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En ocasiones es posible contar todos los individuos de una población (especies de gran tamaño, muy conspicuos o sésiles).

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El muestreo mediante transectos de observación se utiliza comúnmente para todos los taxones de vertebrados, adecuando la escala del transecto a cada taxa, especie y hábitat determinado.

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Solamente se registrarán los individuos que se encuentren dentro del ancho definido con anterioridad. La densidad de la especie para cada transecto se calcula finalmente dividiendo el número total de individuos registrados por el área total del transecto.

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No se fija un ancho de transecto. Se registran todos los individuos avistados y se miden las distancias perpendiculares desde la línea del transecto a cada individuo.
La densidad de individuos, entre otras variables, se determina mediante programas estadísticos

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Se utiliza comúnmente para aves u otras taxa menos conspicuas o en que el hábitat utilizado es más cerrado, por lo que se requiere de una mayor concentración para los registros.

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Donde N es el tamaño poblacional de la especie, n1 es la cantidad de individuos capturados y marcados durante el primer muestreo, n2 es la cantidad de individuos capturados durante el segundo muestreo, y m2 es la proporción de los individuos capturados durante el segundo muestreo que presentan una marca.

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Este método ha sido utilizado con frecuencia y con muy buenos resultados, sin embargo asume que existe la misma posibilidad de capturar a cualquiera de los individuos de una población y que no existe inmigración ni emigración de individuos (población cerrada). Si lo anterior no se cumple, estaremos subestimando o sobreestimado el tamaño poblacional de la especie.