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Lynn Margulis nació en 1938 en la ciudad de Chicago. Inició sus estudios de secundaria en el instituto público Hyde Park.

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A los 16 años fue aceptada en el programa de alumnos adelantados de la Universidad de Chicago donde se licenció en Biología a los 20 años. De allí salió, según sus palabras, con un título, un permanente escepticismo crítico y un marido, el astrofísico Carl Sagan, con quien tuvo dos hijos y del que se separó posteriormente. Antes de acabar la carrera, estuvo en Méjico estudiando el uso de las plantas por los curanderos

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continuó su formación en la Universidad de Wisconsin como alumna de un máster y profesora ayudante. Estudió biología celular y genética, teniendo como profesor a James F. Crow, del que afirmaba que influyó mucho en su vida.

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Es considerada una de las más importantes científicas de la biología microbiana y celular en general, a pesar de las dificultades que implicaba ser mujer en la sociedad científica de su tiempo

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Margulis siempre se sintió atraída por el mundo de las bacterias que hasta entonces, eran consideradas únicamente como gérmenes patógenos sin interés para el evolucionismo

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realizó un gran número de trabajos sobre organismos bacterianos concretos, formas de vida simbióticas y otros temas relacionados con la Biología, algunos de ellos publicados con su hijo Dorian Sagan.

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Sus aportaciones a la biología y al evolucionismo son múltiples: describió paso a paso el origen de las células eucariotas; colaboró en la clasificación de los seres  vivos en cinco reinos; formuló su teoría sobre la simbiogénesis y la importancia de ésta en la evolución

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En la fecha de su muerte, 22 de noviembre de 2011, estaba trabajando en el estudio de diferentes espiroquetas y su posible protagonismo en procesos simbiogenéticos.