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João José entra para o grupo de crianças delinquentes que sobrevivem furtando e se comportam precocemente com adultos. Recebe o apelido de "Professor", pois era o único do grupo que sabia ler, e assim lia e inventava histórias para os capitães a partir do que já lera, os passando conhecimento.

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Professor lendo um de seus livros para os Capitães de areia.

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Uma epidemia de varíola chega a Salvador e começa a assustar os Capitães de areia. Por conta da falta de vacinação e hospitalidade dos moradores de rua, um dos integrantes contraí a doença e vai internado.

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Almiro, membro dos Capitães de areia que foi morto pela Varíola.

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O grupo, formado somente de meninos, recebeu, um dia, uma menina chamada Dora, de catorze anos, que fugiu para as ruas com seu irmão, Zé Fuinha, após a morte de sua mãe pela varíola. Na rua, conheceu a turma dos Capitães da Areia e nela se integrou e acabou conquistando todos, já que era vista como mãe para os pequenos, e amiga e irmã para os mais velhos, exceto Pedro bala, que se apaixona por ela.

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Dora e seu irmão, Zé fuinha, no trapiche.

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Dora vê Pedro Bala como um herói e Pedro admira a atitude valente e a maneira inocente de Dora. Professor tenta impedir o relacionamento dos dois por querer proteger a irmã, mas falha, já que Pedro Bala a pede em noivado.

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O trecho da música Várias Queixas, de Olodum, "Desde o momento que eu te vi, Tentei me controlar, Mas se eu não conseguir, vem me amar", descreve bem o sentimento sentido por Pedro Bala na primeira vez que colocou os olhos em Dora

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Em um dia alguns dos Capitães de areia foram pegos em um assalto, mas foram protegidos por Pedro Bala e somente ele e Dora foram levados presos. Ela foi levada para um orfanato, enquanto Pedro Bala foi torturado pela polícia e mantido preso em uma solitária por oito dias. Algum tempo depois, Professoe e os meninos conseguem ajudar Pedro a se livrar do reformatório e partem para libertar Dora também, encontrando-a muito doente.

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Dora contraí a varíola no orfanato, e morre alguns dias depois de seu resgate, deixando os Capitães de Areia sem rumo e de luto. Com o tempo, o grupo vai se adaptando e se alterando a outros estilos de vida.

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O trecho "Ainda é cedo amor, Mal começastes a conhecer a vida, Já anuncias a hora de partida, Sem saber mesmo o rumo que irás tomar", da música O Mundo é um moinho, de Cartola, nos faz refletir sobre como Dora morreu tão jovem e com um futuro indefinido.

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Com a morte de Dora, os Capitães de areia se separam e acham seus rumos ao redor do Brasil, passando o trapiche para outras crianças de rua. O paradeiro dos garotos foi bem variado, alguns com finais felizes, outros nem tanto, o Professor, no entanto, termina  ua jornada fazendo o que sonhava, já que consegue entrar em contato com um homem que lhe oferecera ajuda e tornou-se um pintor no Rio de Janeiro, onde passava seus dias retratando as crianças baianas em suas pinturas, mostrando sua história em forma de arte.