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La digestión externa es un proceso característico de los hongos, quienes no ingieren directamente los alimentos, sino que liberan enzimas digestivas al medio para descomponer moléculas complejas como celulosa, lignina o almidón. Estas enzimas degradan la materia orgánica en nutrientes más simples, que luego son absorbidos a través del micelio del hongo. Este mecanismo les permite alimentarse de materia orgánica muerta y descomponerla, desempeñando un papel esencial como descomponedores en los ecosistemas. Un ejemplo común son los mohos que crecen sobre pan o fruta, los cuales secretan enzimas para descomponer los carbohidratos presentes y luego absorben los nutrientes resultantes.

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La fermentación en los hongos es un proceso anaerobio, es decir, que ocurre sin la presencia de oxígeno, mediante el cual los hongos obtienen energía al descomponer azúcares simples como la glucosa. Durante este proceso, la glucosa se transforma primero en piruvato a través de la glucólisis y posteriormente el piruvato se convierte en etanol y dióxido de carbono (CO₂). Aunque la fermentación produce poca energía, aproximadamente 2 ATP por molécula de glucosa, es suficiente para que los hongos sobrevivan en ambientes donde el oxígeno es limitado. Este proceso es fundamental tanto para su supervivencia como para diversas aplicaciones industriales, incluyendo la panificación, la producción de cerveza, vino y bioetanol. Un ejemplo clásico es la levadura Saccharomyces cerevisiae, que fermenta los azúcares de la masa de pan, liberando CO₂ que provoca que la masa suba.

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Los hongos son organismos heterótrofos que dependen de procesos metabólicos específicos para obtener energía y nutrientes. Sus principales mecanismos son la fermentación, la digestión externa y la respiración.

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La respiración en los hongos es un proceso mediante el cual obtienen energía a partir de la descomposición de la glucosa, y puede ser aerobia, cuando hay oxígeno disponible, o anaerobia facultativa, cuando el oxígeno escasea y se recurre a la fermentación. En la respiración aerobia, la glucosa se degrada completamente hasta dióxido de carbono (CO₂) y agua, generando una gran cantidad de energía, aproximadamente 36 a 38 moléculas de ATP por molécula de glucosa, lo que hace de este proceso el más eficiente para los hongos. La respiración permite que los hongos crezcan y desarrollen su micelio de manera rápida y sostenida. Un ejemplo de respiración aerobia se observa en los champiñones (Agaricus bisporus), que dependen de este proceso para su crecimiento y reproducción.