# data[].attributes.body
Noteer hier instellingen voor te gebruiken apparatuur

PCR: noteer het programma

Agarose gelelectroforese: noteer het voltage dat je wilt gebruiken, hoelang je schat dat het duurt en hoe ver de loading dye gerund moet zijn voor je stopt (is de gele, paarse of blauwe band onderaan de gel)

Tip: een 1,5% gel runt langzamer dan een 0,7% gel. Hoe hoger het voltage, hoe sneller de gel runt, maar ook hoe slechter de bandjes gescheiden worden.

PCR programma:
....................................................................

Agarose gel instellingen:
....................................................................

# data[].attributes.body
Vul hier het pipetteerschema voor een 1% of 1,5% agarosegel in

Bedenk eerst de concentratie en het eindvolume

Agarose                               g
TAE                                       ml
eindvolume                          ml

ul DNA dye toevoegen .... ul

# data[].attributes.headline
11 Pipetteerschema monsters bereiden uit mastermix

# data[].attributes.subject
11 Pipetteerschema monsters bereiden uit mastermix

# data[].attributes.body
Noteer hier hoe je het DNA verdunt voor het experiment en hoe je individuele monsters bereidt uit de mastermix

De precieze concentratie van gekocht DNA weet je niet. Noteer dus echt de berekening in het labjournaal zodat je het op het lab kan overdoen met de concentratie die op het epje staat.

In de voorbeeldberekening is uitgegaan van een DNA concentratie van 34 ng/ul.

De concentratie humaan DNA is waarschijnlijk ongeveer 100-200 ng/ul. Het kan dus dat je het nog moet verdunnen voor je het kan gebruiken.

ul mastermix             ul DNA
...                                   ...

Berekening: ...

# data[].attributes.body
Noteer hier het pipetteerschema voorhet toevoegen van loading dye aan de DNA monsters voor je ze op gel zet

Loading dye heeft een concentratie van 6x. Je wilt een eindconcentratie van 1x en een eindvolume van 12 ul.

loading dye ..............ul
DNA ..........................ul
eindvolume .........12 ul

# data[].attributes.attachment_caption
Pipetteerschema voor 1 reactie is ingevuld, vul zelf het pipetteerschema in voor hoeveel reacties je nodig hebt.

# data[].attributes.body
Noteer hier pipetteerschema's voor de mastermix

In het voorbeeldpipetteerschema is DNA grijs doorgestreept. Dit wordt wel genoteerd omdat je de hoeveelheid ul DNA nodig hebt om het aantal ul demiwater te berekenen, maar bij het bereiden van de mastermix voeg je het DNA nog niet toe.

Inhoud                     1 reactie (ul)         ___ reacties (ul)
template DNA
demiwater
PCR buffer
BSA
dNTPs
primer F
primer R
taq polymerase

# data[].attributes.attachment_caption
In deze opzet staat waar welke info uit de padlet in het labjournaal gezet kan worden

# data[].attributes.attachment_caption
Voorbeeld van hoe je een planning kan noteren. Deze kan je op een los papier mee zodat je kan afvinken

# data[].attributes.body
Bedenk dat het PCR-programma veel cycli heeft, bereken hoe lang het duurt voordat het hele programma afgerond is. Reken daar nog 20% tijd bij omdat het apparaat tussen elke stap moet opwarmen of afkoelen

Bedenk dat runnen van gel elektroforese ook tijd kost, langer dan de vorige weken wanneer je een hoger % agarosegel gebruikt. Beschrijf welke kleur uit de loading dye hoe ver gerund moet zijn wanneer je de gel wilt stoppen

Stappen die in je planning kunnen staan zijn bijvoorbeeld:

Materialen verzamelen

Gelplek inrichten

Epjes beschrijven

agarosegel oplossing maken

agarosegel gieten

agarosegel laten stollen

PCR runnen (... tijd)

Loading dye toevoegen aan DNA monsters

DNA monsters in de gel doen

Gel runnen (stroom erop zetten)

Resultaten bekijken op safe imager (blauwe lichtbak) en fotograferen

Opruimen