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**Un morceau de crâne de l 'homme de Denisova ** vient d'être identifié pour la première fois en Sibérie.

Ce groupe d'humains, frères des néandertaliens vivant il y a 40 000 ans en Sibérie, a été découvert pour la première en 2010 au fond de la grotte de Denisova... Depuis la seule chose que nous ayons de lui se résume à quelques dents, une phalange et beaucoup d'ADN... Ce morceau de crâne vient enrichir les découvertes sur cet ancien humain très mystérieux.

Avec Jean Jacques Hublin, paléoanthropologue, directeur du département Evolution Humaine de l'Institut Max Planck à Leipzig en Allemagne et professeur titulaire de la chaire de Paléoanthropologie au Collège de France

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Denisova : un petit morceau de crâne très attendu.

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Un tout petit morceau de crâne découvert et attesté comme appartenant à l'homme de Denisova...

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Génomes : De Néandertal à l'Homme moderne

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Génomes : De Néandertal à l'Homme moderne

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L'âge de la séparation entre la lignée de l'homme moderne et celle de Neandertal.

Quelques centaines de milliers d'années plus tard, nouveau divorce chez les prénéandertaliens : il y a 430 000 ans, les Homo heidelbergensis et les hommes de Denisova divergeaient, a en effet montré l'analyse du plus vieil ADN humain jamais analysé provenant d'hominidés de la Sima de Los Huesos (Espagne).
Source : Mathias Meyer, MAX PLANCK Institut, Leipzig, Allemagne.

C'est le taux d'ADN néandertalien le plus élevé trouvé chez un Homo sapiens de 40.000 ans, l'un des plus anciens d'Europe.

L'Institut Max-Planck a calculé que son arrière-arrière-grand-père était néandertalien et que sa descendance n'a pas survécu jusqu'à nous.

Si notre génome a conservé la trace de notre cousin, comment s'incarne cet héritage au niveau de nos gènes ? Deux études américaines viennent de répondre. Avec quelques surprises à la clé...

En 2010, les rumeurs de leur union avaient défrayé la chronique scientifique... Le scandale était venu des laboratoires de paléogénétique du Max-Planck Institut (Allemagne), qui avaient fait d'une pierre deux coups : ils lisaient pour la première fois l'ADN de notre cousin perdu, Neandertal, et, par ricochet, en découvraient des traces dans notre propre génome, pourtant estampillé sapiens. La conséquence d'une relation forcément sexuelle. D'autres travaux avaient suivi, pour approfondir le sujet : il y avait eu relations, certes, mais il y a 47.000 à 65.000 ans, à notre sortie d'Afrique, et l'hypothèse d'une orgie généralisée était écartée puisque seul un faible pourcentage d'ADN néandertalien survit en nous. Assez toutefois pour aiguiser la curiosité des biologistes : de lui à nous, qu'est-ce qui était passé ? "Jusqu'ici, nous cherchions à confirmer qu'il y avait bien eu échange... Maintenant, nous traquons ces fragments à travers tout notre génome", s'enthousiasme Joshua Akey, généticien à l'université de Waghington.

En ce début d'année 2014, son équipe et celle de Sriram Sankararaman, de la Harvard Medical School (Massachusetts), ont apporté les premières réponses. Leurs deux études ont disséqué les génomes de centaines d'Européens et d'Asiatiques de l'Est, les populations qui ont le plus d'ADN issu de Neandertal - puisque c'est dans ces régions que les métissages se sont produits. Joshua Akey a utilisé des méthodes statistiques qui ont fait ressortir de ces génomes des "anomalies" locales dans le texte génétique. Sriram Sankararaman, lui, a superposé ces génomes avec des ADN néandertalien et africain (exempt de tout apport néandertalien). Une séquence présente chez Neandertal et un Eropéen, absente chez l'Africain, provient du premier.
Par ces méthodes complémentaires, les chercheurs ont, pour la première fois analysé dans leur ensemble les 6 milliards de bases (lettres) qui composent notre ADN - sans se limiter aux 2 % correspondant aux gènes. Résultat : ils ont découvert où, dans notre génome, se cachaient des milliers de petits passages de moins de 100 lettres d'origine néandertalienne... Première surprise, entre un Européen et un Asiatique, ou deux Européens, les séquences héritées ne sont pas identiques. Ainsi, même si chacun de nous n'a que 1 à 3 % d'ADN d'origine néandertalienne, en cumulant ces petits pourcentages sauvegardés chez les uns et les autres, on arrive à reconstituer près de 40 % de cet autre génome ! De plus, les différences de séquences conservées laissent à penser que chaque groupe a gardé ce qui lui était utile... Neandertal l'Européen était en effet adapté à ce continent si différent de celui que connaissait le Sapiens originel africain : une copulation ici et là avec l'humain local était le meilleur moyen de récupérer ses avantages évolutifs.

LA SURPRISE DES "DÉSERTS" : Seconde découverte, les touches néandertaliennes sont disséminées en "mosaïque". Dans certaines courtes portions de notre ADN, elles peuvent atteindre 62 % chez les Asiatiques et 64 % chez les Européens ! "Ces séquences conservées ont dû être avantageuses pour notre espèce, indique Joshua Akey. La plupart concernent nos cheveux et notre peau" (voir infographie). Près du quart de nos gènes pourraient être retouchés dans leur séquence où leurs régions régulatrices.
Revers de la médaille, ces apports ne sont pas toujours bénéfiques. "Certains semblent influer sur des infections comme le lupus érythémateux, la cirrhose biliaire, la maladie de Crohn, les addictions au tabac ou le diabéte de type 2", note Sriram Sankararaman. Mais la plus grande surprise pour les deux équipes vient des "déserts néanderlaliens" : "De vastes zones dépourvues de toute ascendance néandertalienne, s'étonne encore Sriram Sankararaman. Le chromosome X est concerné, comme les zones abritant des gènes actifs dans les testicules. Contre-productifs, les apports étrangers ont dû en être évacués par sélection naturelle. Les hybrides avaient peut-être un problème de stérilité, prouvant que Neandertal et nous étions presque devenus incompatibles... ou que ces régions sont spécifiques à notre humanité".
Alors qu'enfin les techniques permettent de découvrir l'héritage génétique de notre cousin, les 2 chercheurs fouillent nos chromosomes, y pistent les ajouts et les déserts... Joshua Akey en est certain, "mieux cerner ces régions qui nous sont spécifiques pourrait nous aider à comprendre ce que c'est qu'être 'humain', du moins génétiquement"...

C'est une prouesse historique : en parvenant à séquencer le génome de Neandertal, les chercheurs d'une vingtaine d'équipes ont prouvé que notre lointain cousin croisa bel et bien ces gènes avec Sapiens... C'est-à-dire nous.

Les anthropologues le savaient : Neandertal et les premiers hommes modernes ont cohabité près de 50.000 ans, avant l'extinction mystérieuse de Neandertal il y a 28.000 ans. Mais ce que les fouilles archéologiques n'avaient pas pu déterminer, des analyses génétiques viennent de l'affirmer sans détour : Sapiens et Neandertal n'ont pas fait que se croiser, ils se sont reproduits et ont donné naissance à des hybrides fertiles. Si bien qu'aujourd'hui, nous possédons tous, ou presque, un peu d'ADN néandertalien dans nos cellules. Si cette découverte tranche une controverse qui l'anime la paléontologie depuis plusieurs années, c'est, plus encore que les résultats, la prouesse technique qui a été saluée. Le séquençage du génome de Neandertal apparaît aux yeux des spécialistes comme un exploit historique, le début d'une nouvelle ère pour la paléontologie. "Il y a six ou sept ans, je pensais qu'il serait impossible d'obtenir le génome complet de Neandertal", expliquait en mai Svante Paabo (photo), le généticien qui a coordonné l'étude à l'Institut Max-Planck d'anthropologie évolutive de Leipzig, lors d'une conférence de presse. Car reconstituer et "lire" un génome vieux de 40.000 ans n'est pas une mince affaire. Il a fallu l'ingéniosité d'une vingtaine d'équipes internationales mobilisées pendant quatre ans pour venir à bout de tous les obstacles liés à l'ancienneté de cet ADN.

DES ÉCHANTILLONS DANS UN ÉTAT DÉPLORABLE : La première difficulté étant de le récupérer en bon état - en l'occurrence à partir d'os néandertaliens vieux de 28.000 à 44.000 ans, découverts vers 1980 dans la grotte de Vindja, en Croatie (->). Or, malgré d'immenses précautions et des manipulations en chambre stérile, l'ADN extrait chimiquement était dans un état déplorable : dégradé en minuscules fragments, abîmé par le temps, l'environnement et les manipulations des archéologues... Et, surtout, contaminé par des bactéries (près de 99 % de l'ADN récolté par les chercheurs provenait de bactéries ou de champignons ayant colonisé les os au fil du temps). Pour "repêcher" l'infime proportion d'ADN néandertalien, les chercheurs ont dégradé l'ADN bactérien à l'aide d'enzymes de restriction qui attaquent spécifiquement ce matériel génétique. Restait le défi majeur : s'affranchir des contaminations humaines (des cellules de la peau détachées lors de la manipulation des os) qui auraient conduit à analyser l'ADN de l'homme moderne à la place de celui de Neandertal. "Contrairement aux bactéries, l'homme de Neandertal est si proche de nous qu'il est impossible de différencier facilement nos ADN", explique Svante Paabo. Entre autres astuces, les équipes ont choisi des os de femmes néandertaliennes, sur lesquels ils ont recherché la présence du chromosome Y (le chromosome masculin). En toute logique, un nombre élevé de chromosomes Y était le signe d'une contamination importante. Finalement, sur vingt et un os analysés, trois ont été sélectionnés, appartenant à trois femmes Neandertal. Ils en ont extrait 500 mg de poudre d'os, contaminée à moins de 1 % par de l'ADN actuel avec une roulette de dentiste (->).
Restait ensuite à lire l'enchaînement des éléments chimiques (les bases) qui constituent le génome de Neandertal. Pour ce séquençage, l'équipe a bénéficié d'une merveille de technologie, une machine 100 fois plus rapide que les séquenceurs classiques et capable de déchiffrer jusqu'à 400.000 fragments d'ADN en parallèle. Indispensable, compte tenu de l'ampleur de la tâche. En effet, l'ADN de Neandertal, comme le nôtre, contient environ 3 milliards de bases. Or, l'ADN néandertalien était fragmenté en minuscules tronçons d'à peine 200 bases de long, que des algorithmes informatiques ont remis bout à bout. Pour l'instant, 60 % du génome est reconstitué et doit encore être séquencé plusieurs fois afin d'éliminer les erreurs de lecture. Mais, même incomplète, la première ébauche du génome de Neandertal offre une montagne de données et lève enfin le voile sur nos relations intimes avec notre cousin...
Les chercheurs ont ensuite séquencé les génomes d'hommes vivants, venant de régions distinctes du globe : un Français, un Han de Chine, un Papou de Nouvelle-Guinée, un Yoruba d'Afrique de l'Ouest et un San d'Afrique du Sud. Leur hypothèse ? S'il y a eu métissage avec Neandertal, cela devrait surtout se voir chez le Français, car Neandertal a vécu en Europe, mais jamais en Asie orientale, ni en Afrique. En comparant le génome de ces cinq hommes à celui de Neandertal, l'équipe a d'abord été frappée par la similitude : ils sont identiques à 99,7 %. Mais, sur les cinq génomes actuels étudiés, l'africain est légèrement plus éloigné de celui de Neandertal que les autres. Autrement dit, les ancêtres des Français, des Papous et des Chinois se sont "rapprochés" des néandertaliens après avoir migré hors d'Afrique il y a quelque 100.000 ans. "Cette proximité des génomes apporte la preuve qu'il y a eu des croisements entre Neandertal et Homo sapiens, explique Svante Paabo. Et la trace étant la même chez tous les non-Africains, les croisements ont dû survenir hors d'Afrique juste avant que les différents groupes ne se scindent pour coloniser l'Europe et l'Asie."

DE 1 A 4 % DE NOTRE ADN VIENT DE NEANDERTAL : Ce métissage pourrait avoir eu lieu au Proche-Orient, il y a 80.000 à 60.000 ans. Impossible, pour l'instant, de savoir en quelle proportion et à quelle fréquence les deux populations d'hominidés se sont mélangées. "Cependant, estime Ed Green, chercheur à l'Institut Max-Planck et coauteur principal de l'étude, les modélisations suggèrent que quand une population colonise un territoire et se reproduit avec certains 'locaux', ici Neandertal, un faible taux de croisement suffit à laisser des traces dans le génome des envahisseurs". La découverte d'un tel métissage est d'autant plus surprenante que Svante Paabo avait conclu à l'absence de croisements en 1997, lorsqu'il avait comparé l'ADN mitochondrial de Neandertal avec celui de Sapiens, un ADN qui se trouve dans les "usines énergétiques" des cellules, les mitochondries. "Ce n'est pas surprenant, explique toutefois Ed Green. Le génome mitochondrial est petit et, comme l'immense majorité de notre génome, il ne porte aucune trace de Neandertal, ce qui n'empêche pas que d'autres parties en contiennent".
Au total, les chercheurs ont estimé que de 1 à 4 % de l'ADN des non-Africains actuels provient des hommes de Neandertal. Un peu comme des membres d'une famille possèdent des portions communes de génome. "On peut faire le parallèle suivant : vous partagez environ 1/8 (12,5 %) de votre génome avec votre cousin, car vous avez un ancêtre commun. Cela ne veutpas dire que vous avez 87,5 % de différence génétique avec lui. Les êtres humains ne diffèrent que de 0,1 % sur le plan génétique. Cela signifie que pour 12,5 %, votre génome est exactement identique à celu de votre cousin. Pour le reste, vous êtes très proche, mais présentez quelques différences. De même, les non-Africains partagent un ancêtre relativement récent avec Neandertal, ayant contribué à 1 à 4 % de leur génome", explique Ed Green. Ouels sont donc les gènes que Neandertal nous a légués ? Impossible de le savoir. "Ces bribes de génome néandertalien sont réparties sur l'ensemble de notre ADN, au hasard", ajoute le chercheur. "Pour l'instant, le but n'est donc pas d'étudier Neandertal, mais plutôt d'en apprendre plus sur nous-mêmes", souligne de son côté Svante Paabo. L'équipe s'est donc focalisée sur les séquences d'ADN uniques à l'homme moderne, ces 0,3 % de génome que l'on ne retrouve pas chez Neandertal et qui définissent ce qui nous rend Sapiens.

UN NOUVEAU REGARD SUR NOS ORIGINES : "Les régions du génome spécifiques à Sapiens sont surtout impliquées dans la régulation de l'expression des gènes. Des différences qui jouent sûrement un rôle important", analyse Ed Green. L'explication de notre "modemité" ? Non, répondent les chercheurs, pas plus que celle de notre supposée supériorité intellectuelle. En fait, ce qui les étonne le plus, c'est le peu de différences entre les deux génomes. Reste une certitude : que les deux "espèces" se soient reproduites change radicalement notre regard sur l'homme de Neandertal. Et donne une nouvelle tournure à l'histoire de nos origines et de notre évolution.

Ainsi donc, l'homme de Neandertal et Homo sapiens sapiens se sont non seulement croisés, mais ils ont croisé leurs gènes ! En dévoilant que de 1 à 4 % de notre ADN est directement hérité de Neandertal, les chercheurs de Leipzig bouleversent l'idée que nous nous faisions jusqu'à présent de nos origines.

Car leur découverte pose une question cruciale : puisqu'il y a eu descendance hybride fertile, faut-il en déduire que ces deux branches de l'humanité forment une seule et même espèce ? Certes, la communauté scientifique n'avait pas attendu de faire parler l'ADN de Neandertal pour supposer un métissage. Mais, avant cette preuve génétique, elle devait se contenter d'hypothèses, basées notamment sur l'estimation du temps de cohabitation de Neandertal et Sapiens sur la planète (50.000 ans dans la même région, le Moyen-Orient). Qui plus est, la découverte d'objets trop semblables pour les attribuer à l'une ou l'autre des populations alimentait aussi cette idée. "Soit les deux populations s'étaient rencontrées, explique Marie-Hélène Moncel, préhistorienne au Muséum national d'histoire naturelle de Paris, spécialiste des comportements et outillages, soit on avait affaire à une convergence : sans se concerter, des populations différentes produisent des choses similaires. On ne pouvait trancher. "également troublante, la découverte au Portugal en 1998 du squelette métissé de l'enfant de Lagar Velho, daté de moins 25.000 ans. A la fois néandertalien (robustesse des jambes, mandibules, longueur de ses tibias) et Sapiens (anatomie du crâne, dents, radius et pubis), était-il issu d'un couple mixte ou s'agissait-il d'un juvénile aux caractères encore mal définis ?

IL Y A BIEN EU DESCENDANCE FERTILE : Cette fois, le verdict de l'ADN ne laisse pas de place au doute : il y a bien eu croisement et descendance fertile. "Qu'en sortant d'Afrique, quelques sapiens et Neandertal aient eu une progéniture il y a 80.000 ans ou plus, peut avoir suffi pour laisser des traces dans le génome", explique Jean-Jacques Hublin, directeur du département d'évolution humaine de l'Institut Max-Planck de Leipzig. Désormais, ce n'est rien moins que notre qualité d'espèce distincte qui est en jeu. La mise en évidence d'un héritage néandertalien va-t-elle faire sauter la cloison séparant les deux tiroirs dans lesquels étaient rangés jusqu'alors Neandertal et Sapiens ? Si l'on s'en tient à la définition empirique du concept d'espèce, il faut revenir à celle établie par Buffon au XVIIIe siècle : "On doit regarder comme une même espèce celle qui, au moyen de la copulation, se perpétue et conserve la similitude de cette espèce". A l'inverse, par exemple, des métissages de l'âne et de la jument ou de l'ânesse et du cheval qui donnent des mulets et des bardots, rejetons stériles interdisant le regroupement de leurs parents dans une seule et même espèce. Des chercheurs comme Bruno Maureille, paléoanthropologue à l'université de Bordeaux, spécialiste de Neandertal, n'avaient pas attendu les résultats de Leipzig pour parler d'une seule et même espèce : "Comme beaucoup de mes confrères, j'ai toujours parlé d'Homo sapiens neanderthalensis, et d'Homo sapiens sapiens comme appartenant à la même espèce. Pour moi, en prouvant que les deux populations ont eu des descendants féconds, cette publication le confirme". A condition que le critère biologique établi par Buffon soit toujours valable...

LE DÉBAT SUR LA NOTION D'ESPÈCE EST RELANCÉ : "Le concept d'espèce défini par une barrière de non-interfécondité a été mis en pièces par les faits depuis un moment déjà, rétorque Jean-Jacques Hublin. Ne serait-ce que ces quinze dernières années, nous avons des centaines d'exemples, dans la nature, d'espèces qui se sont hybridées en donnant des populations viables et fécondes, ce qui ne fait pas d'elles une seule espèce, comme des coyotes et des loups du nord des Etats-Unis qui donnent naissance à des individus fertiles et restent deux espèces bien distinctes". Les chercheurs de Leipzig sont bien conscients que leurs conclusions viennent de relancer le débat sur la notion d'espèce et sur les origines de l'homme. Plutôt que d'y répondre, ils choisissent de remettre en question l'énoncé même du problème, comme Ed Green, premier signataire de l'article : "Avant même de disposer d'une séquence du génome de Neandertal, ce n'était pas évident de tracer la frontière entre les espèces. Maintenant, c'est encore plus dur. En fait, c'est le terme 'espèce' qui doit être redéfini"... L'affaire touche aux fondements même de la biologie et de ces efforts de classification. Reste que, si ce débat prend soudain un aspect si délicat, c'est probablement qu'il touche à Neandertal, vu comme un primitif frustre, simiesque et décervelé dont il faut admettre qu'il est notre ancêtre. Ce serait ignorer que son image s'est aujourd'hui considérablement améliorée au fil des découvertes de ces vingt dernières années. Les conclusions de Leipzig tombent à point en cette période de réconciliation avec celui qu'il faut bien voir comme un membre de notre petite famille...

NEANDERTAL N'ÉTAIT PAS UNE BRUTE ÉPAISSE
Les premiers paléoanthropologues, au XIXè siècle, en avaient fait une brute sauvage et stupide. Puis les scientifiques lui ont accordé quelques réalisations - parures, etc. - mais en tant qu'imitateur d'Homo sapiens ! Aujourd'hui, on sait que "Neandertal n'était ni inférieur ni supérieur, il était juste différent", indique Marylène Patou-Mathis, directrice de recherche au CNRS et responsable du laboratoire d'archéo-zoologie au département Préhistoire du muséum national d'histoire naturelle de Paris. Effectivement, notre cousin était plus petit, plus puissant que nous, et son faciès caractéristique (menton et front fuyant, etc.) le distinguait immédiatement de nous. Mais cet autre homme, apparue il y a plus de 500.000 ans et qui fut le maître de l'Europe jusqu'il y a 30.000 ans, était aussi un excellent chasseur de gros gibier, capable d'utiliser des pigments (tels que l'ocre), qui créait ses propres parures et qui enterrait ses morts. Chaque année apporte son lot de surprises. Et à l'heure où son génome vient d'être publié et où l'on découvre que près de 4 % de notre propre ADN vient du sien, les révélations ne font que commencer.

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Planète GAÏA -> Monde Animal -> Homme -> Évolution -> Du Néandertal en Nous <-

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L'âge de la séparation entre la lignée de l'homme moderne et celle de Neandertal. Quelques centaines de milliers d'années plus tard, nouveau divorce chez les prénéandertaliens : il y a 430 000 ans, les Homo heidelbergensis et les hommes de Denisova divergeaient, a en effet montré l'analyse du plus vieil ADN humain jamais analysé provenant d'hominidés de la Sima de Los Huesos (Espagne).

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Les Dénisoviens, groupe frère des Néandertaliens

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Les Dénisoviens, groupe frère des Néandertaliens

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Les Dénisoviens, groupe frère des Néandertaliens

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La diversité allélique entre les génomes humains individuels permet de les identifier et, par comparaison, de reconstituer leurs relations de parentés.Grâce aux techniques modernes, on peut connaître les génomes d’êtres humains disparus à partir de restes fossiles. En les comparant aux génomes actuels, on peut ainsi reconstituer les principales étapes de l’histoire humaine récente.Certaines variations génétiques résultent d’une sélection actuelle (tolérance au lactose, résistance à la haute altitude) ou passée (résistance à la peste).

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Svante Pääbo: DNA clues to our inner neanderthal

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Sharing the results of a massive, worldwide study, geneticist Svante Pääbo shows the DNA proof that early humans mated with Neanderthals after we moved out of Africa. (Yes, many of us have Neanderthal DNA.) He also shows how a tiny bone from a baby finger was enough to identify a whole new humanoid species.

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Cet article fait partie de la rubrique du Détecteur de rumeurs, cliquez ici pour accéder aux autres textes.

Le mystère de vos origines contre une goutte de salive et une centaine de dollars ? C'est ce que font miroiter des entreprises comme AncestryDNA ou 23andMe. Si les scientifiques ne remettent pas en doute la qualité de leurs analyses génétiques, c'est l'interprétation des résultats obtenus qui pose problème.
1) Ces tests n'analysent que 0,1 % du génome
La première chose à souligner, c'est que ces tests n'analysent pas la totalité du génome. Comme celui-ci est semblable à 99,9 % chez tous les humains, ces compagnies se concentrent uniquement sur des portions d'ADN - dites " marqueurs génétiques " - dont on sait qu'elles sont très variables entre les individus et les populations, soit le 0,1 % restant.
2) Ces tests reposent sur des probabilités et non des certitudes
Un marqueur génétique est parfois identifié à un trait précis, comme la pigmentation de la peau, la capacité à digérer le lait ou à métaboliser l'alcool. Comme on sait que les populations humaines se distinguent par la fréquence plus ou moins élevée de certains marqueurs, il devient dès lors possible, selon ces compagnies, de recouper ces informations avec les résultats d'un test. Par exemple, un marqueur appelé l'haplogroupe maternel H, est porté par environ 40 % des Européens - mais se retrouve de manière moins fréquente en Asie et en Afrique, et est quasiment absent des populations d'Amérique ou d'Australie.

Toutefois, cela ne veut pas dire que d'être porteur de ce marqueur spécifique prouve qu'on est de descendance européenne. On parle uniquement de probabilités d'être lié à telle et telle population. Ainsi, " la seule chose que ces tests peuvent réellement dire, c'est que tel pourcentage de votre ADN est similaire à celui de telle population qui vit à tel endroit, depuis environ 500 ans (ou 20 générations) ", explique Simon Gravel, professeur de génétique à l'Université McGill.
3) Ces tests ne remontent en arrière que de 500 ans
Ce critère temporel n'est pas anodin. " Les compagnies ont choisi de remonter à cette époque, car il y avait alors beaucoup moins de flux de populations qu'aujourd'hui ", poursuit le chercheur. N'oublions pas, de plus, que ces entreprises sont américaines. " Ce qui intéresse l'essentiel des clients de ces compagnies, c'est de connaître leur pays d'origine avant la colonisation du continent américain, il y a environ 500 ans ", précise de son côté Paul Verdu du Musée de l'Homme à Paris.
4) Certaines régions du monde sont plus privilégiées que d'autres
Ce n'est pas la seule limite de ces études. Ce qu'elles définissent comme une " population de référence " peut varier d'une compagnie à l'autre. Pour définir ces populations, les compagnies compilent le génome de groupes de personnes dont les travaux généalogiques classiques ont montré qu'ils vivaient dans la même région depuis de nombreuses générations. Par exemple, si tous vos arrière-grands-parents sont nés dans le même pays, votre génome est candidat à l'inclusion dans le " groupe de référence " de ce pays.

Or, comme le précise Guillaume Lettre, dont les recherches à l'Institut de cardiologie de Montréal portent sur l'étude génétique des maladies complexes, nous sommes loin de disposer de telles informations pour l'ensemble de la planète. " Les compagnies disposent essentiellement de données sur les populations de pays développés et sur quelques populations dites "isolées" très étudiées en anthropologie ". Résultat, ces tests fonctionnent relativement bien pour les groupes comme les Afro-Américains dont les ancêtres sont issus de continents différents qui vivaient loin les uns des autres (Afrique et Europe). Les tests donnent alors une idée du pourcentage de l'héritage génétique africain versus l'héritage européen.
5) La nation, un critère peu scientifique
En revanche, lorsqu'il s'agit de placer un pourcentage sur un pays, comme le promettent certaines entreprises, la tâche se complique grandement. Comme le souligne M. Gravel, " il n'existe pas de gènes allemands ou pakistanais, seulement des marqueurs que l'on retrouve plus souvent chez les habitants de ces pays ". Et encore, ça peut être compliqué, même au sein d'un pays. " Au sein d'un même pays, poursuit M. Verdu, différentes populations peuvent coexister sans jamais se mélanger, que ce soit pour des questions religieuses, sociales ou politiques ". À cela s'ajoutent les migrations, les guerres, les génocides et la modification des frontières qui, au fil des siècles, brouillent les pistes. Bref, " le critère de nation n'est pas particulièrement pertinent en génétique ".
6) Nous sommes tous cousins
Difficulté supplémentaire : comme chacun sait, plus on remonte dans le temps, plus nos ancêtres sont nombreux. Ainsi, nous avons tous deux parents, quatre grands-parents, huit arrière-grands-parents. Or, si on poursuit dans cette logique, on se retrouve, après 20 générations, soit seulement cinq siècles, avec un million d'ancêtres ! Reculons encore de quelques siècles, et on se retrouve avec plus d'ancêtres que de marqueurs génétiques - pour la simple raison qu'à un moment donné, les arbres généalogiques de tous les êtres humains finissent par être interreliés. Autrement dit, à des degrés divers, nous sommes tous des cousins !

Et si on remonte suffisamment loin, tous nos ancêtres sont originaires d'Afrique. Ainsi, comme le souligne Simon Gravel, " la génétique peut apporter des réponses, mais jusqu'à un certain point. On ne peut pas reconstruire tout notre arbre généalogique à partir de notre ADN. " " La génétique n'est pas de la généalogie ! ", martèle Paul Verdu.
7) L'information génétique, ça se perd
Enfin, au fil des générations, l'information génétique ne se transmet pas complètement. Cette transmission est aléatoire - une partie vient du père, une partie de la mère - et des processus naturels peuvent altérer le génome. Si bien que, inévitablement, " une bonne partie du matériel génétique se perd au fil des générations " résume M. Gravel. Ainsi, un frère et une sœur n'hériteront pas des mêmes gènes de leurs parents et obtiendront des résultats légèrement différents aux tests de ces compagnies, bien qu'ils aient exactement les mêmes ancêtres. " On peut très bien descendre de quelqu'un sans pour autant avoir gardé une trace génétique de lui dans notre génome. Être apparenté, ce n'est pas la même chose que de partager un matériel génétique. " À mesure que l'on remonte les générations, ces tests génétiques s'expriment donc par des probabilités de plus en plus faibles. Une réalité souvent occultée ou peu expliquée par ces compagnies.
Verdict
L'histoire des migrations humaines est beaucoup trop complexe pour pouvoir savoir avec certitude que tel marqueur génétique correspond parfaitement à telle population qui vivait il y a tant d'années à tel endroit. Votre arbre généalogique est enchevêtré avec les arbres généalogiques de tous les êtres humains.

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Sept bémols sur les tests génétiques pour révéler le pays de nos ancêtres

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De plus en plus d'entreprises proposent de déterminer les pays d'origine de nos ancêtres à partir de notre ADN. La conclusion d'un de leurs tests pourrait par exemple ressembler à : " vous êtes à 60 % Français et à 30 % Italien ". Mais quelle est la fiabilité de ces tests ?

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La tolérance au lactose • En fonction des allèles qu’ils possèdent, les hommes actuels sont intolérants ou non au lactose. La comparaison avec des génomes fossiles permet de constater que les premiers hommes européens étaient intolérants au lactose. • L’apparition de la tolérance au lactose coïncide avec l’apparition de la pratique de l’élevage. On peut supposer qu’une mutation a touché le gène MCM6, qui contrôle l’expression du gène de la lactase entraînant la synthèse de l’enzyme après l’âge de 6 ans. Cette mutation a augmenté la valeur sélective des individus qui la portaient (apport protéique, apport de vitamine D dans un environnement moins lumineux...) permettant, par sélection naturelle, l’augmentation de la fréquence de cet allèle au cours du temps dans la population humaine. Le génome actuel porte les marques de cette histoire.

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• Les humains ont migré d’Afrique vers l’Eurasie il y a environ 50 000 ans. Ils ont vécu sur des territoires habités par les Néandertaliens et les Dénisoviens, dans des conditions environnementales nouvelles (climat, maladies...). Ils sont à l’origine de l’ensemble de la population actuelle.
• Le prélèvement d’ADN de fossiles bien conservés a permis, grâce aux techniques modernes, de séquencer le génome des Néandertaliens, que l’on peut comparer aux génomes actuels. Les Européens et les Asiatiques actuels possèdent tous dans leur génome entre 1 et 2 % d’ADN néandertalien alors que les populations africaines n’en  possèdent pas ou très peu. Les Néandertaliens ont donc contribué au génome des hommes actuels. Il y a eu des croisements entre les Néandertaliens et les hommes modernes. Le pourcentage d’ADN néandertalien contenu dans les génomes des hommes modernes diminue avec le temps.
• En analysant plus précisément certains gènes, on peut montrer l’existence d’allèles néandertaliens dans les génomes humains actuels. Ces allèles sont notamment présents pour des gènes impliqués dans une adaptation à un environnement nouveau : pigmentation, rythme du sommeil...

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Quand la génétique raconte l’histoire de l’humanité

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Une “photo de famille” de Néandertaliens dévoilée par la génétique

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Une étude génétique publiée mercredi esquisse les contours d’une “organisation sociale” chez les Néandertaliens, nos lointains cousins disparus.

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MOOC Les origines de l'Homme - Sujet 4.3 : Néandertal, il vit encore en nous

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Après avoir regardé dans les lumières du fond diffus cosmologique pour se rapprocher des origines de l'univers, après avoir plongé dans la soupe primordiale qui a permis à la vie d'émerger sur notre planète, nous remontons cette fois dans l'arbre généalogique de notre humanité en nous demandant à quel moment nos ancêtres sont apparus et ce que l'on entend par notre "humanité" et de quelle "humanité" on parle.

Jamais deux sans trois, puisque pas plus que pour l'univers, la vie, on ne peut déterminer une quelconque origine ou point zéro de l'existence de notre humanité. En effet, plus on va remonter dans le temps, moins les différences entre les lignées sont visibles. S'il peut y avoir plusieurs points de références définies par ce qu'on appelle en paléontologie, les points de divergences, il est scientifiquement impossible de déterminer un point de départ, dans la mesure où l'évolution de notre lignée humaine est indissociable de la continuité du vivant. Ce qui fait que quand on essaye de déterminer le point de réunion de deux branches, cela reste quelque chose d'absolument théorique.

Vous verrez que cette idée que l'idée que plusieurs lignées se rejoignent à un moment n'a pas de réalité biologique, tant on ne peut pas vraiment le reconnaître. De là, toute la difficulté d'arriver à remonter dans le temps pour essayer de réunir des caractéristiques de groupes d'évolutions qui ont pendant longtemps été réunis. Nous nous retrouvons constamment face aux contradictions de notre désir de catégorisation biologique là où le vivant se définit dans une logique de continuité et non d'individualités.

"Entre 200 millions d'années et 300 000 ans" : plusieurs points de divergence

Depuis les premiers mammifères dont on se rapproche, en passant par l'apparition des premiers primates entre 85 et 55 millions d'années, puis l'existence d'Homo Sapiens, comment s'y retrouver ?
Notre ligné humaine dépend avant tout d'une évolution continue du vivant
L'intervalle de temps théorique est aussi vaste que la réponse à cette question est impossible à déterminer scientifiquement puisque nous oublions trop souvent que nous dépendons d'une chaîne d'évolution qui s'inscrit dans la continuité

Cette question que nous nous posons tout naturellement tient au fait que notre culture humaine a toujours cherché, explique le paléontologue Jean-Jacques Hublin, à se distinguer du reste de la nature, mais il est difficile, voire impossible de déterminer un premier représentant à quelque évolution de l'humanité que ce soit : " nous nous considérons comme des créatures uniques et exceptionnelles, mais si on prend ces caractères et qu'on remonte dans le passé, on se rend compte qu'ils n'apparaissent pas à un moment particulier, mais bien de façon progressive et dans le désordre, ce qui rend très difficile la détermination d'une date. On aimerait avoir un point de rupture de référence pour signaler le point de départ des hommes, mais en réalité, l'évolution fait que chaque être est relié à des êtres qui l'ont précédés très loin dans le passé par une chaîne continue de générations. Les seules dates qu'on puisse donner correspondent à des points de divergence entre plusieurs lignées".
Un ancêtre commun à tous les singes ?
Si on part du principe que les êtres humains sont tous des héritiers des singes, on peut se demander s'il existe un ancêtre de tous les singes ? Brigitte Senut estime qu'il faut remonter à plus de 200 millions d'années au cours du cénozoïque, dès la fin du crétacé où on constate que des mammifères se sont plus sensiblement rapprochés de nous. Les premiers primates connus remontant à 55 millions d'années.
Divergence entre les grands singes et les ancêtres directs des humains
Nous pourrions d'abord remonter à cette grande dichotomie entre 3 et 8 millions d'années où les hominoïdes ont divergé en deux groupes, et qui d'un point de vue anatomique, fonctionnel, environnemental a opéré une première singularité, mais avec des espèces qui ne se ressemblaient pas du tout pour autant et ne présentaient aucune homogénéité.
Lucy et la bipédie ?
Du point de vue des fossiles, vous comprendrez combien la locomotion est quelque chose de fondamental, et celle-ci ne s'effectuait pas dans n'importe quel milieu. Pour autant, il y a eu plusieurs formes de bipédie, y compris chez les pré humains. La plus significative aujourd'hui restant la découverte de Lucy, le tout premier pré-humain co-découvert en 1974 par Yves Coppens (Australopithecus afarensis), premier représentant des ancêtres de l'homme (mais qui n'était pas encore un homme), ayant existé il y a 3,2 millions d'années, mais qui a démontré que l'acquisition de la bipédie datait de cette période-là.
À partir du genre homo, il y a un peu plus de 2 millions d'années ?
Même si c'est l'occasion de comprendre que les premiers représentants du genre homo ne sont pas si différents des australopithèques d'où toujours cette zone grise sur le temps long qui demeure, c'est un point de divergence en ce que les changements de comportements sont très importants. L'homme devient le seul primate-prédateur capable de chasser des animaux plus gros que lui. Homo devient chasseur-collecteur, fabrique des outils, des armes et sort d'Afrique pour coloniser l'Asie. Un changement très important dont l'évolution est liée à un changement climatique qui influe sur les modalités de chasse et de déplacements.

Avec pour en parler :

Brigitte Senut, professeure de paléontologie au Muséum national d'histoire naturelle, spécialiste du Miocène, elle consacre ses travaux aux grands singes africains et aux pré-hominiens fossiles. Elle a été récompensée en 2008 par le Prix Joliot-Curie comme Femme scientifique de l'année. En 2019 Elle a reçu le Grand Prix scientifique de la Fondation Simone et Cino Del Duca sur le thème " Paléontologie humaine, évolution des hominidés et origine de l'homme moderne " pour son projet " Origines et évolution des proto-hominidés ". En l'an 2000 ; au cours de fouilles dans le Rift kenyan elle a mis au jour les restes d'Orrorin tugenensis. Cet hominidé, l'un des premiers bipèdes s'est révélé être deux fois plus âgé (6 millions d'années) que Lucy et fut qualifié de " fossile du millénaire ") que la célèbre Lucy.

Antoine Balzeau, paléoanthropologue au CNRS et au Museum National d'Histoire Naturelle de Paris. Il a publié en février 2022 aux éditions Tallandier un Brève histoire des origines de l'humanité. Spécialiste de l'évolution du cerveau humain, il est responsable du projet Paleo Brain

Jean-Jacques Hublin, paléoanthropologue, professeur titulaire de la chaire de Paléoanthropologie au Collège de France, il a été directeur jusqu'en 2021 du département Evolution Humaine de l'Institut Max Planck à Leipzig en Allemagne. En 2017, il dirige, avec le Pr Abdelouahed Ben-Ncer, une équipe internationale qui met au jour des restes d'Homo sapiens primitifs associés à des outillages de pierre et des restes de faunes à Jebel Irhoud, au Maroc.

🎧 Pour en savoir plus, écoutez l'émission...

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Les origines de l'humanité : épisode 3/5 du podcast À la recherche des origines

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Après avoir regardé dans les lumières du fond diffus cosmologique pour se rapprocher des origines de l'univers, après avoir plongé dans la soupe primordiale qui a permis à la vie d'émerger sur notre planète, nous remontons cette fois dans l'arbre généalogique de notre humanité en nous demandant à quel moment nos ancêtres sont apparus et ce que l'on entend par notre "humanité" et de quelle "humanité" on parle.