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Se encuentra ubicada en la provincia de Sucumbíos, Cantón Shushufindi, Parroquia Limoncocha, tiene un territorio terrestre de 4613 hectáreas de bosque húmedo tropical. Fue creada el 23 de septiembre de 1985 y actualemente conforma el SNAP estatal del Ecuador.

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Adyacente a la laguna de Limoncocha se encuentra la laguna negra o Yanacocha, el espejo de agua no es visible por que se encuentra cubierta de abundante gramalote y lechuguín de agua.

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Es un lugar hermoso, ya que sus aguas son de color verde limón y su aspecto único de Ecuador. La laguna Limoncocha tiene un importante atractivo turístico y científico, debido a su gran diversidad florística, faunística que posee

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Es la única Reserva Biológica del Ecuador Continental y certificada como sitio RAMSAR (es decir, un humedal de importancia internacional por su diversidad en aves, peces, reptiles siendo el hábitat del caimán negro y las tortugas charapas; y además por la relación de subsistencia para la población indígena local).

En la Reserva Biológica Limoncocha existen 464 especies de aves 74 de mamíferos, 92 de anfibios y reptiles junto a miles de insectos de diferentes formas, tamaños y colores entre la densa vegetación.

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Bosque secundario maduro y los bosques siempreverde tierras bajas inundado por aguas blancas, bosque siempreverde tierras bajas inundado por aguas negras, bosque inundable de palmas de tierras bajas, herbazal lacustre de tierras bajas.