancienne exploitation du guano au début du XX s. Les anciennes baraques sont en état de délabrement. Toutefois ces déchets constituent des abris artificiels pour les populations de crustacés aux heures les plus chaudes.

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En 1895, la Pacific Islands Company, une compagnie américaine, s'installe sur l'île pour y exploiter le guano. En 1897, le Mexique l'occupe. En 1906, le Mexique construit un phare et y laisse un gardien. En 1907, le président mexicain, le général Porfrio Diaz, y dépêche une petite troupe d’une dizaine de soldats et leurs femmes placés sous les ordres du capitaine Ramon Arnaud, descendant d’une famille française. La marine mexicaine devant venir les ravitailler environ tous les quatre mois. En 1909, le Mexique demande un arbitrage international au roi d'Italie Victor Emmanuel III. L'arbitrage est interrompu par la guerre et n'est rendu qu'en 1931.

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54 espèces d'algues sont répertoriées sur l'atoll. Les herbiers aquatiques se dégradent. Elle était en 2007 composée de 26 phanérogames, 3 mousses, quelques lichenset champignons identifiés, pour l'essentiel probablement introduits par l'homme.
La flore est extrêmement sensible aux aléas climatiques : la faible altitude de l'île la rend au moins partiellement submersible lors des très grandes tempêtes, ce qui a pour effet la suppression de la végétation dans les zones touchées par la mer.

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Malgré des ressources limitées, l’île possède une faunecomposée de nombreux individus comme les crabes, les serpent marin, les dauphins sont très fréquents autour de l´atoll, des porcs domestique, et les rats qui est un prédateur por la faune locale.

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L’île Clipperton, aussi appelée île de Clippertonet Clipperton, anciennement île de la Passion, est une possession française composée d'un unique atoll situé dans l'ocean Pacifique.

Son lagon est le seul d'eau douce au monde. L'Île Clipperton est aussi la seule possession française du Pacifique nord. Cette île est le quatrième territoire français du Pacifique et le cinquième de l'outremer français par son extension maritime .