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Una cuenca hidrográfica es el territorio donde las aguas de lluvia, deshielo o subterráneas drenan hacia un mismo río principal y sus afluentes. Se delimita por divisorias de agua naturales como montañas o sierras. En San Juan, la mayoría de los ríos pertenecen a la cuenca del Desaguadero

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Este sistema atraviesa y conecta cuencas de Mendoza, San Juan, San Luis y La Rioja

Su clima va de árido a semárido en la mayor parte de nuestra provincia, con bajas precipitaciones en el valle, lo que produce alta evaporación y diferencias estacionales en caudales

Nace en la Cordillera, atraviesa la precordillera y desciende a los oasis del valle, por eso tiene un régimen níveo-glaciar

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El Río San Juan, inicialmente recibió el nombre de "Putu", está formado por la confluencia del Río Castaño y el Río Los Patos en el paraje Las Juntas. Su fuente es el agua de deshielo níveo. Se alimenta de su cuenca superior donde hay glaciares y campos de nieves en grandes altitudes. Atraviesa la Precordillera e irriga los valles de Úllum, Zonda y Tulúm.

Cuenta con una longitud de 500 km de longitud y su superficie de cuenca es de 39.906 km

Recibe aguas del Río Saso y Río Uruguay con aportes modestos no muy abundantes, se lo puede dividir en curso superior, curso medio y curso interior

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Nace en la Cordillera de la Totora

Es empleado para el desarrollo de la pesca, pudiendo encontrar variedades de peces como trucha arcoiris, marrón y fontinalis

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Aparte de los ríos principales y secundarios, San Juan cuenta con varios arroyos de montaña, que son cursos estacionales y aportan agua en épocas de deshielo o lluvias, los más importantes son:

Arroyo de Agua Negra

Arroyo de Agua Blanca

Arroyo Iglesia

Arroyo Ojos de agua

Arroyo Las Hornillas

Arroyo Lo Tapones

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Se encuentra en Valle Fértil

Tiene un curso bastante corto, alimentado por lluvias de verano y deshielos menores

Abastece a la villa cabecera del departamento y a la agricultura de la zona

Su caudal es irregular pero es clave en una zona sin otros ríos importantes

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Se encuentra en Jachal

Es un río de régimen estacional. con aportes principalmente de lluvias de la cordillera o precordillera

Es esencial para el riego en el oasis de Huaco A continuación sus aguas ingresan al valle de huaco, donde es sistematizado y nace un red de canales de riego que permiten el desarrollo agrícola