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"Apreciar lo que queda de la tierra y fomentar su renovación, es nuestra esperanza de sobrevivir" -Wendell Berry.

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La biodiversidad de la selva misionera ha sido continuamente afectada debido en su totalidad a la actividad humana cayendo sobre ésta como un efecto dominó, una de las principales causas es la pérdida del hábitat de los animales viéndose obligados a tener que reubicarse y adaptarse nuevamente a lugares nuevos. Otro factor sería la caza y contrabando ilegal de fauna y flora, transportándolos a grandes sectores urbanos para su comercialización, algunos para mascotas, otros prendas para vestir e incluso para elementos decorativos. Sin tener en cuenta la gran perdida de biodiversidad que se genera  y la importancia que esta tiene en su totalidad en cada región, o en este caso en la selva misionera. Es posible comparar con el caso del yaguareté el cual ha sido abatido de sus regiones y ha tenido que adaptarse a nuevos lugares. Uno de los grandes defectos del ser humano es creer que todo lo que lo rodea le pertenece y que puede hacer con ello lo que quiera, es por eso que actualmente enfrentamos graves problemas ambientales, una vez más repito que es necesario conocer para poder concientizarnos sobre la importancia que tiene la biodiversidad en nuestras vidas. Es necesario el apoyo de las autoridades nacionales y exigir que se involucren aún más en la protección de nuestra flora y fauna, dándole la importancia que se merece.

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Las amenazas más importantes para esta ecorregión son, tala  y caza indiscriminada, incendios forestales, erosión del suelo, uso inapropiado de agroquímicos, y monocultivo.

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Ocupa un 35 % del territorio de la provincia argentina de Misiones, y las causas más graves de su progresiva desaparición son la deforestación indiscriminada y la quema para llevar a cabo prácticas agrícolas.