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Se instaló en Lima, con miras a ingresar a la Marina de Guerra del Perú. Su hermano Enrique Grau Seminario, que también había servido en la marina mercante, tenía la misma vocación. El padre pidió la incorporación de sus dos hijos a la Marina, mediante solicitud firmada en Lima, el 18 de agosto de 1853, dado que aquellos eran todavía menores de edad.​ Mientras tanto, Miguel se inscribió como estudiante libre en el colegio del poeta Fernando Velarde, donde estuvo hasta que se verificó su ingreso a la Marina,​ el mismo que se produjo el 14 de marzo de 1854, en calidad de guardiamarina. Gobernaba entonces en el Perú el general José Rufino Echenique.​

Por entonces, la Marina de Guerra del Perú se había incrementado y profesionalizado, bajo el incentivo del presidente Ramón Castilla (primer gobierno, 1845-1851), gobernante muy preocupado porque su país tuviera la hegemonía marina en Sudamérica. La armada peruana contaba con su primer buque a vapor, el Rímac, construido en Nueva York, de 1300 toneladas y armado con cuatro cañones; la fragata Mercedes, los bergantines Guise y Gamarra y las goletas Peruana y Héctor. Castilla adquirió también la fragata Amazonas, de 1300 toneladas y 33 cañones, que llegó en el gobierno de su sucesor, José Rufino Echenique (1851-1856). Este continuó la política de fortalecimiento del poderío naval con la adquisición en Inglaterra de la fragata mixta Apurímac y las goletas Loa y Tumbes.

Casa de Grau en Lima.
El guardiamarina Grau sirvió sucesivamente en el vapor Rímac (6 meses y 18 días, de abril a septiembre de 1854); el pailebot Vigilante (10 meses y 21 días, de octubre de 1854 a noviembre de 1855); y el vapor de ruedas Ucayali (4 meses y 12 días, de diciembre de 1855 a febrero de 1856).

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Los Primeros contactos con el mar de Miguel Grau

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Los Primeros contactos con el mar de Miguel Grau

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En Paita la actividad marítima civil era grande. Todos los navíos que hacían el tráfico entre Panamá y el Callao tocaban en su rada. Funcionaba en el puerto la escuela náutica fundada por el presidente Agustín Gamarra en 1843, destinada a formar a pilotos civiles. Al pequeño Miguel, que sólo tenía ocho años, le fascinó la inmensidad del océano. Su vocación naval comenzó a despertar a partir de ese momento.
Miguel Grau siguió en Paita los primeros cursos de su formación escolar. El muchacho, listo y resuelto, había sido educado con dureza por el padre para conseguir con ello templar su carácter y acerar su voluntad.
Atraído por la vida marítima, Miguel, que solo tenía nueve años, obtuvo en marzo de 1843 el permiso paterno para embarcarse en el Tescua, un bergantín de la marina civil dedicado al cabotaje entre Paita y otros puertos del litoral peruano y de los países del norte hasta Panamá. El capitán del buque era Manuel Francisco Herrera, compatriota y gran amigo de Juan Manuel Grau. Fue el punto de partida de la carrera náutica de Miguel, pero se truncó inesperadamente. El buque naufragó frente a la isla Gorgona y el aspirante a grumete se salvó milagrosamente, debiendo retornar a la vida hogareña y escolar en Paita.

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Al producirse la guerra entre Perú y Bolivia de 1841, el teniente coronel Juan Manuel Grau Berrío (padre de Miguel Grau), entonces retirado del servicio y dedicado al comercio, juzgó que debía retornar al ejército peruano para defender a su segunda patria. Escribió a Lima a su viejo jefe y amigo, el general Antonio Gutiérrez de la Fuente, ex vicepresidente del Perú. La respuesta fue favorable y en julio de 1842, el padre de Grau se incorporó a la secretaría de dicho general, quien lo destinó a Ayacucho.​

En junio de 1842 se celebró la paz con Bolivia, pero una vez más, en el Perú se desató la guerra civil y la anarquía. En noviembre de 1842, el nuevo presidente del Perú, general Francisco de Vidal, nombró a Juan Manuel Grau, vista de aduana en Paita, puerto estrechamente ligado con la ciudad de Piura.​ Fue pues, en 1842, cuando Miguel Grau empezó a vivir en Paita, junto con su padre y sus tres hermanos, pero sin su madre, que permaneció en Piura.