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El objetivo de realizar el simulador de síntesis de proteínas era identificar la incidencia que tienen las distintas partículas que participan y contribuyen a este proceso.  Además, la idea era  comprender los cambios que se manifiestan tanto en el proceso de producción de proteínas como en el resultado de este una vez se modificaba la cantidad y forma en que intervienen las biomoléculas como lo son el ARNm y la enzima polimerasa.

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Identificar el proceso de síntesis de proteínas para precisar cada enzima que participa y la función que cumple en este proceso. Brindándonos información detallada para poder comprender todas las mutaciones posibles en este proceso.

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Original Sim and Translations

Topics

Description

Express yourself through your genes! See if you can generate and collect three types of protein, then move on to explore the factors that affect protein synthesis in a cell.

Sample Learning Goals

Explain the main sequence of events that occur within a cell that leads to protein synthesis.

Predict how changing the concentrations and interactions of biomolecules affects protein production.

Explain how protein production in a single cell relates to the quantity produced by a collection of cells.

Teacher Tips

Overview of sim controls, model simplifications, and insights into student thinking ( PDF ).

Video Primer

Teacher-Submitted Activities

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Original Sim and Translations Express yourself through your genes! See if you can generate and collect three types of protein, then move on to explore the factors that affect protein synthesis in a cell. Explain the main sequence of events that occur within a cell that leads to protein synthesis.

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Elementos que intervienen en la simulación 

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Elementos que intervienen en la simulación 

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1.  Nombre de las integrantes del grupo.
2.  El objetivos.  Debe iniciar con una acción:  Identificar, describir,  clasificar, indagar, elaborar, etc...   Verbo en infinitivo medible .
*  Objetivo general
*  Objetivos específicos  (si los hay)
3.  Elementos que intervienen en la simulación
4.  Resultados (imágenes)
5.  Conclusiones basadas en el proceso y en la relación con las mutaciones genómicas. (genes-aminoácidos,-proteínas)
6.  Referencias bibliográficas.

Pueden consultar la lectura de mutaciones que se encuentra en Moodle.  https://moodle.colegiodesanpatricio.edu.co/pluginfile.php/10499/mod_resource/content/1/mutaciones.pdf

http://medicinaestudia.blogspot.com/2012/07/sintesis-de-proteinas-y-mutaciones.html

http://medicinaestudia.blogspot.com/2012/02/enfermedades-ambientales-geneticas-y.html#more

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Objetivo: El objetivo general de de realizar este simulador es identificar que enzimas están presentes en la síntesis de proteínas y  entender como los cambios en los niveles de concentración, afinidad y degradación de el factor de transcripción positiva, polimerasa y las proteínas afectan la producción promedia de proteínas, tomando con ejemplo las células de E. Coli

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Objetivo: El objetivo general de de realizar este simulador es identificar que enzimas están presentes en la síntesis de proteínas y  entender como los cambios en los niveles de concentración, afinidad y degradación de el factor de transcripción positiva, polimerasa y las proteínas afectan la producción promedia de proteínas, tomando con ejemplo las células de E. Coli

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3.Elementos que intervienen en la simulación:

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3.Elementos que intervienen en la simulación:

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Biomolecule Toolbox:
Positive Transcription Factor
Positive Transcription Factor
RNA Polymerase
Ribosome
mRNA Destroyer
Negative Transcription Factor
mRNA:
Positive Transcription Factor
Concentration
RNA Polymerase
Affinity
Negative Transcription Factor
Concentration
Multiple cells:
Concetration
Affinities
Degradation

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1. Es muy importante saber como actúa la síntesis de proteínas de una célula porque si se presentan cambios en las proteínas o la replicación del ADN puede haber mutaciones genéticas como lo son las alteraciones ya sean menos o mas pares . La Disgenesia Cerebral congénita es producida por la deficiencia de glutamina.

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El objetivo de este simulador es entender el proceso de síntesis de proteínas, a través de una representación interactiva la cual muestra detalladamente todas sus etapas.
Adicionalmente muestra la importancia de cada elemento en el desarrollo de la ya mencionada síntesis a través de las variables que se pueden presentar.

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Elementos que intervienen en la simulación

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Elementos que intervienen en la simulación

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Expression of protein simulation:
- Positive Transcription Factors
- RNA Polymerase
- Ribosome
- mRNA Destroyer
- Negative Transcription Factor
- DNA gene
- Protein Collection
mRNA:
- Positive transcription Factor
- RNA Polymerase
- Negative Transcription Factor
- Concentration
- Affinity
Multiple cells:
- Average Protein Level vs. Time
- Cells
- Concentration
- Affinities
- Positive transcription Factors
- Degradation

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ARNm negativo

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Practica ARNm positivo

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El objetivo de este simulador es comprender  y tener una visión gráfica del proceso de síntesis de proteínas, aparte de identificar el papel que lleva a cabo cada enzima para la realización de este proceso, además de entender la diferencia que tiene dentro de este mismo los factores de transcripción positivos y negativos,  aparte de lo ya mencionado este simulador tenía el objetivo de reforzar el aprendizaje sobre el tema ya mencionado, para finalizar nos dan un ejemplo con las células que conforman la bacteria E.Coli.

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El objetivo general de la actividad designada con el simulador fue identificar el proceso de las síntesis de proteínas de los distintos tipos, se obtiene información exacta que muestra a detalle cada función de las biomoléculas que hacen que esta sea mas clara de comprender

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A partir de la simulación se puede observar como diferentes moléculas tienen importancia en la producción de proteínas, y como la ausencia o la disminución de determinada molécula disminuye o incluso inhabilita por completo el proceso de producción de proteínas, con base en esto se pueden explicar enfermedades con origen genómico, pues la mala síntesis de proteínas inhibe procesos normales en el cuerpo

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General: comprender la síntesis de proteínas con una demostración animada y realista
Especifico: detallar la función de las biomoléculas

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El objetivo es modelar la síntesis de proteínas en una plataforma interactiva conociendo cada una de sus parte y su función.

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Practica células múltiples 1

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Células múltiples 2

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Células múltiples 3

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Elementos que intervinieron en la simulación 

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Elementos que intervinieron en la simulación 

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-Factor positivo de transcripción
- Factor negativo de transcripción
-ARN polimerasa
-ARNm destructor
-Concentracion
-Afinidad
-Degradacion

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- La alteración de algún elemento (Gen del ADN, mal formaciones en el ARN o complicaciones por la concentración y afinidad de las enzimas del proceso) puede perjudicar gravemente la producción de la nueva síntesis y por lo tanto alterar un proceso del organismo.
-  Los factores positivos de transcripción son esenciales e importantes para que el ARN polimerasa pueda desarrollar apropiadamente el ARNm, en el cual este pueda llegar al ribosoma y realizar la síntesis de proteínas; ya que sin esta enzima el acido nucleico esencial de este proceso no se puede realizar correctamente.

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Se observa como todas las moléculas son importantes en la producción de proteínas, y como su ausencia y disminución genera un cambio en la producción de proteínas

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-positive transcription factor
-negative transcription factor
-

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https://phet.colorado.edu/en/simulation/gene-expression-basics

Disgenesia troncoencefálica: los síndromes de Möbius, Cogan y Pierre Robin en revisión | Anales de Pediatría (analesdepediatria.org)

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https://phet.colorado.edu/sims/html/gene-expression-essentials/latest/gene-expression-essentials_en.html

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Buen trabajo con el simulador.  No obstante, faltó relacionar el proceso con las mutaciones.

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Buen trabajo con el simulador.  No obstante, faltó relacionar el proceso con las mutaciones.

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Nota:  8,5/10

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Elementos que intervienen en la simulación

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Elementos que intervienen en la simulación

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Positive transcripción factor

RNA Polymerase

Ribosome

mRNA Destroyer

Negative transcription Factor

DNA gene

Protein Collection

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En conclusión relacionado con lo ya estudiado relacionándolo con las mutaciones pueden ser dadas por varias alteraciones dentro del material genético sin embargo no se dan puntualmente por una alteración en el proceso de las síntesis de proteínas, por lo tanto es importante tener en cuenta que al afectarse al gen se afecta la copia que el ARNm que realiza para poder cumplir con dicho proceso, por ejemplo las mutaciones génicas que son aquellas que tienen una alteraciones en la secuencia de los nucleótidos de un gen, donde puede haber una adición o deleciones de los mismos.

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Benavides, S (2021), [Material del aula virtual]. Colegio de San Patricio, Bogotá, Colombia.
https://moodle.colegiodesanpatricio.edu.co/pluginfile.php/10499/mod_resource/content/1/mutaciones.pdf

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https://phet.colorado.edu/en/simulation/gene-expression-basics
Biology life on Earth/tenth edition/ Audesirk Byers/ libro de Biología usado durante las clases

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- Ribosomas
- Proteínas
- ARN Polimerasa
- ARNm
- ARN DESTRUCTOR
- Factores de transcripción positivos
- Factores de transcripción negativos

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En la primera sección denominada Expression observamos un proceso en 3 genes distintos que lleva a cabo la síntesis de proteínas. Cada uno creaba una proteína distinta, que en este caso se distinguían por su forma: romboide, hexagonal y cilíndrica.

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Sucedía que los factores de transcripción positiva precedían al ARN Polimerasa en la región regulatoria permitiendo el inicio del proceso de Transcripción. El ARN polimerasa intervenía en la copia de información que se hace del ADN en el ARN mensajero y luego el ARNm se enlazaba con el ribosoma creando así las proteínas.
En el segundo simulador realizado: mRNA fue posible graduar a nuestro gusto tanto la concentración como la afinidad entre la polimerasa y el factor de transcripción positivo, lo cual aceleraba o desaceleraba el proceso de transcripción que ocurre en el gen.

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Por último, ejecutamos el simulador Multiple cells, en donde al igual que el segundo simulador, tuvimos la posibilidad de aumentar o disminuir la producción de células Escherichia coli al ajustar las 3 variables disponibles: la degradación, la afinación y la concentración.

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Buen trabajo.  Es importante tener en cuenta que las conclusiones responden al objetivo y profundizan en la temática.

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Buen trabajo.  Es importante tener en cuenta que las conclusiones responden al objetivo y profundizan en la temática.

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Nota: 9/10

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Realizaron un buen trabajo con el simulador.  Las conclusiones no son muy claras y deben tener más cuidado con la redacción y la puntuación.

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Realizaron un buen trabajo con el simulador.  Las conclusiones no son muy claras y deben tener más cuidado con la redacción y la puntuación.

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Nota: 8.0/10

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Iniciaron muy bien con el simulador pero veo que no colocaron los elementos que se necesitaban para dicho proceso, la conclusión es buena pero falta un poco más de relación con las mutaciones.  No hay referencias bibliográficas.  Qué paso?

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Iniciaron muy bien con el simulador pero veo que no colocaron los elementos que se necesitaban para dicho proceso, la conclusión es buena pero falta un poco más de relación con las mutaciones.  No hay referencias bibliográficas.  Qué paso?

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Nota: 5/10

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Buen trabajo con el simulador.  No obstante, veo fallas en la redacción del objetivo y  faltó relacionar más ,el proceso con las mutaciones.

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Buen trabajo con el simulador.  No obstante, veo fallas en la redacción del objetivo y  faltó relacionar más ,el proceso con las mutaciones.

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Nota: 7/10

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Nota: 2/10

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Veo que trabajaron de manera acertada en el simulador y eso se evidencia en el proceso redactado.  Sin embargo, veo dificultad en la redacción del objetivo.  No hay conclusiones y tampoco referencias.

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Veo que trabajaron de manera acertada en el simulador y eso se evidencia en el proceso redactado.  Sin embargo, veo dificultad en la redacción del objetivo.  No hay conclusiones y tampoco referencias.

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Nota: 6/10