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Una cuenca hidrográfica es un territorio drenado por un único sistema de drenaje natural, es decir, que drena sus aguas al mar a través de un único río, o que vierte sus aguas a un único lago endorreico.

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Este río recorre una línea de falla tectónica que limita la región occidental de las Sierras Pampeanas, forma asimismo el llamado sistema del Desaguadero, cuenca fluvial de unos 260 000 km² que abarca la mayor parte de Cuyo y el oeste de la provincia de La Pampa.

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El río San Juan es un curso de agua permanente, producto del deshielo de la Cordillera de los Andes. Es el río más importante de la provincia de San Juan, y se localiza en el área norte de la misma, y en el centro oeste de Argentina.

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Ríos secundarios
Por otro lado el río Huaco, en el departamento de Jáchal y el río Valle Fértil, en el departamento que lleva el mismo nombre, son también de gran importancia
para los sanjuaninos. La provincia cuenta además con varios arroyos que son cursos de montaña de fuerte pendiente. Entre los más importantes pueden nombrarse el arroyo de Agua Negra, el de Agua Blanca, el arroyo Iglesia, el de Ojos de Agua, Las Hornillas y el arroyo Los Tapones, entre otros.

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El río Jáchal pertenece a la denominada cuenca hidrográfica del Des aguadero.
Nace en la cordillera del Límite, en el suroeste de la provincia de Catamarca con el nombre de río Blanco. Su cuenca se desarrolla entre la precordillera y la Cordillera Frontal, en las pro vincias de La Rioja y San Juan. Al adentrarse en el valle de Rodeo, toma el nombre de Jáchal.
A pesar de contar con una amplia cuenca de alimentación en la cordillera, no logra reunir más de 14 m3 /seg (caudal promedio 9,80 m3/seg) debido a la escasez de las precipitaciones en ese sector andino. El resto de su curso transcurre bajo clima árido, lo que impide el incremento de su caudal. Tiene una longitud de 640 Km.

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Otro de los ríos más particulares de la provincia es el Bermejo. Por lo general permanece seco durante todo el año, ya que al atravesar el sector más árido del territorio sus aguas se infiltran. Puede llegar a los bañados del Desaguadero sólo en épocas, según lo que le haya aportado su principal afluente el río Jáchal.

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El río de los Patos nace en las estribaciones del Aconcagua (6.959 m) y desciende en sentido suroeste-noreste a través del valle de los Patos y del valle de Calingasta recibiendo a un gran número de afluentes.
El río de los Patos es, junto con el río Castaño, el principal componente del río San Juan que surge de la confluencia de
ambos en los alrededores de Villa Corral.

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Pertenece a la cuenca hidrográfica del río San Juan que transita en su totalidad por el departamento de Calingasta, en el sector occidental de la provincia de San Juan. Nace en la cordillera de la Totora (5.475 m)
El río Calingasta es utilizado además para la pesca. El tramo que sirve para esta actividad es de 60 Km. Está formado por una quebrada estrecha de aguas rápidas tipo y bandejas.