# data[].attributes.headline
Resolving Difficult Phylogenetic Questions: Why More Sequences Are Not Enough

# data[].attributes.subject
Resolving Difficult Phylogenetic Questions: Why More Sequences Are Not Enough

# data[].attributes.body
Philippe H, Brinkmann H, Lavrov DV, Littlewood DTJ, Manuel M, et al. (2011) Resolving Difficult

Phylogenetic Questions: Why More Sequences Are Not Enough. PLoS Biol 9(3): e1000602. doi:10.1371/

journal.pbio.1000602

# data[].attributes.headline
Improved Phylogenomic Taxon Sampling Noticeably Affects Nonbilaterian Relationships

# data[].attributes.subject
Improved Phylogenomic Taxon Sampling Noticeably Affects Nonbilaterian Relationships

# data[].attributes.body
K.S. Pick (†), H. Philippe (†), F. Schreiber, D. Erpenbeck, D.J. Jackson, P. Wrede, M. Wiens, A. Alie, B. Morgenstern, M. Manuel y G. Wörheide. doi:10.1093/molbev/msq089

# data[].attributes.headline
Genomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals

# data[].attributes.subject
Genomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals

# data[].attributes.body
https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1518127112

# data[].attributes.body
Phillipe et al. Analizaron una gran cantidad de datos, difiriendo en los resultados obtenidos en la hipótesis de Schierwater et al. y Dunn et al. En los estudios previamente mencionados, cada uno utilizó solo 9 especies , con genes altamente saturados (con muchas diferencias muy cercanas dificiles de diferenciar). También se menciona q uno de los errores más fuertes fue usar modelos con alto porcentaje de señales no filogenéticas (homolasias no detectadas) y poco porcentaje de señales filogenéticas que son las realmente significativas para la realización correcta de un árbol de la vida. Phillipe et al. Utilizó 22 especies, sacó a los grupos externos más lejanos dejando a Choanoflagelata como grupo externo, utilizó genes con menor saturación y por ende menor cantidad de señales no filogenéticas y utilizó un modelo probabilistico más exacto (CAT+I) que infiere de mejor manera las sutituciones múltiples (cambios en el mismo sitio del ADN o proteína a lo largo de el tiempo) siendo un modelo heterogeneo de sitio que asume q la evolución aplica de manera diferente a los distintos sitios de ADN o proteína analizada. Descartando la idea que Ctenofora es el grupo basal de Metazoa porpuesta por Schierwater y Dunn et al. por la gran cantidad de errores e incongruencias en estos estudios. Deja a Porifera como grupo hermano de Eumetazoa.

# data[].attributes.body
Reanálisis de Phillipe et al. simplificado.

# data[].attributes.body
Se menciona q este análisis requiere de métodos más especializados para la filogenómica como la integración de modelos 3D de las proteínas, realizar alineación conjunta y filogenia. La integración de un análisis computacional más extenso para poder diferenciar correctamente una sinapomorfia de una convergencia. Por lo que este estudio mayoritariamente trata de desmentir a los otros dos autores dando las razones del por qué dejan a porifera como grupo hermano hasta que se tenga estudios más precisos, cosa que invitan a la comunidad científica a seguir estudiando.

# data[].attributes.body
Hay dos hipótesis en debate: Porifera-sister (las esponjas son las más antiguas) y Ctenophora-sister (los ctenóforos son el grupo más basal). La elección entre ellas cambia radicalmente según la interpretación de la aparición de rasgos clave (epitelios, sistema nervioso, músculos, digestión, etc.) y datos moleculares.

Las esponjas carecen de rasgos complejos presentes en otros animales (p. ej. epitelios verdaderos con belt desmosomes, digestión extracelular, nervios, músculos), lo que sugiere que el ancestro común de los animales era relativamente simple y esos rasgos evolucionaron después, en el linaje que dio lugar a Placozoa, Ctenophora, Cnidaria y Bilateria.

Si las ctenóforas fueran realmente las más basales, quedaría un grupo formado por Porifera+Placozoa+Cnidaria+Bilateria para el que no se conocen sinapomorfías morfológicas claras. Esto implicaría postular múltiples ganancias y/o pérdidas independientes de rasgos clave durante la evolución animal, lo que obligaría a revisar de forma importante nuestra narrativa evolutiva.

Muchos análisis usan modelos site-homogeneous (asumen el mismo proceso de sustitución en todos los sitios). Eso es biológicamente irreal porque diferentes posiciones en una proteína toleran distintos aminoácidos. Los modelos homogéneos subestiman la probabilidad de evolución convergente y pueden confundir convergencias con homología compartida, conduciendo a errores en la reconstrucción. En este estudio aplicaron modelos site-heterogeneous (más realistas) y compararon distintas estrategias de selección de grupos externos y matrices de genes con corrección por sesgos de pérdida. Encontraron que los modelos heterogéneos se ajustan significativamente mejor a los datos que los homogéneos. Tas corregir por sesgos metodológicos (mejores modelos de sustitución, selección adecuada de grupos externos, y correcciones en modelos de ganancia/pérdida), los autores concluyen que el supuesto apoyo previo a Ctenophora-sister se debió en gran medida a sesgos sistemáticos y artefactos como la atracción de ramas largas.

# data[].attributes.body
Filogenia obtenida por mejores análisis utilizando los datos de estudios que dicen evidenciar la hipótesis de Ctenoforos como grupo hermano del resto de animales.

# data[].attributes.body
Se encontró que la evidencia que sostiene la hipótesis de los Ctenoforos como grupo hermano del resto de los animales desaparece cuando se toman pasos para reducir el error sistemático en el análisis de datos moleculares. En general, el estudio resalta el peligro de depender solamente en sets de datos grandes y no tomar en cuenta el mejor modelo posible por medio de un análisis filogenético que busque reducir el error.

# data[].attributes.headline
The Genome of the Ctenophore Mnemiopsis leidyi and Its Implicationsfor Cell Type Evolution 

# data[].attributes.subject
The Genome of the Ctenophore Mnemiopsis leidyi and Its Implicationsfor Cell Type Evolution 

# data[].attributes.body
Joseph F. Ryan, Kevin Pang, Christine E. Schnitzler, Anh-Dao Nguyen, R., et al. (2013). The Genome of the Ctenophore Mnemiopsis leidyi and Its Implications for Cell Type Evolution. Science 342: 1242592. DOI: 10.1126/science.1242592

# data[].attributes.body
Se secuenciaron, ensamblaron y analizaron el genoma de de Mnemiopsis leidyi para investigar la posición filogenética de Ctenophora y el origen de tipos celulares complejos. A través de análisis filogenómicos con matrices de secuencia y contenido génico, observaron que en muchos casos Ctenophora aparece como grupo hermano del resto de los animales, aunque otros análisis sugieren una relación Ctenophora + Porifera. El estudio reveló que Mnemiopsis posee un repertorio de genes neuronales similar al de la esponja Amphimedon queenslandica, lo que sugiere que el sistema nervioso pudo haberse perdido en esponjas o evolución independiente de las neuronas en ctenóforos y eumetazoos. Además, aunque presenta la mayoría de genes estructurales musculares, carece de muchos genes de especificación mesodérmica presentes en bilaterios, sugiriendo mecanismos de desarrollo distintos.

Los análisis filogenómicos (máxima verosimilitud y contenido génico) apoya principalmente a Ctenophora como grupo basal de Metazoa, pero muestra sensibilidad a la elección del método y muestreo taxonómico. El árbol basado en contenido génico y los inventarios genómicos de vías de señalización, genes neuronales y mesodérmicos respaldan este patrón. Sin embargo, la ausencia de múltiples genes clave para la especificación mesodérmica y la falta de algunos genes sinápticos sugieren divergencia.

# data[].attributes.body
Árbol filogenetico producido por el análisis de máxima verosimilitud del contenido genético

# data[].attributes.body
El estudio aporta evidencia genómica relevante y novedosa, pero los resultados no son uniformes ni totalmente robustos. La posición basal de Ctenophora varía según el análisis y sigue siendo un tema abierto. En este contexto, la hipótesis de que Porifera sea el linaje más basal continúa siendo viable, respaldada por otros trabajos con recodificación de datos y muestreos taxonómicos más amplios.

# data[].attributes.headline
Ancient gene linkages support ctenophores as sister to other animal

# data[].attributes.subject
Ancient gene linkages support ctenophores as sister to other animal

# data[].attributes.body
Schultz, D.T., Haddock, S.H.D., Bredeson, J.V. et al. Ancient gene linkages support ctenophores as sister to other animals. Nature 618, 110–117 (2023). https://doi.org/10.1038/s41586-023-05936-6

# data[].attributes.attachment_link.title
Ancient gene linkages support ctenophores as sister to other animals - Nature

# data[].attributes.attachment_link.description
Deeply conserved syntenic characters unite sponges with bilaterians, cnidarians, and placozoans in a monophyletic clade to the exclusion of the comb jellies (ctenophores)—placing ctenophores as the sister group to all other animals.

# data[].attributes.body
Se busca una resolución del debate central en biologia evolutiva, ¿fueron los poríferas o los ctnóforos el grupo hermano de todos los demás animales? Del cual el articulo se enfoco en usar la sintenia a escala cromosómica como un carácter evolutivo robusto. Obtuvieron genomas completos y detallados de un ctenóforo, dos esponjas marinas y tres organismos unicelulares parientes cercanos (un coanoflagelado, una ameba filasterea y un ictiosporano) que sirven como referencia externa.

Los hallazgos principales fueron que los ctenóforos y organismos unicelulares compartes patrones genéticos ancestrales; por lo contrario, las esponjas, los animales bilaterales y los cnidarios comparten reordenamientos cromosómicos derivados, eventos genéticos raros e irreversibles. Esos caracteres sinténicos compartidos unen en un grupo monofilético a esponjas, bilaterales, cnidarios y placozoos, excluyendo a los ctenóforos (los ctenófors son el grupo hermano de todos los demás animales).

"Estos reordenamientos son fusiones y mezclas cromosómicas infrecuentes, lo que añade fuerza a la conclusión de que la posición de los ctenóforos tiene respaldo firme y claro."

Dado ese patrón evolutivo, los autores proponen llamar Myriazoa al clado que agrupa a esponjas, bilaterales, cnidarios y placozoos, distinguiéndolo de los ctenóforos como el linaje hermano.

# data[].attributes.body
En esta grafica representa cromosomas como barras horizontales y genes ortólogos conectados por líneas verticales, coloreadas según grupos sinténicos compartidos. En donde los ctenóforos solo comparten patrones ancestrales con organismos unicelulares (mostrando líneas sencillas), mientras que el resto (esponjas, bilaterales, cnidarios) comparten patrones derivados más complejo.

# data[].attributes.body
Este estudio representa una de las evidencias más sólidas hasta ahora en favor de la hipótesis de que los ctenóforos fueron los primeros en separarse del linaje animal, quedando las esponjas como parte de un grupo más amplio con una historia evolutiva compartida ("Myriazoa"). Las esponjas no solo están más conectadas con la mayoría de los animales, sino que comparten eventos cromosómicos raros y complejos que los ctenóforos no presentan.

# data[].attributes.headline
 Phylogenomics Revives Traditional
 Views on Deep Animal Relationships

# data[].attributes.subject
 Phylogenomics Revives Traditional
 Views on Deep Animal Relationships

# data[].attributes.body
Philippe, H., Derelle, R., Lopez, P., Pick, K., Borchiellini, C., Boury-Esnault, N., Vacelet, J., Renard, E., Houliston, E., Quéinnec, E., Da Silva, C., Wincker, P., Le Guyader, H., Leys, S., Jackson, D., Schreiber, F., Erpenbeck, D., Morgenstern, B., Worheide, G. y Manuel, M. (2009). Current Biology, 19, 706–712. https://doi.org/10.1016/j.cub.2009.02.052

# data[].attributes.body
Este estudio usa filogenómica, comparando 128 genes de 55 especies (incluyendo esponjas, ctenóforos, cnidarios, placozoos y bilaterales), para resolver dudas sobre las relaciones de los animales más antiguos. Mediante secuenciación de EST (fragmentos de genes expresados) y el análisis con el modelo CAT en PhyloBayes, que minimiza errores por atracción de ramas largas, descubrieron dos cosas clave: las esponjas son monofiléticas, o sea, forman un único grupo con un ancestro común exclusivo, y su plan corporal (canales, coanocitos, pinacodermo) evolucionó una sola vez; y los ctenóforos se agrupan con los cnidarios en el clado Coelenterata, lo que significa que el sistema nervioso, los músculos y el aparato digestivo surgieron una sola vez en la historia animal y luego fueron heredados, en lugar de haber aparecido varias veces. Con este árbol, la base de los animales está formada por Porifera y Placozoa, seguidos por Eumetazoa (Coelenterata + Bilateria).

# data[].attributes.body
Concluyeron que Porifera es un grupo monofilético, que todas las especies descienden de un mismo ancestro exclusivo y que su plan corporal característico evolucionó una sola vez; que Porifera se separó antes que Ctenophora, situando a las esponjas y a los placozoos en la base del árbol y a Eumetazoa (Ctenophora + Cnidaria + Bilateria) como un grupo más derivado; que Ctenophora y Cnidaria forman el clado Coelenterata, lo que implica que el sistema nervioso, las células musculares y el aparato digestivo surgieron una sola vez en un ancestro común y se heredaron a sus descendientes.

# data[].attributes.body
Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life

Casey W. Dunn1 , Andreas Hejnol1 , David Q. Matus1 , Kevin Pang1 , William E. Browne1 , Stephen A. Smith2 , Elaine Seaver1 , Greg W. Rouse3 , Matthias Obst4 , Gregory D. Edgecombe5 , Martin V. Sørensen6 , Steven H. D. Haddock7 , Andreas Schmidt-Rhaesa8 , Akiko Okusu9 , Reinhardt Møbjerg Kristensen10, Ward C. Wheeler11, Mark Q. Martindale1 & Gonzalo Giribet12,13 https://doi.org/10.1038/nature06614

# data[].attributes.body
En este estudio de Dunn y colaboradores realizaron uno de los análisis filogenómicos más amplios hasta ese momento para esclarecer las relaciones evolutivas entre los principales grupos animales. Utilizaron datos de 150 genes obtenidos de 77 especies (71 de ellas metazoos), incluyendo información de 11 filos que antes no tenían datos genómicos o de transcriptomas.

El enfoque incluyó estrategias para eliminar “taxones inestables” y así obtener un conjunto de 64 especies con posiciones filogenéticas más confiables. Sus resultados confirmaron varios clados importantes como Bilateria, Protostomia, Lophotrochozoa y Ecdysozoa, tambien añadir y proponer nuevas agrupaciones internas.

Uno de los hallazgos más relevantes fue que, en todos los análisis realizados, los Ctenophora (medusas de peine) aparecen como el grupo hermano de todos los demás animales, desplazando a Porifera (esponjas) de la posición basal que tradicionalmente ocupaban. Los autores señalan que, si esta hipótesis es correcta, tendría implicaciones importantes: o bien las esponjas simplificaron su morfología a lo largo de la evolución, o bien la complejidad de los ctenóforos surgió de manera independiente.

Aunque los resultados muestran un soporte estadístico fuerte para Ctenophora como grupo basal, los mismos autores reconocen que es necesario incorporar más datos, especialmente de placozoos y esponjas, antes de considerar esta hipótesis definitiva. El trabajo demuestra que un muestreo amplio de genes y especies puede resolver relaciones profundas en el árbol de la vida animal que antes eran inciertas.

# data[].attributes.body
Considero que el estudio de Dunn aporta evidencia molecular sólida que cuestiona la visión de Porifera como grupo basal, proponiendo a Ctenophora en esa posición. Dado que los propios autores reconocen que esta hipótesis es provisional y que faltan datos de otros grupos clave, pienso que no debe considerarse definitiva. El trabajo demuestra la importancia de un muestreo filogenómico amplio para resolver relaciones profundas en el árbol de la vida animal y abre nuevas preguntas sobre el origen y la evolución temprana de la complejidad en los metazoos.

# data[].attributes.body
Este estudio analiza cómo el muestreo de especies afecta la reconstrucción del árbol evolutivo de animales primitivos como esponjas, medusas y ctenóforos. Los autores demuestran que estudios previos que ubicaban a los ctenóforos como el grupo animal más antiguo eran errores causados por falta de datos suficientes. Al incluir más especies y mejorar los métodos, encontraron que las esponjas son realmente el grupo hermano de todos los demás animales, apoyando teorías morfológicas tradicionales. El trabajo resalta la importancia de usar muestreos taxonómicos completos y técnicas rigurosas para evitar conclusiones equivocadas en estudios evolutivos. En pocas palabras, la investigación corrige una interpretación errónea sobre la evolución animal temprana, mostrando que las esponjas, no los ctenóforos, son el linaje más basal, y enfatiza lo crucial que es analizar muchos grupos biológicos para obtener resultados confiables en filogenia.

# data[].attributes.body
Esta figura compara el nivel de saturación (sustituciones acumuladas que enmascaran señales evolutivas) entre los conjuntos de datos de Dunn et al. (2008, línea gris/puntos llenos) y Philippe et al. (2009, línea negra/puntos vacíos). Muestra que los datos de Dunn et al. (pendiente=0.38, R²=0.17) tienen mayor saturación que los de Philippe et al. (pendiente=0.46, R²=0.66), indicando que el primer estudio sufre más distorsión por mutaciones repetidas en los mismos sitios, lo que afecta la precisión de su árbol filogenético. Esto explica por qué el estudio actual, al usar métodos mejorados, corrige los resultados anteriores.

# data[].attributes.body
Este trabajo demostró que las esponjas, y no los ctenóforos, son el grupo hermano de todos los demás animales, corrigiendo errores previos causados por falta de datos suficientes y métodos sesgados. Al incluir más especies y analizar mejor la información genética, los autores confirmaron que estudios anteriores habían subestimado el papel clave de las esponjas en la evolución animal. El mensaje final es claro, y es que para reconstruir la historia de la vida con precisión, no basta con tener muchos genes, también se necesitan muestreos completos y técnicas rigurosas que eviten interpretaciones equivocadas.

# data[].attributes.headline
Topology-dependent asymmetry in systematic errors affects phylogenetic placement of Ctenophora and Xenacoelomorpha

# data[].attributes.subject
Topology-dependent asymmetry in systematic errors affects phylogenetic placement of Ctenophora and Xenacoelomorpha

# data[].attributes.attachment_link.title
Kapli  Telford (2020). - Topology-dependent asymmetry in systematic errors affects phylogenetic placement of Ctenophora and Xenacoelomorpha

# data[].attributes.body
El articulo revela cómo los errores sistemáticos en los análisis filogenéticos, particularmente la atracción de ramas largas (LBA), muchos estudios previos que apoyaban las hipótesis Ctenophora-first y Nephrozoa probablemente estaban sesgados por limitaciones metodológicas. La investigación se centra en dos problemas clave: primero, cómo los modelos de sustitución simplistas (como LG+G) que asumen tasas evolutivas constantes subestiman sistemáticamente las longitudes de rama, especialmente en taxones de evolución rápida como ctenóforos y xenacoelomorfos. Segundo, cómo este sesgo conduce a artefactos de LBA, donde estos grupos de ramas largas se agrupan erróneamente con otros taxones problemáticos. Para abordar esto, los autores comparan exhaustivamente modelos homogéneos (LG+G) con modelos heterogéneos más realistas (CAT+LG+G) que consideran variación entre sitios, utilizando tanto datos empíricos como simulaciones controladas. Un hallazgo crucial es el papel de los Acoelomorpha dentro de Xenacoelomorpha. Estos gusanos marinos presentan ramas evolutivas extremadamente largas debido a sus altas tasas de sustitución molecular. El estudio muestra que cuando se incluyen Acoelomorpha en los análisis con modelos inadecuados, la probabilidad de recuperar incorrectamente la topología Nephrozoa aumenta dramáticamente (hasta 98% de error). Sin embargo, al excluirlos o usar modelos más sofisticados, la hipótesis alternativa Xenambulacraria (que agrupa xenacoelomorfos con equinodermos y hemicordados) se vuelve mucho más apoyada. Esto sugiere que la simplicidad morfológica de los xenacoelomorfos probablemente resulta de pérdidas evolutivas secundarias más que de ser un grupo primitivo.

# data[].attributes.body
El estudio demuestra que los modelos filogenéticos homogéneos (LG+G) subestiman significativamente las longitudes de rama (30-40%) en grupos problemáticos como ctenóforos y xenacoelomorfos, particularmente en Acoelomorpha, cuyas ramas evolutivas extremadamente largas distorsionan los análisis. Cuando se simularon datos bajo las hipótesis Porifera-first y Xenambulacraria, los modelos simplistas recuperaron erróneamente Ctenophora-first y Nephrozoa en el 90-98% de los casos, revelando una asimetría fundamental donde estas últimas aparecen fácilmente como artefactos metodológicos. La exclusión de Acoelomorpha mejoró la precisión de Xenambulacraria del 52% al 89%, mientras que el uso de modelos heterogéneos (CAT+LG+G) y la selección de genes con ramas internas largas aumentaron la recuperación correcta a 88-95%, demostrando que los soportes previos para Ctenophora-first y Nephrozoa probablemente reflejan limitaciones analíticas más que relaciones evolutivas reales.

# data[].attributes.body
El estudio revela que el apoyo previo a Ctenophora-first y Nephrozoa surge principalmente de artefactos metodológicos, particularmente por la atracción de ramas largas en modelos simplistas. Los análisis demuestran que las esponjas (Porifera) son el grupo hermano más probable de todos los animales, mientras los xenacoelomorfos pertenecen a Ambulacraria, habiendo perdido complejidad secundariamente. Estos hallazgos resuelven una controversia clave en evolución animal y destacan la necesidad de usar modelos filogenéticos avanzados (como CAT+LG+G) para evitar conclusiones erróneas.