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La Guerra de Reforma, también conocida como la Guerra de los Tres Años, aconteció en México en el año de 1858 ¹​al 10 de enero de 1861.​ La nación estaba dividida en dos grandes partidos: liberales y conservadores; ambos luchaban por sus ideales. Se le atribuye la transformación social mexicana por la transición de la estructura política en la cual se buscó establecer el sistema capitalista democrático y terminar con el que había desde la Colonia y el Imperio. En este nuevo sistema, se formó un Estado nacional basado en el orden constitucional, en la necesidad del pueblo mexicano por una reestructuración al intentar terminar con los privilegios de las clases dominantes (igualdad ante la ley), la reactivación de la economía y la restauración del trabajo.³​ Por un tiempo, los liberales y conservadores tuvieron gobiernos paralelos, con la sede del gobierno conservador en la Ciudad de México y los liberales en Veracruz.⁴​ Con el transcurso de los años, la guerra se hizo más sangrienta y polarizó a la gente en la nación. La guerra terminó con la derrota definitiva de los conservadores en la batalla de Calpulalpan, Estado de México.⁵​ en 1861, y con Benito Juárez instalando su administración en la Ciudad de México. Una vez que el Congreso Constituyente había cumplido con su tarea de elaborar una nueva constitución, se hizo la convocatoria para realizar elecciones tanto de los poderes federales como los de los estados. Se reunió así el primer Congreso, que trabajaría ya bajo los principios de la carta magna de 1857.

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Tanto los conservadores como los liberales estaban de acuerdo en que, para superar la crisis política, se debía promover el cambio.​ La Revolución de Ayutla, comandada por Juan Álvarez en el año de 1854 fue la revuelta a consecuencia del nacimiento de las nuevas formas de pensamiento con el objetivo de establecer un gobierno liberal y del hartazgo de la sociedad mexicana ante el régimen de Antonio López de Santa Anna.Al igual que pensadores liberales, también había conservadores, los que saltaron a la vista en diciembre de 1858 cuando se proclamó el Plan de Tacubaya por Félix Zuloaga en el que se estipulaba que cesaba de regir la Constitución y que Comonfort seguiría al frente del poder Ejecutivo, limitado por los conservadores para que derogara las reformas liberales, a lo cual se negó; convocaba a un congreso extraordinario que redactaría una nueva constitución de acuerdo con la voluntad nacional, cesando entre tanto a todas aquellas autoridades que no secundasen este plan.

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Después de tres años de guerra civil, las fuerzas liberales encabezadas por el general Jesús González Ortega, enfrentaron la que sería la última batalla contra las fuerzas conservadoras dirigidas por Miramón el 22 de diciembre de 1860. Los liberales vencieron a los debilitados conservadores definitivamente en la Batalla de Calpulalpan en el Estado de México el 22 de diciembre de 1860, y finalmente el 1 de enero de 1861, Juárez hizo su entrada triunfal a la capital.¹²​ . Poco tiempo antes de que esto sucediera, pero convencido ya de la victoria de las fuerzas liberales sobre las conservadoras, Juárez expidió el 6 de noviembre de 1860, una convocatoria para las elecciones de diputados al Congreso de la Unión y para Presidente constitucional de la República en un plazo de dos meses.¹³​ El presidente había venido gobernando con facultades extraordinarias, por lo cual le era apremiante restablecer la legalidad del gobierno a través del Congreso. Tras una votación muy cerrada, el gobierno juarista apenas pudo triunfar con unos votos de diferencia. El Congreso declaró presidente constitucional a Benito Juárez y a González Ortega presidente de la Suprema Corte de Justicia, cargo que llevaba implícito ser el sustituto legal del presidente. Las sesiones en la cámara transcurrieron en medio de una gran tensión política, la cual obligó al presidente a suspender algunas de las garantías individuales consignadas en la Constitución. Una vez que se restableció el orden constitucional a nivel nacional, se buscó la manera de sostener las leyes dictadas en Veracruz y se expidieron algunas nuevas, como el decreto por el que quedan secularizados los hospitales y los establecimientos de beneficencia, emitido en diciembre de 1861.

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En consecuencia, se dan dos gobiernos paralelos. El liberal encabezado por Benito Juárez que en su calidad de presidente de la Suprema Corte debía ocupar el Ejecutivo en caso de que el presidente se ausentara,secundado por Melchor Ocampo, Santos Degollado, Guillermo Prieto, Manuel Doblado y José María Arteaga;y el otro presidido por Félix Zuloaga, a quien una junta de representantes había electo presidente, secundado por Miguel Miramón y Tomás Mejía. El primero defendería el orden constitucional, mientras el segundo se encaminaría a su destrucción. Juárez estableció su gobierno, en un primer momento, en Guanajuato, mientras Zuloaga en la capital gobernaba con las llamadas Cinco Leyes, que de hecho derogaban algunas de las reformas liberales como la Ley Lerdo, la Ley Iglesias y la Ley Juárez entre otras. Las diversas entidades del país tomarían una posición y defenderían a uno de estos dos gobiernos.

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Las leyes decretadas por Juárez en Veracruz en 1859 y 1860, mientras se encontraba sitiado dicho puerto, conocidas como Leyes de Reforma son consideradas por algunos autores como el punto de quiebre de esta guerra. Establecieron al fin la separación de la Iglesia y el Estado. El 12 de julio de 1859 se promulgó la Ley de nacionalización de los bienes eclesiásticos; el 23, la Ley del matrimonio civil; el 28 la Ley orgánica del Registro Civil y la Ley sobre el estado civil de las personas; el 31, el decreto que declaraba que cesaba toda intervención del clero en cementerios y camposantos. El 11 de agosto se reglamentaron los días festivos y se prohibió la asistencia oficial a las funciones de la Iglesia. Un año más tarde, el 4 de diciembre de 1860, se expidió la Ley sobre libertad de cultos. Este conjunto de leyes fueron el inicio de una nueva era en la política, la economía y la cultura. Pero mientras esos ordenamientos se convertían en realidad, la guerra civil había agotado y empobrecido al país