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La película finaliza cuando la mente de Jake es traspasada, mediante el mismo ritual que intentaron con Grace, a su avatar na'vi de forma permanente por el Árbol de las Almas.

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Jake se está muriendo ahogado en la cabina. Cuando Neytiri llega, Jake parece muerto, pero consigue ponerle una máscara antigás y él vuelve en sí. En ese momento, Neytiri ve a Jake tal y como es por primera vez.

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Jake humano se despierta y empieza a ahogarse. El Jake na'vi queda inconsciente, y Quaritch intenta asesinarle, pero Neytiri se libera y logra matar al coronel de dos flechazos

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Jake llega en ése momento, y él y Quaritch comienzan a luchar a muerte. Jake rompe una parte de la armadura dejando el torso de Quaritch al descubierto, pero el coronel consigue averiar la cabina de enlace,

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Los na'vi logran la victoria, pero el coronel Quaritch, lejos de rendirse y protegido por una colosal armadura (el AMP Suit), llega hasta el lugar donde se encuentra el Jake humano con la intención de matarle. Neytiri aparece en ése momento a lomos de un Thanator (su Ikran murió durante la batalla) y empieza a atacarle,

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Sin embargo, cuando todo parece perdido, Eywa, quién milagrosamente había escuchado las plegarias de Jake, envía a todas las criaturas de Pandora a atacar a los humanos, mientras Jake consigue destruir sus dos naves principales

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Los na’vi, ayudados por Norm en su avatar y Trudy en su nave, tratan de combatir a los militares, pero, aunque les superan en número (son más de quince clanes) no pueden hacer casi nada contra su armamento.

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Jake les ordena (al haber domado el Toruk puede hacerlo) a los Omaticaya que le acompañen para reunir a los otros clanes na'vi y para atacar al ejército de los humanos. Quaritch, al enterarse de lo que planean los na'vi, decide contraatacar planeando destruir el Árbol de las Almas

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Entonces Jake les pide ayuda para curar a Grace e inician un ritual para trasladar la mente de la moribunda Grace a su avatar, completamente sano; no obstante y debido a que está muy débil, la doctora fallece

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Una vez a salvo, Jake reflexiona sobre qué hacer para que los Omaticaya vuelvan a confiar en él y se propone montar a la bestia alada que conocen como Toruk. Según una historia que le contó Neytiri, ésta es la criatura más peligrosa de Pandora y quien pueda domarla traería la paz a los na'vi.

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Ni siquiera Neytiri perdona a Jake. Como la hora se ha cumplido, Quaritch y sus hombres comienzan a derribar Árbol Madre. En medio del desastre, Mo'at libera a Jake y Grace para que puedan ayudarles.

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A la mañana siguiente, los humanos comienzan a talar el bosque, destruyendo el Árbol de las Voces. Jake trata de impedirlo, pero al hacerlo le identifican, y Quaritch, furioso, le desconecta a él y a Grace de sus cabinas y les dice que destruirá Árbol Madre en una hora esté el clan o no.

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Tras la ceremonia, Neytiri lleva a Jake al Árbol de las Voces, donde le muestra la conexión que pueden tener con Eywa, su deidad. En ese lugar, Jake y Neytiri se sinceran sobre sus sentimientos y se unen como pareja.

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Sin embargo, él le pide que le deje estar en la ceremonia, diciéndole que si se convierte en uno de ellos podrá convencer a los Omaticaya de que se vayan.

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Cuando sólo falta un día para la ceremonia en la que Jake se convertirá definitivamente en parte del clan, Quaritch le comunica que su misión ha acabado y que puede regresar a la Tierra

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Jake cada vez pasa más tiempo con los na’vi, maravillándose por su cultura y sus capacidades y, además, al pasar tanto tiempo juntos, él y Neytiri se enamoran. Como resultado, empieza a olvidar su misión e incluso su vida como humano

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Mo’at, la líder espiritual y madre de Neytiri, nota algo especial en el marine y acepta que se quede para aprender a ser un na’vi bajo la enseñanza de su hija.Mientras aprende a ser un na'vi, Jake informa periódicamente a Quaritch sobre cómo destruir Árbol Madre. 

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Mo’at, la líder espiritual y madre de Neytiri, nota algo especial en el marine y acepta que se quede para aprender a ser un na’vi bajo la enseñanza de su hija.Mientras aprende a ser un na'vi, Jake informa periódicamente a Quaritch sobre cómo destruir Árbol Madre. 

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Jake es aceptado por su clan, y se preparara para convertirse en uno de ellos, lo que implica muchas pruebas y aventuras.

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Vuelto a nacer en su forma de avatar, Jake puede volver a caminar. Se le asigna la misión de infiltrarse entre los Na’vi, que se han convertido en un obstáculo importante para la extracción del preciado mineral.

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Estos avatares han sido creados genéticamente como híbridos combinando ADN humano con ADN de los seres nativos de Pandora… los Na’vi.

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Debido a que la atmósfera de Pandora es tóxica, han creado el Programa Avatar, en el que “conductores” humanos tienen sus conciencias unidas a un avatar, un cuerpo biológico controlado de manera remota que puede sobrevivir en el aire letal.

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Jake es trasladado a Pandora y es reclutado para viajar a años luz, a un puesto humano en Pandora, donde un consorcio corporativo está extrayendo un raro mineral que será clave en la solución de la crisis energética de la Tierra.