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Probablemente debido a esta razones, después de la partida de Santa Cruz, los militares se interesaron por asumir un mayor protagonismo en la vida política del país, empezaron a brindar su apoyo a figuras políticas sobresalientes de la época, algunos civiles pero la mayor parte de ellos provenía de sus propias filas, de esta manera cobró forma el proceso conocido como caudillismo, que se manifestó en Bolivia hasta el inicio de la Guerra del Pacífico, es importante anotar que este proceso se manifestó no sólo en Bolivia sino también en otros países de la región.

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Además, el presidente tomó varias medidas con el objetivo de fortalecer al ejército. De hecho, en tiempos de la Confederación, el ejército peruano-boliviano fue uno de los mejores existentes no sólo en América del Sur, sino en toda América.

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Fue precisamente durante el gobierno de Santa Cruz que muchos militares bolivianos se lucieron en gloriosas batallas contra tropas peruanas (antes de la creación de la Confederación), chilenas y argentinas.

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De hecho, ser militar era una nota de prestigio social muy importante en la sociedad boliviana y latinoamericana de esos tiempos.

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En los años posteriores a la disolución de la Confederación, la inestabilidad política se expresaban numerosos golpes de Estado y cambios de gobierno en los que los militares jugaron un papel fundamental.

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En Bolivia, la oposición fue que fue creciendo paulatinamente, mientras que los militares daban la espalda al protector. A causa de esta tenaz oposición, Santa Cruz renunció en febrero de 1839 y la Confederación fue disuelta en agosto de ese mismo año.

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En el interior de la Confederación, la principal oposición surgió de las élites peruanas, cuyos portavoces preferían que Bolivia se sometiera a Perú y no soportaban que la Confederación fuera liderada por un boliviano.

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A nivel externo, su creación generó temores tanto en Chile y Argentina, como en Ecuador y Colombia. Chile en particular, se sintió amenazado por la capacidad comercial de la confederación y porque Andrés de Santa Cruz favorecía el uso del puerto del Callao, cerca de Lima, en detrimento del de Valparaíso.

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La confederación Perú-Boliviana sólo duró tres años (1836 a 1839), ya que enfrentó problemas externos e internos.

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Finalmente, el 28 de octubre de 1836, nació la confederación Perú-Boliviana. El territorio conformado por los seis departamentos que existían por entonces.

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Después, el Estado Nor Peruano, Colima y el resto del territorio (provincias Junín, Trujillo y Amazonas).

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Primero se creó el Estado Sur Peruano, con las provincias andinas de Ayacucho, Arequipa, Cusco y Puno.

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El proyecto de unir el bajo y el alto Perú, ya constituidos en repúblicas independientes, no era nuevo, considerando las relaciones históricas entre ambos territorios. Pero fue Andrés de Santa Cruz, quien llevó a cabo la creación de la confederación Perú-boliviana.

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Santa Cruz comprendió la necesidad de instalar otras casas superiores de estudio, por lo que en 1830 se fundó la Universidad Mayor de San Andrés, en La Paz y en 1832, la Universidad Mayor de San Simón, en Cochabamba.

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Otro cambio importante que introdujo el gobierno de Santa Cruz fue la creación de universidades, ya que hasta entonces sólo existía la Universidad Mayor, Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca, fundada en 1624.

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Con estos nuevos instrumentos legales, que se caracterizaron por su modernidad y claridad, el país ya se alejaba de las antiguas leyes del pasado, pese a ello, siguieron existiendo desigualdades y jerarquías sociales, por ejemplo, en el Código Civil Santa Cruz, el concepto de la “patria potestad” otorgaba autoridad no sólo a los padres sobre sus hijos, sino a los maridos sobre sus esposas.

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Bolivia ya contaba con una constituciones de 1826, pero muchas de las normas vigentes de ataban del periodo colonial. Por ello, a partir de 1931, Santa Cruz promulgó varios códigos: el Código Civil, el Código Penal, el Código de Procederes y el Código Mercantil.

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Para salir de él, se llamó al Mariscal Andrés de Santa Cruz, que vivía en Perú, a fin de que se convirtiera en presidente de la nación. Santa Cruz aceptó y desde 1829 hasta 1839 logró gobernar el país efectivamente. En este periodo pudo llevar adelante muchas importantes reformas.

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Cuando Sucre dejó Bolivia, tras haber sido derrocado por un golpe de Estado en 1828, el país entró en un periodo de inestabilidad.