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A seleção de materiais genitais e coleta adequada, são importantes na interpretação das culturas, pois possuem uma quantidade grande de microrganismos comensais. Culturas anaeróbias são limitadas a certos materiais.
Recomendações: Não estar menstruada e  três dias de abstinência sexual

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Tecido subcutâneo e amostras de pele:  Desinfetar a superfície com solução de iodo e coletar amostra de punção de biópsia.
Biópsia da pele: Descontaminar a superfície com solução de iodo,  coletar 3 mm a 4 mm de amostra,  colocar num recipiente estéril, sem formalina, com meio de cultura líquido.
Tecido ósseo:  Obter amostra óssea através de biópsia ou curetagem, colocar num recipiente estéril contendo NaCl 0,85% estéril.

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Proceder a anti-sepsia no sítio da punção com álcool 70% e com solução de iodo, obter a amostra através de punção percutânea ou cirúrgica, encaminhar o líquido coletado em tubo seco e estéril ou inoculado diretamente nos frascos do equipamento de automação de hemoculturas, transportar imediatamente ao laboratório.

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Realizada em pacientes entubados, através de sonda de aspiração.
Os resultados podem refletir colonização local, dificultando a interpretação clínica.
Não recomendado para  diagnóstico etiológico de pneumonias hospitalares, pois pode levar a condutas terapêuticas inadequadas

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Colher antes da administração de antibióticos.
Utilizar punções venosas.
Método de coleta do sangue e o volume coletado influenciam na interpretação adequada dos resultados.
O anticoagulante recomendado é o SPS (Polianetolsulfonato sódico).

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Levar as amostrar imediatamente ao laboratório para análise.
Cada amostra tem um tempo de entrega que afeta consideravelmente o resultado, variando de 30 minutos a 1 hora, com exceções de amostras imeditadas.

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Todas as amostras devem ser manuseadas com cuidado e utilizando os devidos EPI´s, evitando contaminação da amostra

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Com a identificação correta, o microbiologista clínico pode executar os procedimentos recomendados e utilizar os meios de cultura adequados

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O volume deve ser o suficiente para não interferir na sensibilidade dos testes.
Amostras insuficientes podem nos levar a obter falsos-negativos.

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A coleta deve ser feita antes do inicio dos tratamentos, pois interferem na viabilidade da bactéria.

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Determinar o melhor sítio e momento para a coleta é importante para a análise, evitando desperdício de amostras também.

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Localização adequada para equipamentos de segurança para fácil acesso.
Desinfecção das bancadas.
Lavar mãos frequentemente.