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Uno de los momentos importantes de su vida es el "Desposorio Místico", ocurrido el Domingo de Ramos de 1617, en la Capilla del Rosario (Templo de Santo Domingo de Lima). Rosa, al no recibir la palma que debía portar en la procesión, pensó que era un mensaje de Dios por alguna ofensa que ella hubiese realizado. Acongojada se dirigió a la Capilla de imagen del Rosario y orando ante la Virgen, sintió el llamado del Niño Jesús de la imagen, que le dijo: "Rosa de Mi Corazón, yo te quiero por Esposa", a lo que ella respondió: "Aquí tienes Señor a tu humilde esclava".

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Ya cerca del final de su vida, cayó gravemente enferma. Pasó los últimos tres meses de su vida en la casa de Gonzalo de la Maza, un contador notable del gobierno virreinal, y de su esposa María de Uzategui.³​ En este lugar se levanta el Monasterio de Santa Rosa de Lima. Murió de tuberculosis a los 31 años de edad,¹​ en las primeras horas del 24 de agosto de 1617, fiesta de San Bartolomé, como ella misma profetizó y contó el padre Leonardo Hansen, quien escribió la primera biografía de "Rosa Peruana".¹³​ Hoy sus restos se veneran en la Basílica de Nuestra Señora del Rosario de Lima (Santo Domingo), con notable devoción del pueblo peruano (y de América) que visita la Capilla dedicada a su culto en el Crucero del Templo dominicano.

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Primeros años: Isabel Flores de Oliva nació el 20 de abril 1586 en Lima. Fue hija de Gaspar Flores y de María de Oliva.​ Fue bautizada, según su documento de registro, el 25 de mayo de 1586, en la Parroquia de San Sebastián, en su ciudad natal por el sacerdote Antonio Polanco. A los tres meses de edad una criada afirmó haber visto su rostro transformarse en una rosa, y desde entonces era llamada Rosa por su madre.

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Se fue. Pero luego regresó a Lima con su familia ya siendo una joven. Debido a problemas económicos de la familia, trabajaba el día entero en el huerto y bordaba para diferentes familias de la ciudad y así ayudar al sostenimiento de su hogar. Rosa decía: «Si los cristianos están obligados a predicar amor por todas partes, ¿por qué llegaron a América con guerras, destrucción y odio?» Esa idea la torturaba, y se preguntaba con angustia: «¿Por qué deben sufrir tantos indios?» No encontró respuesta hasta que descubrió el valor redentor del sufrimiento.